| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | USA300TCH1516_ALE | 39,672 | C→A | 29.3% | V488F (GTT→TTT) | pbp ← | Beta‑lactam‑inducible penicillin‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 39,672 | 0 | C | A | 29.3% | 153.8 / 79.5 | 113 | V488F (GTT→TTT) | pbp | Beta‑lactam‑inducible penicillin‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (43/36); new base A (18/15); total (62/51) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.78e-01 | |||||||||||
Only 100 of 117 total aligned reads displayed.
TTGAAAGGATCTGTACTGGGTTAATCAGTATTTCACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAACACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAAT‑GTTATCTGATGATTCTATTGCTTGTTTTAAGTCGATATTACCATTTACCACTTCATATCTTGTAACGTTG > USA300TCH1516_ALE/39534‑39811 | ttGTAAGGATCTGTACTGGGTTAATCAGTATTTCACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTAAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCATCAacac < 2:198396/141‑1 (MQ=255)ttGAAAGGATCTGTACTGGGTTAATCAGTATTTCACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAaaac > 2:277890/1‑141 (MQ=255) tGAAAGGATCTGTACTGGGTTACTCAGTATTTCACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAACAcc < 1:1050867/141‑1 (MQ=255) tGAAAGGATCTGTACTGGGTTAATCAGTATTTCACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAACAcc < 1:1102079/141‑1 (MQ=255) 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ggTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAAGTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAAT‑GTTATCTGATGATTCTATTGCTTGTTTTTAGTCGATATTACCATTTACCACTTCa > 1:724918/1‑141 (MQ=255) gTATATCTTCACCAACACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTTATTTTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAAT‑GTTATCTGATGATTCTATTGCTTGTTTTAAGTCGATATTACCATTTACCACTCCat > 2:984291/1‑141 (MQ=255) gTATATCTTCACCAACACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAAT‑GTTATCTGATGATTCTATTGCTTGTTTTAAGTCGATATTACCATTTACCACTTCat > 1:1078521/1‑141 (MQ=255) tataTCTTCACCAACACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAAT‑GTTATCTGATGATTCTATTGCTTGTTTTAAGTCGATATTACCATTTACCACTTCata < 1:116497/141‑1 (MQ=255) atatCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAAT‑GTTATCTGATGATTCTATTGCTTGTTTTAAGTCGATATTACCATTTACCACTTCatat > 1:433144/1‑141 (MQ=255) tCTTCACCAACACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCCAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAAT‑GTTATCTGATGATTCTATTGCTTGTTTTAAGTCGATATTACCATTTACCCCTCCATATCtt > 2:39059/1‑141 (MQ=255) tCTTCACCAACACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAAT‑GTTATCTGATGATTCTATTGCTTGTTTTAAGTCGATATTACCCTTTACCACTTCATATCtt > 1:783324/1‑141 (MQ=255) tcccAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATCTCTTACTGCCTCATTCGAGTGTTAATCTAGCATCGAAAAT‑GTTTTCTGATGATTCTATTGCTTGTTTTAAGTCGATATTACCATTTACCACTTCATATCTTGTaa < 2:1026333/139‑1 (MQ=255) cAACACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAAT‑GTTATCTGATGATTCTATTGCTTGTTTTAAGTCGATATTACCATTTACCACTTCATATCTTGTAACGt < 1:1063917/141‑1 (MQ=255) aaCACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAGGAAAAT‑GTTATCTGATGATTCTATTGCTTGTTTTAAGTCGATATTACCATTTACCACTTCATATCTTGTCACGtt > 1:98317/1‑141 (MQ=255) acacCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAAT‑GTTATCTGATGATTCTATTGCTTGTTTTAAGTCGATATTACCATTTACCACTTCATATCTTGTAACGTTg < 1:58367/141‑1 (MQ=255) acacCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAAT‑GTTATCTGATGATTCTATTGCTTGTTTTAAGTCGATATTACCATTTACCACTTCATATCTTGTAACGTTg > 1:493796/1‑141 (MQ=255) | TTGAAAGGATCTGTACTGGGTTAATCAGTATTTCACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAACACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAAT‑GTTATCTGATGATTCTATTGCTTGTTTTAAGTCGATATTACCATTTACCACTTCATATCTTGTAACGTTG > USA300TCH1516_ALE/39534‑39811 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |