| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 19,264 | G→A | 28.0% | G307D (GGC→GAC) | gdpP → | Cyclic‑di‑AMP phosphodiesterase GdpP |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 19,264 | 0 | G | A | 28.0% | 194.8 / 76.8 | 120 | G307D (GGC→GAC) | gdpP | Cyclic‑di‑AMP phosphodiesterase GdpP |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (46/40); new base A (21/13); total (67/53) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.41e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 121 total aligned reads displayed.
TATCGGTGTTGGTGAAGGTACTGAAAATTTAATCGACTTAGGTGAATTATCACAATCAGGCCTAGACTTAGCATTAGGACGCGGTGGCGACCAAGTTGCAATTAAAAGTATTAATGGTAATGTGCGTTTCTATGGCGGTAAGACTGACCCGATGGAGAAACGTACTCGTGTAAGAGCACGTGTGATCTCACATGCGTTAAAAGATATCCTTGCAGAGGGTGACAAAGTCATTATCATGGGACATAAACGTCCTGACTTAGATGCAATTGGTGCA > USA300TCH1516_ALE/19130‑19403 | tATCGGTGTTGGTGAAGGTACTGAAAATTTAATCGACTTAGGTGAATTATCACAATCAGGCCTAGACTTAGCATTAGGACGCGGTGGCGACCAAGTTGCAATTAAAAGTATTAATGGTAATGTGCGTTTCTATGGCGGTaa < 1:812136/141‑1 (MQ=255) cGGTGTTGGTGAAGGTACTGAAAATTTAATCGACTTAGGTGAATTATCACAATCAGGCCTAGACTTAGCATTAGGACGCGGTGGCGACCAAGTTGCAATTAAAAGTATTAATGGTAATGTGCGTTTCTATGGCGGTAAGAc > 2:1144246/1‑141 (MQ=255) cGGTGTTGGTGAAGGTACTGAAAATTTAATCGACTTAGGTGAATTATCACAATCAGGCCAAGACTTAGCATTAGGACGCGGTGGCGACCAAGTTGCAATTAAAAGTATTAATGGTAATGTGCGATTCTATGGCGGTAAGAc > 2:803004/1‑141 (MQ=255) cGGTGTTGGTGAAGGTACTGAAAATTTAATCGACTTAGGTGAATCACCTTCAACAATTCTAGACTTCGAATGAGGACTCGGTGGCGACAAAGTTGCCATTAAATGTATTAATGGGGATGTGCGTTTCTATGGCGGTAAGAc > 1:280622/1‑141 (MQ=255) ggTGTTGGTGTAGGTCCTGAAGATCGCCTCAACATAGGTGAATTATCACAATCAGGCCTAGACTTAGCATTAGGACGCGGTGGCGACCAAGTTGCAATTAAAAGTATTAATGGTAATGTGCGTTACTATGGCGGTAAGACt > 2:846648/1‑141 (MQ=255) tgtTGGTGAAGGTACTGAAAATTTAATCGACTTAGGTGAATTATCACAATCAGGCCTAGACTTAGCATTAGGACGCGGTGGCGACCAAGTTGCAATTAAAAGTATTAATGGTAATGAGCGTTTCTATGGCGGTAAGACTGa > 2:748299/1‑141 (MQ=255) ggtTGGTGAAGGTACTGAAAATTTAATCGACTTAGGTAAAGTAACACAAGCAGGCCTAGACTTAGCATTAGGACGCGGTGGCGACCAAGTTGCAATTTAAAGTATGACTGGTAAAGTGAGTTTCTATGGCGGAAAGAGTGa > 2:227602/2‑141 (MQ=255) tGGTGAAGGTACTGAAAATTTAATCGACTTAGGTGAATTATCACAGTCAGGCCTAGACTTAGCATTAGGACGCGGTGGCGACCAAGTTGCAATTAAAAGTATTAATGGTAATGTGCGGTTCTATGGCGGTAAGGCTGGccc > 2:1046380/1‑141 (MQ=255) gTGAAGGTTCTGAAAATTTAATCGACTTAGGTGAATTATCACAATCAGGCCTATGCTTAGCATTAGGACGCGGTGGCGACCAAGTTGCAATTAAAAGTATTAATGGTAATGTGCGTTTCTATGGCGGTAAGACTGACCCGa < 1:244318/141‑1 (MQ=255) gTGAAGGTACTGAAAATTTAATCGACTTAGGTGAATTATCACAATCAGGCCTAGACTTAGCATTAGGACGCGGTGGCGACCAAGTTGCAATTAAAAGTATTAATGGTAATGTGCGTTTCTATGGCGGTAAGACTGACCCGa < 1:1002062/141‑1 (MQ=255) gTGAAGGTACTGAAAATTTAATCGACTTAGGTGAATTATCACAATCAGGCCTAGACTTAGCATTAGGACGCGGTGGCGACCAAGTTGCAATTAAAAGTATTAATGGTAATGTGCGTTTCTATGGCGGTAAGACTGACCCGa < 2:1094411/141‑1 (MQ=255) gTGAAGGTACTGAAAATTTAATCGACTTAGGTGAATTATCACAATCAGGCCTAGACTTAGCATTAGGACGCGGTGGCGACCAAGTTGCAATTAAAAGTATTAATGGTAATGTGCGTTTCTATGGCGGTAAGACTGACCCGa < 2:316343/141‑1 (MQ=255) gTGAAGGTACTGAAAATTTAATCGACTTAGGTGAATTATCACAATCAGGCCTAGACTTAGCATTAGGACGCGGTGGCGACCAAGTTGCAATTAAAAGTATTAATGGTAATGTGCGTTTCTATGGCGGTAAGACTGACCCGa > 1:444242/1‑141 (MQ=255) gTGAAGGTACTGAAAATTTAATCGACTTAGGTGAATTATCACAATCAGGCCTAGACTTAGCATTAGGACGCGGTGGCGACCAAGTTGCAATTAAAAGTATTAATGGTAATGTGCGTTTCTATGGCGGTAAGACTGACCCGa > 2:667443/1‑141 (MQ=255) gTGAAGGTACTGAAAATTTAATCGACTTAGGTGAATTATCACAATCAGGCCTAGACTTAGCATTAGGACGCGGTGGCGACCAAGTTGCAATTAAAAGTATTAATGGTAATGTGCGTTTCTATGGCGGTAAGACTGACCCGa < 1:1058368/141‑1 (MQ=255) gTGAAGGTACTGAAAATTTAATCGACTTAGGTGAATTATCACAATCAGGCCTAGACTTAGCATTAGGACGCGGTGGCGACCAAGTTGCAATTAAAAGTATTAATGGTAATGTGCGTTTCTATGGCGGTAAGACTGACCCGa > 2:924205/1‑141 (MQ=255) aaaaTTTAATCGACTTAGGTGAATTATCACAATCAGGCCTAGACTTAGCATTAGGACGCGGTGGCGACCAAGTTGCAATTAAAAGTATTAATGGTAATGTGCGTTTCTATGGCGGTAAGACTGACCCGATGGAGAAACGTa < 1:166335/141‑1 (MQ=255) aaaaTTTAATCGACTTAGGTGAATTATCACAATCAGGCCTAGACTTAGCATTAGGACGCGGTGGCGACCAAGTTGCAATTAAAAGTATTAATGGTAATGTGCGTTTCTATGGCGGTAAGACTGACCCGATGGAGAAACGTa > 1:313350/1‑141 (MQ=255) aaaaTTTAATCGACTTAGGTGAATTATCACAATCAGGCCTAGACTTAGCATTAGGACGCGGTGGCGACCAAGTTGCAATTAAAAGTATTAATGGTAATGTGCGTTTCTATGGCGGTAAGACTGACCCGATGGAGAAACGTa < 2:860988/141‑1 (MQ=255) aaaTTTAATCGACTTAGGTGAATTATCACAATCAGGCCTAGACTTAGCATTAGGACGCGGTGGCGACCAAGTTGCAATTAAAAGTATTAATGGTAATGTGCGTTTCTATGACGGTAAGACTGACCCGATGGAGAAACGTAc < 1:172787/141‑1 (MQ=255) ttAATCGTGTTAGGTGAATTATGACAATCAGGCCTAGACTTAGCAGTAGGACGCGGTGGCGACCAAGTTGCAATTAAAAGTATTAATGGTAATGTGCGTTTCTATGGCGGTGAGACTGACCCGATGGAGAAACGTACTCgt < 2:582141/141‑1 (MQ=255) aaTCGACTTAGGTGAATTATCACAATCCGGCCTAGACTTAGCATTAGGAAGCGGTGGCGACCAAGTTGAAATTAAAAGTATAAATGGTAATGTGCGTTTATATGAAGGCGAAACTGACCCGATGGAGAAAAGTaaacgcgt > 1:836061/1‑134 (MQ=255) aaTCGACTTAGGTGAATTATCACAATCAGGCCTAGACTTAGCATTAGGACGCGGTGGCGACCAAGTTGCAATTAAAAGTATTAATGGTAAGGTGCGTTTCTATGACGGTAAGCCTGACCCGAGGGAGAAAGGTACTctggg > 2:1114597/1‑137 (MQ=255) aaTCGACTTAGGTGAATTATCAAAATCAGGCCTAAACTTAGCATTAGGACGCGGGGGCGAACAAGTTGCAATTAAAAGTATTAGTGGTAATGTGCGTTTCTATGACGGTAGAAATGACTCGATGTAGTAGCGTCATCgtga > 2:707455/1‑140 (MQ=255) aTCGACTTAGGTGAATTATCACAATCAGGCCTAGACTTAGCATTAGGACGCGGTGGCGACCAAGTTGCAATTAAAAGTATTAATGGTAATGTGCGTTTCTATGGCGGTAAGACTGACCCGATGGAGAAACGTACTCGTGTa > 2:422723/1‑141 (MQ=255) cGACTTAGGTGAATTATCACAATCAGGCCTAGACTTAGCATTAGGACGCGGTGGCGACCAAGTTGCAATTAAAAGTATTAATGGTAATGTGCGTTTCTATGGCGGTAAGACTGACCCGATGGAGAAACGTATTCGTTTAag > 2:830993/1‑141 (MQ=255) cGACTTAGGTGAATTATCACAATCAGGCCTAGACTTAGCATTAGGACGCGGTGGCGACCAAGTTGCAATTAAAAGTATTAATGGTAATGTGCGTTTCTATGACGGTAAGACTGACCCGATGGAGAAACGTACTCGTGTAag > 2:334515/1‑141 (MQ=255) aCTTAGGTGAATTATCACAATCAGGCCTAGACTTAGCATTAGGACGCGGTGGCGACCAAGTTGCAATTAAAAGTATTAATGGTAATGTGCGTTTCTATGGCGGTAAGACTGACCCGATGGAGAAACGTACTCGTGTAagag < 1:972345/141‑1 (MQ=255) aCTTAGGTGAATTATCACAATCAGGCCTAGACTTAGCATTAGGACGCGGTGGCGACCAAGTTGCAATTAAAAGTATTAATGGTAATGTGCGTTTCTATGGCGGTAAGACTGACCCGATGGAGAAACGTACTCGTGTAagag > 2:613108/1‑141 (MQ=255) ttAGGTGAATTATCACAATCAGGCCTAGACTTAGCATTAGGAAGCGGTGGCGACCAAGTTGCAATTAAAAGTATTAATGGTAATGTGCGTTTCTATGACGGTAAGACTGACCCGATGGAGAGACGTACTCGTGTAAGAGCa > 2:233040/1‑141 (MQ=255) aGGTGAATTATCACAATCAGGCCTAGACTTAGCATTAGGACGCGGTGGCGACCAAGTTGCAATTAAAAGTATTAATGGTAGTGGGCGTTTCTATGGCGGTAAGACTGACCCGATGGAGAAAAGTCCTCGTGTAAGGACACg > 2:457510/1‑141 (MQ=255) gTGAATTATCACAATCAGGCCTAGACTTAGCATTAGGACGCGGTGGCGGCCAAGTTGCAAGTAAAAGTATTAATGGTAATGGGCGTTTCTATGGCGGTAAGACTGACCCGATGGAGAAAGGTACTCGTGTAAGGGCACgtg > 1:50141/1‑141 (MQ=255) gAATTATCACAATCAGGCCTAGACTTAGCATTAGGACGCGGTGGCGACCAAGTTGCAATTAAAAGTATTAATGGTAATGTGCGTTTCTATGGCGGTAAGACTGACCCGATGGAGAAACGTATTCGTGTAAGAGCACgtggg > 1:1080122/1‑139 (MQ=255) gAATTATCACAATCAGGCCTAGACTTAGCATTAGGACGCGGTGGCGACCAAGTTGCAATTAAAAGTATTAATGGTAATGTGCGTTTCTATGGCGGTAAGACTGACCCGATGGAGAAACGTATTCGTGTAAGAGCACGtgtg < 1:982014/141‑1 (MQ=255) gAATTATCACAATCAGGCCTAGACTTAGCATTAGGACGCGGTGGCGACCAAGTTGCAATTAAAAGTATTAATGGTAATGTGCGTTTCTATGGCGGTAAGACTGACCCGATGGAGAAACGTATTCGTGTAAGAGCACGtgtg < 1:981943/141‑1 (MQ=255) gAATTATCACAATCAGGCCTAGACTTAGCATTAGGACGCGGTGGCGACCAAGTTGCAATTAAAAGTATTAATGGTAATGTGCGTTTCTATGACGGTAAGACTGACCCGATGGAGAAACGTACTCGTGTGAAAGCACGtttg > 2:418531/1‑141 (MQ=255) gAATTATCACAATCAGGCCTAGACTTAGCATTAGGACGCGGTGGCGACCAAGTTGCAATTAAAAGTATTAATGGTAATGTGCGTTTCTATGACGGTAAGACTGACCCGATGGAGAAACGTACTCGTGTAAGAGCACGtgtg > 2:433614/1‑141 (MQ=255) aTCACAATCAGGCCTAGACTTAGCATTAGGACGCGGTGGCGACCAAGTTGCAATTAAAAGTATTAATGGTAATGTGCGTTTCTATGGCGGTAAGACTGACCCGATGGAGAAACGTATTCGTGTAAGAGCACGTGTGAtctc > 2:900485/1‑141 (MQ=255) tCACAATCAGGCCTAGACTTAGCATTAGGACGCGTAGGCGACGAATTTGCAATTAAAAGTATTAATGGTAATGTGCGTTTCTATGGCGGTAAGACTGACCCGATGGAGAAACGTATTCGTGTAAGAGCACGTGTGATCTca < 2:419793/141‑1 (MQ=255) cacaATCAGGCCTAGACTTAGCATTAGGACGCGGTGGCGACCAAGTTGCAATTAACAGTCTTAGTGGTAATGTGCGTTTCTCTGACGGTAAGACTGGCCCGACGGAGAAACGTAGTCGTGCGTGAGCAGGTGTGaggtcgc > 1:13455/1‑135 (MQ=255) cacaATCAGGCCTAGACTTAGCATTAGGACGCGGTGGCGACCAAGTTGCAATTAAAAGTATTAATGGTAATGTGCGTTTCTATGGCGGTAAGACTGACCCGATGGAGAAACGTATTCGTGTAAGAGCACGTGTGATCTcac > 1:1035126/1‑141 (MQ=255) cacaATCAGGCCTAGACTTAGCATTAGGACGCGGTGGCGACCAAGTTGCAATTAAAAGTATTAATGGTAATGTGCGTTTCTATGACGGTAAGACTGACCCGATGGAGAAACGTACTCGTGTAAGAGCACGTGTGATCTcac > 1:478527/1‑141 (MQ=255) caATCAGGCCTAGACTTAGCATTAGGACGCGGTGGCGACCAAGTTGCAATTAAAAGTATTAATGGTAATGTGCGTTTCTATGGCGGTAAGACTGACCCGATGGAGAAACGTACTCGTGTAAGAGCACGTGTGATCTCACAt < 2:280622/141‑1 (MQ=255) caATCAGGCCTAGACTTAGCATTAGGACGCGGTGGCGACCAAGTTGCAATTAAAAGTATTAATGGTAATGTGCGTTTCTATGGCGGTAAGACTGACCCGATGGAGAAACGTACTCGTGTAAGAGCACGTGTGATCTCACAt < 1:542601/141‑1 (MQ=255) aaTCAGGCCCAGACTTAGCATTAGGACGCGGTGGCGACCAAGTTGCAATTAAAAGTATTAATGGTAATGTGCGTTTCTATGGCGGTAAGACTGACCCGATGGAGAAACGTACTCGTGTAAGAGCACGTGTGATCTCACATg < 1:757372/141‑1 (MQ=255) tCAGGCCTAGACTTAGCATTAGGACGCGGTGGCGACCAAGTTGCGATTAAAAGTATTAATGGTAATGTGCGTTTCTATGACGGTAAGACTGACCCGATGGAGAAACGTACTCGTGTAAGAGCACGTGTGATCTCACAt > 2:652851/1‑138 (MQ=255) tCAGGCCTAGACTTAGCATTAGGACGCGGTGGCGACCAAGTTGCAATTAAAAGTATTAATGGTAATGTGCGTTTCTATGACGGTAAGACTGACCCGATGGAGAAACGTACTCGTGTAAGAGCACGTGTGATCTCACAt < 1:652851/138‑1 (MQ=255) aGGCCTAGACTTAGCATTAGGACGCGGTGGCGACCAAGTTGCAATTAAAAGTATTAATGGTAATGTGCGTTTCTATGACGGTAAGACTGACCCGATGGAGAAACGTACTCGTGTAAGAGCACGTGTGATCTCACATGCGtt > 1:782241/1‑141 (MQ=255) gacTAGACTTAGCATTAGGACGCGGTGGCGACCAAGTTGCAATTAAAAGTATTAATGGTAATGTGCGTTTCTATGACGGTAAGACTGACCCGATGGAGAAACGTACTCGTGTAAGAGCACGTGTGATCTCACATGCGTTaa > 2:141301/3‑141 (MQ=255) gCCTAGACTTAGCATTAGGACGCGGTGGCGACCAAGTTGCAATTAAAAGTATTAATGGTAATGTGCGTTTCTATGACGGTAAGACTGACCCGATGGAGAAACGTACTCGTGTAAGAGCACGTGTGATCTCACATGCGTTaa > 1:708139/1‑141 (MQ=255) gCCTAGACTTAGCATTAGGACGCGGTGGCGACCAAGTTGCAATTAAAAGTATTAATGGTAATGTGCGTTTCTATGACGGTAAGACTGACCCGATGGAGAAACGTACTCGTGTAAGAGCACGTGTGATCTCACATGCGTTaa > 1:1196721/1‑141 (MQ=255) gCCTAGACTTAGCATTAGGACGCGGTGGCGACCAAGTTGCAATTAAAAGTATTAATGGTAATGTGCGTTTCTATGACGGTAAGACTGACCCGATGGAGAAACGTACTCGTGTAAGAGCACGTGTGATCTCACATGCGTTaa < 1:226907/141‑1 (MQ=255) gACTGAGCATTAGGACGCGGTGGCGACCAAGTTGCAATTAAAAGTATTAATGGTAATGTGCGTTTCTATGACGGTAAGACTGACCCGATGGAGAAACGTACTCGTGTAAGAGCACGTGTGATCTCACATGCGTTAAAAGat < 1:526682/141‑1 (MQ=255) tAGCATTAGGACGCGGTGGCGACCAAGTTGCAATTAAAAGTATTAATGGTAATGTGCGTTTCTATGACGGTAAGACTGACCCGATGGAGAAACGTACTCGTGTAAGAGCACGTGTGATCTCACATGCGTTAAAAGATATcc > 2:1184972/1‑141 (MQ=255) aGCATTAGGACGCGGTGGCGACCAAGTTGCAATTAAAAGTATTAATGGTAATGTGCGTTTCTATGACGGTAAGACTGACCCGATGGAGAAACGTACTCGTGTAAGAGCACGTGTGATCTCACATGCGTTAAAAGATATCCt < 1:141301/141‑1 (MQ=255) gCATTAGGACGCGGTGGCGACCAAGTTGCAATTAAAAGTATTAATGGTAATGAGCGTTTCTATGGCGGTAAGACTGACCCGATGGAGAAACGTACTCGTGTAAGAGCCCGTGTGATCTCACATGCGTCAAAAGATATCCtt > 2:271367/1‑141 (MQ=255) ttAGGACGCGTGGGCGACCAAGTTGCAATTAAAAGTATTAAAGGTAATGTGCGTTTCTATGGCCGTAAGACTGACCCGATGTAGAACCGTCCTCGTGTAAGAGCACGTGTGATCTCAAATGCTTTAAAAGATCTGCTTgta < 2:635146/141‑3 (MQ=255) ttAGGACGCGGTGGCGACCAAGTTGCAATTAAAAGTATTAATGGTAATGTGCGTTTCTATGGCGGTAAGACTGACCCGATGGAGAAACGTACTCGTGTAAGAGCACGTGTGATCTCACATGCGTTAAAAGATATCCTTGCa > 1:952935/1‑141 (MQ=255) ttAGGACGCGGTGGCGACCAAGTTGCAATTAAAAGTATTAATGGTAATGTGCGTTTCTATGGCGGTAAGACTGACCCGATGGAGAAACGTACTCGTGTAAGAGCACGTGTGATCTCACATGCGTTAAAAGATATCCTTGCa > 1:185129/1‑141 (MQ=255) ttAGGACGCGGTGGCGACCAAGTTGCAATTAAAAGTACTAATGCTAATGTGCGTTTCTATGGCGGTAAGACTGACCCGATGGAGAAACGTATTCTTGTAAGAGCACGTGTGATCTAACATGCGTTAAATGATATCCATGCa < 1:843662/141‑1 (MQ=255) ggACGCGGTGGCGACCAAGTTGCAATTAAAAGTATTAATGGTAATGTGCGTTTCTATGGCGGTAAGACTGACCCGATGGAGAAACGTATTCGTGTAAGAGCACGTGTGATCTCACATGCGTTAAAAGATATCCTTGCcgag > 1:266266/1‑141 (MQ=255) ggACGCGGTGGCGACCAAGTTGCAATTAAAAGTATTAATGGTAATGTGCGTTTCTATGGCGGTAAGACTGACCCGATGGAGAAACGTATTCGTGTAAGAGCACGTGTGATCTCACATGCGTTAAAAGATATCCTTGCagag > 1:196990/1‑141 (MQ=255) ggACGCGGTGGCGACCAAGTTGCAATTAAAAGTATTAATGGTAATGTGCGTGTCAAAGGGGGTAAGAGTGTCCCGATGGTGACACGTATTCTTGTGAGAGCACGTGTGATCTAACATGCGTTATAAGATATCCTTGCagag > 2:299272/1‑141 (MQ=255) aCGCGGTGGCGACCAAGTTGCAATTAAAAGTATTAATGGTAATGTGCGTTTCTATGGCGGTAAGACTGACCCGATGGAGAAACGTATTCGTGTAAGAGCACGTGTGATCTCACATGCGTTAAAAGATATCCTTGCAGAggg > 2:319679/1‑141 (MQ=255) cgcgGTGGCGACCAAGTTGCAATTAAAAGTATTAATGGTAATGTGCGTTTCTATGGCGGTAAGACTGACCCGATGGAGAAACGTATTCGTGTAAGAGCACGTGTGATCTCACATGCGTTAAAAGATATCCTTGCAGAGGGt < 1:667443/141‑1 (MQ=255) cgcgGTGGCGACCAAGTTGCAATTAAAAGTATTAATGGTAAGGTGCGTTTCTATGGCGGTAAGACTGACCCGATGGAGAAACGTATTCGTGTAAGAGCACGTGTGATCTCACATGCGTTAAAAGATATCCTTGCAGAGGGt < 1:160693/141‑1 (MQ=255) tGGCGACCAAGTTGCAATTAAAAGTATTAATGGTAATGTGCGTTTCTATGGCGGTAAGACTGACCCGATGGAGAAACGTATTCGTGTAAGAGCACGTGTGATCTCACATGCGTTAAAAGATATCCTTGCAGAGGGTGACaa < 1:924205/141‑1 (MQ=255) ggCGACCAAGTTGCAATTAAAAGTATTAATGGTAATGTGCGTTTCTATGGCGGTAAGACTGACCCGATGGAGAAACGTATTCGTGTAAGAGCACGTGTGATCTCACATGCGTTAAAAGATATCCTTGCAGAGGGTGACaaa < 1:350543/141‑1 (MQ=255) ggCGACCAAGTTGCAATTAAAAGTATTAATGGTAATGTGCGTTTCTATGACGGTAAGACTGACCCGATGGAGAAACGTACTCGTGTAAGAGCACGTGTGATCTCACATGCGTTAAAAGATATCCTTGCAGAGGGTGACaaa > 1:322839/1‑141 (MQ=255) gCGACCAAGTTGCAATTAAAAGTATTCATGGTAATGGGCGTTTCTATGGCGGTAAGACTGACCCGATGGAGAAACGTACTCGTGTAAGAGCACGTGTGGTCTCGCATGCGTTAAAAGATATCCTTGCAGAGGGGGGCAAAg > 2:564490/1‑141 (MQ=255) gCGACCAAGTTGCAATTAAAAGTATTAATGGTAATGTGCGTTTCTATGGCGGTAAGACTGACCCGATGGAGAAACGTACTCGTGTAAGAGCACGTGTGGTCTCACATGCGTTCAAAGATATCCTTGCAGAGGGTGACAAAg > 2:120280/1‑141 (MQ=255) ggACCAAGTTGCAATTAAAAGTATTAATGGTAATGTGCGTTTCTATGGCGGTAAGACTGACCGGATGGAGAAACGTACTCGTGTAAGAGCACGTGTGATCTCACATGCGTTAAAAGATATCCTTGCAGAGGGTGACAAAGt < 2:566314/140‑1 (MQ=255) cGACCAAGTTGCAGTTAAAAGTATTAATGGTAATGTGCGTTTCTATGGCGGTAAGACTGACCCGATGGAGAAACGTATTCGTGTAAGAGCACGTGTGATCTCACATGCGTTAAAAGATATCCTTGCAGAGGGTGACAAAGt < 2:860492/141‑1 (MQ=255) cGACCAAGTTGCAATTAAAAGTATTAATGGTAATGTGCGTTTCTATGGCGGTAAGACTGACCCGATGGAGAAACGTATTCGTGTGAGAGCACGTGTGATCTCACATGCGTTAAAAGATATGCTTGCAGAGGGTGACAAAGt > 1:136463/1‑141 (MQ=255) cGACCAAGTTGCAATTAAAAGTATTAATGGTAATGTGCGTTTCTATGGCGGTAAGACTGACCCGATGGAGAAACGTATTCGTGTAAGAGCACGTGTGATCTCACATGCGTTAAAAGATATCCTTGCAGAGGGTGACAAAGt > 1:476745/1‑141 (MQ=255) cGACCAAGTTGCAATTAAAAGTAGTAATGGTAATGTGCGTTTCTCTGGACGTGTGAGTGTCCCTAGCGAGAAACGTATTCGTGTTAGATCACGTGGGATCTCACATGCGTTAAAAGATATCCTTGCAGAGGGTGACAAAGt < 2:250829/141‑1 (MQ=255) ccAAGTTGCAATTAAAAGTATTAATGGTAATGTGCGTTTCTATGGCGGTAAGACTGACCCGATGGAGAAACGTATTCGTGTAAGAGCACGTGTGCTCTCACATGCGTTAAAAGATATCCTTGCAGAGGGTGACAAAGTCAt < 2:150388/141‑1 (MQ=255) cAAGTTGCAATTAAAAGTATTAATGGTAATGTGCGTTTCTATGGCGGTAAGACTGACCCGATGGAGAAACGTATTCGTGTAAGAGCACGTGTGATCTCACATGCGTTAAAAGATATCCTTGCAGAGGGTGACAAAGTCAtt < 1:545113/141‑1 (MQ=255) aaGTTGCAATTAAAAGTATTAATGGTACGGTGCCTTTCTATGACGGTAAGACTGACCCGACGGAGAAACGTACTCGTGTAATAGCACGTGTGATCTCACATGCGTTAAAAGCTATCCTTGCTGAGGGTGACAAAGTCATTa < 2:667087/141‑1 (MQ=255) cAATTAAAAGTATTAATGGTAATGTGCGTTTCTATGACGGTAAGACTGACCCGATGGGGAAACGTACTCGTGTAAGAGCACGTGTGATCTCACATGCGTTAAAAGATATCCTTGCAGAGGGTGACAAAGTCATTATCATgg < 1:761901/141‑1 (MQ=255) aTTAAAAGTATTAATGGTAATGTGCGTTTCTATGGCGGTAAGACTGACCCGATGGAGAAACGTATTCGTGTAAGAGCACGTGTGATCTCACATGCGTTAAAAGATATCCTTGCAGAGGGTGACAAAGTCATTATCATGGGa > 1:702097/1‑141 (MQ=255) aTTAAAAGTATTAATGGTAATGTGCGTTTCTATGGCGGTAAGACTGACCCGATGGAGAAACGTATTCGTGTAAGAGCACGTGTGATCTCACATGCGTTAAAAGATATCCTTGCAGAGGGTGACAAAGTCATTATCATGGGa > 2:752478/1‑141 (MQ=255) ttAAAAGTATTAATGGTAATGTGCGTTTCTATGGCGGTAAGACTGACCCGGTGGAGAAACGTATTCGTGTAAGAGCACGTGTGATCTCACATGCGTTAAAAGATATCCTTGCAGAGGGGGACAAAGTCATTATCATGGGAc < 2:342674/141‑1 (MQ=255) tAAAAGTATTAATGGTAATGTGCGTTTCTATGGCGGTAAGACTGACCCGATGGAGAAACGTACTCGTGTAAGAGCACGTGTGATCTCACATGCGTTAAAAGATATCCTTGCAGAGGGTGACAAAGTCATTATCAGGGGACa > 2:596715/1‑141 (MQ=255) aaGTATTAATGGTAATGTGCGTTTCTATGACGGTAAGACTGACCCGATGGAGAAACGTACTCGTGTAAGAGCACGTGTGATCTCACATGCGTTAAAAGATATCCTTGCAGAGGGTGACAAAGTCATTATCATGGGACATaa < 1:1184972/141‑1 (MQ=255) aaGTATTAATGGTAATGGGCGTTTCTATGGCGGTAAGCCTGACCCGATGGAGAAACGTATTCGTGTAAGAGCACGTGTGATCTCACATGCGTTAAAAGATATCCTTGCAGAGGGTGACAAAGTCATTATCATGGGACATaa < 2:930427/141‑1 (MQ=255) tATTAATGGTAATGTGCGTTTCTATGGCGGTAAGACTGACCCGATGGAGCAACGTACGCTTGGAAGAGCACGTGTGATCTCACATGCGTTAAAAGATATCCTTGCAGAGGGTGACAAAGTCATTATCATGGGACATAAACg > 1:1123648/1‑141 (MQ=255) aTTAATGGTAATGTGCGTTTCTATGGCGGTAAGACTGACCCGATGGAGAAACGTATTCGTGTAAGAGCACGTGTGATCTCACGTGCGTTAAAAGATATCCTTGCAGAGGGTGACAAAGTCATTATCATGGGACATAAACGt > 2:789661/1‑141 (MQ=255) ttAATGGTAATGTGCGTTTCTATGGCGGTAAGACTGACCCGATGGAGAAACGTACTCGTGTAAGAGCACGTGTGATCTCACATGCGTTAAAAGATATCCTTGCAGAGGGTGACAAAGTCATTATCATGGGACATAAACGTc > 1:802134/1‑141 (MQ=255) gtgCGTTTCTATGGCGGTACGACTGACCCGATGGAGAAACGTATTCGTGTAAGAGCACGTGTGATCTCACATGCGTTAAAAGATATCCTTGCAGAGGGTGACAAAGTCATTATCATGGGACATAAACGTCCTGACTTAGAt > 1:634122/1‑141 (MQ=255) gtgCGTTTCTATGGAGGTAAGACTGACCCAATGGAGAAACGTATTCGTGTAAGAGCACGTGTGATCTCACATGCGTTAAAAGATATCCTTGCAGAGGGTGACAAAGTCATTATCATGGGACATAAACGTCCTGACTTAGAt > 1:638702/1‑141 (MQ=255) tgCGTTTCTATGGCGGTAAGACTGACCCGATGGAGAAACGTATTCGTGTAAGAGCACGTGTGGTCTCACATGCGTTAAAAGATATCCTTGCAGAGGGTGACAAAGTCATTATCATGGGACATAAACGTCCTGACTTAGATg > 2:1028930/1‑141 (MQ=255) tgCGTTTCTATGGCGGTAAGACTGACCCGATGGAGAAACGTATTCGTGTAAGAGCACGTGTGATCTCACATGCGTTAAAAGATATCCTTGCAGAGGGTGACAAAGTCATTATCATGGGACATAAACGTCCTGACTTAGATg < 1:293808/141‑1 (MQ=255) cGTTTCTATGGCGGTAAGACTGACCCGATGGAGAAACGTATTCGTGTAAGAGCACGTGTGATCTCACATGCGTTAAAAGATATCCTTGCAGAGGGTGACAAAGTCATTATCATGGGACATAAACGTCCTGACTTAGATGCa > 1:740930/1‑141 (MQ=255) cGTTTCTATGGCGGTAAGACTGACCCGATGGAGAAACGTACTCGTGTAAGAGCACGTGTGATCTCACATGCGTTAAAAGATATCCTTGCAGAGGGTGACAAAGTCATTATCATGGGACATAAACGTCCTGACTTAGATGCa > 1:418399/1‑141 (MQ=255) tttCTATGGCGGTAAGACTGACCCGATGGAGAAACGTATTCGTGTAAGAGCACGTGTGATCTCACATGCGTTAAAAGATATCCTTGCAGAGGGTGACAAAGTCATTATCATGGGACATAAACGTCCTGACTTAGATGCAAt < 1:708009/141‑1 (MQ=255) tttCTATGACGGTAAGACTTACCCGATGGAGAAACCTACTCGTGTAAGAGCACGTGTGATCTCACATGCGTTAAAAGATATCCTTGCAGAGGGTGACAAAGTCATTATCATGGGACATAAACGTCCTGACTTAGATGCAAt < 1:745372/141‑1 (MQ=255) cTATGGCGGTAAGACTGACCCGATGGAGAAACGTATTCGTGTAAGAGCACGTGTGATCTCACATGCGTTAAAAGATATCCTTGCAGAGGGTGACAAAGTCATTATCATGGGACATAAACGTCCTGACTTAGATGCAATTgg > 2:794616/1‑141 (MQ=255) tATGACGGTAAGACTGACCCGATGGAGAAACGTACTCGTGTAAGAGCACGTGTGATCTCACATGCGTTAAAAGATATCCTTGCAGAGGGTGACAAAGTCATTATCATGGGACATAAACGTCCTGACTTAGATGCAATTGGt > 2:955082/1‑141 (MQ=255) ggCGGTAAGACTGACCCGATGGAGAAACGTATTCGTGTAAGAGCACGTGTGATCTCACATGCGTTAAAAGATATCCTTGCAGAGGGTGACAAAGTCATTATCATGGGACATAAACGTCCTGACTTAGATGCAATTGGTgca > 1:308268/1‑141 (MQ=255) | TATCGGTGTTGGTGAAGGTACTGAAAATTTAATCGACTTAGGTGAATTATCACAATCAGGCCTAGACTTAGCATTAGGACGCGGTGGCGACCAAGTTGCAATTAAAAGTATTAATGGTAATGTGCGTTTCTATGGCGGTAAGACTGACCCGATGGAGAAACGTACTCGTGTAAGAGCACGTGTGATCTCACATGCGTTAAAAGATATCCTTGCAGAGGGTGACAAAGTCATTATCATGGGACATAAACGTCCTGACTTAGATGCAATTGGTGCA > USA300TCH1516_ALE/19130‑19403 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |