Predicted mutation | |||||||
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Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | USA300TCH1516_ALE | 195,286 | 0 | T | A | 22.1% | 274.3 / 75.0 | 126 | intergenic (‑97/‑82) | USA300HOU_RS00900/USA300HOU_RS00905 | hypothetical protein/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (46/52); new base A (11/17); total (57/69) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.24e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 128 total aligned reads displayed.
TTGTTTCTAGCTAAACTTGCTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGATTTTGCATCAACGAAAGAAGAACT > USA300TCH1516_ALE/195149‑195426 | tttgttCTTGCTAAACTTGCTACGATAGTTTCTTTAGCCATAATGAGAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATTCCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTaaaa < 2:224967/137‑1 (MQ=255) ttCTAGCTAAACTTGCTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTaaaaaaa > 1:442923/1‑141 (MQ=255) acaaaaCTTGCCACAACATATTCTATAACCAAAATAATAGACCCTTATATACATGTTTATTTACTTATACCCTAACAAGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCt < 2:462207/138‑1 (MQ=255) gtAAACTTGCTACGACCGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCtt < 1:910937/140‑1 (MQ=255) 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USA300TCH1516_ALE/195149‑195426 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |