| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | USA300TCH1516_ALE | 478,502 | C→A | 71.0% | D342E (GAC→GAA) | nuoL → | NADH‑quinone oxidoreductase subunit L |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 478,502 | 0 | C | A | 71.0% | 173.5 / 107.6 | 141 | D342E (GAC→GAA) | nuoL | NADH‑quinone oxidoreductase subunit L |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (17/24); new base A (45/54); total (63/78) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.11e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.83e-01 | |||||||||||
Only 100 of 142 total aligned reads displayed.
AGTTCAATGTGCATTGGGTGTATATTCAGCAGCGATTATTCATTTAATATTGCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCT‑AAAGACGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTAAGTGCACTCATTCTAGGATGGTCATTACTTGTATCTTGGAATCAAA > USA300TCH1516_ALE/478364‑478641 | aGTTCAATGTGCATTGGGTGTATATTCAGCAGCGATTATTCATTTAATATTGCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGAATCTGCT‑AAAGACGc > 2:336693/1‑141 (MQ=255) gtCAATGTGCATTGGGTGTATATTCAGCAGCGATTATTCATTTAATATTGCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCT‑AAAGAAGCtt < 1:503292/140‑1 (MQ=255) tCAATGTGCATTGGGTGTATATTCAGCAGCGATTATTCATTTAATATTGCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCT‑AAAGAAGCTTa < 2:321744/141‑1 (MQ=255) tCAATGTGCATTGGGTGTATATTCAGCAGCGATTATTCATTTAATATTGCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCT‑AAAGAAGCTTa < 1:49610/141‑1 (MQ=255) 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2:762443/1‑141 (MQ=255) aaCAAGCATCTGCT‑AAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTAAGTGCACTCATTCTAGGATGGTCATTAc < 1:384474/141‑1 (MQ=255) aCAAGCATTCGCT‑AAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGAGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTAAGTGCACTCATTCTAGGATGGTCATTACt < 1:803908/141‑1 (MQ=255) aCAAGCATCTGCT‑AAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTGGGATAAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTAAGTGCACTCATTCTAGGATGGTCATTACt > 1:1177473/1‑141 (MQ=255) tctgtaTCTGAT‑ACAGAAGCTTACGGCTTGCTTTCCTTGGGACGAGCATTGGCTATTAGCGTGGTATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGCCACAAGTGCATATGACGCGTTAAGTGCACTCATTCTAGGCTGGTCATTACtt < 2:931206/136‑1 (MQ=255) cAAGCATCTGCT‑AAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTAAGTGCACTCATTCTAGGATGGTCATTACtt < 1:257641/141‑1 (MQ=255) cAAGCATCTGCT‑AAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTAAGTGCACTCATTCTAGGATGGTCATTACtt > 2:940623/1‑141 (MQ=255) aaGCATCTGCT‑AAAGACGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTAAGTGCACTCATTCTAGGATGGTCATTACTTg < 2:387792/141‑1 (MQ=255) aaGCATCTGCT‑AAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTAAGTGCACTCATTCTAGGATGGTCATTACTTg > 2:1175780/1‑141 (MQ=255) gCATCTGCT‑AAAGACGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTAAGTGCACTCATTCTAGGATGGTCTTTACTTGTa > 1:1033604/1‑141 (MQ=255) gCATCTGCT‑AAAGACGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTAAGTGCACTCATTCTAGGATGGTCATTACTTGTa > 1:1033170/1‑141 (MQ=255) cATCTGCT‑AAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTAAGTGCACTCATTCTAGGATGGTCATTACTTGTAt > 2:699091/1‑141 (MQ=255) cT‑AAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTAAGTGCACTCATTCTAGGCTGGTCATTACTTGTATCTTGGa > 2:1017724/1‑141 (MQ=255) gcGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTAAGTGCACTCATTCTAGGATGGTCATTACTTGTATCTTGGAATCaaa < 1:431626/140‑1 (MQ=255) | AGTTCAATGTGCATTGGGTGTATATTCAGCAGCGATTATTCATTTAATATTGCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCT‑AAAGACGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTAAGTGCACTCATTCTAGGATGGTCATTACTTGTATCTTGGAATCAAA > USA300TCH1516_ALE/478364‑478641 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |