Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | USA300TCH1516_ALE | 607,884 | G→A | 30.7% | R209* (CGA→TGA) | dck ← | Deoxyadenosine/deoxycytidine kinase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 607,884 | 0 | G | A | 30.7% | 128.4 / 74.8 | 101 | R209* (CGA→TGA) | dck | Deoxyadenosine/deoxycytidine kinase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (44/26); new base A (16/15); total (60/41) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.80e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.12e-01 |
Only 100 of 102 total aligned reads displayed.
GTATATGTGAATTAATGTATTCGATAGAATTGATAAAATAATCGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCGAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACATGCATTAAAGCTATTAATCCAATCGTCATAGCGTTTAAATAGCTTTTTCCAGTATT > USA300TCH1516_ALE/607746‑608024 | gtATATGTGAATTAATGTATTCGATAGAATTGATAAAATAATCGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCGAg > 1:1095737/1‑141 (MQ=255) gtgAATTAATGTATTCGATAGAATTGATAAAATAATCGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTGGAGCAAttt > 2:577414/1‑141 (MQ=255) tgAATTAATGTATTCGATAGAATTGATAAAATAATCGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATAAGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCGAGCAAtttt > 2:104059/1‑141 (MQ=255) gAATTAATGTATTCGATAGAATTGATAAAATAATCGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCGAGCAATTTTg < 1:435893/141‑1 (MQ=255) gAATTAATGTATTCGATAGAATTGATAAAATAATCGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCGAGCAATTTTg < 1:737326/141‑1 (MQ=255) tAATGTATTCGATAGAATTGATAAAATAATCGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACACTATGTTTTTAGTATTTTATCGTGTATCTAATTGTTGTTATGTTTGAATTATTCGACCAAttttttttt > 2:1170684/1‑140 (MQ=255) aTGTATTCGATAGAATTGATAAAATAATCGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCGAGCAATTTTGTTTATc < 2:153421/141‑1 (MQ=255) tGTATTCGATAGAATTGATAAAATAATCGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACCTATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTATATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCGAGCAATTTTGTTTAACa > 2:180695/1‑141 (MQ=255) tGTATTCGATAGAATTGATAAAATAATCGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCa > 1:1127255/1‑141 (MQ=255) tGTATTCGATAGAATTGATAAAATAATCGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCa > 2:705963/1‑141 (MQ=255) tGTATTCGATAGAATTGATAAAATAATCGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCa > 1:44263/1‑141 (MQ=255) gTATTCGATAGAATTGATATAAGAATCGTTAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCGAGCAATTTTGTTTATCAt < 2:116989/141‑1 (MQ=255) gTATTCGATAGAATTGATAAAATAATCGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCAt > 1:182669/1‑141 (MQ=255) gATAGAATTGATAAAATAATCGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCGAGCAATTTTGTTTATCATAGGAtt > 2:51161/1‑141 (MQ=255) aGAATTGATAAAATAATCGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCGAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTaa < 2:797366/141‑1 (MQ=255) aGAATTGATAAAATAATCGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCGAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTaa < 2:581517/141‑1 (MQ=255) aGAATTGATAAAATAATCGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGGGTAGCGACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCGAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTaa < 1:165273/141‑1 (MQ=255) gAATTGATAAAATAATCGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCGAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTaaa > 2:365542/1‑141 (MQ=255) aaTTGATAAAATAATCGCTACCTTCTGTTTAATATACATTGAATATAAACAGATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAg > 2:849542/1‑141 (MQ=255) aaTTGATAAAATAATCGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTTTCATAGGATTTaaat > 2:24845/1‑140 (MQ=255) atggATAAAATGACGTATAAGCTCTATGGAATATACATTGAACATAAACATATACGCTATGTCTTGAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCGAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGa < 1:1115322/138‑1 (MQ=255) aTTGATAAAATAATCGATAATATCTACGGAATATACAGTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCGAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGa < 1:1115334/141‑1 (MQ=255) ttGATAAAATAATCGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCGAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGAt < 1:570542/141‑1 (MQ=255) tGATAAAATAATCGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCGAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGAtt < 2:320627/141‑1 (MQ=255) gATAAAATAATCGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTTGAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAATATTc > 1:882604/1‑141 (MQ=255) aaaaTAATCGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATTTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGGTTCggg < 2:660544/141‑1 (MQ=255) aaaaTAATCGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCGAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCggg < 2:93706/141‑1 (MQ=255) aaaaTAATCGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCGAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCggg < 1:156430/141‑1 (MQ=255) aaaaTAATCGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCggg < 2:375322/141‑1 (MQ=255) ataatCGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCGAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCgggggc > 2:505213/1‑139 (MQ=255) ataatCGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGACATGTTTTAATCATTAGCCGGAGTGTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTc < 1:573611/141‑1 (MQ=255) aatCGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATCTGTTTTAATAATTCGAGCAATTTTGTTTTTCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCt > 1:750110/1‑141 (MQ=255) cGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATAGGATATGTCTTTAGTATTTTATCGTGTATGTATTTGTCGATATGTTTGAATAATTCGAGCAATTTTGTTTATAATAGGATTTAAAGATTAGGGGTTCTTAt > 2:343136/1‑141 (MQ=255) cGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCGAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTAt > 1:202407/1‑141 (MQ=255) cGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCGAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTAt > 1:668085/1‑141 (MQ=255) cGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACAAATACGCTCTGTCTTTCGTCCTTTATCGTGGAATTACTTGTCGAGATGGTTGAATAATTCGAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTACAGATTCGGGGTCCTTag > 1:827773/1‑140 (MQ=255) cGATAATATCTATGGAATATACATAGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCGAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTAt > 1:767522/1‑141 (MQ=255) tagaataTCTAGGTAATATACATTGAATATAAACATATACGTTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGAAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATg < 2:144176/138‑1 (MQ=255) taataTCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCGAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGa < 2:873354/141‑1 (MQ=255) tatCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCGAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGatat > 1:1072424/1‑141 (MQ=255) tCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCGAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTAGGGGTCCTTATGGATATCa > 1:262772/1‑141 (MQ=255) tATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCGAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCata < 1:1024695/141‑1 (MQ=255) tATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCata < 2:44263/141‑1 (MQ=255) aTGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTTAATAATTCGAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCatat > 2:317825/1‑141 (MQ=255) aTGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAAGTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCatat < 1:1087066/141‑1 (MQ=255) tGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCGAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATAtt < 1:936939/141‑1 (MQ=255) atatACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCGAGCAATTTTGTTTATATAAGGATTTAAAGAGTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCAtt > 1:513212/1‑141 (MQ=255) aaataCATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTATTCTTTTATCGTGTATCCACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCGAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCAtt < 1:1044798/139‑1 (MQ=255) aataAATTGAATATAAACATATACGCGATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTa < 1:87361/140‑1 (MQ=255) taCATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATCATTCGAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAat > 1:137033/1‑141 (MQ=255) aCATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCGAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAAATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCGTTAata > 1:531759/1‑141 (MQ=255) cATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAatat > 2:909737/1‑141 (MQ=255) ttGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCGAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTg > 1:13798/1‑141 (MQ=255) ataAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCGAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGt < 2:776453/141‑1 (MQ=255) aaaGATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTGTGGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCGAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTGGGGGTCCTTATGGATATCATATTAATTAATATTGATACGTaa > 2:55815/1‑140 (MQ=255) aaaCATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCGAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTAc > 2:644756/1‑141 (MQ=255) aCATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCGAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACaa > 2:611910/1‑141 (MQ=255) aCATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCGAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACaa > 1:702594/1‑141 (MQ=255) ttaggCTATGTTTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTgg < 2:32945/137‑1 (MQ=255) ataCGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTgg < 2:220548/141‑1 (MQ=255) taCGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGa > 1:650727/1‑141 (MQ=255) taCGCTATGGCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTATTTGTCGATATGTTTGAATAATTCGAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGa < 2:1127595/141‑1 (MQ=255) aCGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTATTTGTCGATATGTTTGAATAATTCGAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGAc < 2:465910/141‑1 (MQ=255) cGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCGAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACa > 2:1046045/1‑141 (MQ=255) cGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCGAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACa > 2:1165742/1‑141 (MQ=255) attgcTTCAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATACGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTCAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCACTAATATTGATACGTACAACTGGACATGCa < 1:404356/137‑1 (MQ=255) tGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACATGCAt < 1:794106/141‑1 (MQ=255) tCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCGAGCAATTTTGTTAATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACATGCATTa > 1:43061/1‑141 (MQ=255) ttAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCGAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACATGCATTAAAg < 2:1095737/141‑1 (MQ=255) ttAGTCTTTTATCGTGGATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACATGCATTAAAg < 2:829835/141‑1 (MQ=255) ttttcATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCGAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACATGCATTAAAGCTAtt < 1:200218/140‑1 (MQ=255) ttATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCGAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTGATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACATGCATTAAAGCTATTAAt > 2:1025040/1‑141 (MQ=255) ttATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACATGCATTAAAGCTATTAAt < 2:831039/141‑1 (MQ=255) ttATCGTGTATCTACTTGTCGATATGGTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACATGCATTAAAGCTATTAAt < 2:221759/141‑1 (MQ=255) tATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACATGCATTAAAGCTATTAATc < 2:2063/141‑1 (MQ=255) tCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCGAGCAATTTTATTGATCAGAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACATGCATTAAAGCTATTAATCCa > 1:629985/1‑141 (MQ=255) cGTGTATCTACTTGTCGATAAGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACATGCATTAAAGCTATTAATCCaa > 1:756614/1‑141 (MQ=255) gtgtATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCGAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACATGCATTAAAGCTATTAATCCAAt > 2:608791/1‑141 (MQ=255) gtgtATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACATGCATTAAAGCTATTAATCCAAt > 1:840124/1‑141 (MQ=255) tCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGACTTCCAAATTCGGGGTCCTAATGGATATTATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACATGCATGAAAGCTATTAATCCAATCTTCa > 1:279769/1‑141 (MQ=255) tACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCGAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACATGCATTAAAGCTATTAATCCAATCGTCATa > 2:1065096/1‑141 (MQ=255) tACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCGAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACATGCATTAAAGCTATTAATCCAATCGTCATa > 1:699633/1‑141 (MQ=255) aCTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACATGCATTAAAGCTATTAACCCAATCGTCATAg > 2:861563/1‑141 (MQ=255) cTTGTCGATATGTTTGAATAATTCGAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACATGCATTTAAGCTATTAATCCAATCGTCATAGc > 1:838606/1‑141 (MQ=255) cTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACATGCATTAAAGCTATTAATCCAATCGTCATAGc < 2:249040/141‑1 (MQ=255) ttGTCGATATGTTTGAATAATTCGAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACATGCATTAAAGCTATTAATCCAATCGTCATAGCg > 1:720323/1‑141 (MQ=255) tGTCGATATGTTTGAATAATTCGAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACATGCATTAAAGCTATTAATCCAATCGTCATAGCGt > 2:645082/1‑141 (MQ=255) gTCGATATGTTTGAATAATTCGAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACATGCATTAAAGCTATTAATCCAATCGTCATAGCGtt > 1:1018217/1‑141 (MQ=255) tCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACATGCATTAAAGCTATTAATCCAATCGTCATAGCGttt > 2:868717/1‑141 (MQ=255) tCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTACTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACATGCATTAAAGCTATTATTCCAATCGTCATAGCGttt > 2:665123/1‑141 (MQ=255) cGATATGTTTGAATAATTCGAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGAGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACATGCATTAAAGCTATTAATCCAATCGTCATAGCGTTTa > 1:996754/1‑141 (MQ=255) gATATGTTTGAATAATTCGAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACATGCATTAAAGCTATTAATCCAATCGTCATAGCGtttga > 2:967623/1‑139 (MQ=255) atGTTTGAATAATTCGAGCCATTTTGTTTATCATAGGAATTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATAGGTACAACTGGACATGCATTAAAGCTATTAATCCAATCGTCATAGCGTTTAAATa > 1:668849/1‑141 (MQ=255) atGTTTGAATAATTCGAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACATGCATTAAAGCTATTAATCCAATCGTCATAGCGTTTAAATa > 1:505296/1‑141 (MQ=255) atGTTTGAATAATTCGAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACATGCATTAAAGCTATTAATCCAATCGTCATAGCGTTTAAATa > 1:277962/1‑141 (MQ=255) tttGAATAATTCGAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCTTGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACATGCATTAAAGCTATTAATCCAATCGTCATAGCGTTTAAATAGCt < 1:811156/141‑1 (MQ=255) tttGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACATGCATTAAAGCTATTAATCCAATCGTCATAGCGTTTAAATAGCt > 1:1068109/1‑141 (MQ=255) taatTCGAGCAATTTTTTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACATGCATTAAAGCTATTAATCCAATCGTCATAGCGTTTAAATAGCTTTTTcc < 2:901498/141‑1 (MQ=255) ttCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACATGCATTAAAGCTATTAATCCAATCGTCATAGCGTTTAAATAGCTTTTTCCAGt > 2:680160/1‑141 (MQ=255) gAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACATGCATTAAAGCTATTAATCCAATCGTCATAGCGTTTAAATAGCTTTTTCCAGTAtt < 1:648934/141‑1 (MQ=255) | GTATATGTGAATTAATGTATTCGATAGAATTGATAAAATAATCGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCGAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACATGCATTAAAGCTATTAATCCAATCGTCATAGCGTTTAAATAGCTTTTTCCAGTATT > USA300TCH1516_ALE/607746‑608024 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |