| Predicted mutation | |||||||
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| RA | USA300TCH1516_ALE | 19,294 | C→T | 48.6% | T317I (ACT→ATT) | gdpP → | Cyclic‑di‑AMP phosphodiesterase GdpP |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 19,294 | 0 | C | T | 48.6% | 0.9 / 163.9 | 122 | T317I (ACT→ATT) | gdpP | Cyclic‑di‑AMP phosphodiesterase GdpP |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (36/26); new base T (32/26); total (70/52) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.54e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.49e-01 | |||||||||||
Only 100 of 123 total aligned reads displayed.
AAATTTAATCGACTTAGGTGAATTATCACAATCAGGCCTAGACTTAGCATTAGGACGCGGTGGCGACCAAGTTGCAATTAAAAGTATTAATGGTAATGTGCGTTTCTATGGCGGTAAGACTGACCCGATGGAGAAACGTACTCGTGTAAGAGCACGTGTGATCTCACATGCGTTAAAAGATATCCTTGCAGAGGGTGACAAAGTCATTATCATGGGACATAAACGTCCTGACTTAGATGCAATTGGTGCAGCAATCGGTGTGTCTAGATTTGCAATGATG > USA300TCH1516_ALE/19154‑19433 | aaaTTTAATCGACTTAGGTGAATTATCACAATCAGGCCTAGACTTAGCATTAGGACGCGGTGGCGACCAAGTTGCAATTAAAAGTATTAATGGTAATGTGCGTTTCTATGACGGTAAGACTGACCCGATGGAGAAACGTAc < 1:172787/141‑1 (MQ=255) ttAATCGTGTTAGGTGAATTATGACAATCAGGCCTAGACTTAGCAGTAGGACGCGGTGGCGACCAAGTTGCAATTAAAAGTATTAATGGTAATGTGCGTTTCTATGGCGGTGAGACTGACCCGATGGAGAAACGTACTCgt < 2:582141/141‑1 (MQ=255) aaTCGACTTAGGTGAATTATCACAATCAGGCCTAGACTTAGCATTAGGACGCGGTGGCGACCAAGTTGCAATTAAAAGTATTAATGGTAAGGTGCGTTTCTATGACGGTAAGCCTGACCCGAGGGAGAAAGGTACTctggg > 2:1114597/1‑137 (MQ=255) aaTCGACTTAGGTGAATTATCAAAATCAGGCCTAAACTTAGCATTAGGACGCGGGGGCGAACAAGTTGCAATTAAAAGTATTAGTGGTAATGTGCGTTTCTATGACGGTAGAAATGACTCGATGTAGTAGCGTCATCgtga > 2:707455/1‑140 (MQ=255) 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aCCCGATGGAGAAACGTATTCGTGTAAGAGCACGTGTGATCTCACATGCGTTAAAAGATATCCTTGCAGAGGGTGACAAAGTCATTATCATGGGACATAAACGTCCTGACTTAGATGCAATTGGTGCAGCAATCGgtgtgt > 1:189460/1‑141 (MQ=255) cGATGGAGAAACGTACTCGTGTAAGAGCACGTGTGATCTCACATGCGTTAAAAGATATCCTTGCAGAGGGTGACAAAGTCATTATCATGGGACATAAACGTCCTGACTTAGATGCAATTGGTGCAGCAATCGGTGTGTCTa > 2:702828/1‑141 (MQ=255) aTGGAGAAACGTACTCGTGTAAGAGCACGTGTGATCTCACAAGCGTTAAAAGATATCATTGCAGAGGGTGACAAAGTCATTAGCATGGGACATAAACGTCCTGACTTAGATGCAATTGGTGCAGCAATCGGCGTGTCTAGa > 1:1007820/1‑141 (MQ=255) gagaAACGTACTCGTGTAAGAGCACGTGTGATCTCACATGCGTTAAAAGGTATCCTTGCAGATGGTGACAAAGTCATTATCATGGGACATAAACGTCCTGACTTAGATGCAAATGGTGCAGAAATCGGTGTGTCTAGAttt > 2:52404/1‑141 (MQ=255) gaAACGTACTCGTGTAAGAGCACGTGTGATCTCACATGCGTTAAAAGATATCCTTGCAGAGGGTGACAAAGTCATTATCATGGGACATAAACGTCCTGACTTAGATGCAATTGGTGCAGCAATCGGTGTGTCTAGATTTGc < 2:50141/141‑1 (MQ=255) aaaCGTATTCGTGTAAGAGCACGTGTGATCTCACATGCGTTAAAAGATATCCTTGCAGAGGGGGACACAGTCATTATCATGGGACATAAACGTCCTGACTTAGATGCAATTGATGAAGCAATTGGGGTGTCACGATTTGcc > 2:390854/1‑140 (MQ=255) aCGTATTCGTGTAAGAGCACGTGTGATCTCACATGCGTTAAAAGATATCCTTGCAGAGGGTGACAAAGTCATTATCATGGGACATAAACGTCCTGACTTAGATGCAATTGGTGCAGCAATCGGTGTGTCTAGATTTGCAat > 1:449343/1‑141 (MQ=255) cGTATTCGTGTAAGAGCACGTGTGATCTCACATGCGTTAAAAGATATCCTTGCAGAGGGTGACAAAGTCATTATCATGGGACATAAACGTCCTGACTTAGATGCAATTGGTGCAGCAATCGGTGTGTCTAGATTTGCAatg > 1:441935/1‑141 (MQ=255) cGTACTCGTGTAAGAGCACGTGTGATCTCACATGCGTTAAAAGATATCCTTGCAGAGGGTGACAAAGTCATTATCATGGGACATAAACGTCCTGACTTAGATGCAATTGGTGCAGCAATCGGTGTGTCTAGATTTGCAatg < 1:803004/141‑1 (MQ=255) tACTCGTGTAAGAGCACGTGTGATCTCACATGCGTTAAAAGATATCCTTGCAGAGGGTGACAAAGTCATTATCATGGGACATAAACGTCCTGACTTAGATGCAATTGGTGCAGCAATCGGTGTGTCTAGATTTGCAatgat > 2:570814/1‑141 (MQ=255) aCTCGTGTAAGAGCACGTGTGATCTCACATGCGTTAAAAGATATCCTTGGAGAGGGTGACAAAGTCATTATCATGGGACAGAAACGTCCTGACTTAGATGCAATTGGTTCGGCAAGCGGTGTGTCTAGATTTGCAatgatg > 1:219168/1‑141 (MQ=255) | AAATTTAATCGACTTAGGTGAATTATCACAATCAGGCCTAGACTTAGCATTAGGACGCGGTGGCGACCAAGTTGCAATTAAAAGTATTAATGGTAATGTGCGTTTCTATGGCGGTAAGACTGACCCGATGGAGAAACGTACTCGTGTAAGAGCACGTGTGATCTCACATGCGTTAAAAGATATCCTTGCAGAGGGTGACAAAGTCATTATCATGGGACATAAACGTCCTGACTTAGATGCAATTGGTGCAGCAATCGGTGTGTCTAGATTTGCAATGATG > USA300TCH1516_ALE/19154‑19433 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |