| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 707,910 | A→G | 31.5% | intergenic (‑1/‑121) | znuC_1 ← / → ideR | High‑affinity zinc uptake system ATP‑binding protein ZnuC/Iron‑dependent repressor IdeR |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 707,910 | 0 | A | G | 31.5% | 146.3 / 107.4 | 127 | intergenic (‑1/‑121) | znuC_1/ideR | High‑affinity zinc uptake system ATP‑binding protein ZnuC/Iron‑dependent repressor IdeR |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (42/45); new base G (16/24); total (58/69) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.45e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.21e-01 | |||||||||||
Only 100 of 130 total aligned reads displayed.
CTTGATAAGGGAAGATTTACCAGCACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTATGTTAACTGAAGAAAAAG > USA300TCH1516_ALE/707772‑708049 | cgtGAGAAGGGAAGATTTACCAGCACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTTGCCGCGTACTGGTATCGATAACGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACg < 2:519000/139‑1 (MQ=255) gATAAGGGAAGATTTACCAGCACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAATTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGttt < 1:797823/141‑1 (MQ=255) aTAAGGGAAGATTTACCAGCACCATTCGGGCCCATGATACCAATGATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTTCATGCTTATTACCTAAAAATAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTta > 2:655757/1‑141 (MQ=255) tAAGGGAAGATTTACCAGCACCATTCGGGCCCATGCTACCAATGATGTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTtat < 1:220607/141‑1 (MQ=255) tAAGGGAAGATTTACCAGCACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTAACTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTtat < 2:491516/141‑1 (MQ=255) aaGGGAAGATGTACCAGCACCATTCGGGCCCATGATACCAATTTTTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTtata < 2:56386/141‑1 (MQ=255) aGGGAAGATTTACCAGCACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACCGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTtatcc > 2:1169415/1‑139 (MQ=255) ggAAGATTTACCAGCACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTCATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATAcct < 1:1091156/141‑1 (MQ=255) gATTTACCAGCACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTa < 1:734836/141‑1 (MQ=255) aTTTACCAGCACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCGTTTGTTTCTAACAAGCGGTTGTACCTCCTaa > 1:82166/1‑141 (MQ=255) aTTTACCAGAACCATTCGTGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTAATGGTATCTATAAAGAAATGTTTTTAAGAACATAAAAAAAACAAAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTaa < 2:458525/141‑1 (MQ=255) tttACCAGCACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAAt < 2:1136571/141‑1 (MQ=255) ttACCAGCACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAAtt > 1:1158851/1‑141 (MQ=255) tACCAGCACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTCTAACTCCTAATTa > 2:269054/1‑141 (MQ=255) ccAGGACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAATTaaa < 2:298884/141‑1 (MQ=255) gCACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGt < 1:340557/141‑1 (MQ=255) cACCATTCGGGCCCATGATCCACTTTCTTGCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGtt > 1:880658/1‑141 (MQ=255) cccATTCGGGCCCATGATTCCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGttt < 1:546608/140‑1 (MQ=255) aCCATTCGGGCCGATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACTTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACCTACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGttt > 1:617646/1‑141 (MQ=255) aTTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAgg < 1:931541/141‑1 (MQ=255) ttCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGAACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAGTTAAAAGTTTAGGc > 1:856996/1‑141 (MQ=255) tCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTAGCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCt > 1:51151/1‑141 (MQ=255) gggCCCATGATACCGATTAGTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGGACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATGCGTTTATACGTCCTAATTAACAGTTTAGGCTaa > 2:668057/1‑141 (MQ=255) ggCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAAc > 1:233126/1‑141 (MQ=255) ggCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAAc > 1:1119172/1‑141 (MQ=255) ggCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAAc > 1:1119331/1‑141 (MQ=255) gCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAAcc < 1:988515/141‑1 (MQ=255) gCCCAGGATGCCGAGTAGTGCGGCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAAGGGTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAAcc < 2:719381/141‑1 (MQ=255) caaTGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCta < 2:958328/139‑1 (MQ=255) cATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCtaa < 2:1158851/141‑1 (MQ=255) aTACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCtaattaa > 1:1148843/1‑141 (MQ=255) ccAATTATTTCGCCGGGGTCTGGTATCTATAATGAAATTTTTTTAAGGACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCACCTAACTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTg < 1:284125/141‑1 (MQ=255) attattTCTGCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGtat < 2:466988/141‑1 (MQ=255) tattTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGGTAACCTAATTAATTGTataa < 1:728584/141‑1 (MQ=255) ttCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTAtaataa > 2:1173504/1‑141 (MQ=255) ttCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATAAGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTAtaataa > 2:556635/1‑141 (MQ=255) gccgcGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACt < 2:446914/141‑1 (MQ=255) ccgcGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTg > 1:419250/1‑141 (MQ=255) cgTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTgaga < 1:995208/141‑1 (MQ=255) tACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAat < 2:419555/141‑1 (MQ=255) cTGGTATCGATAAGGTAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTAGACTAAACTGAGAatat < 1:658382/141‑1 (MQ=255) ggTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATAttt > 1:451973/1‑141 (MQ=255) ggTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATAttt < 2:960743/141‑1 (MQ=255) ggTATCCATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGAAAAAAAAAAAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATAttt < 2:960987/141‑1 (MQ=255) aTCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATc < 2:1119172/141‑1 (MQ=255) aTCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATc < 2:1119331/141‑1 (MQ=255) gATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATg < 2:687581/141‑1 (MQ=255) gATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATg < 2:135098/141‑1 (MQ=255) aaGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCa < 2:291379/141‑1 (MQ=255) ggAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAATACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTAATAATTAAAAGTTTATGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTTAAg < 2:877/141‑1 (MQ=255) ggAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAg < 1:35093/141‑1 (MQ=255) gAAATGTTCTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTAAAGt > 2:889206/1‑141 (MQ=255) aaaTGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTa < 2:601038/141‑1 (MQ=255) aaaTGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTa < 2:880658/141‑1 (MQ=255) aaTGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATTATGTCAAGTaa > 1:960154/1‑141 (MQ=255) aTGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATACACGGAGAATATTTATCATTTCAAGTaaa > 1:211348/1‑141 (MQ=255) aTGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTaaa < 2:1022251/141‑1 (MQ=255) tttAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTCAGGATAACCTAATTAATTGTATACTAAACTGAGTATATGTATCAAGACAAGTAAAttatt > 2:1086535/1‑138 (MQ=255) tttAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTGATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACGGGGAATATTTATCATTTCAAGTAATTTTGt > 2:719160/1‑141 (MQ=255) tttAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGt > 2:760396/1‑141 (MQ=255) tttAAGTACAGGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTGGt > 2:734325/1‑141 (MQ=255) ttAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTg < 1:703445/141‑1 (MQ=255) aaGTACCTTCTTTGTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTTTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGGTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGat < 2:703821/141‑1 (MQ=255) aaGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGat < 2:222872/141‑1 (MQ=255) aCATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAGTTCGTGatataa > 1:910088/1‑141 (MQ=255) tGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGatataatat < 1:906019/141‑1 (MQ=255) ttaCCTAAAAACGGAGTTACATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTTTAATAAACTGAAAATATTTATCATGTCAAGTAAATACGATAATTAATGTAGACaa > 2:437116/1‑141 (MQ=255) ttaCCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACaa < 1:1076169/141‑1 (MQ=255) ttaACTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGGGATATAATATAGACaa > 2:1036480/1‑141 (MQ=255) ccTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAatgt > 2:762528/1‑141 (MQ=255) cTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAATCAATTCTTGATGTAATATAGACAattta > 1:268958/1‑141 (MQ=255) cTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGCAATGAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAatgta > 1:285443/1‑141 (MQ=255) aaaaCAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAatgtatgt > 1:892869/1‑141 (MQ=255) aaCAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTGTAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGa > 2:940350/1‑141 (MQ=255) aaCAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGa > 2:977372/1‑141 (MQ=255) aaCAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGa > 1:107378/1‑141 (MQ=255) aaCAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAAAGTATgaga > 1:193307/1‑141 (MQ=255) cAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAgg < 1:918845/141‑1 (MQ=255) gATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAgggt > 1:367869/1‑139 (MQ=255) gATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAgggg > 2:827098/1‑139 (MQ=255) aTTTAAATTTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTTCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGa < 2:481738/141‑1 (MQ=255) ttAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAGTAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGaaa < 2:1199864/141‑1 (MQ=255) ttAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGaaa < 2:419250/141‑1 (MQ=255) aaaTCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGTTATAATATAGGCAACGTATGTGGGGTGAAGGt > 2:280016/1‑141 (MQ=255) aaTCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTa > 2:17862/1‑141 (MQ=255) tCTTTTGTTTCTAATAAGCGCTTATACCTTCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCACGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTATg < 2:32842/141‑1 (MQ=255) tCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAATCAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTACTTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATCCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTATg < 1:9619/141‑1 (MQ=255) tCTTTTGGTTCTAACCAGCTTTTATAACTCCTAACTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTATg < 1:960990/141‑1 (MQ=255) tttGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTGATTGTGTAATAAACTGAGAATATTTATCATGTGAAGTAAATTGGTGATATAATATAGACAATGTATGGGAGGTGAAAGTGTGTTa > 1:22822/1‑141 (MQ=255) ttttCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCATGATATAATATAGACAATGTATGTCAGGTGAAAGTATGTTAACt < 1:655757/140‑1 (MQ=255) gTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGTGGTGAAAGTATGTTAACt > 2:921146/1‑141 (MQ=255) gTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTATGTTAACt > 1:1031223/1‑141 (MQ=255) ttCTAGCATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTATGTTAACTga < 2:501978/141‑1 (MQ=255) ttCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTATGTTAACTga < 2:767061/141‑1 (MQ=255) ttCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTATGTTAACTga < 2:501971/141‑1 (MQ=255) tgcTAGCATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTATGTTAACTga < 1:1166910/139‑1 (MQ=255) tCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATTAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGCGAGGTGAAAGTATGTTAACTgaa < 2:856996/141‑1 (MQ=255) aaCATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTATGTTAACTgaagaa < 1:833123/141‑1 (MQ=255) taCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTATGTTAACTGCAGaaaacg > 2:351353/2‑139 (MQ=255) taCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTATGTTAACTGAAGAAAAag > 2:824765/2‑141 (MQ=255) | CTTGATAAGGGAAGATTTACCAGCACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTATGTTAACTGAAGAAAAAG > USA300TCH1516_ALE/707772‑708049 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |