| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,151,773 | T→C | 5.2% | I7T (ATC→ACC) | polX → | DNA polymerase/3'‑5' exonuclease PolX |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,151,773 | 0 | T | C | 5.2% | 314.9 / 5.8 | 108 | I7T (ATC→ACC) | polX | DNA polymerase/3'‑5' exonuclease PolX |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (58/44); new base C (3/3); total (61/47) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.57e-01 | |||||||||||
Only 100 of 109 total aligned reads displayed.
ATTGATTTTTCACATCCCATATTTATCGGCTTTCACCATTAATTTATA‑AATTATCATAAGAGGTCAGGACAAAGGTATATATTAATGATACGTCCTGGTCTTCTTTTTATGGAGTGTTATTATGACAAAAAAAGATGTTATCAAACTATTAGAACAAATTGCTACTTATATGGAATTAAAAGGGGAAAATACTTTTAAAATATCAGCGTATCGAAAAGCAGCTCAAAGTCTTGAATTAGATGAACGACCATTAGATGAAATATCTGATGTAACGGAGTTA > USA300TCH1516_ALE/1151633‑1151912 | attGATTTTTCACATCCCATATTTATCGGCTTTCACCATTAATTTATA‑AATTATCATAAGAGGTCAGGACAAAGGTATATATTAATGATACGTCCTGGTCTTCTTTTTATGGAGTGTTATTATGACAAAAAAAGATGTTAt > 1:565498/1‑141 (MQ=255) ttGATTTTTCACATCCCATATTTATCGGCTTTCACCATTAATTTATA‑AATTATCATAAGAGGTCAGGACAAAGGTATATATTAATGATACGTCCTGGTCTTCTTTTTATGGAGTGTTATTATGACAAAAAAAGATGTTATc < 1:929385/141‑1 (MQ=255) ttGATTTTTCACATCCCATATTTATCGGCTTTCACCATTAATTTATA‑AATTATCATAAGAGGTCAGGACAAAGGTATATATTAATGATACGTCCTGGTCTTCTTTTTATGGAGTGTTATTATGACAAAAAAAGATGTTATc < 1:1098147/141‑1 (MQ=255) gATTTTTCACATCCCATATTTATCGGCTTTCACCATTAATTTATA‑AATTATCATAAGAGGTCAGGACAAAGGTATATATTAATGATACGTCCTGGTCTTCTTTTTATGGAGTGTTATTATGACAAAAATAGATGTTATCaa < 1:845715/141‑1 (MQ=255) aTTTTTCTAATCCCATATTTATCGGCTTTCACCCTTAATTCATACCACCAACA‑CTGGCCTGCGTACAAGTGTATATCTTAATGTTACTTGCTGGTCTGCTTTTTATGGAGTGTTATTATGACAAAAAAAGATGTTATCaaa < 2:1150328/141‑1 (MQ=255) tttttCACCTCCCATATTTATCGGCTTTCACCATTAATTTATA‑AATTATCATAAGAGGTCAGGACAAAGGTATATATTAATGATACGTCCTGGTCTTCTTTTTATGGAGTGTTATTATGACAAAAAAAGATGTTATCAAAc < 1:303266/141‑1 (MQ=255) tttttCACATCCCATATTTATCGGCTTTCACCATTAATTTATA‑AATTATCATAAGAGGTCAGGACAAAGGTATATATTAATGATACGTCCTGGTCTTCTTTTTATGGAGTGTTATTATGACAAAAAAAGATGTTATCAAAc < 1:303256/141‑1 (MQ=255) ttttCACATCCCATATTTATCGGCTTTCACCATTAATTTATA‑AATTATCATAAGAGGTCAGGACAAAGGTATATATTAATGATACGTCCTGGTATTCTTTTTATGGAGTGTTATTATGACAAAAAAAGATGTTATCACACt > 1:1015026/1‑141 (MQ=255) tCACATCCCATATTTATCGGCTTTCACCATTCATTTATA‑AATTATCATAAGAGGTATGGTCAAAGGTATATATTAATGATACGTCCTGGTCGTCTTTTTGTGGAAGGTTATTATGTGAAAAAATGATGTTATCAACCTCtt > 2:191741/1‑141 (MQ=255) tCACATCCCATATTTATCGGCTTTCACCATTAATTTATA‑AATTATCATAAGAGGTCAGGACAAAGGTATATATTAATGATACGTCCTGGTCTTCTTTTTATGTAGTGTTATTATGACAAAAAAAGATGTTATCAAACTAtt > 2:907/1‑141 (MQ=255) tCACATCCCATATTTATCGGCTTTCACCATTAATTTATA‑AATTATCATAAGAGGTCAGGACAAAGGTATATATTAATGATACGTCCTGGTCTTCTTTTTATGGGGTGTTATTATTCTAAAAAAAGATGTTATAAACCTAtt > 1:240478/1‑141 (MQ=255) tCACATCCCATATTTATCGGCTTTCACCATTAATTTATA‑AATTATCATAAGAGGTCAGGACAAAGGTATATATTAATGATACGTCCTGGTCTTCTTTTTATGGAGTGTTATTATGACAAAAAAAGATGTTATCAAACTAtt > 1:436394/1‑141 (MQ=255) tCACATCCCATATTTATCGGCTTTCACCATTAATTTATA‑AATTATCATAAGAGGTCAGGACAAAGGTATATATTAATGATACGTCCTGGTCTTCTTTTTATGGAGTGTTATTATGACAAAAAAAGATGTTATCAAACTAtt > 1:977232/1‑141 (MQ=255) cacaTCCCATATTTATCGGCTTTCACCATTAATTTATA‑AATTATCATAAGAGGTCAGGACAAAGGTATATATTAATGATACGTCCTGGTCTTCTTTTTATGGAGTGTTATTATGACAAAAAAAGATGTTATCAAACTATTa > 2:164572/1‑141 (MQ=255) cacaTCCCATATTTATCGGCTTTCACCATTAATTTATA‑AATTATCATAAGAGGTCAGGACAAAGGTATATATTAATGATACGTCCTGGTCTTCTTTTTATGGAGTGTTATTATGACAAAAAAAGATGTTATCAAACTATTa > 1:1106168/1‑141 (MQ=255) caTCCCCTATTTATCGGCTTTCACCATTAATTTATA‑AATTATCATAAGAGGTCAGGACAAAGGTATATATTAATGATACGTCCTGGTCTTCTTTTTATGGAGTGTTATTATGACAAAAAAAGATGTTATCAAACTATTAGa < 1:1101698/141‑1 (MQ=255) cccATATTTATCGGCTTTCACCATTAATTTATA‑AATTATCATAAGAGGTCAGGACAACGGTCTATAGGAATGATACGTCCTGGTCTTCTTTTTATGGAGTGTTATTATGACAAAAAAAGATGTTATCAAACTATTAGAACa < 1:1177958/141‑1 (MQ=255) cccATATTTATCGGCTTTCACCATTAATTTATA‑AATTATCATAAGAGGTCAGGACAAAGGTATATATTAATGATACGTCCTGGTCTTCTTTTTATGGAGTGTTATTATGACAAAAAAAGATGTTATCAAACTATTAGAACa > 2:45456/1‑141 (MQ=255) ccATATTTATCGGCTTTCACCATTAATTTATA‑ACTTCTCATAAGAGGTCAGGCAACAGGTATAAATTAATGATACTTGCTGGGCGTGGTTTTGTGGAGGGGTATTATGACAAAAAAAGATGTTATCAAACTATTAGAACaa < 1:529381/141‑1 (MQ=255) ccATATTTATCGGCTTTCACCATTAATTTATA‑AATTATCATAAGAGGTCAGGACAAAGGTATATATTAATGATACGTCCTGGTCTTCTTTTTATGGAGTGTTATTATGACAAAAAAAGATGTTATCAAACTATTAGAACaa > 1:994825/1‑141 (MQ=255) ttATCGGCTTTCACCATTAATTTATA‑AATTATCATAAGAGGTCAGGACAAAGGTATATATTAATGATACGTCCTGGTCTTCTTTTTATGGAGTGTTATTATGTCGAAAAAAGATGTTATCAAACTATTAGAACAAATTGCt > 2:777322/1‑141 (MQ=255) tCGGCTTTCACCATTAATTTATA‑AATTATCATAAGAGGTCAGGACAAAGGTATATATTAATGATACGTCCTGGTCTTATTTTTATGGAGTGTTATTATGACAAAAAAAGATGTTATCAAACTATTAGAACAAATTGCTACt > 1:809157/1‑141 (MQ=255) ggCTTTCACCATTAATTTATA‑AATTATCATAAGAGGTCAGGACAAAGGTATATATTAATGATACGTCCTGGTCTTCTTTTTATGGAGTGTTATTATGACAAAAAAAGATGTTATCAAACTATTAGAACAAATTGGTACTta > 1:1106034/1‑141 (MQ=255) gCTTTCAACCTTAATTTATA‑AATTATCATAAGAGGTCAGGACAAAGGTATATATTAATGATACGTCCTGGTCTTCTTTTTATGGAGTGTTATTATGACAAAAAAAGCTGTTATCAAACTATTAGAACAAATTACTACTtat > 2:732960/1‑141 (MQ=255) cTTTCACCATTAATTTATA‑AATTATCATAAGAGGTCAGGACAGAGTTATGTATTAATGATACGTCCTGGTCTTCTTTTTATGGAGTGTTATTATGACAAAAAAAGATGTTATCAAACTATTAGAACAAATTGCTACTtata > 1:40674/1‑141 (MQ=255) cTTTCACCATTAATTTATA‑AATTATCATAAGAGGTCAGGACAAAGGTATATATTAATGATACGTCCTGGTCTTCTTTTTATGGAGTGTTATTATGACAAAAAAAGATGTTATCAACCTATTAGAACAAATTGCTACTtata > 2:161697/1‑141 (MQ=255) cTTTCACCATTAATTTATA‑AATTATCATAAGAGGTCAGGACAAAGGTATATATTAATGATACGTCCTGGTCTTCTTTTTATGGAGTGTTATTATGACAAAAAAAGATGTTATCAAACTATTTGAATAAATTGCTACTtatt > 2:461864/1‑140 (MQ=255) cTTTCACCATTAATTTATA‑AATTATCATAAGAGGTCAGGACAAAGGTATATATTAATGATACGTCCTGGTCTTCTTTTTATGGAGTGTTATTATGACAAAAAAAGATGTTATCAAACTATTAGAACAAATTGCTACTtata > 1:173571/1‑141 (MQ=255) cTTTCACCATTAATTTATA‑AATTATCATAAGAGGTCAGGACAAAGGTATATATTAATGATACGTCCTGGTCTTCTTTTTATGGAGTGTTATTATGACAAAAAAAGATGTTATCAAACTATTAGAACAAATTGCTACTtata > 2:1138888/1‑141 (MQ=255) ttCACCATTAATTTATA‑AATTATCATAAGAGGTCAGGACAAAGGTATATATTAATGATACGTCCTGGTCTTCTTTTTATGGAGTGTTATTATGACAAAAAAAGATGTTATCAAACTATTAGAACAAATTGCTACTTATATg < 1:955104/141‑1 (MQ=255) ttCACCATTAATTTATA‑AATTATCATAAGAGGTCAGGACAAAGGTATATATTAATGATACGTCCTGGTCTTCTTTTTATGGAGTGTTATTATGACAAAAAAAGATGTTACCAAACTATTAGAACAAATTGCTACTTATATg > 2:1098921/1‑141 (MQ=255) ttaCCATTATTTTATA‑AATTATCATAAGGGGTCAGGACAAAGGTATATATTAATGATACGTCCTGGTCTTCTTTTTATGGAGTGTTATTATGACAAAAAAAGATGTTATCAAACTATTAGAACAAATTGCTACTTATATgg < 1:339051/139‑1 (MQ=255) aTTAATTTATA‑AATTATCATAAGAGGTCAGGACAAAGGTATATATTAATGATACGTCCTGGTCTTCTTTTTATGGAGTGTTATTATGACAAAAAAAGATGTTATCAAACTATTAGAACAAATTGCTACTTATATGGAATTa > 2:229690/1‑141 (MQ=255) aTTAATTTATA‑AATTATCATAAGAGGTCAGGACAAAGGTATATATTAATGATACGTCCTGGTCTTCTTTTTATGGAGGGTTATTATGACAAAAAAAGATGTTATCAAACTATTAGAACAAATTGCTACTTATATGGAATTa > 2:1178279/1‑141 (MQ=255) ttAATTTATA‑AATTATCATAAGAGGTCAGGACAAAGGTATATATTAATGATACGTCCTGGTCTTCTTTTTATGGAGTGTTATTATGACAAAAAAAGATGTTATCAAACTATTAGAACAAATTGCTACTTATATGGAATTaa < 1:179918/141‑1 (MQ=255) tAATTTATA‑AATTATCATAAGAGGTCAGGACAAAGGTATATATTAATGATACGTCCTGGTCTTCTTTTTATGGAGTGTTATTATGACAAAAGAAGATGTTATCAAACTATTAGAACAAATTGCTACTTATATGGAGTTaaa > 1:95053/1‑141 (MQ=255) ata‑AGTGATCAGGAGGGGGCAGGACAAGGGGTTATATTAAGGATACGTCCGGGTCTTCTTTTTAGGGAGTGTCATTATGGCAAAAAAAGATGTTATCAAACTATTAGAACAAATTGCTACTTAGATGGAATTAAAAGGGGa < 2:50631/141‑1 (MQ=255) aaTTATCATAAGAGGTCAGGACAAAGGTATATATTAATGATACGTCCTGGTCTTCTTTTTATGGAGTGTTATTATGACAAAAAAAGATGTTATCAAACTATTAGAACAAATTGCTACTTATATGGAATTAAAAGGGGaaaa < 2:313109/141‑1 (MQ=255) aTTATCATAAGAGGTCAGGACAAAGGTATATATTAATGATACGTCCTGGTCTTCTTTTTATGGAGTGTTATTATGACAAAAAAAGATGTTATCAAACTATTAGAACAAATTGCTACTTATATGGAATTAAAAGGGGAAAAt < 2:195341/141‑1 (MQ=255) aTTATCAGAAGCGGTTAGGATAAAGGTATATATTAATGATACGTCCTTGTCTTCTTTTTATGGAGTGTTATTATGACAAAAAAAGATGTTATCAAACTATTAGAACAAATTGCTACTTATATGGAATTAAAAGGGGAAAAt < 2:705748/141‑1 (MQ=255) ttATCATAAGAGGTCAGGACAAAGGTATATATTAATGATACGTCCTGGTCTTCTTTTTATGGAGTGTTATTATGACAAAAAAAGATGTTATCAAACTATTAGAACAAATTGCTACTTATATGGAATTAAAAGGGGAAAATa < 1:1062398/141‑1 (MQ=255) tATGATAAGAGGTCAGGATAAAAGTATATATTAATGATAAGTCTTTGTTTTATTTTTATGGATTGTTATTATGTCAAAAAGAGAGGTTATCAAGCTATTAGAACAAATTGCTACTTATATGGAATTAAAAGGGGAAAATAc < 2:400068/141‑1 (MQ=255) aTCAGAAGAGGTCAGGACAAAGGTATATATTAATGATACGTCCTGGTCTTCTTTTTATGGAGTGAAAAAAAAAAAAAAAAAGATGTTATCAAACTATTAGAACAAATTGCTACTTATATGGAATTAAAAGGGGAAAATACt < 2:1001916/141‑1 (MQ=255) cATAAGAGGTCAGGACAAAGGTATATATTAATGATACGTCCTGGTCTTCTTTTTATGGAGTGTTATTATGACAAAAAAAGATGTTATCAAACTATTAGAACAAATTGCTACTTATATGGAATTAAAAGGGGAAAATACttt > 1:659322/1‑141 (MQ=255) aTAAGAGGTCAGGACAAAGGTATATATTAATGATACGTCCTGGTCTTCTTTTTATGGAGTGTTATTATGACAAAAAAAGATGTTCCCAAACTATTAGAACAAATTGCTACTTATATGGAATTAAAAGGGGAAAATACtttt < 2:69199/141‑1 (MQ=255) agagGTCAGGACAAAGGTATATATTAATGATACGTCCTGGTCTTCTTTTTATGGAGTGTTATTATGACAAAAAAAGATGTTATCAAACTATTAGAACAAATTGCTACTTATATGGAATTAAAAGGGGAAAATACTTTTaaa > 1:734786/1‑141 (MQ=255) agGTCAGGACAAAGGTATATATTAATGATACGTCCTGGTCTTCTTTTTATGGAGTGTTATTATGACAAAAAAAGATGTTATCAAACTATTAGAACAAATTGCTACTTATATGGAATTAAAAGGGGAAAATACTTTTAAAat < 2:977503/141‑1 (MQ=255) ggTCAGGACAAAGGTATATATTAATGATACGTCCTGGTCTTCTTTTTATGGAGTGTTATTATGACAAAAAAAGATGTTATCAAACTATTAGAACAAATTGCTACTTATATGGAATTAAAAGGGGAAAATACTTTTAAAata < 1:95368/141‑1 (MQ=255) gTCAGGACAAAGGTATATATTAATGATACGTCCTGGTCTTCTTTTTATGGAGTGTTATTATGACAAAAAAAGATGTTATCAAACTATTAGAACAAATTGCTACTTATATGGAATTAAAAGGGGAAAATACTTTTAAAatat > 2:923413/1‑141 (MQ=255) gTCAGGACAAAGGTATATATTAATGATACGTCCTGGTCTTCTTTTTATGGAGTGTTATTATGACAAAAAAAGATGTTATCAAACTATTAGAACAAATTGCTACTTATATGGAATTAAAAGGGGAAAATACTTTTAAAaaat > 2:680245/1‑141 (MQ=255) ggACAAAGGTATATATTAATGATACGTCCTGGTCTTCTTTTTATGGAGTGTTATTATGACAAAAAAAGATGTTATCAAACTATTAGAACAAATTGCTACTTATATGGAATTGAAAGGGGAAAATACTTTTAAAATAACAGc > 2:42652/1‑141 (MQ=255) gACAAAGGTATATATTAATGAGACGTCCTGGTCGTCTTTTTATGGAGTGTTATTATGACAAAAAAAGATGTTATCAAACTATTAAAACAAATTGCTACTTATATGGAATTAAAAGGGGAAAATACTTTTAAAATATCAGCg < 1:907930/141‑1 (MQ=255) aCAAAGGTATATATTAATGATACGTCCTGGTCTTCTTTTTATGGAGTGTTATTATGACAAAAAAAGATGTTATCAAACTATTAGAACAAATTGCTACTTATATGGAATTAAAAGGGGAAAATACTTTTAAAATATCAGCga > 1:200607/1‑140 (MQ=255) aCAAAGGTATATATTAATGATACGTCCTGGTCTTCTTTTTATGGAGTGTTATTATGACAAAAAAAGATGTTATCAAACTATTAGAACAAATTGCTACTTATATGGAATTAAAAGGGGAAAATACTTTTAAAATATCAGCGt > 1:675565/1‑141 (MQ=255) atatatTAATGATACGTCCTGGTCTTCTTTTTATGGAGTGTTATCATGACAAAAAAAGATGTTATCAAACTATTAGAACAAATTGCTACTTATATGGAATTAAAAGGGGAAAATCATTTTAAAAAATCAGAGTATCGaaaa > 2:639095/1‑141 (MQ=255) tatatTAATGATACGTCCTGGTCTTCTTTTTATGGAGTGTTATTATGACAAAAAAAGATGTTATCAAACTATTAGAACAAATTGCTACTTATATGGAATTAAAAGGGGAAAATACTTTTAAAATATCAGCGTATCGAAAag < 1:307451/141‑1 (MQ=255) ttAATGATACGTCCTGGTCTTCTTTTTATGGAGTGTTATTATGACAAAAAAAGATGTTATCAAACTATTAGAACAAATTGCTACTTATATGGAATTAAAAGGGGAAAATACTTTTAAAATATCAGCGTATCGAAAagcagc < 2:240478/141‑1 (MQ=255) aaTGATACGTCCTGGTCTTCTTTTTATGGAGTGTTATTATGACAAAAAAAGATGTTATCAAACTATTAGAACAAATTGCTACTTATATGGAATTAAAAGGGGAAAATACTTTTAAAATATCAGCGTATCGAAAAGCAGCTc > 1:833915/1‑141 (MQ=255) tGATTCGTCCTGGTCTTCTTTTTATGGAGTGTTATTATGACAAAAAAAGATGTTATCAAACTATTAGAACAAATTGCTACTTATATGGAATTAAAAGGGGAAAATACTTTTAAAATTTCAGCGTATCGAAAAGCAGCTCaa < 1:766078/141‑1 (MQ=255) tGATACGTCCTGGTCTTCTTTTTATGGAGTGTTAATATGACAAAAAAAGATGTTATCAAACTATTAGAACAAATTGCTACTTATATGGAATTAAAAGGGGAAAATACTTTTAAAATATCAGCGTATCGAAAAGCAGCTCaa < 1:1041948/141‑1 (MQ=255) gATACGTCCTGGTCTTCTTTTTATGGAGTGTTATTATGACAAAAAAAGATGTTATCAAACTATTAGAACAAATTGCTACTTATATGGAATTAAAAGGGGAAAATACTTTTAAAATATCAGCGTATCGAAAAGCAGCTCaaa < 1:410050/141‑1 (MQ=255) aTACGTCCTGGTCTTCTTTTTATGGAGTGTTATTATGACAAAAAAAGATGTTATCAAACTATTAGAACAAATTGCTACTTATATGGAATTAAAAGGGGAAAATACTTTTAAAATATCAGCGTATCGAAAAGCAGCTCAAAg > 1:442621/1‑141 (MQ=255) cGTCCTGGTCTTCTTTTTATGGAGTGTTATTATGACAAAAAAAGATGTTATCAAACTATTAGAACAAATTGCTACTTATATGGAATTAAAAGGGGAAAATACTTTTAAAATATCAGCGTATCGATAAGCAGCTCAAAGTCt > 1:644965/1‑141 (MQ=255) cGTCCTGGTCTTCTTTTTATGGAGTGTTATTATGACAAAAAAAGATGTTATCAAACTATTAGAACAAATTGCTACTTATATGGAATTAAAAGGGGAAAATACTTTTAAAATATCAGCGTATCGAAAAGCAGCTCGAAGTCt > 1:55350/1‑141 (MQ=255) cGTCCTGGTCTTCTTTTTATGGAGTGTTATTATGACAAAAAAAGATGTTATCAAACGATTAGAACAAATTGCTACTTATATGGAATTAAAAGGGGACAATACTTTTAAAATATCAGCGTCTCGAAAAGCAGCCCAAAGTCt > 1:107034/1‑141 (MQ=255) gTCCTGGTCTTCTTTTTATGGAGTGTTATTATGACAAAAAAAGATGTTATCAAACTATTAGAACAAATTGCTACTTATATGGAATTAAAAGGGGAAAATACTTTTAAAATATCAGCGTATCGAAAAGCAGCTCAAAGTCtt > 1:974424/1‑141 (MQ=255) tCCTGGTCTTCTTTTTATGGAGTGTTATTATGACAAAAAAAGATGTTATCAAACTATTAGAACAAATTGCTACTTATATGGAATTAAAAGGGGAAAATACTTTTAAAATATCAGCGTATCGAAAAGCAGCTCAAAGTCTTg < 2:928143/141‑1 (MQ=255) ccTGGTCTTCTTTTTATGGAGTGTTATTATGACAAAAAAAGATGTTATCAAACTATTAGAACAAATTGCTACTTATATGGAATTAAAAGGGGAAAATACTTTTAAAATATCAGCGTATCGAAAAGCAGCTCAAAGTCTTGa > 1:141685/1‑141 (MQ=255) tGGTCTTCTTTTTATGGAGTGTTATTATGACAAAAAAAGATGTTATCAAACTATTAGAACAAATTGCTACTTATATGGAATTAAAAGGGGAAAATACTTTTAAAATATCAGCGTATCGAAAAGCAGCTCAAAGTCTTGAAt > 1:696974/1‑141 (MQ=255) ggTCTTCTTTTTATGGAGTGTTATTATGACAAAAAAAGATGTTATCAAACTATTAGAACAAATTGCTACTTATATGGAATTAAAAGGGGAAAATACTTTTAAAATATCAGCGTATCGAAAAGCAGCTCAAAGTCTTGAAtt > 1:17317/1‑141 (MQ=255) gTCTTCTTTTTATGGAGTGTTATTATGACAAAAAAAGATGTTATCAAACTATTAGAACAAATTGCTACTTATATGGAATTAAAAGGGGAAAATACTTTTAAAATATCAGCGTATCGAAAAGCAGCTCAAAGTCTTGAATTa < 1:796034/141‑1 (MQ=255) gTCTTCTTTTTATGGAGTGTTATTATGACAAAAAAAGATGTTATCAAACTATTAGAACAAATTGCTACTTATATGGAATTAAAAGGGGAAAATAC‑TTTAAAATATCAGCGTATCGAAAAGCAGCTCAAAGTCTTGAATTAg > 2:85019/1‑141 (MQ=255) tttcttTTTATGGAGTGTTATTATGACAAAAAAAGATGTTATCAAACTATTAGAACAAATTGCTACTTATATGGACTTAAACGGGGAAAATAATTTTACAATATCCGAGTATCGAAAAGCAGCTCAAAGTCTTGAATTAGa < 2:1002530/140‑1 (MQ=255) tcttTTTATGGAGTGTTATTATGACAAAAAAAGATGTTATCAAACTATTAGAACAAATTGCTACTTATATAGAATTAAAAGGGGAAAATACTTTTAAAATATAAGCGTATCGAAAAGCAGCTCAAAGTCGTGAATTAGATg > 1:499477/1‑141 (MQ=255) ttttATGGGGTGTTATTATGACAAAAAAAGATGTTATCAAACTATTAGAACAAATTGCTACTTATATGGAATTAAAAGGGGAAAATACTTTTAAAATATCAGCGTATCGAAAAGCAGCTCAAAGTCTTGAATTAGATGAAc < 1:586838/141‑1 (MQ=255) tttATGGAGTGTTATTATGACAAAAAAAGATGTTATCAAACTATTAGAACAAATTGCTACTTATATGGAATTAAAAGGGGAAAATACTTTTAAAATATCAGCGTATCGAAAAGCAGCTCAAAGTCTTGAATTAGATGAACg < 1:71440/141‑1 (MQ=255) ttattaTGACAAAAAAAGATGTTATCAAACTATTAGAACAAATTGCTACTTATATGGAATTAAAAGGGGAAAATACTTTTAAAATATCAGCGTATCGAAAAGCAGCTCAAAGTCTTGAATTAGATGAACGACCATTAGATg < 1:213040/141‑1 (MQ=255) attatGACAAAAAAAGCTGTTATCAAACTATCAGAACAAATTGCAACTTATACGGAACTAAAAGGGGAAAAAACCTTTAAAATATCAGCGTATCGAAAAGCAGCCCAAAGTCTTGAATTAGATGAACGACCATTAGATGaa > 2:343538/1‑141 (MQ=255) attatGACAAAAAAAGATGTTATCAAACTATTAGAACAAATTGCTACTTATATGGAATTAAAAGGGGAAAATACTTTTAAAATATCAGCGTATCGAAAAGCAGCTCAAAGTCTTGAATTAGATGAACGACCATTAGATGaa > 1:422705/1‑141 (MQ=255) attatGACAAAAAAAGATGTTATCAAACTATTAGAACAAATTGCTACTTATATGGAATTAAAAGGGGAAAATACTTTTAAAATATCAGCGTATCGAAAAGCAGCTCAAAGTCTTGAATTAGATGAACGACCATTAGATGaa > 1:464844/1‑141 (MQ=255) attatGACAAAAAAAGATGTTATCAAACTATTAGAACAAATTGCTACTTATATGGAATTAAAAGGGGAAAATACTTTTAAAATATCAGCGTATCGAAAAGCAGCTCAAAGTCTTGAATTAGATGAACGACCATTAGATGaa > 1:760673/1‑141 (MQ=255) atGACAAAAAAAGATGTTATCAAACTATTAGAACAAATTGCTACTTATATGGAATTAAAAGGGGAAAATACTTTTAAAATATCAGCGTATCGAAAAGCAGCTCAAAGTCTTGAATTAGATGAACGACCATTAGATGAAata > 1:120137/1‑141 (MQ=255) atGACAAAAAAAGATGTTATCAAACTATTAGAACAAATTGCTACTTATATGGAATTAAAAGGGGAAAATACTTTTAAAATATCAGCGTATCGAAAAGCAGCTCAAAGTCTTGAATTAGATGAACAACCATTAGATGAAata > 1:679045/1‑141 (MQ=255) atGACAAAAAAAGATGTTATCAAACTATTAGAACAAATTGCTACTTATATGGAATTAAAAGGGGAAAATAC‑TTTAAAATATCAGCGTATCGAAAAGCAGCTCAAAGTCTTGAATTAGATGAACGACCATTAGATGAAatat < 1:85019/141‑1 (MQ=255) cAAAAAAAGATGTTATCAAACTATTAGAACAAATTGCTACTTATATGGAATTAAAAGGGGAAAATACTTTTAAAATATCAGCATATCGAAAAGCAGCTCAAAGTCTTGAATTAGATGAACGACCATTAGATGGAATAGCTg > 2:538300/1‑141 (MQ=255) aaaaaaaaGATGTTATCAAACTATTAGAACAAATTGCTACTTATATGGAATTAAAAGGGGAAAATACTTTTAAAATATCAGCGTATCGAAAAGCAGCTCAAAGTCTTGAATTAGATGAACGACCATTAGATGAAATATCTg < 2:565498/140‑1 (MQ=255) aaaaaaaGATGTTACCAAACTATTAGAACAAATTGCTACTTATATGGAATTAAAAGGGGAAAATACTTTTAAAATATCAGCGTATCGAAAAGCAGCTCAAAGTCTTGAATTAGATGAACGACCATTAGATGAAATATCTGa < 1:1098921/141‑1 (MQ=255) aaaaGATGTTATCAAACTATTAGAACAAATTGCTACTTATATGGAATTAAAAGGGGAAAATACTTTTAAAATATCAGCGTATCGAAAAGCAGCTCAAAGTCTTGAATTAGATGAACGACCATTAGATGAACTATCTGATGt > 1:379539/1‑141 (MQ=255) gATGTTATCAAACTATTAGAACAAATTGCTACTTATATGGAATTAAAAGGGGAAAATACTTTTAAAATATCAGCGTATCGAAAAGCAGCTCAAAGTCTTGAATTAGATGAACGACCATTAGATGAAATATCTGATGTAACg < 1:1109479/141‑1 (MQ=255) gtGTTATCAAACTATTAGAACAAATTGCTACTTATATGGAATTAAAAGGGGAAAATACTTTTAAAATATCAGCGTATCGAAAAGCAGCTCAAAGTCTTGAATTAGATGAACGACCATTAGATGAAATATCTGATGTAACgg < 2:1015026/140‑1 (MQ=255) aTGTTATCAAACTATTAGAACAAATTGCTACTTATATGGAATTAACGCGCTACAATACTTGTAAAATATCAGCGTATCGAAAAGCAGCTCAAAGGCGTGAAGTAGATGAACGACCGTTAGATGAAATATCTGATGTAACgg > 1:399004/1‑141 (MQ=255) aTGTTATCAAACTATTAGAACAAATTGCTACTTATATGGAATTAAAAGGGGAAAATACTTTTAAAATATCAGCGTATCGAAAAGCAGCTCAAAGTCTTGAATTAGATGAACGACCGTTAGATGAAATATCTGATGTAAggg > 1:17583/1‑141 (MQ=255) aTGTTATCAAACTATTAGAACAAATTGCTACTTATATGGAATTAAAAGGGGAAAATACTTTTAAAATATCAGCGTATCGAAAAGCAGCTCAAAGTCTTGAATTAGATGAACGACCATTAGATGAAATATCTGATGTAACgg > 1:85150/1‑141 (MQ=255) aTGTTACCAGACTATTAGAACAAATTGCTACTTATATGGAATTAAAAGGGGAAAATACTTTTAAAATATCAGCGTATCGAAAAGCAGCTCAAAGTCTTGAATTAGATGAACGACCATTAGATGAAATATCTGATGTAACgg > 1:877844/1‑141 (MQ=255) tGTTATCAAACTATTAGAACAAATTGCTACTTATATGGAATTAAAAGGGGAAAATACTTTTAAAATATCAGCGTATCGAAAAGCAGCTCAAAGTCTTGAATTAGATGAACGACCATTAGATGAAATATCTGATGTAACGGa < 1:473454/141‑1 (MQ=255) gTTATCAAACTATTAGAACAAATTGCTACTTATATGGAATTAAAAGGGGAAAATACTTTTAAAATATCAGCGTATCGAAAAGCAGCTCAAAGTCTTGAATTAGATGAACGACCATTAGATGAAATATCTGATGTAACGGAg < 2:450247/141‑1 (MQ=255) gTTATCAAACTATTAGAACAAATTGCTACTTATATGGAATTAAAAGGGGAAAATACTTTTAAAATATCAGCGTATCGAAAAGCAGCTCAAAGTCTTGAATTAGATGAACGACCATTAGATGAAATATCTGATGTAACGGAg > 2:352638/1‑141 (MQ=255) ttATCAAACTATTAGAACAAATTGCTACTTATATGGAATTAAAAGGGGAAAATACTTTTAAAATATCAGCGTATCGAAAAGCAGCTCAAAGTCTTGAATTAGATGAACGACCATTAGATGAAATATCTGATGTAACGGAGt > 2:597682/1‑141 (MQ=255) ttATCAAACTATTAGAACAAATTGCTACTTATATGGAATTAAAAGGGGAAAATACTTTTAAAATATCAGCGTATCGAAAAGCAGCTCAAAGTCTTGAATTAGATGAACGACCATTAGATGAAATATCTGATGTAACGGAGt < 1:45456/141‑1 (MQ=255) tATCAAACTATTAGAACAAATTGCTACTTATATGGAATTAAAAGGGGAAAATACTTTTAAAATATCAGCGTATCGAAAAGCAGCTCAAAGTCTTGAATTAGATGAACGACCATTAGATGAAATATCTGATGTAACGGAGtt < 1:88796/141‑1 (MQ=255) | ATTGATTTTTCACATCCCATATTTATCGGCTTTCACCATTAATTTATA‑AATTATCATAAGAGGTCAGGACAAAGGTATATATTAATGATACGTCCTGGTCTTCTTTTTATGGAGTGTTATTATGACAAAAAAAGATGTTATCAAACTATTAGAACAAATTGCTACTTATATGGAATTAAAAGGGGAAAATACTTTTAAAATATCAGCGTATCGAAAAGCAGCTCAAAGTCTTGAATTAGATGAACGACCATTAGATGAAATATCTGATGTAACGGAGTTA > USA300TCH1516_ALE/1151633‑1151912 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |