| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 37,540 | A→G | 18.9% | intergenic (+564/‑273) | USA300HOU_RS14915 → / → ugpQ_1 | hypothetical protein/Glycerophosphodiester phosphodiesterase, cytoplasmic |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 37,540 | 0 | A | G | 18.9% | 196.1 / 31.6 | 86 | intergenic (+564/‑273) | USA300HOU_RS14915/ugpQ_1 | hypothetical protein/Glycerophosphodiester phosphodiesterase, cytoplasmic |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (37/32); new base G (3/13); total (40/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.35e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GTACGTTAAAAGCAATTCCATGCAAAATTGCTGATAAGGGGTAAGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCAGATAAGAGGTACGTTAAAAGCAGTTCTAGGCAAAATTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCTGATAAGGGGTAAGTTAAAAGCAATCCTAAGTAAAATTGCAGATAAGGGGTACAGAAAAACTAGACTTGATTACAAAATGGAGCTTGGGACATAAATGATTTTTTAAAAATGAGATGAGACGTAGATTAA > USA300TCH1516_ALE/37400‑37680 | gTACGTTAAAAGCAATTCCATGCAAAATTGCTGATAAGGGGTAAGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCAGATAAGAGGTACGTTAAAAGCAGTTCTAGGCAAAATTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCa > 2:994197/1‑141 (MQ=255) tACGTTAAAAGCAATTCCATGCAAAATTGCTGATAAGGGGTAAGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCAGATAAGAGGTACGTTAAAAGCAGTTCTAGGCAAAATTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAg < 2:940295/141‑1 (MQ=255) tACGTTAAAAGCAATTCCATGCAAAATTGCTCAGAAGGGGTAAGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCAGATAAGAGGTACGTTAAAAGCAGTTCTAGGCAAAATTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAg < 2:670184/141‑1 (MQ=255) tACGTTAAAAGCAATTCCATGCAAAATAGCTGATAAGGGATAAGTTATAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCAGATAAGAGGTACGTTAAAAGCAGTTCTAGGCAAAATTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAg < 1:811018/141‑1 (MQ=255) aCGTTAAAAGCAATTCCATGCAAAATTGCTGATAAGGGGTAAGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCAGATAAGAGGTACGTTAAAAGCAGTTCTAGGCAAAATTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAga > 1:246695/1‑140 (MQ=255) aCGTTAAAAGCAATTCCATGCAAAATTGCTGATAAGGGGTAAGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCAGATAAGAGGTACGTTAAAAGCAGTTCTAGGCAAAATTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGt < 1:609245/141‑1 (MQ=255) aCGTTAAAAGCAATTCCATGCAAAATTGCTGATAAGGGGTAAGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCAGATAAGAGGTACGTTAAAAGCAGTTCTAGGCAAAATTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGt < 1:310077/141‑1 (MQ=255) ttAAAAGCAATTCCATGCAAAATTGCTGATAAGGGGTAAGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCAGATAAGAGGTACGTTAAAAGCAGTTCTAGGCAAAATTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTaaa < 2:712367/141‑1 (MQ=255) ttAAAAGCAATTCCATGCAAAATTGCTGATAAGGGGTAAGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCAGATAAGAGGTACGTTAAAAGCAGTTCTAGGCAAAATTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTaaa > 1:575940/1‑141 (MQ=255) ttAAAAGCAATTCCATGCAAAATTGCTGATAAGGGGTAAGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCAGATAAGAGGTACGTTAAAAGCAGTTCTAGGCAAAATTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTaaa > 1:790479/1‑141 (MQ=255) tAAAAGCAATTCCATGCAAAATTGCTGATAAGGGGTAAGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAAGTGCAGATAAGAGGTACGTTAAAAGCAGTTCTAGGCAAAATTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTaaaa > 2:885974/1‑141 (MQ=255) tAAAAGCAATTCCATGCAAAATTGCTGAGAAGGGGTAAGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCAGATAAGAGGTACGTTAAAAGCAGTTCTAGGCAAAATTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTaaaa > 1:543426/1‑141 (MQ=255) aaaaGCAATTCCATGCAAAATTGCTGATAAGGGGTAAGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCAGATAAGAGGTACGTTAAAAGCAGTTCTAGGCAAAATTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAAt < 1:1133372/141‑1 (MQ=255) aaaaGCAATTCCATGCAAAATTGCTGATAAGGGGTAAGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCAGATAAGAGGTACGTTAAAAGCAGTTCTAGGCAAAATTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAAt > 2:767122/1‑141 (MQ=255) aaaGCAATTGCATGCAAAATTGCTGATAAGGGGTAAGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCAGATAAGAGGTACGTTAAAAGCACTCCTAGCACAACTTGCAGATAAGAGGGGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAAtt > 2:50373/1‑141 (MQ=18) aaaGCAATTCCAAGCAAAATTGCTGATAAGGGGTAAGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCAGATAAGAGGTACGTTAAAAGCAGTTCTAGGCAAAATTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAAtt < 2:316786/141‑1 (MQ=255) aaGCAATTCCATGCAAAATTGCTGATAAGGTGTTAGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCAGATAAGAGGTACGTTAAAAGCAGTTCTAGGCAAAATTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTg < 1:740488/141‑1 (MQ=255) aaGCAATTCCATGCAAAATTGCTGATAAGGGGTAAGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCAGATAAGAGGTACGTTAAAAGCAGTTCTAGGCAAAATTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTg < 1:1133514/141‑1 (MQ=255) gCAATTCCATGCAAAATTGCTGATAAGGGGTAAGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCAGATAAGAGGTACGTTAAAAGCAGTTCTAGGCAAAATTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCt < 1:35356/141‑1 (MQ=255) aatgttaTGCAAAATCTCAGATAAGGGGTAAGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCAGATAAGAGGTACGTTAAAAGCAGTTCTAGGCAAAATTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCTGa < 2:614004/135‑1 (MQ=17) aTTCCATGCAAAATTGCTGATAAGGGGTAAGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCAGATAAGAGGTACGTTAAAAGCAGTTCTAGGCAAAATTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCTGAt > 1:364913/1‑141 (MQ=255) aTTCCATGCAAAATTGCTGATAAGGGGTAAGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCAGATAAGAGGTACGTTAAAAGCAGTTCTAGGCAAAATTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCTGAt < 1:1076871/141‑1 (MQ=255) aTTCCATGCAAAATTGCTGATAAGGGGTAAGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCAGATAAGAGGTACGTTAAAAGCAGTTCTAGGCAAAATTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCTGAt < 1:734315/141‑1 (MQ=255) aTTCCATGCAAAATTGCTGATAAGGGGTAAGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCAGATAAGAGGTACGTTAAAAGCAGTTCTAGGCAAAATTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCTGAt < 1:463268/141‑1 (MQ=255) aTTCCATGCAAAATTGCTGATAAGGGGTAAGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCAGATAAGAGGTACGTTAAAAGCAGTTCTAGGCAAAATTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCTGAt > 1:442219/1‑141 (MQ=255) aTTCCATGCAAAATTGCTGATAAGGGGTAAGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCAGATAAGAGGTACGTTAAAAGCAGTTCTAGGCAAAATTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCTGAt < 2:522110/141‑1 (MQ=255) aTTCCAAGCAAAATTGCAGATAAGGGGTAAGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCAGATAAGAGGTACGTTAAAAGCAGTTCTAGGCAAAATTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCTGAt < 2:669413/141‑1 (MQ=255) ttCCATGCAAAATTGCTGATAAGGGGTAAGTTTAAAGCGGTTATCAGTAAAATTGCAGATAAGAGGTACGTTAAAAGCAGTTCTAGGCAAAATTGCGGATAAGAGGTGCGTTCAGAGCAGTTCTCAGTAAGATTGGTGAtg > 1:464679/1‑140 (MQ=18) ttCCATGCAAAATTGCTGATAAGGGGTAAGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCAGATAAGAGGTACGTTAAAAGCAGTTCTAGGCAAAATTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCTGATa < 1:1032712/141‑1 (MQ=255) tCCATGCAAAATTGCTGATAAGGGGTAAGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCAGATAAGAGGTACGTTAAAAGCAGTTCTAGGCAAAATTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCTGATaa > 2:1031214/1‑141 (MQ=255) ccATGCAAAATTGCTGATAAGGGGTAAGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCAGATAAGAGGTACGTTAAAAGCAGTTCTAGGCAAAATTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCTGATGAg > 2:1140745/1‑141 (MQ=255) ccATGCAAAATTGCTGATAAGGGGTAAGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCAGATAAGAGGTACGTTAAAAGCAGTTCTAGGCAAAATTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTATAAGTAAAATTGCTGATAAg > 2:626404/1‑141 (MQ=255) aTGCAAGATGGCTGATAAGGGGTAAGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCAGATAAGAGGTACGTTAAAAGCAGTTCTAGGCAAAATTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCTGTTCTCAGTAAAATTGCTGATAAgcg > 1:878264/1‑139 (MQ=255) aTGCAAAATTGCTGATAAGGGGTAAGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCAGATAAGAGGTACGTTAAAAGCAGTTCTAGGCAAAATTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCTGATAAggg > 1:672272/1‑141 (MQ=255) aTGCAAAATTGCTGATAAGGGGTAAGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCAGATAAGAGGTACGTTAAAAGCAGTTCTAGGCAAAATTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCTGATAAggg > 1:153145/1‑141 (MQ=255) gCAAAATTGCTGATAAGGGGTAAGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAAGTGCAGATAAGAGGTACGTTAAAAGCAGTTCTAGGCAAAATTGCAGATAAGAGGTGCGTAAAAATCAGTTCTCAGTAAAATTGCTGATAAggggg > 2:763832/1‑140 (MQ=255) cAAAATTGCTGATAAGGGGTAAGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCAGATAAGAGGTACGTTAAAAGCAGTTCTAGGCAAAATTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCTGATAAGGGGTa > 1:625281/1‑141 (MQ=255) aTTGCTGATAAGGGGTAAGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCAGATAAGAGGTACGTTAAAAGCAGTTCTAGGCAAAATTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCTGATAAGGGGTacaga > 1:486021/1‑137 (MQ=255) aTTGCTGATAAGGGGTAAGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCAGATAAGAGGTACGTTAAAAGCAGTTCTAGGCAAAATTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCTGATAAGGGGTacaga < 1:479232/141‑5 (MQ=255) aTTGCTGATAAGGGGTAAGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCAGATAAGAGGTACGTTAAAAGCAGTTCTAGGCAAAATTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATGGCGGATAAGGGGTacaga > 2:353603/1‑137 (MQ=255) aTTGCTGATAAGGGGTAAGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCAGATAAGAGGTACGTTAAAAGCAGTTCTAGGCAAAATTGAAGATAAGAGTAGCGTTAAAAGCCGTCCTCAATAAAATTGCGGATAAgggagaaggt > 2:1079534/1‑134 (MQ=18) ttGCTGATAAGGGGTAAGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCAGATAAGAGGTACGTTAAGAGCAGTTCTAGGCAAAATTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATGGCTGATAAGGGGTacagaa > 1:6247/1‑136 (MQ=255) ttGCTGATAAGGGGTAAGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCAGATAAGAGGTACGTTAAAAGCAGTTCTAGGCAAAATTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCTGATAAgcggaacagaa > 1:5942/1‑134 (MQ=255) ttGCTGATAAGGGGTAAGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCAGATAAGAGGTACGTTAAAAGCAGTTCTAGGCAAAATTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCTGATAAGGGGTacagaa > 1:1121189/1‑136 (MQ=255) tGCTGATAAGGGGTAAGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCAGATAAGAGGTACGTTAAAAGCAGTTCTAGGCAAAATTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCTGATAAGGGGTacagcaa > 2:388079/1‑135 (MQ=255) tGCTGATAAGGGGTAAGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCAGATAAGAGGTACGTTAAAAGCAGTTCTAGGCAAAATTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCTGATAAGGGGTacagaaa > 1:350345/1‑135 (MQ=255) gATAAGGGGTAAGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCAGATAAGAGGTACGTTAAAAGAAGTTCTGGGCAAAATTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCTGAGAAGGGGCAAGTTAAAAga > 2:1131275/1‑140 (MQ=255) gggTAAGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCAGATAAGAGGTACGTTAAAAGCAGTTCTAGGCAAAATTGCAGATCAGCGGTGCGCGAAAACCATGTCGCAGGAAAATTGCTGATAAGGGGTAAGTTAATAGCAATcaa > 2:542855/1‑139 (MQ=18) aaGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCAGATAAGAGGAACGTTGAAAGCAGTTCTAGGCAAAATTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCTGATAAGGGGTAAGTTAAAAGCAATCCTAAGt < 1:924110/141‑1 (MQ=255) aaGCAGTTCTCAGTAAAATTGCAGATAAGAGGTACGTTAAAAGCAGTTCTAGGCAAAATTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCTGATAAGGGGTAAGTTAAAAGCAATCCTAAGTAAAATTg > 1:1085062/1‑141 (MQ=255) aGCAGTTCTCAGTAAAATTGCAGATAAGAGGTACGTTAAAAGCAGTTCTAGGCAAAATTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCTGATAAGGGGTAAGTTAAAAGCAATCCTAAGTAAAATTGc < 2:148679/141‑1 (MQ=255) aTTGCAGATAAGAGGTACGTTAAAAGCAGTTCTAGGCAAAATTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCTGATAAGGGGTAAGTTAAAAGCAATCCTAAGTAAAATTGCAGATAAGGGGTACAGa < 2:871941/141‑1 (MQ=255) gCAGATAAGAGGTACGTTACAAGCAGTTCTAGGCAAAATTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCTGATAAGGGGTAAGTTAAAAGCAATCCTAAGTAACATTGCAGATAAGGGGTACAGaaaa < 1:763832/141‑1 (MQ=255) tgagagGTACGTTAAAAGCAGTTCTAGGCAAAATTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCTGATAAGGGGTAAGTTAAAAGCAATCCTAAGTAAAATTGCAGATAAGGGGTACAGAAAAACTAg < 1:339767/139‑1 (MQ=255) gTTAAAAGCAGTTCTAGGCAAAATTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCTGATAAGGGGTAAGTTAAAAGCAATCCTAAGTAAAATTGCAGATAAGGGGTACAGAAAAACTAGACTTGATTAc > 2:443662/1‑141 (MQ=255) aGCAGTTCTAGGCAAAATTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCTGATAAGGGGTAAGTTAAAAGCAATCCTAAGTAAAATGGAAGATAAGGGGTACAGAAAAAATAGACTTGATTACAAAATg > 2:703843/1‑141 (MQ=255) aGTTCTAGGCAAAATTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCTGATAAGGGGTAAGTTAAAAGCAATCCTAAGTAAAATTGCAGATAAGGGGTACAGAAAAACTAGACTTGATTACAAAATGGAg > 1:196633/1‑141 (MQ=255) gTTCTAGGCAAAATTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCTGATAAGGGGTAAGTTAAAAGCAATCCTAAGTAAAATTGCAGATAAGGGGTACAGAAAAACTAGACTTGATTACAAAATGGAGc < 1:961040/141‑1 (MQ=255) tAGGCAAAATTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCTGATAAGGGGTAAGTTAAAAGCAATCCTAAGTAAAATTGCAGATAAGGGGTACAGAAAAACTAGACTTGATTACAAAATGGAGCTTgg > 2:831223/1‑141 (MQ=255) aaaTTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCTGATAAGGGGTAAGTTAAAAGCAATCCTAAGTAAAATTGCAGATAAGGGGTACAGAAAAACTAGACTTGATTACAAAATGGAGCTTGGAACATa > 2:464066/1‑141 (MQ=255) cAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCTGATAAGGGGTAAGTTAAAAGCAATCCTAAGTAAAATTGCAGATAAGGGGTACAGAAAAACTAGACTTGATTACAAAATGGAGCTTGGGACATAAATGAt < 1:1063185/141‑1 (MQ=255) cAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCTGATAAGGGGTAAGTTAAAAGCAATCCTAAGTAAAATTGCAGATAAGGGGTACAGAAAAACTAGACTTGATTACAAAATGGAGCTTGGGACATAAATGAt < 1:1063025/141‑1 (MQ=255) aGATAAGAGGTTTGTTAAAAGCAGTTCTAAGTAAAATTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCTGATAAGGGGTACAGAAAAACTAGACTTGATTACAAAATGGAGCTTGGGACATAAATGAtt > 2:652303/1‑141 (MQ=17) gATAAGAGGTACGTTAAAAGCAGTTCTAGGCAAAATTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCTGATAAGGGGTACAGAAAAACTAGACTTGATTACAAAATGGAGCTTGGGACATAAATGAttt < 1:767122/141‑1 (MQ=11) tAAGAGGTACGTTAAAAGCAGTTCTAGGCAAAATTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCTGATAAGGGGTACAGAAAAACTAGACTTGATTACAAAATGGAGCTTGGGACATAAATGAttttt > 2:1048001/1‑141 (MQ=14) gtacGTTAAAAGCAGTTCTAGGCAAAATTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCTGATAAGGGGTACAGAAAAACTAGACTTGATTACAAAATGGAGCTTGGGACATAAATGATTTTTTaaaaa < 1:532332/138‑1 (MQ=14) gtacGTTAAAAGCAATTATAAGAAAAATTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCTGATAAGGGGTACAGAAAAACTAGACTTGATTACAAAATGGAGCTTGGGACATAAATGATTTTTTaaaaa < 1:564560/138‑1 (MQ=17) tacGTTAAAAGCAGTTCTAGGCAAAATTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCTGATAAGGGGTACAGAAAAACTAGACTTGATTACAAAATGGAGCTTGGGACATAAATGATTTTTTAAAAat < 2:175433/139‑1 (MQ=14) tacGTTAAAAGCAGTTCTAGGCAAAATTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCTGATAAGGGGTACAGAAAAACTAGACTTGATTACAAAATGGAGCTTGGGACATAAATGATTTTTTAAAAat < 1:994197/139‑1 (MQ=14) tacGTTAAAAGCAGTTCTAGGCAAAATTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCTGATAAGGGGTACAGAAAAACTAGACTTGATTACAAAATGGAGCTTGGGACATAAATGATTTTTTAAAAat < 1:614590/139‑1 (MQ=14) tacGTTAAAAGCAGTTCTAGGCAAAATTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCCGATAAGGCGTACAGAAAAACTAGACTTGATTACAAAATGGAGCTTGGGACATAAATGATTTTTTAAAAat > 2:302561/3‑141 (MQ=17) aacGTTAAAAGCAGTTCTATGCAAAATTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTAAGTAAAATTGCTGATAATGGGTACAGAAAAACTAGACTTGATTACAAAATGGAGCTTGGGACATAAATGATTTTTTAAAAat < 2:128871/139‑1 (MQ=18) cGTTAAAAGCAGTTCTAGGCAAAATTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCTGATAAGGGGTACAGAAAAACTAGACTTGATTACAAAATGGAGCTTGGGACATAAATGATTTTTTAAAAatga < 2:618485/141‑1 (MQ=17) cGTTAAAAGCAGTTCTAGGCAAAATTGCAGATAAGAAGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCTGATAAGGGGTACAGAAACACTAGACTTGATTACAAAATGGAGCTTGGGACATAAATGATTTTTTAAAAatga < 1:43204/141‑1 (MQ=17) aaaGCAGTTCTAGGCAAAATTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCTGATAAGGGGTACAGAAAAACTAGACTTGATTACAAAATGGAGCTTGGGACATAAATGATTTTTTAAAAatgagatga < 1:669179/141‑1 (MQ=17) aaGCAGTTCTCAGTAAAATTGCTGATAAGGGGTAAGTTAAAAGCAATCCTGAGTAAAATTGCAGATAAGGGGTACAGAAAAACTAGACTTGATTACAAAATGGAGCTTGGGACATAAATGATTTTTCAAAAatgagatgag < 2:817374/141‑1 (MQ=255) aaGCAGTTCTAGGCAAAATTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCTGATAAGGGGTACAGAAAAACTAGACTTGATTACAAAATGGAGCGTGGGACATAAATGATTTTTTAAAAatgagatgag > 2:1125588/1‑141 (MQ=17) gCAGTTCTCAGTAAAATTGAGGATAAGGGGTAAGTTAAAAGCAATCCTAAGTAACATTGCAGATAAGGGGTACAGAAAAACTAGACTTGATTACAAAATGGATCTTGGGACATAAATGATTTTTTAAAAAtgagatgagag > 1:777342/1‑140 (MQ=255) gCAGTTCTCAGTAAAANTGCTGATAAAGGGTAAGTTAAAAGCAATCCTAAGTAAAATTGCAGATAAGGGGTACAGAAAAACTAGACTTGATTACAAAATGGAGGTTGGGACATAAATGATTTTTTAAAAATGAGATGAGAc < 1:1079534/141‑1 (MQ=255) gCAGTTCTAGGCAAAATTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCTGATAAGGGGTACAGAAAAACTAGACTTGATTACAAAATGGAGCTTGGGACATAAATGATTTTTTAAAAATGAGATGAGAc < 1:283797/141‑1 (MQ=18) gCAGTTCTAGGCAAAATTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCTGATAAGGGGTACAGAAAAACTAGACTTGATTACAAAATGGAGCTTGGGACATAAATGATTTTTTAAAAATGAGATGAGAc < 2:1066551/141‑1 (MQ=17) gCAGTTCTAGGCAAAATTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCTGATAAGGGGTACAGAAAAACTAGACTTGATTACAAAATGGAGCTTGGGACATAAATGATTTTTTAAAAATGAGATGAGAc < 2:765921/141‑1 (MQ=17) gCAGTTCTAGGAAAAATTACAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGAAAAAATGCAGATAAGGGGTACAGAAAAACTAGACTTGATGACAAAATCGAGCTTGGGACATAAATAAATAAAAAAAAATGAGATGAGAc < 2:336980/141‑1 (MQ=9) cAGTTCTCAGTAAAATTGCTGATAAGGGGTAAGTTAAAAGCAATCCTAAGTAAAATTGCAGATAAGGGGTACAGAAAAACTAGACTTGATTACAAAATGGAGCTTGGGACATAAATGATTTTTTAAAAATGAGATGAGACg < 1:1137994/141‑1 (MQ=255) aGTTCTAGGCAAAATTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCTGATAAGGGGTACAGAAAAACTAGACTTGATTACAAAATGGAGCTTGGGACATAAATGATTTTTTAAAAATGAGATGAGACGt < 1:232150/141‑1 (MQ=17) ttCTCAGTAAAATTGCTGATAAGGGGTAAGTTAAAAGCAATCCTAAGTAAAATTGCAGATAAGGGGTACAGAAAAACTAGACTTGATTACAAAATGGAGCTTGGGACATAAATGATTTTTTAAAAATGAGATGAGACGTAg < 1:1031214/141‑1 (MQ=255) cAGTAAAATTGCTGATAAGGGGTAAGCAAAAAGCAAGCCTAAGTAAAATTGCAGATAAGGGGTACAGAAAAACTAGACTTGATTACAAAATGGAGCTTGGGACATAAATGATTTTTTAAAAATGAGATGAGACGTAGATTa > 1:576908/1‑141 (MQ=255) aGTAAAATTGCTGATAAGGGGTAAGTTAAAAGCAATCCTAAGTAAAATTGCAGATAAGGGGTACAGAAAAACTAGACTTGATTACAAAATGGAGCTTGGGACATAAATGATTTTTTAAAAATGAGCTGAGACGTGGATTaa > 1:563831/1‑141 (MQ=255) | GTACGTTAAAAGCAATTCCATGCAAAATTGCTGATAAGGGGTAAGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCAGATAAGAGGTACGTTAAAAGCAGTTCTAGGCAAAATTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCTGATAAGGGGTAAGTTAAAAGCAATCCTAAGTAAAATTGCAGATAAGGGGTACAGAAAAACTAGACTTGATTACAAAATGGAGCTTGGGACATAAATGATTTTTTAAAAATGAGATGAGACGTAGATTAA > USA300TCH1516_ALE/37400‑37680 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |