| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,551,935 | G→T | 5.7% | S180* (TCA→TAA) | ebpS ← | Elastin‑binding protein EbpS |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,551,935 | 0 | G | T | 5.7% | 324.6 / 2.2 | 107 | S180* (TCA→TAA) | ebpS | Elastin‑binding protein EbpS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (47/51); new base T (6/2); total (54/53) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.70e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 111 total aligned reads displayed.
CTTTAGAAGCAGCCATTGCACCAGCTGCACCTGCAACACCTGCTGTTCCAGCACCAATAGCTGCTGCTTTTTTACCATTATGATGTTCTTTAGGTTCATCTTGATCTTGTTTTACAGAAT‑CATTATCATGTTCATTTTTTGATGTTTCTGATTGGTTAGCACCTGTTGTAAAATATGGTTTAGGTTGCTGAGATTGTTCAGCTTCACTCTTATCAGAAACTGTTGAATGCTCAGTGTTATTTTCTGCATTTTTAATAGTATCGTGTTTATCATTGTCTTCG > USA300TCH1516_ALE/1551795‑1552075 | cTTTAGAAGCAGCCATTGCACCAGCTGCACCTGCAACACCTGCTGTTCCAGCACCAATAGCTGCTGCTTTTTTACCATTATGATGTTCTTTAGGTTCATCTTGATCTTGTTTTACAGAAT‑CATTATCATGTTCATTTTTTg > 2:1153895/1‑141 (MQ=255) tttAGAAGCAGCCATTGCACCAGCTGCACCTGCAACACCTGCTGTTCCAGCACCAATAGCTGCTGCTTTTTTACCATTATGATGTTCTTTAGGTTCATCTTGATCTTGTTTTACAGAAT‑CATTATCATGTTCATTTTTTGa > 1:213761/1‑141 (MQ=255) ttAGAAGCAGCCATTGCACCAGCTGCACCTGCAACACCTGCTGTTCCAGCACCAATAGCTGCTGCTTTTTTACCATTCTGAAGGTGTTGGTTTTCATCTTGATCTTGTTTTACAGAAT‑CATTATCATGTTCATTTTTTGAt > 1:566181/1‑141 (MQ=255) tAGAAGCAGCCATTGCACCAGCTGCACCTGCAACACCTGCTGTTCCAGCACCAATAGCTGCTGCTTTTTTACCATTATGATGTTCTTTAGGTTCATCTTGATCTTGTTTTACAGAAT‑CATTATCATGTTCATTTTTTTAtt > 2:960815/1‑140 (MQ=255) aGAAGCAGCCATTGCACCAGCTGCACCTGCAACACCTGCTGTTCCAGCACCAATAGCTGCTGCTTTTTTACCATTATGAGGTTCTTTAGGTTCATCTTGATCTTGTTTTACAGAAT‑CATTATCATGTTCATTTTTTGATGt < 2:143357/141‑1 (MQ=255) aaGCAGCCATTGCACCAGCTGCACCTGCAACACCTGCTGTTCCAGCACCAATAGCTGCTGCTTTTTTACCATTATGATGTTCTTTAGGTTCATCTTGATCTTGTTTTACAGAAT‑CATTATCATGTTCATTTTTTGATGttt > 2:215984/1‑141 (MQ=255) agcCATTGCACCAGCTGCACCTGCAACACCTGCTGTTCCAGCACCAATAGCTGCTGCTTTTTTACCATTATGATGTTCTTTAGGTTCATCTTGATCTTGTTTTCCAGAAT‑CATTATCATGTTCATTTTTTGATGTTTCTgt > 2:175723/1‑140 (MQ=255) agcCATTGCACCAGCTGCACCTGCAACACCTGCTGTTCCAGCACCAATAGCTGCTGCTTTTTTACCATTATGATGTTCTTTAGGTTCATCTTGATCTTGTTTTACAGAAT‑CATTATCATGTTCATTTTTTGATGTTTCTGa > 1:300994/1‑141 (MQ=255) gcCATTGCACCCGCTGCACCTGCAACACCTGCTGTTCCAGCACCAATAGCTGCTGCTTTTTTACCATTATGATGTTCTTTAGGTTCATCTTGATCTTGTTTTACAGAAT‑CATTATCATGTTCATTTTTTTATGTTTCTGAt < 2:94688/141‑1 (MQ=255) gcCATTGCACCAGGTGCACCTGCAACACCTGCTGTTCCAGCACCAATAGCTGCTGATTTTTTACCATTATGATGTTCTTTAGGTTCATCTTGATCTTGTTTTACAGCAT‑CATTATCATGTTCATTTTTTGATGTTTCTGAt > 2:223433/1‑141 (MQ=255) gcCATTGCACCAGCTGCACCTGCAACACCTTCTGTTCCATCACACTTGTCCCGTTCTTTTTTACCATTATGATGTTCTTTAGGTTCATCTTGATCTTGTTTTACAGAAT‑CATTATCATGTTCATTTTTTGATGTTTCTGAt < 1:865256/141‑1 (MQ=255) ccATTGCACCAGCTGCACCTGCAACACCTGCTGTTCCAGCACCAATAGCTGCTGCTTTTTTACCATTATGATGTTCTTTAGGTTCATCTTGATCTTGTTTTACAGAAT‑CATTATCATGTTTTTTTTTTGctgtttctgttt > 2:776152/1‑141 (MQ=255) cATTGCCTCAGCTACTCTGGCAACACCTGCCGTTCCAGCACTGTTTGCTGCTGCTTTTTTACCATTATGATGTTCTTTATGTTCATCTTTATCTTGTTTTACAGAAT‑CATTATCATGTTCATTTTTTGATGTTTCTGATTg < 2:66222/141‑1 (MQ=255) cATTGCACCAGCTGCACCTGCAACACCTGCTGTTCCAGCACCAATAGCTGCTGCTTTTTTACCATTATGATGTTCTTCAGGTTCATCTTGATCTTGTTTTACAGAAT‑CATTATCATGTTCATTTTTTGATGTTTCTGATTg > 1:807567/1‑141 (MQ=255) ttGCACCAGCTGCACCTGCAACACCTGCTGTTCCAGCACCAATAGCTGCTGCTTTTTTACCATTATGATGTTCTTTAGGTTCATCTTGATCTTGTTTTACAGAAT‑CATTATCATGTTCATTTTTTGATGTTTCTGATTGGt > 2:76793/1‑141 (MQ=255) ttGCACCAGCTGCACCTGCAACACCTGCTGTTCCAGCACCAATAGCTGCTGCTTTTTTACCATTATGATGTTCTTTAGGTTCATCTTGATCTTGTTTTACAGAAT‑CATTATCATGTTCATTTTTTGATGTTTCTGATTGGt > 2:224497/1‑141 (MQ=255) gCACCAGCTGCACCTGCAACACCTGCTGTTCCAGCACCAATAGCTGCTGCTTTTTTACCATTATGATGTTCTTTAGGTTCATCTTGATCTTGTTTTACAGAAT‑CATTATCATGTTCATTTTTTGATGTTCCTGATTGGTTa > 2:375367/1‑141 (MQ=255) aCCAGCTGCACCTGCAACACCTGCTGTTCCAGCACCAATAGCTGCTGCTTTTTTACCATTATGATGTTCTTTAGGTTCATCTTGATCTTGTTTTACAGAAT‑CAGTATCATGTTCATTTTTTGATGTTTCTGATTGGTTAGc > 1:1135568/1‑141 (MQ=255) cAGCTGCCCCTGCAACTCCGGCTGTTCCAGCACCAATAGCTGCTGCTTTTTTACCATTATGATGTTCTTTAGGTTCATCTTGATCTTGTTTTACAGAAT‑CATTATCATGTTCATTTTTTGATGTTTCTGATTGGTTAGCAc < 2:951941/141‑1 (MQ=255) cACCTGCAACACCTGCTGTTCCAGCACCAATAGCTGCTGCTTTTTTACCATTATGATGTTCTTTCGGTTCATCTTGATCTTGTTTTACAGAAT‑CATTATCCTGTTCATTTTTTGATGTTTCTGATTGGTTAGCACCtgttt > 2:1091342/1‑140 (MQ=255) aCCTGCAACACCTGCTGTTCCAGCACCAATAGCTGCTGCTTTTTTACCATTATGATGTTCTTTAGGTTCATCTTGATCTTGTTTTACAGAAT‑CATTATCATGTTCATTTTTTTATTTTTCTGATTGGTTAGCAGCtgttgt > 2:384209/1‑141 (MQ=255) cTGCAACACCTGCTGTTCCAGCACCAATAGCTGCTGCTTTTTTACCATTATGATGTTCTTTAGGTTCATCTTGATCTTGTTTTACAGAAT‑CATTATCATGTTCATTTTTTGATGTTTCTGATTGGTTAGCACCTGTTGTaa > 2:632954/1‑141 (MQ=255) cTGCAACACCTGCTGTTCCAGCACCAATAGCTGCTGCTTTTTTACCATTATGATGTTCTTTAGGTTCATCTTGATCTTGTTTTACAGAAT‑CATTATCATGTTCATTTTTTGATGTTTCTGATTGGTTAGCACCTGTTGTaa < 2:213761/141‑1 (MQ=255) cTGCAACACCTGCTGTTCCAGCACCAATAGCTGCTGCTTTTTTACCATTATGATGTTCTTTAGGTTCATCTTGATCTTGTTTTACAGAAT‑CATTATCATGTTCATTTTTTGATGTTTCTGATTGGTTAGCACCTGTTGTaa > 2:677571/1‑141 (MQ=255) tGCAACCCCTGCTGGTCCAGCACCAATAGCTGCTGCTTTTTTACCATTATGATGTTCTTTAGGTTCATCTTGATCTTGTTTTACAGAAT‑CATTATCATGTTCATTTTTTGATGTTTCTGATTGGTTAGCACCTGTTGTaaa < 1:788219/141‑1 (MQ=255) cacgcgtgTTCCAGCACCAATAGCTGCTGCTTTTTTACGATTTTAATGTTCTTTAGGTTCATCTTGCTCTTGTTTTACAGAAT‑CATTATCATGTTCATTTTTTGATGTTGCTGATTGGTGAGCACCTGTTGTAAAATATgg < 2:45713/135‑1 (MQ=255) acCTGCTGTTCCAGCACCAATAGCTGCTGCTTTTTTACCATTATGATGTTCTTTAGGTTCATCTTGATCTTGTTTTACAGAAT‑CATTATCATGTTCATTTTTTAATGTTTCTGATTGGTTAGCACCTGTTGTAAAATATgg > 2:44174/1‑141 (MQ=255) ccTGCTGTTCCAGCACCAGTAGCTGCTGCTTTTTTACCATTATGATGTTCTTTAGGTTCATCTTGATCTTGTTTTACAGAAT‑CATTATCATGTTCATTTTTTGATGTTTCTGATTGGTTAGCACCTGTTGTAAAATATGGt < 2:133238/141‑1 (MQ=255) tgctgTTCCAGCACCAATCGCTGCTGTTTTTTTACCATTATGATGTTCTTTAGGTTCATCTTGATCTTGTTTTACAGAAT‑CATTATCATGTTCATTTTTTGATGTTTCTGATTGGTTAGCACCTGTTGTAAAATATGGttt < 2:92651/141‑1 (MQ=255) ctgTTCCAGCACCAATAGCTGCTGCTTTTTTACCATTATGATGTTCTTTAGGTTCATCTTGATCTTGTTTTCCAGAAT‑CATTATCATGTTCATTTTTTGATGTTTCTGATTGGTTAGCACCTGTTGTAAAATATGGtttcg > 2:412539/1‑139 (MQ=255) ctgTTCCAGCACCAATAGCTGCTGCTTTTTTACCATTATGATGTTCTTTAGGTTCATCTTGATCTTGTTTTACAGAAT‑CATTATCATGTTCATTTTTTGATGTTTCTGATTGGTTAGCACCTGTTGTAAAATATGGTTTAg > 1:926261/1‑141 (MQ=255) tCCAGCACCAATAGCTGCTGCTTTTTTACCATTATGATGTTCTTTAGGTTCATCTTGATCTTGTTTTACAGAAT‑CATTATCATGTTCATTTTTTGATGTTTCTGATTGGTTAGCACCTGTTGTAAAATATGGTTTAGGTTg < 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aGCTGCTGCTTTTTTACCATTATGATGTTCTTTAGGTTCATCTTGATCTTGTTTTACAGAAT‑CATTATCATGTTCATTTTTTGATGTTTCTGATTGGTTAGCACCTGTTGTAAAATATGGTTTAGGTTGCTGAGATTGTTc < 1:60081/141‑1 (MQ=255) gctgctgctTTTTTACCATTATGATGTTCTTTAGGTTCATCTTGATCTTGTTTTACAGAAT‑CATTATCATGTTCATTTTTTGATGTTTCTGATTGGTTAGCACCTGTTGTAAAATATGGTTTAGGTTGCTGAGATTGTTCa < 1:1115796/141‑1 (MQ=255) ctgctgctTTTTTACCATTATGATGTTCTTTAGGTTCATCTTGATCTTGTTTTACAGAAT‑CATTATCATGTTCATTTTTTGATGTTTCTGATTGGTTAGCACCTGTTGTAAAATATGGTTTAGGTTGCTGAGATTGTTCAg < 1:1078988/141‑1 (MQ=255) gctgctTTTTTACCATTATGATGTTCTTTAGGTTCATCTTGATCTTGTTTTACAGAAT‑CATTATCATGTTCATTTTTTTATGTTTTTGATTGGTTAGCACCTGTTGTAAAATATGGTTTAGGTTGCTGGGTTTGTTGAggt > 2:518929/1‑139 (MQ=255) gctgctTTTTTACCATTATGATGTTCTTTAGGTTCATCTTGATCTTGTTTTACAGAAT‑CATTATCATGTTCATTTTTTGATGTTTCTGATTGGTTAGCACCTGTTGTAAAATATGGTTTAGGTTGCTGAGATTGTTCAGCt < 2:750826/141‑1 (MQ=255) gctgctTTTTTACCATTATGATGTGCTTTAGGTTCATCTTGATCTTGTTTTACAGAAT‑CATTATCATGTTCATTTTTTGATGTTTCTGATTGGTTAGCACCTGTTGTAACATATGGTTTAGGTTGCTGAGATTGTTCAGCt > 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tttttACCATTATGATGTTCTTTAGGTTCATCTTGATCTTGTTTTACAGAAT‑CATTATCATGTTCATTTTTTGATGTTTCTGATTGGTTAGCACCTGTTGTAAAATATGGTTTAGGTTGCTGAGATTGTTCAGCTTCActc < 2:943538/141‑1 (MQ=255) ccacattgacgTTCTTTCGGTTCATCGTGATCTTGTTTTACCGACT‑CATTATCATGTTCATTTTTTGATGTTTCTGATTGGTTAGCACCTGTTGTAAAATATGGTTTAGGTTGCTGAGATTGTTCAGCTTCACTCTTATCa < 2:64064/135‑1 (MQ=255) ccATCATGATGTTCTTTAGGTTCATCTTGATCTTGTTTTACAGAAT‑CATTATCATGTTCATTTTTTGATGTTTCTGATTGGTTAGCACCTGTTGTAAAATATGGTTTAGGTTGCTGAGATTGTTCAGCTTCACTCTTATCa < 1:299914/141‑1 (MQ=255) cATTATGATGTTCTTTAGGTTCATCTTGATCTTGTTTTACAGAAT‑CATTATCATGTTCATTTTTTGATGTTTCTGATTGGTTAGCACCTGTTGTAAAATATGGTTTAGGTTGCTGAGATTGTTCAGCTTCACTCTTATCAg < 2:825547/141‑1 (MQ=255) aTTATGATGTTCTTTAGGTTCATCTTGATCTTGTTTTACAGAAT‑CATTATCATGTTCATTTTTTGATGTTTCTGATTGGTTAGCACCTGTTGTAAAATATGGTTTAGGTTGCTGAGATTGTTCAGCTTCACTCTTATCAGa < 1:1020522/141‑1 (MQ=255) aTTATGATGTTCTTTAGGTTCATCTTGATCTTGTTTTACAGAAT‑CATTATCATGTTCATTTTTTGATGTTTCTGATTGGTTAGCACCTGTTGTAAAATATGGTTTAGGTTGCTGAGATTGTTCAGCTTCACTCTTATCAGa > 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2:271471/141‑1 (MQ=255) tACATAAT‑CATTATCATGTTCATTTTTTGATGTTTCTGATTGGTTAGCACCTGTTGTAAAATATTGTTTAGGTTGCTGAGATTGTTCAGCTTCACTCTTATCAGAAACTGTTGAATGCTCAGTGTTATTTTCTGCAttttt < 2:101497/141‑1 (MQ=255) tACAGAAT‑CATTATCATGTTCATTTTTTGATGTTTCTGATTGGTTAGCACCTGTTGTAAAATATGGTTTAGGTTGCTGAGATTGTTCAGCTTCACTCTTATCAGAAACTGTTGAATGCTCAGTGTTATTTTCTGCAttttt > 2:102512/1‑141 (MQ=255) aCAGAAT‑CATTATCATGTTCATTTTTTGATGTTTCTGATTGGTTAGCACCTGTTGTAAAATATGGTTTAGGTTGCTGAGATTGTTCAGCTTCACTCTTATCAGAAACTGTTGAATGCTCAGTGTTATTTTCTGCATTTTTa > 1:824483/1‑141 (MQ=255) aT‑CATTATCATGTTCATTTTTTGATGTTTCTGATTGGTTAGCACCTGTTGTAAAATATGGTTTAGGTTGCTGAGATTGTTCAGCTTCACTCTTATCAGAAACTGTTGAATGCTCAGTGTTATTTTCTGCATTTTTAATAGt > 1:705519/1‑141 (MQ=255) aT‑CATTATCATGTTCATTTTTTGATGTTTCTGATTGGTTAGCACCTGTTGTAAAATATGGTTTAGGTTGCTGAGATTGTTCAGCTTCACTCTTATCAGAAACTGTTGAATGCTCAGTGTTATTTTCTGCATTTTTAATAGt > 2:786204/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) cATTTTTTGATGTTTCTGATTTGTTAGCACCTGTTGTCAAATATGGTTTAGGTTGCTGAGATTGTTCAGCTTCACTCTTATCAGAAACTGTTGATTGCTGAGTGTTATTTTCTGCATGATTCATATTATCGTGTTTACCAt > 2:562621/1‑141 (MQ=255) cATTTTTTGATGTTTCTGATTGGTTAGCACCTGTTGTAAAATATGGTTTAGGTTGCTGAGATTGTTCAGCTTCACTCTTATCAGAAACTGTTGAATGCTCAGTGTTATTTTCTGCATTTTTAATAGTATCGTGTTTATCAt > 1:796564/1‑141 (MQ=255) cATTTTTTGATGTTTCTGATTGGTTAGCACATGTTGTCAAATATGGTTTAGGTTGCTGAGCTTGTTGAGATTCCCTCTTCTCCGGAACTGTTGAATGCTCAGTGTGATTTTCTGCATTTTTAATATTATCGTGTTTATCAt > 2:1183175/1‑141 (MQ=255) cATTTTATGATGTTTCTGATTGGTTAGCACCTGTTGTAAAATATGGGTTAGGTTGCTGAGATTGTTCAGCTTCACTCTTATCAGAAACTGTTGAATACTCAGTGTTATTTTCTGCATTTTTAATAGTATCGTGTTTATCAt > 2:567632/1‑141 (MQ=255) aTTTTTTTGTTTTTCTGATGGGTTAGCACCTGTTGTAAAATATGGTTTAGGTTGCTGAGATTGTTCAGCTTCACTCTTATCAGAAACTGTTGAATGCTCAGTGTTATTTTCTGCATTTTTAATAGTATCGGGTTTATCAtt < 2:602188/141‑1 (MQ=255) ttttttGATGTTTCTTATTGGTTAGCACCTGTTGTAAAATATGGTTTAGGTTGCTGAGATTGTTCAGCTTCACTCTTATCAGAAACTGTTGAATGCTCAGTGTTATTTTCTGCATTTTTCCTAGTATCGTGTTTCTCATTg < 2:917576/141‑1 (MQ=255) tttttGTTGTTTCTGATTGGTTAGCACCTGTTGTAAAATATGGTTTAGGTTGCTGAGATTGTTCAGCTTCACTCTTATCAGAAACTGTTGAATGCTCAGTGTTATTTTCTGCATTTTTAATAGTATCGTGTTTATCATTGt < 2:300799/141‑1 (MQ=255) tttttGATGTTTCTGATTGGTTAGCACCTGTTGTAAAATATGGTTTAGGTTGCTGAGATTGTTCAGCTTCACTCTTATCAGAAACTGTTGAATGCTCAGTGTTATTTTCTGCATTTTTAATAGTATCGTGTTTATCATTGt < 1:482520/141‑1 (MQ=255) tttGATGTTTCTGATTGGTTAGCACCTGTTGTAAAATATGGTTTAGGTTGCTGAGATTGTTCACCTTCACTCTTATCAGGAACCGTTGCAGGCTCAGTGTTATTTTCTGCATTTTTAATAGTATCGTGTTTATCATTGTCt < 1:636756/141‑1 (MQ=255) tttGATGTTTCGGATTGGTTCGCCCCTGTTGTAAAATATGGTTTAGGTTGCTGAGATTGTTCAGCTTCACTCTTATCAGAAACTGTTGAATGCTCAGTGTTATTTTCTGCATTTTTAATAGTATCGTGTTTATCATTGTCt < 1:1022730/141‑1 (MQ=255) ttGATGTTTCTGATTGGTTAGCACCTGTTGTAAAATATGGTTTAGGTTGCTGAGATTGTTCAGCTTCACTCTTATCAGAAACTGTTGAATGCTCAGTGTTATTTTCTGCATTTTTAATAGTATCGTGTTTATCATTGTCtt < 1:1072504/141‑1 (MQ=255) gATGTTTCTGATTGGTTAGCACCTGTTGTAAAATATGGTTTAGGTTGCTGAGATTGTTCAGCTTCACTCTTATCAGAAACTGTTGAATGCTCAGTGTTATTTTCTGCATTTTTAATAGTATCGTGTTTATCATTGTCTTct > 2:1178197/1‑140 (MQ=255) gATGTTTCTGATTGGTTAGCACCTGTGGTAAAATATGGTTTAGGTTGCTGAGATTGTTCAGCTTCACTCTTATCAGAAACTGTTGAATGCTCAGTGTTATTTTCTGCATTTTTAATAGTATCGTGTTTATCATTGTCTTCg > 2:1187219/1‑141 (MQ=255) | CTTTAGAAGCAGCCATTGCACCAGCTGCACCTGCAACACCTGCTGTTCCAGCACCAATAGCTGCTGCTTTTTTACCATTATGATGTTCTTTAGGTTCATCTTGATCTTGTTTTACAGAAT‑CATTATCATGTTCATTTTTTGATGTTTCTGATTGGTTAGCACCTGTTGTAAAATATGGTTTAGGTTGCTGAGATTGTTCAGCTTCACTCTTATCAGAAACTGTTGAATGCTCAGTGTTATTTTCTGCATTTTTAATAGTATCGTGTTTATCATTGTCTTCG > USA300TCH1516_ALE/1551795‑1552075 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |