| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,744,362 | G→A | 20.9% | H104Y (CAC→TAC) | apt ← | Adenine phosphoribosyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,744,362 | 0 | G | A | 20.9% | 191.8 / 42.0 | 101 | H104Y (CAC→TAC) | apt | Adenine phosphoribosyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (44/34); new base A (9/12); total (53/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.28e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.59e-01 | |||||||||||
Only 100 of 105 total aligned reads displayed.
ATTCAATTATAAATGCAATACCTACTACGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGCCAATGATAAAGCCACGCG > USA300TCH1516_ALE/1744224‑1744502 | attcaattATAAATGCAATACCTACTACGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCa > 1:851774/1‑141 (MQ=255) ttcaattATAAATGAAATACCTACTACGATACCGCCTAATTTTTGAGCTAATTTTATTGCTGGTTATATCGTACCCCCACTAGCTAATAAATCATCTGTATTTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCAt > 2:490832/1‑141 (MQ=255) ataAATGCAATACCTACTACGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTaaa > 1:20438/1‑141 (MQ=255) ataAATGCAATACCTACTACGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTaaa > 2:594070/1‑141 (MQ=255) taAATGCAATACCTACTACGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTaaaa > 2:180353/1‑141 (MQ=255) aaaTGCAATACCTACTACGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAAc < 2:392175/141‑1 (MQ=255) aaTGCAATACCTACTACGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAGCTCACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACa > 2:477891/1‑141 (MQ=255) aaTGCAATACCTACTACGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACa > 2:1176031/1‑141 (MQ=255) tGCAATACCTACTACGATACCACCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACAtt > 1:1113964/1‑141 (MQ=255) aTACCTACTACGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTa > 1:1124419/1‑141 (MQ=255) tACCTACTACGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAAAAATTGTAc > 1:973965/1‑141 (MQ=255) tACCTACTACGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTAc > 1:984321/1‑141 (MQ=255) aCCTACTACGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTTTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTAcc < 2:884781/141‑1 (MQ=255) ccTACTACGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCa > 1:489323/1‑141 (MQ=255) ccTACTACGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTAACACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCa > 1:262017/1‑141 (MQ=255) acGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCt < 2:221884/141‑1 (MQ=255) acGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCt < 1:660495/141‑1 (MQ=255) gATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAg < 1:698781/141‑1 (MQ=255) aTACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAgg > 2:199255/1‑141 (MQ=255) tACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGt > 1:417962/1‑141 (MQ=255) aCCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTc > 2:505661/1‑141 (MQ=255) aCCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTc > 2:278347/1‑141 (MQ=255) cGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTTCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCAt < 2:1070542/141‑1 (MQ=255) gCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTCAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATa > 1:834677/1‑141 (MQ=255) aaTTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTTTTAAAACATTTGTACCATATTCTGGGTCATACTCa > 1:190278/1‑141 (MQ=255) aaTTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACt < 1:892243/141‑1 (MQ=255) tATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACAATTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGCCTTCAcc > 2:710523/1‑140 (MQ=255) aTTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGa > 1:206027/1‑141 (MQ=255) ttGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAg < 1:1123637/141‑1 (MQ=255) ttGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAg > 1:1095868/1‑141 (MQ=255) gctgctTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGt < 2:489323/141‑1 (MQ=255) tgctTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTTACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTCCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACTAGGTaa < 2:200816/141‑1 (MQ=255) gctTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAAt > 2:741915/1‑141 (MQ=255) tCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTc < 2:846876/141‑1 (MQ=255) tCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTc < 2:846901/141‑1 (MQ=255) cAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTcc > 2:159876/1‑141 (MQ=255) cAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTcc > 2:598710/1‑141 (MQ=255) cAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGAATTCACGAGGTAATTTcc > 1:209395/1‑141 (MQ=255) cAACCGCACCCCCAGTAGCTAATAAACCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGGACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTcc < 1:437115/141‑1 (MQ=255) aTCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCct > 1:1015005/1‑141 (MQ=255) tCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGTTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCctt > 2:552859/1‑141 (MQ=255) tCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCctt < 1:507257/141‑1 (MQ=255) cGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGGACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCcttc < 1:797093/141‑1 (MQ=255) gTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTCTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACCAATGACTTCACGAGGTAATTTCCcttct < 2:389705/141‑1 (MQ=255) tACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCcttctt > 1:1137068/1‑141 (MQ=255) tACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTCTAATGAACACACGTTGCAATGTTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCcttctt < 1:865491/141‑1 (MQ=255) accaccAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGAATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCttt > 1:995466/1‑141 (MQ=255) cgccaGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTc < 2:1024817/139‑1 (MQ=255) ccaGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTa > 1:698983/1‑141 (MQ=255) caGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTaa > 2:1067143/1‑141 (MQ=255) aGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAAc < 1:772182/141‑1 (MQ=255) aGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAAc < 1:436987/141‑1 (MQ=255) gTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACa < 1:912959/141‑1 (MQ=255) tAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCAGATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAg < 2:449597/141‑1 (MQ=255) aGCTAAGAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCCTATTCTAGGTAATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAgg > 2:1055140/1‑141 (MQ=255) aaaaCATCTGTAATTAACACACGTTGACTTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAg < 2:325950/141‑1 (MQ=255) ctcatcTGTAATTAACACCCGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGTTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCCACGcc < 2:917524/140‑1 (MQ=255) atcatcTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGcc < 2:534513/141‑1 (MQ=255) tcatcTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCa < 2:807212/141‑1 (MQ=255) catcTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGCCTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCaa < 1:935213/141‑1 (MQ=255) catcTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCaa < 1:995857/141‑1 (MQ=255) catcTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAAGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTACCTTCTTTTCTAACTGGTGGAAAGCCaa > 2:965606/1‑141 (MQ=255) catcTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGGGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCaa > 1:823143/1‑141 (MQ=255) tcTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATc < 2:267819/141‑1 (MQ=255) tcTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATc > 1:756836/1‑141 (MQ=255) tcTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATc > 1:638893/1‑141 (MQ=255) tcTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATc < 2:895428/141‑1 (MQ=255) tcTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATc > 1:695098/1‑141 (MQ=255) tGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACACGTGCAAAGCCAATccc < 1:709776/141‑1 (MQ=255) gTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATcccc < 1:505661/141‑1 (MQ=255) gTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATcccc < 1:278347/141‑1 (MQ=255) aaTTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCAt > 1:1002958/1‑141 (MQ=255) aaTTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCAt < 1:382618/141‑1 (MQ=255) aaTGAACCCACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTTCATTGTTAAAACATTTGAACCATATTCTAGGTCATACTAATAGCGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCAt < 2:1173293/141‑1 (MQ=255) aTTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCAtt > 2:760628/1‑141 (MQ=255) tAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTTCAAAGCCAATCCCCATTGa > 1:582082/1‑141 (MQ=255) tAACACACGTTGACATGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCTCTTCTTTTCTCACAGGTGAAAAGCCACACCCCCTTGa > 2:743370/1‑141 (MQ=255) acacGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATaa > 2:1042490/1‑141 (MQ=255) acacGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGACAATCCCCCTTGAATaa > 2:107154/1‑141 (MQ=255) cGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAgtt > 1:124049/1‑139 (MQ=255) ttGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTAc < 2:984321/141‑1 (MQ=255) tGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGCGGTAATTGCACTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCAATGAATAAGTTACa > 2:725849/1‑141 (MQ=255) tGAACTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCAGTTTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCCTTTCTAACAGGTGCAAAGCCCATCCCCATTAACTAAGTTACa > 2:109017/1‑141 (MQ=255) gACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAg > 2:926345/1‑141 (MQ=255) tGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGTTACAGGACa < 1:490832/141‑1 (MQ=255) gTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGGAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGTTACAGGACAGc > 2:631550/1‑141 (MQ=255) tttACTGGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCGAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCCTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGTCACGGGACAGcc > 2:59078/1‑141 (MQ=255) tttAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCCTTGAATAAGTTACAGGACAGcc > 1:433091/1‑141 (MQ=255) tttAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGTTACAGGACAGcc < 1:673034/141‑1 (MQ=255) aaTTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGTTACAGGACAGCCAAt < 1:594070/141‑1 (MQ=255) tGCATCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCACAGCCAATCCCCCTTGAATAAGCTACGGCACAGCCCATGAt > 2:160268/1‑141 (MQ=255) gCATCTTGGTGAATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCGAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGTTACAGGACAGCCAATGATa < 1:120018/141‑1 (MQ=255) accTTTGTGCATTGTTAACACATTTGTACCATATTCTATGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTACCAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGTTACAGGACAGCCAATGATaaa < 1:693123/139‑1 (MQ=255) ttttGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGCCAATGATAAAGc < 2:918183/140‑1 (MQ=255) cTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGTTACAGGACAGCCAATGATAAAGc < 2:417962/141‑1 (MQ=255) cTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGTTACAGGACAGCCAATGATAAAGc < 1:842603/141‑1 (MQ=255) tgtgCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAATCCAATCCCCATTGAATAAGTTACAGGACAGCCAATGATAAAGCCAc > 1:506862/1‑141 (MQ=255) tgCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGTTACAGGACAGCCAATGATAAAGCCAcgg > 1:897750/1‑140 (MQ=255) gCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGTTACAGTACAGCCAATGATAAAGCCAcccc > 1:552033/1‑138 (MQ=255) gCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGTTACAGGACAGCCAATGATAAAGCCAcgcg < 1:602795/141‑1 (MQ=255) | ATTCAATTATAAATGCAATACCTACTACGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGCCAATGATAAAGCCACGCG > USA300TCH1516_ALE/1744224‑1744502 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |