| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,749,331 | 0 | C | A | 36.0% | 118.8 / 95.4 | 107 | G40C (GGT→TGT) | USA300HOU_RS08710 | Heme uptake protein MmpL11 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (38/30); new base A (17/21); total (55/52) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.14e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.26e-01 | |||||||||||
Only 100 of 111 total aligned reads displayed.
TTCAACTTGAATTTTAGGTTCCGAAACACCTAAAACGTTAACACGATTTTCTAATGTTTGCGCTGTTGATTGTAAGGCTTTTTTATCTATTTTGTCGCCTTTATTTAAAGGATCGACTTGATAAAGCACCTCAAATCCACCTTGCAAATCAAGTCCTAAATTGACATTCTTTATAACACTTTTATAAGTTGCAGCCATTCCGGCAAACAACAATACGACTAAAAGCAAGAACGCAATTATTCTACTACTTTTCTTCACATGAACACCTCATTATTTACGTA > USA300TCH1516_ALE/1749191‑1749471 | ttcAACTTGAATTTTAGGTTCCGAAACACCTAAAACGTTAACACGATTTTCTAATGTTTGCGCTGTTGATTGTAAGGCTTTTTTATCTATTTTGTCGCCTTTATTTAAAGGATCGACTTGATAAAGCACCTCAAATCCAcc < 1:921139/141‑1 (MQ=255) aaCTTGAATTTTAGGTTCCGAAACACCTAAAACGTTAACACGATTTTCTAATGTTTGCGCTGTTGATTGTAAGGCTTTTTTATCTATTTTGTCGCCTTTATTTAAAGGATCGACTTGATAAAGCACCTCAAATCCACCTTg < 2:154077/141‑1 (MQ=255) aaCTTGAATTTTAGGTTCCGAAACACCTAAAACGTTAACACGATTTTCTAATGTTTGCGCTGTTGATTGTAAGGCTTTTTTATCTATTTTGTCGCCTTTATTTAAAGGATCGACTTGATAAAGCACCTCAAATCCACCTTg < 2:291207/141‑1 (MQ=255) aCTTGAATTTTAGGTTCCGAAACACCTAAAACGTTAACACGATTTTCTAATGTTTGCGCTGTTGATTGTAAGGCTTTTTTATCTATTTTGTCGCCTTTATTTAAAGGATCGACTTGATAAAGCACCTCAAATCCACCTTGc < 1:603420/141‑1 (MQ=255) 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|
| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |