| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,761,889 | C→A | 17.4% | D388Y (GAT→TAT) | fpgS ← | Folylpolyglutamate synthase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,761,889 | 0 | C | A | 17.4% | 235.9 / 33.4 | 102 | D388Y (GAT→TAT) | fpgS | Folylpolyglutamate synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (42/41); new base A (12/6); total (54/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.98e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.05e-01 | |||||||||||
Only 100 of 108 total aligned reads displayed.
GATTCTTCATGGCTATTTTAGTTTTAGTTTTATAATGCTTCAAAGTCTAATTTTGATTTAACTTCACTTATGAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATCTACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCAAATTCAGTTGCATAAAACGTATGCGCAATTAAACTTAAATGTTTGACCATCTCGTTAATCGGTTTTCCG > USA300TCH1516_ALE/1761750‑1762028 | aaTTCTTCATGGCAATTTTAGTTTTAGTTTTATAATGCTTCAAAGTCTAATTTTGATTTAACTTCACTTATGAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATct < 1:446106/140‑1 (MQ=255) aTTCTTCATGGCTATTTTAGTTTTAGTTTTATAATGCTTCAAAGTCTAATTTTGATTTAACTTCACTTATGAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATcta > 2:826521/1‑141 (MQ=255) ttcttcATGGCTATTTTAGTTTTAGTTTTATAATGCTTCAAAGTCTAATTTTGATTTAACTTCACTTATGAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATctac > 2:1060798/1‑141 (MQ=255) cttcATGGCTATTTTAGTTTTAGTTTTATAATGCTTCAAAGTCTAATTTTGATTTAACTTCACTTATGAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATctacta > 2:478977/1‑141 (MQ=255) ttcATGGCTATTTTAGTTTTAGTTTTATAATGCTTCAAAGTCTAATTTTGATTTAACTTCACTTATGAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATCTACTaa < 1:966585/141‑1 (MQ=255) ttcATGGCTATTTTAGTTTTAGTTTTATAATGCTTCAAAGTCTAATTTTGATTTAACTTCACTTATGAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTaa > 1:1162831/1‑141 (MQ=255) tcATGGCTATTTTAGTTTTAGTTTTATAATGCTTCAAAGTCTAATTTTGATTTAACTTCACTTATGAAATACAGACTACCGGTACTTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATCTCCTAAt > 1:273328/1‑141 (MQ=255) tcATGGCTATTTTAGTTTTAGTTTTATAATGCTTCAAAGTCTAATTTTGATTTAACTTCACTTATGAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATCTACTAAt < 2:345852/141‑1 (MQ=255) tcATGGCTATTTTAGTTTTAGTTTTATAATGCTTCAAAGTCTAATTTTGATTTAACTTCACTTATGAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATCTACTAAt < 2:60895/141‑1 (MQ=255) tcATGGCTATTTTAGTTTTAGTTTTATAATGCTTCAAAGTCTAATTTTGATTTAACTTCACTTATGAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAAt > 1:1015515/1‑141 (MQ=255) tcATGGCTATTTTAGTTTTAGTTTCATAATGCTTCAAAGTCTAATTTTGATTTAACTTCACTTATGAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATCTACTAAt > 1:761359/1‑141 (MQ=255) tGGCTATTTTAGTTTTAGTTTTATAATGCTTCAAAGTCTAATTTTGATTTAACTTCACTTATGAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATCTACTAATTGt > 1:933469/1‑141 (MQ=255) tGGCTATTTTAGTTTTAGTTTTATAATGCTTCAAAGTCTAATTTTGATTTAACTTCACTTATGAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATCTACTAATTGt > 2:369317/1‑141 (MQ=255) tGGCTATTTTAGTTTAAGTTTTATAATGCTTCAAAGTCTAATTTTGATTTAACTTCACTTATGAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATCTACTAATTGt > 1:891804/1‑141 (MQ=255) tATTTTAGTTTTAGTTTTATAATGCTTCAAAGTCTAATTTTGATTTAACTTCACTTATGAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATGGTAttt > 1:346484/1‑141 (MQ=255) tttagttttagtTTTATAATGCTTCAAAGTCTAATTTTGATTTAACTTCACTTATGAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTtcat < 2:401518/141‑1 (MQ=255) tagttttagtttTATAATGCTTCAAAGTCTAATTTTGATTTAACTTCACTTATGTAATACAGACTACCGGTAATTAGTAATGTATCACCTTGATACTTTTTTATAAATTAAACGTAGTCATCTACTAATTGTGTTtgatct > 2:126820/1‑140 (MQ=255) agttttagttttATAATGCTTCAAAGTCTAATTTTGATTTAACTTCACTTATGAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATCTACTAATTGTATTTcatcat > 2:34141/1‑141 (MQ=255) agttttagttttATAATGCTTCAAAGTCTAATTTTGATTTAACTTCACTTATGAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTcatcat < 2:1015515/141‑1 (MQ=255) agttttagttttATAATGCTTCAAAGTCTAATTCTGATTTAACTTCACTTATGAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATCTACTAATTGTATTTcatcat > 2:1007309/1‑141 (MQ=255) ttagttttaTAATGCTTCAAAGTCTAATTTTGATTTAACTTCACTTATGAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTTATAATTTTTTCTAAATTCAACGTAGTCATCTACTAATTGTATTTCATCATGTTc > 1:197172/1‑141 (MQ=255) tagttttaTAATGCTTCAAAGTCTAATTTTGATTTAACTTCACTTATGAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCa < 1:152178/141‑1 (MQ=255) ttaTAATGCTTCAAAGTCTAATTTTGATTTAACTTCACTTATGACATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCAGCTACTAATTGTATTTCATTATTTTCAAtact > 2:938663/1‑141 (MQ=255) ttaTAATGCTTCAAAGTCTAATTTTGATTTAACTTCACCTATGAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATCTACTAATTGTATTTCATCATTTTCAAtact < 1:98182/141‑1 (MQ=255) ttaCAATGCTTCAAAGTCTAATTTTGATTTAACTTCACTTATGAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATCTACTAATTGTATTTCATCATTTTCAAtact < 2:1107859/141‑1 (MQ=255) actaTGCNTCAAACTTTTATTTTGATTTAACTTCACTTATGAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATCTACTAATTGTATTTCATCATTTTCAAtactac < 2:15720/138‑1 (MQ=255) taATGCTTCAAAGTCTAATTTTGATTTAACTTCACTTATGAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATCTACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATActacc < 1:979585/141‑1 (MQ=255) taATGCTTCAAAGTCTAATTTTGATTTAACTTCACTTATGAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATActacc < 1:683867/141‑1 (MQ=255) tGCTTCAAAGTCTAATTTTGATTTAACTTCACTTATGAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATCTACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATActacctac < 2:141274/141‑1 (MQ=255) gCTTCAAAGTCTAATTTTGATTTAACTTCACTTATGAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATCTACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACa > 1:456314/1‑141 (MQ=255) gCTTCAAAGTCTAATTTTGATTTAACTTCACTTATGAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACtacataca > 2:814182/1‑141 (MQ=255) gCTTCAAAGTCTAATTTTGATTTAACTTCACTTATGAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTAACTACa > 1:475705/1‑141 (MQ=255) cTTCAAAGTCTAATTTTGATTTAAGTTCACTTATGAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATCTACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACaa > 1:766435/1‑141 (MQ=255) cTTCAAAGTCTAATTTTGATTTAACTTCACTTATGAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATCTACTAACTGTATTTCATCATTTCCTCTACTCCCTTCaa < 2:1004034/141‑1 (MQ=255) ttCAAAGTCTAATTTTTATTTAACTTCACTTATGAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATCTACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAAt < 1:277677/141‑1 (MQ=255) aaGTCTAATTTTGATTTAACTTCACTTATGAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATCTACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATttct < 2:553148/141‑1 (MQ=255) aaGTCTAATTTTGATTTAACTTCACTTATGAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATCTACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATttct < 1:1138236/141‑1 (MQ=255) aaGTCTAATTTTGATTTAACTTCACTTATGAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATCTACTAATTGTATTTCATCATTTGCAATACTACCTACAATttct > 2:929828/1‑141 (MQ=255) tCTAATTTTGATTTAACTTCACTTATGAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATCTACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTtcttct > 2:827769/1‑141 (MQ=255) tttGATTTAACTTCACTTATGAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATCTACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGt < 1:598791/141‑1 (MQ=255) tGATTTAACTTCACTTATGAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTaa < 1:526077/141‑1 (MQ=255) cTTCACTTATGAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCg < 1:310744/141‑1 (MQ=255) aCTTATGAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCGGCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATCTACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGaaa > 2:596669/1‑141 (MQ=255) ttATGAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTACCGCTTTCGGAAAAt > 2:204790/1‑141 (MQ=255) aTGAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATCTACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCa < 1:679852/141‑1 (MQ=255) aTGAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATCTACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCa > 1:532292/1‑141 (MQ=255) aTGAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATCTACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCa > 1:465516/1‑141 (MQ=255) aTGAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATCTACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCa > 1:131483/1‑141 (MQ=255) aTACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATCTACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCAAATTc > 1:1083718/1‑141 (MQ=255) aCAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATCTACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCAAATTCAg > 1:1098149/1‑141 (MQ=255) aCAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATCTACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAACCAAATTCat > 2:454954/1‑140 (MQ=255) cAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATCTACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCAAATTCAGt > 1:372804/1‑141 (MQ=255) gACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATCTACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCAAATTCAGTTg > 1:180848/1‑141 (MQ=255) aCTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATCTACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCAAATTCAGTTGc > 1:861229/1‑141 (MQ=255) gTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATCTACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCAAATTCAGTTGCATAAAAc > 1:729162/1‑141 (MQ=255) gTAATTACTAATGTATCACCTGGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATCTACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCATTGCATAACGCTCTCGGAAAATCAAATTCAGTTGCATAAAAc > 2:247695/1‑141 (MQ=255) tAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATCTACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCAAATTCAGTTGCATAAAACg < 1:1015532/141‑1 (MQ=255) tAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATCTACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCAAATTCAGTTGCATAAAACg < 1:478977/141‑1 (MQ=255) tAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAAAGTAGTCATCTACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAAGGCTTTCGGAAAATAAAATTCAGTTTCATaaaaag > 1:422381/1‑139 (MQ=255) aaTTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATCTACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCAAATTCAGTTGCATAAAACGt < 1:1133947/141‑1 (MQ=255) tACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATCTACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCAAATTCAGTTGCATAAAACGTATg < 1:1060798/141‑1 (MQ=255) ccTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATCTACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTGTCGGAAAATCAAATTCAGTTGCATAAAGCGTATgc < 2:273328/140‑1 (MQ=255) cTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATCTACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCAAATTCAGTTGCATAAAACGTATgcg < 2:861229/141‑1 (MQ=255) cTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATCTACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCAAATTCAGTTGCATAAAACGTATgcg < 2:952162/141‑1 (MQ=255) cTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATCTACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCAAATTCAGTTGCATAAAACGTATgcg < 2:423098/141‑1 (MQ=255) aaTGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCAAATTCAGTTGCATAAAACGTATGCGCa > 1:1134101/1‑141 (MQ=255) tATCACCTTTATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATTTACTTATTGTATTTCATCATTTTCACAACTACCTAGAATTTCTTCTTTGCGTAACCCTTTCGGAAAACCAAATTCAGTTGCATAAAACGTATTCGCAATTa < 2:580168/141‑1 (MQ=255) tCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTCGTCATCTACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATAATACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCGAATTCAATTGAATACAAAGTATGCGCAATTaaa > 1:153939/1‑141 (MQ=255) tCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATCTACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCAAATTCAGTTGCATAAAACGTATGCGCAATTaaa > 1:946404/1‑141 (MQ=255) aCCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCAAATTCAGTTGCATAAAACGTATGCGCAATTAAACt > 2:412146/1‑141 (MQ=255) gATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATCTACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGCAAATCAAATTCAGTTGCATACAACGTATGCGCAATTAAACTTAAAt > 1:4189/1‑141 (MQ=255) gATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATCTACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCAAATTCAGTTGCATAAAACGTATGCGCAATTAAACTTAAAt > 1:914396/1‑141 (MQ=255) aTAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATCTACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCAAATTCAGTTGCATAAAACGTATGCGCAATTAAACTTAAATg < 1:826521/141‑1 (MQ=255) tAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATCTACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCAAATTCAGTTGCATAAAACGTATGCGCAATTAAACTTAAATGt > 1:109757/1‑141 (MQ=255) tAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCAAATTCAGTTGCATAAAACGTATGCGCAATTAAACTTAAATGt > 1:1014149/1‑141 (MQ=255) aTTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATCTACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCAAATTCAGTTGCATAAAACGTATGCGCAATTAAACTTAAATGttt < 2:131483/141‑1 (MQ=255) ttttttATAAATTCAACGTAGTCATCTACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCAAATTCAGTTGCATAAAACGTATGCGCAATTAAACTTAAATGTTTg < 2:970638/141‑1 (MQ=255) ttttttATAAATTCAACGTAGTCATCTACTAATTGTATTTCATCATTTACAGTACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCAAATTCAGTTGCATAAAACGTATGCGCAATTAAACTTAAATGTTTg < 1:34141/141‑1 (MQ=255) ataAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCAAATTCAGTTGCATAAAACGTATGCGCAATTAAACTTAAAAGTTTGACCAtc > 2:336034/1‑141 (MQ=255) taAATTCAACGTAGTGATCTACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTGCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCAAATTCAGTTGCATAAAACGTATGCGCAATTAAACTTAAATGTTTGACCAtct > 2:1054943/1‑141 (MQ=255) aaaTTCAACGTAGTCATCTACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACCATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCAAATTCAGTTGCATAAAACGTATGCGCAATTAAACTTAAATGTTTGACCAtctc < 1:89369/141‑1 (MQ=255) aaaTTCAACGTAGTCATCTACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCAAATTCAGTTGCATAAAACGTATGCGCAATTAAACTTAAATGTTTGACCAtctc < 1:541108/141‑1 (MQ=255) aaaTTCAACGTAGTCATCTACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCAAATTCAGTTGCATAAAACGTATGCGCAATTAAACTTAAATGTTTGACCAtctc < 1:1091261/141‑1 (MQ=255) ttCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATATCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCAAATTCAGTTGCATAAAACGTATGCGCAATTAAACTTAAATGTTTGACCATCTCGtt > 1:795899/1‑141 (MQ=255) aCGTAGTCATCTACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCAAATTCAGTTGCATAAAACGTATGCGCAATTAAACTTAAGTGTTTGACCATCTCGTTTAtt > 2:364203/1‑140 (MQ=255) aCGCAGCCATCTACTAATTGTATTCGATCATTTTCAATACTACCTATAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCAAATTCAGTTGCATAAAACGTATGCGCAATTAAACTTAAATGTTTGACCATCTCGTTAATc < 2:56594/141‑1 (MQ=255) gTAGTCATCTACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCAAATTCAGTTGCATAAAACGTATGCGCAATTAAACTTAAATGTTTGACCATCTCGTTAATCgg > 1:661696/1‑141 (MQ=255) gTAGTCATCTACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCAAATTCAGTTGCATAAAACGTATGCGCAATTAAACTTAAATGTTTGACCATCTCGTTAATCgg < 2:1098149/141‑1 (MQ=255) gTAGTCATCTACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTAACCTTTCGTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCAAATTCAGTTGCATAAAACGTATGCGCAATTAAACTTAAATGTTTGACCATCTCGTTAATCgg < 1:1172732/141‑1 (MQ=255) gTAGTCATCTACTAAGTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCAAATTCAGTTGCATAAAACGTATGCGCAATTAAACTTAAATGTTTGACCATCTCGTTAATCgg < 1:152462/141‑1 (MQ=255) gTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCAAATTCAGTTGCATAAAACGTATGCGCAATTAAACTTAAATGTTTGACCATCTCGTTAATCgg > 2:857420/1‑141 (MQ=255) aGTCATCTACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCAAATTCAGTTGCATAAAACGTATGCGCAATTAAACTTAAATGTTTGACCATCTCGTTAATCGGtt > 2:38777/1‑141 (MQ=255) gTCATCTACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCAAATTCAGTTGCATAAAACGTATGCGCAATTAAACTTAAATGTTTGACCATCTCGTTAATCGGttt < 2:343592/141‑1 (MQ=255) gTCATCTACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCAAATTCAGTTGCATAAAACGTATGCGCAATTAAACTTAAATGTTTGACCATCTCGTTAATCGGttt > 1:49022/1‑141 (MQ=255) tCATCTACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCAAATTCAGTTGCATAAAACGTATGCGCAATTAAACTTAAATGTTTGACCATCTCGTTAATCGGtttt > 2:825770/1‑141 (MQ=255) cATCTACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCAAATTCAGTTGCATAAAACGTATGCGCACTTAAACTTCAATGTTATACCAGCTCGTTAATCgagtgtc > 2:835671/1‑135 (MQ=255) aTCTACTACTTGTATTTCATCATTTTCAATACCACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCAAATTCAGTTGCATAAAACGTATGCGCAATTAAACTTAAATGTTTGACCATCTCGTTAATCGGTTTTcc < 1:412898/141‑1 (MQ=255) tCTACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCAAATTCAGTTGCATAAAACGTATGCGCAATTAAACTTAAATGTTTGACCATCTCGTTAATCGTTTTTCCg > 2:245930/1‑141 (MQ=255) tCTACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCAAATTCAGTTGCATAAAACGTATGCGCAATTAAACTTAAATGTTTGACCATCTCGTTAATCGGTTTTCCg < 2:840791/141‑1 (MQ=255) tCTACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCAAATTCAGTTGCATAAAACGTATGCGCAATTAAACTTAAATGTTTGACCATCTCGTTAATCGGTTTTCCg < 1:178488/141‑1 (MQ=255) | GATTCTTCATGGCTATTTTAGTTTTAGTTTTATAATGCTTCAAAGTCTAATTTTGATTTAACTTCACTTATGAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATCTACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCAAATTCAGTTGCATAAAACGTATGCGCAATTAAACTTAAATGTTTGACCATCTCGTTAATCGGTTTTCCG > USA300TCH1516_ALE/1761750‑1762028 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |