| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,776,265 | C→A | 11.1% | V87L (GTA→TTA) | clpX ← | ATP‑dependent Clp protease ATP‑binding subunit ClpX |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,776,265 | 0 | C | A | 11.1% | 260.7 / 15.0 | 94 | V87L (GTA→TTA) | clpX | ATP‑dependent Clp protease ATP‑binding subunit ClpX |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (40/43); new base A (6/5); total (46/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.56e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 | |||||||||||
Only 100 of 102 total aligned reads displayed.
CTTGGCTAAGGTTTGAGCTAATAATGTTTTACCACTACCTGTTGGCCCAATTAATGCAATGTTACTTTTTTGTAATTCAACATCATCTTCTTTTGGTCCTAATTGTTGAATACGCTTATAGTGGTTATAAACAGCTACAGCTAAAGATTTTTTAGCTTTTTCTTGACCAATAACATATTCGTTTAAATGATCCATAATTTCTTTAGGAGTAGGTAATTCTGTCATCGCTTCAGAAGTGTTTTGAGCTAATTCTTCTTCGACGATTTCTGAGCATAATT > USA300TCH1516_ALE/1776128‑1776405 | cTTGGCTAAGGTTTGAGCTAATAATGTTTTACCACTACCTGTTGGCCCAATTAATGCAATGTTACTTTTTTGTTTTTCTACATCATCTTCTTTTGGTCCTAATTGTTGAATACGCTTATAGTGGTTATAAacagctactgc > 2:78280/1‑141 (MQ=255) ttGGCTAAGGTTTGAGCTAATAATGTTTTACCACTACCTGTTGGCCCAATTAATGCAATGTTACTTTTTTGTAATTCAACATCATCTTCTTTTGGTCCTAATTGTTGAATACGCTTATAGTGGTTATAAacagctacagct < 2:301778/141‑1 (MQ=255) ttGGCTAAGGTTTGAGCTAATAATGTTTTACCACTACCTGTTGGCCCAATTAATGCAATGTTACTTTTTTGTAATTCAACATCATCTTCTTTTGGTCCTAATTGTTGAATACGCTTATAGTGGTTATAAacagctacagct < 2:827106/141‑1 (MQ=255) gCTAAGGTTTGAGCTAATAATGTTTTACCACTACCTGTTGGCCCAATTAATGCAATGTTACTTTTTTGTAATTCAACATCATCTTCTTTTGGTCCTAATTGTTGAATACGCTTATAGTGGTTATAAACAGCTACAGCTaaa < 2:84751/141‑1 (MQ=255) gCTAAGGTTTGAGCTAATAATGTTTTACCACTACCTGTTGGCCCAATTAATGCAATGTTACTTTTTTGTAATTCAACATCATCTTCTTTTGGTCCTAATTGTTGAATACGCTTATAGTGGTTATAAACAGCTACAGCTaaa > 1:157257/1‑141 (MQ=255) gCTAAGGTTTGAGCTAATAATGTTTTACCACTACCTGTTGGCCCAATTAATGCAATGTTACTTTTTTGTAATTCAACATCATCTTCTTTTGGTCCTAATTATTGAATACGCTTATAGTGGTTATAAACAGCTACAGCTaaa < 1:854206/141‑1 (MQ=255) aGGTTTGAGTTAATAATGTTTTACCAGTACCTGTTGGCCCAATTAATGCATTGTTACTTTTTTGTAATTCAACATCATCTTCTTTTGGTCCTAATTGTTGAATACGCTTATAGTGGTTATAAACAGCTACAGCTAAAGAtt < 2:18832/141‑1 (MQ=255) aGGTTTGAGCTAATAATGTTTTACCACTACCTGTTGGCCCAATTAATGCAATGTTACTTTTTTGTAATTCAACATCATCTTCTTTTGGTCCTAATTGTTGAATACGCTTATAGTGGTTATAAACAGCTACAGCTAAAGAtt > 1:103215/1‑141 (MQ=255) aGGTTTGAGCTAATAATGTTTTACCACTACCTGTTGGCCCAATTAATGCAATGTTACTTTTTTGTAATTCAACATCATCTTCTTTTGGTCCTAATGGTGGAATACGCTTATAGTGGTTATAAACAGCTACAGCTAAAGAtt > 1:1118243/1‑141 (MQ=255) ggTTTGAGCTAATAATGTTTTACCACTACCTGTTGGCCCAATTAATGCAATGTTACTTTTTTGTAATTCAACATCATCTTCTTTTGGTCCTAATTGTTGAATACGCTTATAGTGGTTATAAACAGCTACAGCTAAAGAttt < 1:732657/141‑1 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2:68690/1‑141 (MQ=255) aatGTTTTACCACTACCTGTTGGCCCAATTAATGCAATGTTACTTTTTTGTAATTCAACATCATCTTCTTTTGGTCCTAATTGTTGAATACGCTTATAGTGGTTATAAACAGCTACAGCTAAAGATTTTTTAGCTTTTTCt < 1:126193/141‑1 (MQ=255) tGTTTTACCACTACCTGTTGGCCCAATTAATGCAATGTTACTTTTTTGTAATTCAACATCATCTTCTTTTGGTCCTAATTGTTGAATACGCTTATAGTGGTTATAAACAGCTACAGCTAAAGATTTTTTAGCTTTTTCTTg < 2:462231/141‑1 (MQ=255) gTTTTACCACTACCTGTTGGCCCAATTAATGCAATGTTACTTTTTTGTAATTCAACATCATCTTCTTTTGGTCCTAATTGTTGAATACGCTTATAGTGGTTATAAACAGCTACAGCTAAAGATTTTTTAGCTTTTTCTTGa > 1:19644/1‑141 (MQ=255) ttttACCACTACCTGTTGGCCCAATTAATGCTATGTTACTTTTTTGTAATTCAACATCATCTTCTTTTGGTCCTAATTGTTGAATACGCTTATAGTGGTTATAAACAGCTACAGCTAAAGATTTTTTAGCTTTTTCTTGAc < 1:324513/141‑1 (MQ=255) tACCACTACCTGTTGGCCCAATTAATGCAATGTTACTTTTTTGTAATTCAACATCATCTTCTTTTGGTCCTAATTGTTGAATACGCTTATAGTGGTTATAAACAGCTACAGCTAAAGATTTTTTAGCTTTTTCTTGACCaa > 2:619632/1‑141 (MQ=255) aCCACTACCTGTTGGCCCAATTAATGCAATGTTACTTTTTTGTAATTCAACATCATCTTCTTTTGGTCCTAATTGTTGAATACGCTTATAGTGGTTATAAACAGCTACAGCTAAAGATTTTTTAGCTTTTTCTTGACCAAt > 1:50521/1‑141 (MQ=255) cTACCTGTTGGCCCAATTAATGCAATGTTACTTTTTTGTAATTCAACATCATCTTCTTTTGGTCCTAATTGTTGAATACGCTTATAGTGGTTATAAACAGCTACAGCTAAAGATTTTTTAGCTTTTTCTTGACCAATAACa > 1:791354/1‑141 (MQ=255) ccTGTTGGCCCAATTAATGCAATGTTACTTTTTTGTAATTCAACATCATCTTCTTTTGGTCCTAATTGTTGAATACGCTTATAGTGGTTATAAACAGCTACAGCTAAAGATTTTTTAGCTTTTTCTTGACCAATAACatat < 1:204101/141‑1 (MQ=255) tGTTGGCCCAATTAATGCAATGTTACTTTTTTGTAATTCAACATCATCTTCTTTTGGTCCTAATTGTTGAATACGCTTATAGTGGTTATAAACAGCTAAAGCTAAAGATTTTTTAGCTTTTTCTTGACCAATAACATATTc < 1:668344/141‑1 (MQ=255) gTTGGCCCAATTAATGCAATGTTACTTTTTTTTTTTTTTTTTTCATCTTAATTTGGTCTTCGTTGTTGAATACGCTTATAGGGGGTATAAACAGCTACCGCCCAAGCTTCTTCAGCTTTTTCTTGACCAATAACATATTCg > 2:678276/1‑141 (MQ=255) gCCCAATTAATGCAATGTTACTTTTTTGTAATTCAACATCATCTTCTTTTGGTCCTAATTGTTGAATACGCTTATAGTGGTTATAAACAGCTACAGCTAAAGATTTTTTAGCTTTTTCTTGACCAATAACATATTCGTTTa > 1:896457/1‑141 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gCAATGTTACTTTTTTGTAATTCAACATCATCTTCTTTTGGTCCTAATTGTTGAATACGCTTATAGTGGTTATAAACAGCTACAGCTAAAGATTTTTTAGCTTTTTCTTGACCAATAACATATTCGTTTAAATGATCCATa < 1:1193979/141‑1 (MQ=255) cAATGTTCCTTTTTTGTAATTGAACATCATCTTCTTTTGGTCCTAATTGTTGAATACGCTTATAGTGGTTATAAACAGCTACAGCTCAAGATTTTTAAGCCTTTTCTTAACTAATCAAATATTCGTTTAAATGATCCATat > 2:822792/1‑140 (MQ=255) cAATGTTACTTTTTTTTTATTTTTCAACATCATCATTTGGCCCTAATTATTGAATACGCTTATAGTGGCTATAAACAGCTCCAGCTAAAGCTCATTTAGCTCTCTCTTGACCAATAACATATTCGTTTAAATGATCCaaca > 2:1032679/1‑138 (MQ=255) cAATGTTACTTTTTTGTAATTCAACATCATCTTCTTTTGGTCCTAATTGCTGAATACGCTTATAGTGGTTATAAACAGCTCCAGCTAAAGATTTTTTAGCTTTTTCTTGACCAATAACATATTCGTTTAGATGATCCATaa < 1:298782/141‑1 (MQ=255) aaTGTTACTTTTTTGTAATTCAACATCATCTTCTTTTGGTCCTAATTGTTGAATACGCTTATAGTGGTTATAAACAGCTACAGCTAAAGATTTTTTAGCTTTTTCTTGACCAATAACATATTCGTTTAAATGATCCATAAt > 1:93664/1‑141 (MQ=255) aTGTTACTTTTTTGTAATTCAACATCATCTTCTTTTGGTCCTAATTGTTGAATACGCTTATAGTGGTTATAAACAGCTACAGCTAAAGATTTTTTAGCTTTTTCTTGACCAATAACATCTTCGTTTAAATGATCCATAAtt < 2:875813/141‑1 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gTTATAAACAGCTACAGCTAAAGATTTTTTAGCTTTTTCTTGACCAATAACATATTCGTTTAAATGATCCATAATTTCTTTAGGAGTAGGTAATTCTGTCATCGCTTCAGAAGTGTTTTGAGCTAATTCTTCTTCGACGAt < 1:104190/141‑1 (MQ=255) tataAACAGCTACAGCTAAAGATTTTTTAGCTTTTTCTTGACCAATAACATATTCGTTTAAATGATCCATACTTTCTTCTGGCCAATTGAAGTCGAACAGCGCTCCTGAAGTGTTTTGAGCTAATTCTTCTTCGACGAtgt > 2:543320/1‑139 (MQ=255) ataAACAGCTACAGCTAAAGATTTTTTAGCTTTTTCTTGACCAATAACATATTCGTTTAAATGATCCATAATTTCTTTAGGAGTAGGTAATTCTGTCATCGCTTCAGAAGTGTTTTGAGCTAATTCTTCTTCGACGATTTc > 2:331508/1‑141 (MQ=255) aaaCAGCTACAGCTAAAGATTTTTTAGCTTTTTCTTGACCAATAACATATTCGTTTAAATGATCCATAATTTCTTTAGGAGTAGGTAATTCTGTCATCGCTTCAGAAGTGTTTTGAGCTAATTCTTCTTCGACGATTTCTg < 1:768995/141‑1 (MQ=255) aaaCAGCTAAAGCTAAAGATTTTTTAGCTTTTTCTTGACCAATAACATATTCGTTTAAATGATCCATAATTTCTTTAGGAGTAGGTAATTCTGTCATCGCTTCTGAAGTGTCTTGAGCTAATTCTTCTTCGACGATTCCTg > 2:484114/1‑141 (MQ=255) aaaCAGCTAAAGCTAAAGATTTTTTAGCTTTTTCTTGACCAATAACATATTCGTTTAAATGATCCATAATTTCTTTAGGAGTAGGTAATTCTGTCATCGCTTCAGAAGTGTTTTGAGCTAATTCTTCTTCGACGAtttgtt > 2:484419/1‑138 (MQ=255) acagctacagctAAAGATTTTTTAGCTTTTTCTTGACCAATAACATATTCGTTTAAATGATCCATAATTTCTTTAGGAGTAGGTAATTCTGTCATCGCTTCAGAAGTGTTTTGAGCTAATTCTTCTTCGACGATTTCTGAg > 1:419632/1‑141 (MQ=255) cagctacagctaAAGATTTTTTAGCTTTTTCTTGACCAATAACATATTCGTTTAAATGATCCATAATTTCTTTAGGAGTAGGTAATTCTGTCATCGCTTCAGAAGTGTTTTGAGCTAATTCTTCTTCGACGATTTCTGAGc < 2:1069460/141‑1 (MQ=255) agctacagctaAAGATTTTTTAGCTTTTTCTTGACCAATAACATATTCGTTTAAATGATCCATAATTTCTTTAGGAGTAGTTACTTATGTCATCGCTTCAGAAGGGTTTAGGGCTACTTCTTCTTCGGCGATTTCtaccca > 2:1159534/1‑136 (MQ=255) acagctaAAGATTTTTTAGCTTTTTCTTGACCAATAACATATTCGTTTAAATGATCCATAATTTCTTTAGGAGTAGGTAATTCTGTCATCGCTTCAGAAGTGTTTTGAGCTAATTCTTCTTCGACGATTTCTGAGCATAAt < 1:228012/141‑1 (MQ=255) cagctaAAGATTTTTTAGCTTTTTCTTGACCAATAACATATTCGTTTAAATGATCCATAATTTCTTTAGGAGTAGGTAATTCTGTCATCGCTTCATAAGTGTTTTGAGCTAATTCTTCTTCGACGATTTCTGAGCATAAtt > 2:508728/1‑141 (MQ=255) | CTTGGCTAAGGTTTGAGCTAATAATGTTTTACCACTACCTGTTGGCCCAATTAATGCAATGTTACTTTTTTGTAATTCAACATCATCTTCTTTTGGTCCTAATTGTTGAATACGCTTATAGTGGTTATAAACAGCTACAGCTAAAGATTTTTTAGCTTTTTCTTGACCAATAACATATTCGTTTAAATGATCCATAATTTCTTTAGGAGTAGGTAATTCTGTCATCGCTTCAGAAGTGTTTTGAGCTAATTCTTCTTCGACGATTTCTGAGCATAATT > USA300TCH1516_ALE/1776128‑1776405 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |