| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,010,363 | C→T | 100% | C146Y (TGT→TAT) | USA300HOU_RS10125 ← | Putative multidrug export ATP‑binding/permease protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,010,363 | 0 | C | T | 100.0% | 304.2 / ‑6.5 | 97 | C146Y (TGT→TAT) | USA300HOU_RS10125 | Putative multidrug export ATP‑binding/permease protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (52/44); minor base A (0/1); total (52/45) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
TTTCACGTGTCAATTTTCTTAATCTTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAAT‑GGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATACAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACTTAAAGCTTGTAAATGGTTGTAT > USA300TCH1516_ALE/2010226‑2010500 | tttCACGTGTCAATTTTCTTAATCTTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAAT‑GGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAAt > 1:1035139/1‑141 (MQ=255)tttCACGTGTCAATTTTCTTAATCTTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAAT‑GGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAAt > 1:994806/1‑141 (MQ=255) ttCACGTGTCAATTTTCTTAATCTTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAAT‑GGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATc > 1:440326/1‑141 (MQ=255) tCACGTGTCAATTTTCTTAATCTTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAAT‑GGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCt < 2:957715/141‑1 (MQ=255) cACGTGTCAATTTTCTTAATCTTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAAT‑GGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTa > 2:444860/1‑141 (MQ=255) cACGTGTCAATTTTCTTAATCTTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAAT‑GGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTa > 1:689603/1‑141 (MQ=255) cACGTGTCAATTTTCTTAATCTTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAAT‑GGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTa > 2:671922/1‑141 (MQ=255) aaTTTTCCTCATCTCCCAAATCAAACGTACACCGTTAAAATGTACACTCCAGGTGA‑AAACAGTGCTCCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAATCACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAata < 1:517854/141‑1 (MQ=255) ttttGTTAATCTTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAAT‑GGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGTAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATAtt > 1:812934/1‑141 (MQ=255) tttCTTCATCTTCCAAATAAAACCTACACCGTTAAAATGTAAAAT‑GGGACGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTc < 1:479960/141‑1 (MQ=255) tttCTTAATCTTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAAT‑GGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTc < 1:960996/141‑1 (MQ=255) ttCTTAATCTTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAAT‑GGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCGCATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCa > 1:676358/1‑141 (MQ=255) tCTTAATCTTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAAT‑GGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATGATCTAATCAAATATTAAt > 2:775805/1‑141 (MQ=255) tCTTAATCTTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAAT‑GGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCAt > 2:375018/1‑141 (MQ=255) ttAATCTTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAAT‑GGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTa > 2:260233/1‑141 (MQ=255) ttAATCTTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAAT‑GGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTa > 2:201207/1‑141 (MQ=255) ttAATCTTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAAT‑GCGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTa < 1:283254/141‑1 (MQ=255) aaTCTTCCAAAGAAAACGTACACCGGTAAAATGTAAAAT‑GGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAAc > 1:597740/1‑141 (MQ=255) ttCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAAT‑GGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCgg < 2:7047/141‑1 (MQ=255) cAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAAT‑GGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATTTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTa > 1:1114273/1‑141 (MQ=255) cAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAAT‑GGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTa > 2:189035/1‑141 (MQ=255) aaGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAAT‑GGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTaaa > 2:159614/1‑141 (MQ=255) aaGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAAT‑GGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACAACTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTaaa > 2:722813/1‑141 (MQ=255) aGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAAT‑TGGAAGATAAACAGAGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTaaca < 2:538900/141‑3 (MQ=255) aGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAAT‑GGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGGTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACACGGGTaaaa > 1:309944/1‑141 (MQ=255) aGAAAACGCACACCGTTAAAATGTAAAAT‑GGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTaaaa < 1:378942/141‑1 (MQ=255) 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2:946448/1‑141 (MQ=255) cGTACACCGTTAAAATGTAAAAT‑GGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAAt > 1:1041772/1‑141 (MQ=255) tACACCGTTAAAATGTAAAAT‑GGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCt > 1:446412/1‑141 (MQ=255) tACACCGTTAAAATGTAAAAT‑GGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTAATTAACCCGGTTAAAATGAAATCt > 2:480056/1‑141 (MQ=255) taaaatgtaaaat‑gGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGACCATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTtttgtttg < 2:425374/141‑1 (MQ=255) taaaatgtaaaat‑gGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTtttgtttg < 1:320763/141‑1 (MQ=255) aatgtaaaat‑gGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCAATCAACGGGTTAAAAGCAAACCTTTTTTCTGTTc > 2:1054308/1‑141 (MQ=255) aatgtaaaat‑gGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACAAAATATTCATTATCCCGGTTAAATTGAAATCTTTtgtttgttt > 1:156011/1‑140 (MQ=255) gtaaaat‑gGGAAGATAAACCGTGCTGCAAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAACTGAAATCTTTTGTTACTTCAAc < 2:700279/141‑1 (MQ=255) gtaaaat‑gGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAAc < 1:218262/141‑1 (MQ=255) at‑gGGAAGGTAAAGAGTGCGGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTTTGCTTCATAAGGTAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAAcatcat < 1:567428/141‑1 (MQ=255) at‑gGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAAcatcat < 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(MQ=255) ttAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACTTa < 2:280325/140‑1 (MQ=255) acactcgaataataatTGTTATAAAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACTTa < 2:136425/134‑1 (MQ=255) gCAATAAAAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACTTAAAGCt > 1:751359/1‑141 (MQ=255) aataataatTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACTTAAAGCTTg < 2:680957/141‑1 (MQ=255) aataataatTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGACATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACTTAAAGCTTg < 1:397111/141‑1 (MQ=255) ataataatTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACTTAAAGCTTGt > 2:230435/1‑141 (MQ=255) ataatTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAAACCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTAGCACTTAATGCTTGTaaa > 1:1015486/1‑141 (MQ=255) gTTATATAATCTAACCAAATATTAATTTGGCCGGGTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACTTAAAGCTTGTAAATGGTTg > 1:284505/1‑141 (MQ=255) ttATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACTTAAAGCTTGTAAATGGTTGt < 2:20419/141‑1 (MQ=255) atatAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTGGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACTTAAAGCTTGTAAATGGTTGtat < 2:994806/141‑1 (MQ=255) atatAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACTTAAAGCTTGTAAATGGTTGtat < 1:467307/141‑1 (MQ=255) atatAATCCAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTATATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATACAATCTCTCACTTAAAGCTTGTAAATGGTTGgat < 2:1035139/141‑1 (MQ=255) | TTTCACGTGTCAATTTTCTTAATCTTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAAT‑GGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATACAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACTTAAAGCTTGTAAATGGTTGTAT > USA300TCH1516_ALE/2010226‑2010500 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |