| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,542,325 | G→T | 69.2% | A29S (GCC→TCC) | hlgA → | Gamma‑hemolysin component A |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,542,325 | 0 | G | T | 69.2% | 97.7 / 71.5 | 101 | A29S (GCC→TCC) | hlgA | Gamma‑hemolysin component A |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (14/16); new base T (34/31); total (50/51) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.63e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.49e-01 | |||||||||||
Only 100 of 101 total aligned reads displayed.
TTAACTTTTAACGAACAGTTAATTCGAAAACGCTTACAAATGGATTATTATATATATGAACTTAAAATTAAATAGAAAGAAAGTGATTTCTATGATTAAAAATAAAA‑TATTAACAGCAACTTTAGCAGT‑TGGTTTAATAGCCCCTTTAGCCAATCCATTTATAGAAATTTCTAAAGCAGAAAATAAGATAGAAGATATCGGCCAAGGTGCAGAAATCATCAAAAGAACACAAGACATTACTAGCAAACGATTAGCTATAACTCAAAACATTCAAT > USA300TCH1516_ALE/2542186‑2542460 | ttAACTTTTAACGAACAGTTAATTCGAAAACGCTTACAAATGGATTATTATATATATGAACTTAAAATTAAATAGAAAGAAAGTGATTTCTATGATTAAAAATAAAA‑TATTAACAGCAACTTTAGCAGT‑TGGTTTAATAGc < 1:671091/141‑1 (MQ=255) aCTTTTAACGAACAGTTAATTCGCAAACGTTTACAACTTGCTTTTTCCAATTAGAAACTTAAAATTAAATAGAAAGAAAGTGATTTCTATGATTAAAAATAAAA‑TATTAACAGCAACTTTAGCAGT‑TGGTTTAATATcccc < 1:562573/141‑1 (MQ=255) tttAACGAACAGTTAATTCGAAAACGCTTACAAATGGATTATTATATATATGAACTTAAAATTAAATAGAAAGAAAGTGATTTCTATGATTAAAAATAAAA‑TATTAACAGCAACTTTAGCAGT‑TGGTTTAATATCCCCttt > 2:187032/1‑141 (MQ=255) aaCGAACAGTTAATTCGAAAACGCTTACAAATGGATTATTAGATATATGAACTTAAAATTAAGTAGAAAGAGAGTGATTTCTATGATTAACAATAAAA‑TATTAACAGCAACTTTAGCAGT‑TGGTTTAATAGCCCCTTTAGc < 2:361473/141‑1 (MQ=255) 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2:1198399/1‑141 (MQ=255) aGCAACTTTAGCAGT‑TGGTTTAATATCCCCTTTAGCCAATCCATTTATAGAAATTTCTAAAGCAGAAAATAAGATAGAAGATATCGGCCAAGGTGCAGAAATCATCAAAAGAACACAAGACATTACTAGCAAACGATTAGc > 2:428050/1‑141 (MQ=255) caaaCTTTAGCAAT‑TTGTTAAATATCCCCTTTAGCCAACGCATTTATAGAAATTTCTAAAGCAGAAAATAAGATAGAAGATATCCGCCAAGGTGCAGAAATCATCAAAAGAACACAAGACATTACTAGCAAACGATTAGCt < 1:829504/139‑1 (MQ=255) aCTTTAGCAGT‑TGGTTTAATATCCCCTTTAGCCAATACATTTATAGAAATTTCTAAAGCAGAAAATAAGATAGAAGATATCGGCCAAGGTGCAGAAATCATCAAAAGAACACAAGACATTACTAGCAAACGATTAGCtata > 2:437274/1‑141 (MQ=255) tttAGCAGT‑TGGTTTAATAGCCCCTTTAGCCAATCCATTTATAGAAATTTCTAAAGCAGAAAATAAGATAGAAGATATCGGCCAAGGTGCAGAAATCATCAAAAGAACACAAGACATTACTAGCAAACGATTAGCTATAAc > 1:380918/1‑141 (MQ=255) ccaaGCAGT‑CGGATTAATAACCCCTGTAGCCAATCCAGTTATACAAAATTCTAAAGCAGAAAACAAGATAGAAGATACCGTCCAACCTGCACAAATCATCAAAATAACACAAGACATTACTAGCAAACGATTAGCTATAAc < 2:454739/138‑1 (MQ=255) 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2:32464/1‑141 (MQ=255) tAATATCCCCTTTAGCCAATCCATTTATAGAAATTTCTAAAGCAGAAAATAAGATAGAAGATATCGGCCAAGGTGCAGAAATCATCAAAAGAACACAAGACATTACTAGCAAACGATTAGCTATAACTCAAAAAATTCAAt > 2:368307/1‑141 (MQ=255) tAATAGCCCCTTTAGCAAATCCATTTATAGAAATTTCTAAAGCAGAAAATAAGATAGAAGATATCGGCCAAGGTGCAGAAATCATCAAAAGAACACAAGACATTACTAGCAAACGATTAGCTATAACTCAAAACATTCAAt > 1:665236/1‑141 (MQ=255) | TTAACTTTTAACGAACAGTTAATTCGAAAACGCTTACAAATGGATTATTATATATATGAACTTAAAATTAAATAGAAAGAAAGTGATTTCTATGATTAAAAATAAAA‑TATTAACAGCAACTTTAGCAGT‑TGGTTTAATAGCCCCTTTAGCCAATCCATTTATAGAAATTTCTAAAGCAGAAAATAAGATAGAAGATATCGGCCAAGGTGCAGAAATCATCAAAAGAACACAAGACATTACTAGCAAACGATTAGCTATAACTCAAAACATTCAAT > USA300TCH1516_ALE/2542186‑2542460 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |