| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,562,956 | A→C | 7.2% | I211L (ATT→CTT) | cycA_2 → | D‑serine/D‑alanine/glycine transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,562,956 | 0 | A | C | 7.2% | 278.4 / 9.1 | 110 | I211L (ATT→CTT) | cycA_2 | D‑serine/D‑alanine/glycine transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (52/48); new base C (7/2); total (60/50) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.75e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.34e-01 | |||||||||||
Only 100 of 123 total aligned reads displayed.
TTGGTCTTGTATTAATCTTTTTCTCATTTAAAACACATTATGGACATGCATCATTCACAAACTTAATCAGTCACGGTGGCATGTTCCCTGGTGGAACATTTGGTTTCTTAATGTCATTCCAAATTGCTGTATATTCATTCATTGGTATTGAACTTATAGGTGTAACTGCTGGTGAAACGAAAGATCCTGAAAAAACCTTACCGAAAGCAATTAATAATGTACCTATCCGTATTTTATTATTCTATATCGGTGGTCTATTAGTAATTATGTCAGTCATACC > USA300TCH1516_ALE/2562816‑2563095 | ttGGTCTTGTATTAATCTTTTTCTCATTTAAAACACATTATGGACATGCATCATTCACAAACTTAATCAGTCACGGTGGCATGTTCCCTGGTGGAACATTTGGTTTCTTAATGTCATTCCAAATTGCTGTATAttcattca < 1:872660/141‑1 (MQ=255) tGGTCTTGTATTAATCTTTTTCTCATTTAAAACACATTATGGACATGCATCATTCACAAACTTAATCAGTCACGGGGGCATGTTGAGGACACCAACATATGGTTTCTTAATATCATTCCAAATTTCTGTATATtcattcat > 1:225545/1‑141 (MQ=255) ggTCTTGTATTAATCTTTTTCTCATTTAAAACACATTATGGACATGCATCATTCACAAACTTAATCAGTCACGGTGGCATGTTCGCTGGTGGTACATTTGGTTTCTTAATGTCATTCCAAATTGCTGTATATTcattcatt > 1:883991/1‑141 (MQ=255) ggTCTTGTATTAATCTTTTTCTCATTTAAAACACATTATGGACATGCATCATTCACAAACTTAATCAGTCACGGTGGCATGTTCCCTGGTGGAACATTTGGTTTCTTAATGTCATTCCAAATTGCTGTATATTcattcatt < 1:505625/141‑1 (MQ=255) 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ccAAATTGCTGTATATTCATTCATTGGTATTGAACTTATAGGTGTAACTGCTGGTGAAACGAAAGATCCTGAAAAAACCTTACCGAAAGCAATTAATAATGTACCTATCCGTATTTTATTATTCTATATCGGTGGTCTAtt < 2:799383/141‑1 (MQ=255) aaaTTGCTGTATATTCATTCATTGGTATTGAACTTATAGGTGTAACTGCTGGTGAAACGAAAGATCCTGAAAAAACCTTACCGAAAGCAATTAATAATGTACCTATCCGTATTTTATTATTCTATATCGGTGGTCTATTAg < 1:1158963/141‑1 (MQ=255) ttGCTGTATATTCATTCATTGTTATTGAACTTATAGGTGTAACTGCTGGTGAAACGAAAGATCCTGAAAAAACCTTACCGAAAGCAATTAATAATGTACCTCTGCGTATTTTATTATTCTATATCGGTGGTCTATTAGTaa > 1:617709/1‑141 (MQ=255) tGCTGTATATTCATTCCTTGGTATTGAACTTATAGGTGTAACTGCTGGTGAAACGAAAGATCCTGAAAAAACCTTACCGAAAGCAATTAATAATGTACCTATCCGTATTTTATTATTCTATATCGGTGGTCTATTAGTAAt > 2:1094258/1‑141 (MQ=255) tcTGTATATTCATTCATTGGTATTGAACTTATAGGTGTAACTGCTGGTGAAACGAAAGATCCTGAAAAAACCTTACCGAAAGCAATTAATAACGTACTTATCCGTATTTTATTATTCTATATCGGTGGTCTATTAGTAAtt < 1:1127560/140‑1 (MQ=255) gCTGTATATTCATTCATTGGTATTGAACTTATAGGTGTAACTGCTGGTGAAACGAAAGATCCTGAAAAAACCTTACCGAAAGCAATTAATAATGTACCTATCCGTATTTTATTATTTCATATCGGTGGTCGATTAGTACtt > 2:172223/1‑141 (MQ=255) gCTGTATATTCATTCATTGGTATTGAACTTATAGGTGTAACTGCTGGTGAAACGAAAGATCCTGAAAAAACCTTACCGAAAGCAATTAATAATGTACCTATCCGTATTTTATTATTCTATATCGGTGGTCTATTAGTAAtt < 1:228673/141‑1 (MQ=255) gCTGTATATTCATTCATTGGTATTGAACTTATAGGTGTAACTGCTGGTGAAACGAAAGATACTGAAAAAACCTTACCGAAAGCAATTAATAATGTACCTATCCGTATTTTATTATTCTATATCGGTGGTCCATTGGTAGtt > 2:498807/1‑141 (MQ=255) atatTCATTCATTGGTATTGAACTTATAGGTGTAACTGCTGGTGAAACTAAAGATCCTGAAAAAACCTTACCGAAAGCAATTAATAATGTACCTATCCGTATTTTATTATTCTATATCGGTGGTCTATTAGTAATTATgtc > 1:524920/1‑141 (MQ=255) tatTCATTCATTGGCATTGAACTTATAGGTGTAACTGCTGGTGAAACGAAAGATCCTGAAAAAACCTTACCGAAAGCAATTAATAATGTACCTATCCGTATTTTATTATTCTATATCGGTGGTCTATTAGTAATTATgtca > 1:639706/1‑141 (MQ=255) ccttcattGAAACTGAACTTACAAATGTAACTGCCGAAAAAACGAAAGATCCTGAAAAAACCTTACCGAAAGCAATTAATAATGTACCTAACCGTATTTTATTATTCTATACCCGTCGCCAATTAGTAATTATgtcagtca < 2:968170/139‑1 (MQ=255) cattcattGGTATTGAACTTATAGGTGTAACTGCTGGTGAAACGAAAGATCCTGAAAAAACCTTACCGAAAGCAATTAATAATGTACCTATCCGTATTTTATTATTCTATATCGGTGGTCTATTAGTAATTATgtcagtca > 1:663568/1‑141 (MQ=255) ttcattGGTATTGATCTTATAGGTGTAACTGCTGGTGAAACGAAAGATCCTGAAAAAACCTTACCGAAAGCAATTAATAATGTACCTATCCGTATTTTATTATTCTATATCGGTGGTCTATTAGTAATTATGTCAGTCATa < 2:1011417/141‑1 (MQ=255) ttcattGGTATTGAACTTATAGGTGTAACTGCTGGTGAAACGAAAGATCCTGAAAAATCCTTACCGAAAGCAATTAATAATGTACCTATCCGTATTTTATTATTCTATATCGGTGGTCTATTAGTAATTATGTCAGTCATa < 2:808265/141‑1 (MQ=255) cattGGTATTGAACTTATAGGTGTAACTGCTGGTGAAACGAAAGATCCTGAAAAAACCTTACCGAAAGCAATTAATAATGTACCTATCCGTATTTTATTATTCTATATCGGTGGTCTATTAGTAATTATGTCAGTCATAcc < 1:467688/141‑1 (MQ=255) cattGGTATTGAACTTATAGGTGTAACTGCTGGTGAAACGAAAGATCCTGAAAAAACCTTACCGAAAGCAATTAATAATGTACCTATCCGTATTTTATTATTCTATATCGGTGGTCTATTAGTAATTATGTCAGTCATAcc < 1:858017/141‑1 (MQ=255) cattGATATCAAACTTATAGGTCTAACCGCTGGCGAAACGAAAGATCCTGAAAAAACCTTACCGAAAGCAATTAATAATGTACCTATCCGTATTTTATTATTCTATATCGGTAGCCTAGTAGTAATTATGTCAGTCATAcc < 2:849208/141‑1 (MQ=255) | TTGGTCTTGTATTAATCTTTTTCTCATTTAAAACACATTATGGACATGCATCATTCACAAACTTAATCAGTCACGGTGGCATGTTCCCTGGTGGAACATTTGGTTTCTTAATGTCATTCCAAATTGCTGTATATTCATTCATTGGTATTGAACTTATAGGTGTAACTGCTGGTGAAACGAAAGATCCTGAAAAAACCTTACCGAAAGCAATTAATAATGTACCTATCCGTATTTTATTATTCTATATCGGTGGTCTATTAGTAATTATGTCAGTCATACC > USA300TCH1516_ALE/2562816‑2563095 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |