| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 37,558 | G→A | 51.4% | intergenic (+582/‑255) | USA300HOU_RS14915 → / → ugpQ_1 | hypothetical protein/Glycerophosphodiester phosphodiesterase, cytoplasmic |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 37,558 | 0 | G | A | 51.4% | 32.6 / 100.8 | 70 | intergenic (+582/‑255) | USA300HOU_RS14915/ugpQ_1 | hypothetical protein/Glycerophosphodiester phosphodiesterase, cytoplasmic |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (21/13); new base A (14/22); total (35/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.35e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.73e-01 | |||||||||||
ATGCAAAATTGCTGATAAGGGGTAAGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCAGATAAGAGGTACGTTAAAAGCAGTTCTAGGCAAAATTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCTGATAAGGGGTAAGTTAAAAGCAATCCTAAGTAAAATTGCAGATAAGGGGTACAGAAAAACTAGACTTGATTACAAAATGGAGCTTGGGACATAAATGATTTTTTAAAAATGAGATGAGACGTAGATTAACTCCATAATCAATAC > USA300TCH1516_ALE/37419‑37695 | aTGCAAAATTGCTGATAAGGGGTAAGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCAGATAAGAGGTACGTTAAAAGCAGTTCTAGGCAAAATTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCTGATAAggg > 1:672272/1‑141 (MQ=255)aTGCAAAATTGCTGATAAGGGGTAAGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCAGATAAGAGGTACGTTAAAAGCAGTTCTAGGCAAAATTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCTGATAAggg > 1:153145/1‑141 (MQ=255) gCAAAATTGCTGATAAGGGGTAAGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAAGTGCAGATAAGAGGTACGTTAAAAGCAGTTCTAGGCAAAATTGCAGATAAGAGGTGCGTAAAAATCAGTTCTCAGTAAAATTGCTGATAAggggg > 2:763832/1‑140 (MQ=255) cAAAATTGCTGATAAGGGGTAAGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCAGATAAGAGGTACGTTAAAAGCAGTTCTAGGCAAAATTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCTGATAAGGGGTa > 1:625281/1‑141 (MQ=255) aTTGCTGATAAGGGGTAAGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCAGATAAGAGGTACGTTAAAAGCAGTTCTAGGCAAAATTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCTGATAAGGGGTacaga > 1:486021/1‑137 (MQ=255) aTTGCTGATAAGGGGTAAGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCAGATAAGAGGTACGTTAAAAGCAGTTCTAGGCAAAATTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCTGATAAGGGGTacaga < 1:479232/141‑5 (MQ=255) aTTGCTGATAAGGGGTAAGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCAGATAAGAGGTACGTTAAAAGCAGTTCTAGGCAAAATTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATGGCGGATAAGGGGTacaga > 2:353603/1‑137 (MQ=255) aTTGCTGATAAGGGGTAAGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCAGATAAGAGGTACGTTAAAAGCAGTTCTAGGCAAAATTGAAGATAAGAGTAGCGTTAAAAGCCGTCCTCAATAAAATTGCGGATAAgggagaaggt > 2:1079534/1‑134 (MQ=18) ttGCTGATAAGGGGTAAGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCAGATAAGAGGTACGTTAAGAGCAGTTCTAGGCAAAATTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATGGCTGATAAGGGGTacagaa > 1:6247/1‑136 (MQ=255) ttGCTGATAAGGGGTAAGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCAGATAAGAGGTACGTTAAAAGCAGTTCTAGGCAAAATTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCTGATAAgcggaacagaa > 1:5942/1‑134 (MQ=255) ttGCTGATAAGGGGTAAGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCAGATAAGAGGTACGTTAAAAGCAGTTCTAGGCAAAATTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCTGATAAGGGGTacagaa > 1:1121189/1‑136 (MQ=255) tGCTGATAAGGGGTAAGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCAGATAAGAGGTACGTTAAAAGCAGTTCTAGGCAAAATTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCTGATAAGGGGTacagcaa > 2:388079/1‑135 (MQ=255) tGCTGATAAGGGGTAAGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCAGATAAGAGGTACGTTAAAAGCAGTTCTAGGCAAAATTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCTGATAAGGGGTacagaaa > 1:350345/1‑135 (MQ=255) gATAAGGGGTAAGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCAGATAAGAGGTACGTTAAAAGAAGTTCTGGGCAAAATTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCTGAGAAGGGGCAAGTTAAAAga > 2:1131275/1‑140 (MQ=255) gggTAAGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCAGATAAGAGGTACGTTAAAAGCAGTTCTAGGCAAAATTGCAGATCAGCGGTGCGCGAAAACCATGTCGCAGGAAAATTGCTGATAAGGGGTAAGTTAATAGCAATcaa > 2:542855/1‑139 (MQ=18) aaGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCAGATAAGAGGAACGTTGAAAGCAGTTCTAGGCAAAATTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCTGATAAGGGGTAAGTTAAAAGCAATCCTAAGt < 1:924110/141‑1 (MQ=255) aaGCAGTTCTCAGTAAAATTGCAGATAAGAGGTACGTTAAAAGCAGTTCTAGGCAAAATTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCTGATAAGGGGTAAGTTAAAAGCAATCCTAAGTAAAATTg > 1:1085062/1‑141 (MQ=255) aGCAGTTCTCAGTAAAATTGCAGATAAGAGGTACGTTAAAAGCAGTTCTAGGCAAAATTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCTGATAAGGGGTAAGTTAAAAGCAATCCTAAGTAAAATTGc < 2:148679/141‑1 (MQ=255) aTTGCAGATAAGAGGTACGTTAAAAGCAGTTCTAGGCAAAATTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCTGATAAGGGGTAAGTTAAAAGCAATCCTAAGTAAAATTGCAGATAAGGGGTACAGa < 2:871941/141‑1 (MQ=255) gCAGATAAGAGGTACGTTACAAGCAGTTCTAGGCAAAATTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCTGATAAGGGGTAAGTTAAAAGCAATCCTAAGTAACATTGCAGATAAGGGGTACAGaaaa < 1:763832/141‑1 (MQ=255) tgagagGTACGTTAAAAGCAGTTCTAGGCAAAATTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCTGATAAGGGGTAAGTTAAAAGCAATCCTAAGTAAAATTGCAGATAAGGGGTACAGAAAAACTAg < 1:339767/139‑1 (MQ=255) gTTAAAAGCAGTTCTAGGCAAAATTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCTGATAAGGGGTAAGTTAAAAGCAATCCTAAGTAAAATTGCAGATAAGGGGTACAGAAAAACTAGACTTGATTAc > 2:443662/1‑141 (MQ=255) aGCAGTTCTAGGCAAAATTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCTGATAAGGGGTAAGTTAAAAGCAATCCTAAGTAAAATGGAAGATAAGGGGTACAGAAAAAATAGACTTGATTACAAAATg > 2:703843/1‑141 (MQ=255) aGTTCTAGGCAAAATTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCTGATAAGGGGTAAGTTAAAAGCAATCCTAAGTAAAATTGCAGATAAGGGGTACAGAAAAACTAGACTTGATTACAAAATGGAg > 1:196633/1‑141 (MQ=255) gTTCTAGGCAAAATTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCTGATAAGGGGTAAGTTAAAAGCAATCCTAAGTAAAATTGCAGATAAGGGGTACAGAAAAACTAGACTTGATTACAAAATGGAGc < 1:961040/141‑1 (MQ=255) tAGGCAAAATTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCTGATAAGGGGTAAGTTAAAAGCAATCCTAAGTAAAATTGCAGATAAGGGGTACAGAAAAACTAGACTTGATTACAAAATGGAGCTTgg > 2:831223/1‑141 (MQ=255) aaaTTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCTGATAAGGGGTAAGTTAAAAGCAATCCTAAGTAAAATTGCAGATAAGGGGTACAGAAAAACTAGACTTGATTACAAAATGGAGCTTGGAACATa > 2:464066/1‑141 (MQ=255) cAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCTGATAAGGGGTAAGTTAAAAGCAATCCTAAGTAAAATTGCAGATAAGGGGTACAGAAAAACTAGACTTGATTACAAAATGGAGCTTGGGACATAAATGAt < 1:1063025/141‑1 (MQ=255) cAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCTGATAAGGGGTAAGTTAAAAGCAATCCTAAGTAAAATTGCAGATAAGGGGTACAGAAAAACTAGACTTGATTACAAAATGGAGCTTGGGACATAAATGAt < 1:1063185/141‑1 (MQ=255) aGATAAGAGGTTTGTTAAAAGCAGTTCTAAGTAAAATTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCTGATAAGGGGTACAGAAAAACTAGACTTGATTACAAAATGGAGCTTGGGACATAAATGAtt > 2:652303/1‑141 (MQ=17) gATAAGAGGTACGTTAAAAGCAGTTCTAGGCAAAATTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCTGATAAGGGGTACAGAAAAACTAGACTTGATTACAAAATGGAGCTTGGGACATAAATGAttt < 1:767122/141‑1 (MQ=11) tAAGAGGTACGTTAAAAGCAGTTCTAGGCAAAATTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCTGATAAGGGGTACAGAAAAACTAGACTTGATTACAAAATGGAGCTTGGGACATAAATGAttttt > 2:1048001/1‑141 (MQ=14) gtacGTTAAAAGCAGTTCTAGGCAAAATTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCTGATAAGGGGTACAGAAAAACTAGACTTGATTACAAAATGGAGCTTGGGACATAAATGATTTTTTaaaaa < 1:532332/138‑1 (MQ=14) gtacGTTAAAAGCAATTATAAGAAAAATTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCTGATAAGGGGTACAGAAAAACTAGACTTGATTACAAAATGGAGCTTGGGACATAAATGATTTTTTaaaaa < 1:564560/138‑1 (MQ=17) tacGTTAAAAGCAGTTCTAGGCAAAATTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCTGATAAGGGGTACAGAAAAACTAGACTTGATTACAAAATGGAGCTTGGGACATAAATGATTTTTTAAAAat < 1:614590/139‑1 (MQ=14) tacGTTAAAAGCAGTTCTAGGCAAAATTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCTGATAAGGGGTACAGAAAAACTAGACTTGATTACAAAATGGAGCTTGGGACATAAATGATTTTTTAAAAat < 2:175433/139‑1 (MQ=14) tacGTTAAAAGCAGTTCTAGGCAAAATTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCTGATAAGGGGTACAGAAAAACTAGACTTGATTACAAAATGGAGCTTGGGACATAAATGATTTTTTAAAAat < 1:994197/139‑1 (MQ=14) tacGTTAAAAGCAGTTCTAGGCAAAATTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCCGATAAGGCGTACAGAAAAACTAGACTTGATTACAAAATGGAGCTTGGGACATAAATGATTTTTTAAAAat > 2:302561/3‑141 (MQ=17) aacGTTAAAAGCAGTTCTATGCAAAATTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTAAGTAAAATTGCTGATAATGGGTACAGAAAAACTAGACTTGATTACAAAATGGAGCTTGGGACATAAATGATTTTTTAAAAat < 2:128871/139‑1 (MQ=18) cGTTAAAAGCAGTTCTAGGCAAAATTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCTGATAAGGGGTACAGAAAAACTAGACTTGATTACAAAATGGAGCTTGGGACATAAATGATTTTTTAAAAatga < 2:618485/141‑1 (MQ=17) cGTTAAAAGCAGTTCTAGGCAAAATTGCAGATAAGAAGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCTGATAAGGGGTACAGAAACACTAGACTTGATTACAAAATGGAGCTTGGGACATAAATGATTTTTTAAAAatga < 1:43204/141‑1 (MQ=17) aaaGCAGTTCTAGGCAAAATTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCTGATAAGGGGTACAGAAAAACTAGACTTGATTACAAAATGGAGCTTGGGACATAAATGATTTTTTAAAAatgagatga < 1:669179/141‑1 (MQ=17) aaGCAGTTCTCAGTAAAATTGCTGATAAGGGGTAAGTTAAAAGCAATCCTGAGTAAAATTGCAGATAAGGGGTACAGAAAAACTAGACTTGATTACAAAATGGAGCTTGGGACATAAATGATTTTTCAAAAatgagatgag < 2:817374/141‑1 (MQ=255) aaGCAGTTCTAGGCAAAATTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCTGATAAGGGGTACAGAAAAACTAGACTTGATTACAAAATGGAGCGTGGGACATAAATGATTTTTTAAAAatgagatgag > 2:1125588/1‑141 (MQ=17) gCAGTTCTCAGTAAAATTGAGGATAAGGGGTAAGTTAAAAGCAATCCTAAGTAACATTGCAGATAAGGGGTACAGAAAAACTAGACTTGATTACAAAATGGATCTTGGGACATAAATGATTTTTTAAAAAtgagatgagag > 1:777342/1‑140 (MQ=255) gCAGTTCTCAGTAAAANTGCTGATAAAGGGTAAGTTAAAAGCAATCCTAAGTAAAATTGCAGATAAGGGGTACAGAAAAACTAGACTTGATTACAAAATGGAGGTTGGGACATAAATGATTTTTTAAAAATGAGATGAGAc < 1:1079534/141‑1 (MQ=255) gCAGTTCTAGGCAAAATTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCTGATAAGGGGTACAGAAAAACTAGACTTGATTACAAAATGGAGCTTGGGACATAAATGATTTTTTAAAAATGAGATGAGAc < 2:765921/141‑1 (MQ=17) gCAGTTCTAGGCAAAATTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCTGATAAGGGGTACAGAAAAACTAGACTTGATTACAAAATGGAGCTTGGGACATAAATGATTTTTTAAAAATGAGATGAGAc < 1:283797/141‑1 (MQ=18) gCAGTTCTAGGCAAAATTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCTGATAAGGGGTACAGAAAAACTAGACTTGATTACAAAATGGAGCTTGGGACATAAATGATTTTTTAAAAATGAGATGAGAc < 2:1066551/141‑1 (MQ=17) gCAGTTCTAGGAAAAATTACAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGAAAAAATGCAGATAAGGGGTACAGAAAAACTAGACTTGATGACAAAATCGAGCTTGGGACATAAATAAATAAAAAAAAATGAGATGAGAc < 2:336980/141‑1 (MQ=9) cAGTTCTCAGTAAAATTGCTGATAAGGGGTAAGTTAAAAGCAATCCTAAGTAAAATTGCAGATAAGGGGTACAGAAAAACTAGACTTGATTACAAAATGGAGCTTGGGACATAAATGATTTTTTAAAAATGAGATGAGACg < 1:1137994/141‑1 (MQ=255) aGTTCTAGGCAAAATTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCTGATAAGGGGTACAGAAAAACTAGACTTGATTACAAAATGGAGCTTGGGACATAAATGATTTTTTAAAAATGAGATGAGACGt < 1:232150/141‑1 (MQ=17) ttCTCAGTAAAATTGCTGATAAGGGGTAAGTTAAAAGCAATCCTAAGTAAAATTGCAGATAAGGGGTACAGAAAAACTAGACTTGATTACAAAATGGAGCTTGGGACATAAATGATTTTTTAAAAATGAGATGAGACGTAg < 1:1031214/141‑1 (MQ=255) taggcaaaaTTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCTGATAAGGGGTACAGAAAAACTAGACTTGATTACAAAATGGAGCTTGGGACATAAATGATTTTTTAAAAATGAGATGAGACGTAGAtt > 2:78663/6‑141 (MQ=18) taggcaaaaTTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCTGATAAGGGGTACAGAAAAACTAGACTTGATTACAAAATGGAGCTTGGGACATAAATGATTTTTTAAAAATGAGATGAGACGTAGAtt < 1:701528/136‑1 (MQ=18) taggcaaaaTTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCTGATAAGGGGTACAGAAAAACTAGACTTGATTACAAAATGGAGCTTGGGACATAAATGATTTTTTAAAAATGAGATGAGACGTAGAtt > 2:1140313/6‑141 (MQ=18) cAGTAAAATTGCTGATAAGGGGTAAGCAAAAAGCAAGCCTAAGTAAAATTGCAGATAAGGGGTACAGAAAAACTAGACTTGATTACAAAATGGAGCTTGGGACATAAATGATTTTTTAAAAATGAGATGAGACGTAGATTa > 1:576908/1‑141 (MQ=255) aggcaaaaTTGCAGATAAGAGGTGCGTTACAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCTGATAAGGGGTACAGAAAAACTAGACTTGATTACAAAATGGAGCTTGGGACATAAATGATTGTTTAAAAATGAGATGAGACGTAGATTa > 2:871345/5‑141 (MQ=21) ggcaaaaTTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCTGATAAGGGGTACAGAAAAACTAGACTTGATTACAAAATGGAGCTTGGGACATAAATGATTTTTTAAAAATGAGATGAGACGTAGATTaa > 1:503498/4‑141 (MQ=21) ggcaaaaTTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCTGATAAGGGGTACAGAAAAACTAGACTTGATTACAAAATGGAGCTTGGGACATAAATGATTTTTTAAAAATGAGATGAGACGTAGATTaa < 2:350345/138‑1 (MQ=21) ggcaaaaTTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCTGATAAGGGGTACAGAAAAACTAGACTTGATTACAAAATGGAGCTTGGGACATAAATGATTTTTTAAAAATGAGATGAGACGTAGATTaa > 1:33476/4‑141 (MQ=21) ggcaaaaTTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTACGTCCCATTGCTGATAAGGGGTACAGAAAAACTAGACTTGATTACAAAATGGAGCTTGGGACATAAATGATTTTTTAAAAATGAGATGAGACGTAGATTaa < 1:388079/138‑1 (MQ=25) aGTAAAATTGCTGATAAGGGGTAAGTTAAAAGCAATCCTAAGTAAAATTGCAGATAAGGGGTACAGAAAAACTAGACTTGATTACAAAATGGAGCTTGGGACATAAATGATTTTTTAAAAATGAGCTGAGACGTGGATTaa > 1:563831/1‑141 (MQ=255) gcaaaaTTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAACGCCGTTCTCAGTAAAAGTGCTGATAAGGGGTACAGAAAAACTAGACTTGATTACAAAATGGAGCTTGGGACATAAATGATTTTTTAAAAATGAGATGAGACGTAGATTAAc < 1:513331/139‑1 (MQ=21) gcaaaaTTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCTGATAAGGGGTACTGAAAAACTAGACTTGATTACAAAATGGAGCTTGGGACATAAATGATTTTTTAAAAATGAGATGAGACGTAGATTAAc < 1:806925/139‑1 (MQ=21) gaaaaaTTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCTGATAAGGGGTACAGAAAAACTAGACTTGATTACAAAATGGAGCTTGGGACATAAATGATTTTTTAAAAATGAGATGAGACGTAGATTAAc < 2:83345/139‑1 (MQ=21) aaaTTGCTGATAAGGGGTAAGTTAAAAGCAATCCTAAGTAAAATTGCAGATAAGGGGTACAGAAAAACTAGACTTGATTACAAAATGGAGCTTGGGACATAAATGATTTTTTAAAAATGAGATGAGACGTAGATTAACTcc > 1:993152/1‑141 (MQ=255) aaaTTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCTGATAAGGGGTACAGAAAAACTAGACTTGATTACAAAATGGAGCTTGGGACATAAATGATTTTTTAAAAATGAGATGAGACGTAGATTAACTcc > 2:754367/1‑141 (MQ=21) ttGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCTGATAAGGGGTACAGAAAAACTAGACTTGATTACAAAATGGAGCTTGGGACATAAATGATTTTTTAAAAATGAGATGAGACGTAGATTAACTCCATa > 1:944926/1‑141 (MQ=25) cagATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCTGATAAGGGGTACAGAAAAACTAGACTTGATTACAAAATGGAGCTTGGGACATAAATGATTTTTTAAAAATGAGATGAGACGTAGATTAACTCCATAATc > 1:410778/3‑141 (MQ=25) agATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCTGATAAGGGGTACAGAAAAACTAGACTTGATTAGAAAGTCATCCTTGGGACATAAATGATTTTTTAAAAATGAGATGAGACGTAGATTAACTCCATAATCa > 1:567847/2‑141 (MQ=21) agATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCTGATAAGGGGTACAGAAAAACTAGACTTGATTACAAAATGGAGCTTGGGACATAAATGATTTTTTAAAAATGAGATGAGACGTAGATTAACTCCATAATCa > 1:462897/2‑141 (MQ=25) gATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCTGATAAGGGGTACAGAAAAACTAGACTTGATTACAAAATGGAGCTTGGGACATAAATGATTTTTTAAAAATGAGATGAGACGTAGATTAACTCCATAATCaa < 1:781819/141‑1 (MQ=25) aaGGGGTAAGTTAAAAGCAATCCTAAGTAAAATTGCAGATGAGGGGTACAGAAAAACTAGACTTGATTACAAAATGGAGCTTGGGACATAAATGATTTTTTAAAAATGAGATGAGACGTAGATTAACTACATAATCAATaa > 2:683203/1‑140 (MQ=255) aaGGGGTAAGTTAAAAGCAATACTAAGTAAAATTGCAGATAAGGGGTACAGAAAAACTAGACTTGATTACAAAATGGAGCTTGGGACATAAATGATTTTTTAAAAATGAGATGAGACGTAGATTAACTCCATAATCAATAc > 1:622730/1‑141 (MQ=255) | ATGCAAAATTGCTGATAAGGGGTAAGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCAGATAAGAGGTACGTTAAAAGCAGTTCTAGGCAAAATTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCTGATAAGGGGTAAGTTAAAAGCAATCCTAAGTAAAATTGCAGATAAGGGGTACAGAAAAACTAGACTTGATTACAAAATGGAGCTTGGGACATAAATGATTTTTTAAAAATGAGATGAGACGTAGATTAACTCCATAATCAATAC > USA300TCH1516_ALE/37419‑37695 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |