Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | USA300TCH1516_ALE | 39,378 | C→T | D586N (GAT→AAT) | pbp ← | Beta‑lactam‑inducible penicillin‑binding protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 39,378 | 0 | C | T | 97.4% | 247.7 / ‑4.0 | 76 | D586N (GAT→AAT) | pbp | Beta‑lactam‑inducible penicillin‑binding protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/0); new base T (35/39); total (37/39) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.34e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
AATAGCCATCATCATGTTTGGATTATCTTTATCATATGATATAAACCACCCAATTTGTCTGCCAGTTTCTCCTTGTTTCATTTTGAGTTCTGCAGTACCGGATTTGCCAATTAAGTTTGCATAAGATCTATAAATATCTTCTTTATGTGTTTTATTTACGACTTGTTGCATACCATCAGTTAATAGATTGATATTTTCTTTGGAAATAATATTTTTCTTCCAAACTTTGTTTTTCGTGTCTTTTAATAAGTGAGGTGCGTTAATATTGCCATTA > USA300TCH1516_ALE/39241‑39514 | aaTAGCCATCATCATGTTTGGATTATCTTTATCATATGATATAAACCACCCAATTTGTCTGCCAGTTTCTCCTTGTTTCATTTTGAGTTCTGCAGTACCGGATTTGCCAATTAAGTTTGCATAAGATCTATAAATTttttc > 2:591052/1‑141 (MQ=255) aaTAGCCATCATCATGTTTGGATTATCTTTATCATATGATATAAACCACCCAATTTGTCTGCCAGTTTCTCCTTGTTTCATTTTGAGTTCTGCAGTACCGGATTTGCCAATTAAGTTTGCATAAGATCTATAAATAttttc < 2:742775/141‑1 (MQ=255) tAGCCATCATCATGTTTGGATTATCTTTATCATATGATATAAACCACCCAATTTGTCTGCCAGTTTCTCCTTGTTTCATTTTGAGTTCTGCAGTACCGGATTTGCCAATTAAGTTTGCATAAGATCTATAAATAttttcat > 2:315709/1‑139 (MQ=255) aGCCATCATCGTGTTTGGATTATCTTTATCATATGATATAAACCACCCAATTTGTCTGCCAGTTTCTCCTTGTTTCATTTTGAGTTCTGCAGTACCGGATTTGCCAATTAAGTTTGCATAAGATCTATAAATATTTTCttt > 1:388244/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) atcatGTTTGGATTATCTTTATCATATGATATAAACCACCCAATTTGTCTGCCAGTTTCTCCTTGTTTCATTTTGAGTTCTGCAGTACCGGATTTGCCAATTAAGTTTGCATAAGATCTATAAATATTTTCTTTATGTGtt > 2:803728/1‑141 (MQ=255) tGTTTGGATTATCTTTATCATATGATATAAACCACCCAATTTGTCTGCCAGTTTCTCCTTGTTTCATTTTGAGTTCTGCAGTACCGGATTTGCCAATTAAGTTTGCATAAGATCTATAAATATTTTCTTTATGTGTtttat > 1:781530/1‑141 (MQ=255) ttGGTTTATCTTTATCATATGATATAAACCACCCAATTTGTCTGCCAGTTTCTACTTGTTTCATTTTGAGTTCTGCAGTACCGGATTTGCCAATTAAGTTTGCATAAGATCTATAAATATTTTCTTTATGTGTtttattta < 2:544507/141‑1 (MQ=255) ttGGATTATCTTTATCATATGATATAAACCACCCAATTTGTCTGCCAGTTTCTCCTTGTTTCATTTTGAGTTCTGCAGTACCGGATTTGCCAATTAAGTTTGCATAAGATCTATAAATATTTTCTTTATGTGTtttattta < 2:782364/141‑1 (MQ=255) ttGGATTATCTTTATCATATGATATAAACCACCCAATTTGTCTGCCAGTTTCTCCTTGTTTCATTTTGAGTTCTGCAGTACCGGATTTGCCAATTAAGTTCGCATAAGATCTATAAATATTTTCTTTATGTGTtttattta < 2:641419/141‑1 (MQ=255) tGGATTATCTTTATCATATGATATAAACCACCCAATTTGTCTGCCAGTTTCTCCTTGTTTCATTTTGAGTTCTGCAGTACCGGATTTGCCAATTAAGTTTGCATAAGATCTATAAATATTTTCTTTATGTGTTTTATTTAc > 2:473863/1‑141 (MQ=255) aTCTTTATCATATGATATAAACCACCCAATTTGTCTGCCAGTTTCTCCTTGTTTCATTTTGAGTTCTGCAGTACCGGATTTGCCAATTAAGTTTGCATAAGATCTATAAATATTTTCTTTATGTGTTTTATTTACGACttg > 2:151753/1‑141 (MQ=255) aTCTTTATCATATGATATAAACCACCCAATTTGTCTGCCAGTTTCTCCTTGTTTCATTTTGAGTTCTGCAGTACCGGATTTGCCAATTAAGTTTGCATAAGATCTATAAATATTTTCTTTATGTGTTTTATTTACGACttg > 2:638529/1‑141 (MQ=255) tCTTTATCATATGATATAAACCACCCAATTTGTCTGCCAGTTTCTCCTTGTTTCATTTTGAGTTCTGCAGTACCGGATTTGCCAATTAAGTTTGCATAAGATCTATAAATATTTTCTTTATGTGTTTTATTTACGACttgt > 2:158920/1‑141 (MQ=255) ttATCCTATGATATAAACCACCCAATTTGTCTGCCAGTTTCTCCTTGTTTCATTTTGAGTTCTGCAGTGCCGGATTTGCCAATTAAGTTTGCATAAGATCTATAAATATTTTCTTTATGTGTTTTATTTACGACTTGTTGc < 2:990462/141‑1 (MQ=255) ttATCATATGATATAAACCACCCAATTTGTCTGCCAGTTTCTCCTTGTTTCATTTTGAGTTCTGCAGTCCCGGATTTGCCAATTAAGTTTGCATAAGATCTATAACTATTTTCTTTATGTGTTTTATTTACGACTTGTTGc > 2:127932/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) aaaCCACCCAATTTGTCTGCCAGTTTCTCCTTGTTTCATTTTGAGTTCTGCAGTACCGGATTTGCCAATTAAGTTTGCATAAGATCTATAAATATTTTCTTTATGTGTTTTATTTACGACTTGTTGCATACCATCAGTTaa > 2:120733/1‑141 (MQ=255) aaCCACCCAATTTGTCTGCCAGTTTCTCCTTGTTTCATTTTGAGTTCTGCAGTACCGGATTTGCCAATTAAGTTTGCATAAGATCTATAAATATTTTCTTTATGTGTTTTATTTACGACTTGTTGCATACCATCAGTTAAt > 2:345807/1‑141 (MQ=255) aTTTGTCTGCCAGTTTCTCCTTGTTTCATTTTGAGTTCTGCAGTACCGGATTTGCCAATTAAGTTTGCATAAGATCTATAAATATTTTCTTTATGTGTTTTATTTACGACTTGTTGCATACCATCAGTTAATAGATTGata < 2:398531/141‑1 (MQ=255) aTTTGGCCGCCAGTTTCTCCTTGTTTCATTTTGAGTTCTGCAGTACCGGATTTGCCAATTAAGTTTGCATAAGATCTATAAATATTTTCTTTATGTGTTTTATTTACGACTTGTTGCATACCATCAGTTAATAGATTGata < 2:691931/141‑1 (MQ=255) ccAGTTTCTCCTTGTTTCATTTTGAGTTCTGCAGTACCGGATTTGCCAATTAAGTTTGCATAAGATCTATAAATATTTTCTTTATGTGTTTTATTTACGACTTGTTGCATACCATCAGTTAATAGATTGATATTTTCTTTg < 2:777781/141‑1 (MQ=255) aggttCTCCTTGTTTCTTTTTGAGGTCTGCAGTACCTGATTGGCCAATTAAGTTTTCATAAGATCTATAAATATTTTCTTTATGTGTTTTATTTACGACTTGTTGCATACCATCAGTTAATAGATTGATATTTTCTTTGGa < 2:772411/138‑1 (MQ=255) gTTCCTCCTTGTTTTATTTTGGGTTCTGCAGTACCGGATTTGCCAATTAAGTTTGCATAAGATCTATAAATATTTTCTTTATGTGTTTTATTTACGACTTGTTGCATACCATCAGTTAATAGATTGATATTTTCTTTGGaa < 2:114843/141‑1 (MQ=255) ttCTCCTTGTTTCATTTTGAGTTCTGCAGTACCGGATTTGCCAATTAAGTTTGCATAAGATCTATAAATATTTTCTTTATGTGTTTTATTTACGACTTGTTGCATACCATCAGTTAATAGATTGATATTTTCTTTGGAaat < 1:158920/141‑1 (MQ=255) tCATTTTGAGTTCTGCAGTACCGGATTTGCCAATTAAGTTTGCATAAGATCTATAAATATTTTCTTTATGTGTTTTATTTACGACTTGTTGCATACCATCAGTTAATAGATTGATATTTTCTTTGGAAATAATATTTttct < 1:638529/141‑1 (MQ=255) tCATTTTGAGTTCTGCAGTACCGGATTTGCCAATTAAGTTTGCATAAGATCTATAAATATTTTCTTTATGTGTTTTATTTACGACTTGTTGCATACCATCAGTTAATAGATTGATATTTTCTTTGGAAATAATATTTttct < 1:151753/141‑1 (MQ=255) taTTTTGACTTCTCTGTTATCGGTTTTGCCAATTAAGTTTGCATAAGATCTATAAATATTTTCTTTATGTGTTTTATTTACGACTTGTTGCATACCATCAGTTAATATATTGATATTTTCTTTGGAAATAATATTTttctt < 2:244688/140‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) gAGTTCTGCAGTACCGGATTTGCCAATTAAGTTTGCATAAGATCTATAAATATTTTCTTTATGTGTTTTATTTACGACTTGTTGCATACCATCAGTTAATAGATTGATATTTTCTTTGGAAATAATATTTTTCTTCCAAAc > 1:413504/1‑141 (MQ=255) gAGTTCTGCAGTACCGGATTTGCCAATTAAGTTGGCATAAGATCTATAAATATTTTCTTTATGTGTTTTATTTACGACTTGTTGCATACCATCAGTTAATAGATTGATATTTTCTTTGGAAATAATATTTTTCTTCCAAAc > 1:477217/1‑141 (MQ=255) gTTCTGCAGTACCGGATTTGCCAATTAAGTTTGCATAAGATCTATAAATATTTTCTTTATGTGTTTTATTTACGACTTGTTGCATACCATCAGTTAATAGATTGATATTTTCTTTGGAAATAATATTTTTCTTCCAAACtt > 1:81085/1‑141 (MQ=255) ttCTGCAGTACCGGATTTGCCAATTAAGTTTGCATAAGATCTATAAATATTTTCTTTATGTGTTTTATTTACGACTTGTTGCATACCATCAGTTAATAGATTGATATTTTCTTTGGAAATAATATTTTTCTTCCAAACttt > 1:422554/1‑141 (MQ=255) aGTACCGGATTTGCCAATTAAGTTTGCATATGTTCTTTAAATATTTTCTTTATGTGTTTTATTTACGACTTGTTGCATACCATCAGTTAATAGATTGATATTTTCTTTGGAAATAATATTTTTCTTTCAAACTTTGttttt < 2:204328/141‑1 (MQ=255) aGTACCGGATTTGCCAATTAAGTTTGCATAAGATCTATAAATATTTTCTTTATGTGTTTTATTTACGACTTGTTGCATACCATCAGTTAATAGATTGATATTTTCTTTGGAAATAATATTTTTCTTCCAAACTTTGttttt < 2:497580/141‑1 (MQ=255) aGTACCGGATTTGCCAATTAAGTTTGCATAAGATCTATAAATATTTTCTTTATGTGTTTTATTTACGACTTGTTGCATACCATCAGTTAATAGATTGATATTTTCTTTGGAAATAATATTTTTCTTCCAAACTTTGttttt < 2:619560/141‑1 (MQ=255) aGTACCGGATTTGCCAATTAAGTTTGCATAAGATCTATAAATATTTTCTTTATGTGTTTTATTTACCACTTGTTGCAGACCATCAGTTAATAGATTGATATTTTCTTTGGAAATAATATTTTTCTTCCAAACTTTGttttt < 2:572192/141‑1 (MQ=255) aCCGGATTTGCCAATTAAGTTTGCATAAGATCTATAAATATTTTCTTTATGTGTTTTATTTACGACTTGTTGCATACCATCAGTTAATAGATTGATATTTTCTTTGGAAATAATATTTTTCTTCCAAACTTTGTTTTTCgt > 1:954247/1‑141 (MQ=255) ccGGATTTGCCAATTAAGTTTGCATAAGATCTATAAATATTTTCTTTATGTGTTTTATTTACGACTTGTTGCATACCATCAGTTAATAGATTGATATTTTCTTTGGAAATAATATTTTTCTTCCAAACTTTGTTTTTCgtg > 2:209025/1‑141 (MQ=255) ggATTTGCCAATTAAGTTTGCATAAGATCTATAAATATTTTCTTTATGTGTTTTATTTACGACTTGTTGCATACCATCAGTTAATAGATTGATATTTTCTTTGGAAATAATATTTTTCTTCCAAACTTTGTTTTTCGTGTc < 1:568633/141‑1 (MQ=255) ggATTTGCCAATTAAGTTTGCATAAGATCTATAAATATTTTCTTTATGTGTTTTATTTACGACTTGTTGCATACCATCAGTTAATAGATTGATATTTTCTTTGGAAATAATATTTTTCTTCCAAACTTTGTTTTTCGTGTc > 1:408141/1‑141 (MQ=255) gATTTGCCAATTAAGTTTGCATAAGATCTATAAATATTTTCTTTATGTGTTTTATTTACGACTTGTTGCATACCATCAGTTAATAGATTGATATTTTCTTTGGAAATAATATTTTTCTTCCAAACTTTGTTTTTCGTGTCt > 1:782771/1‑141 (MQ=255) tttGCCAATTAAGTTTGCATAAGATCTATAAATATTTTCTTTATGTGTTTTATTTACGACTTGTTGCATACCATCAGTTAATAGATTGATATTTTCTTTGGAAATAATATTTTTCTTCCAAACTTTGTTTTTCGTGTCttt < 2:605233/141‑1 (MQ=255) tttGCCAATTAAGTTTGCATAAGATCTATAAATATTTTCTTTATGTGTTTTATTTACGACTTGTTGCATACCATCAGTTAATAGATTGATATTTTCTTTGGAAATAATATTTTTCTTCCAAACTTTGTTTTTCGTGTCttt < 2:287610/141‑1 (MQ=255) tttGCCAATTAAGTTTGCATAAGATCTATAAATATTTTCTTTATGTGTTTTATTTACGACTTGTTGCATACCATCAGTTAATAGATTGATATTTTCTTTGGAAATAATATTTTTCTTCCAAACTTTGTTTTTCGTGACttt < 2:684881/141‑1 (MQ=255) tGCCAATTAAGTTTGCATAAGATCTATAAATATTTTCTTTATGTGTTTTATTTACGACTTGTTGCATACCATCAGTTAATAGATTGATATTTTCTTTGGAAATAATATTTTTCTTCCAAACTTTGTTTTTCGTGTCTTTta > 2:467235/1‑141 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1:584427/1‑141 (MQ=255) tttGCATAAGAGCTATAAATATCTTCTTTATGTGTTTGATTTACAACTCGTGGCTCTGCATTAGTTAATAGATTGATATTTTCTTTGGAAATAATATTTTTCTTCCGAACTTTGTTTTTCGTGTCTTTTAATAAGTGAGGt > 2:951298/1‑141 (MQ=255) tGCATAAGATCTATAAATATTTTCTTTATGTGTTTTATTTACGACTTGTTGCATACCATCAGTTAATAGATTGATATTTTCTTTGGAAATAATATTTTTCTTCCAAACTTTGTTTTTCGTGTCTTTTAATAAGTGAGGTGc < 1:803728/141‑1 (MQ=255) cATAAGATCTATAAATATTTTCTTTATGTGTTTTATTTACGACTTGTTGCATAAAATTTAGTAATAGATTGATATTTTCTTTGGAAATAATATTTTTCTTCCAAACTTTGTTTTTCGTGTCTTTTAATAAGTGAGGTGCGt < 1:719020/141‑1 (MQ=255) cATAAGACTTATTAATTTTTTCTTTATGTGGTTTATTTACGACTTGTTGCATACCATCAGTTAATAGATTGATATTTTCTTTGGAAATAATATTTTTCTTCCAAACTTTGTTTTTCGTGTCTTTTAATAAGTGAGGTGCGt < 1:869499/141‑1 (MQ=255) aaGATCTATAAATATTTTCTTTATGTGTTTTATTTACGACTTGTTGCATACCATCAGTTAATAGATTGATATTTTCTTTGGAAATAATATTTTTCTTCCAAACTTTGTTTTTCGTGTCTTTTAATAAGTGAGGTGCGTTaa < 1:779103/141‑1 (MQ=255) aGATCTATAAATATTTTCTTTATGTGTTTTATTTACGACTTGTTGCATACCATCAGTTAATAGATTGATATTTTCTTTGGAAATAATATTTTTCTTCCAAACTTTGTTTTTCGTGTCTTTTAATAAGTGAGGTGCGTTAat > 1:930332/1‑141 (MQ=255) aGATCTATAAATATTTTCTTTATGTGTTTTATTTACGACTTGTTGCATACCATCAGTTAATAGATTGATATTTTCTTTGGAAATAATATTTTTCTTCCAAACTTTGTTTTTCGTGTCTTTTAATAAGTGAGGTGCGTTAat < 1:369200/141‑1 (MQ=255) ataAATATTTTCTTTATGTGTTTTATTTACGACTTGTTGCATACCATCAGTTAATAGATTGATATTTTCTTTGGAAATAATATTTTTCTTCCAAACTTTGTTTTTCGTGTCTTTTAATAAGTGAGGTGCGTTAATATTGcc > 2:802348/1‑141 (MQ=255) ataAATATTTTCTTTATGTGTTTTATTTACGACTTGTTGCATACCATCAGTTAATAGATTGATATTTTCTTTGGAAATAATATTTTTCTTCCAAACTTTGTTTTTCGTGTCTTTGAATAAGTGAGGTGCGTTAATATTGcc < 1:143720/141‑1 (MQ=255) aaaTATTTTCTTTATGTGTTTTATTTACGACTTGTTGCATACCATCAGTTAATAGATTGATATTTTCTTTGGAAATAATATTTTTCTTCCAAACTTTGTTTTTCGTGTCTTTTAATAAGTGAGGTGCGTTAATATTGcctt > 2:876489/1‑139 (MQ=255) aaaTATTTTCTTTATGTGTTTTATTTACGACTTGTTGCATACCATCAGTTAATAGATTGATATTTTCTTTGGAAATAATATTTTTCTTCCAAACTTTGTTTTTCGTGTCTTTTAATAAGTGAGGTGCGTTAATATTGCCat > 1:704995/1‑141 (MQ=255) aaaTATTTTCTTTATGTGTTTTATTTACGACTTGTTGCATACCATCAGTTAATAGATTGATATTTTCTTTGGAAATAATATTTTTCTTCCAAACTATGTTTTTAGTGTCTTTTAATAAGTGAGGTGAATTAATATTGCCat > 2:967999/1‑141 (MQ=255) atatTTTCTTTATGTGTTTTATTTACGACTTGTTGCATACCATCAGTTAATAGATTGATATTTTCTTTGGAAATAATATTTTTCTTCCAAACTTTGTTTTTCGTGTCTTTTAATAAGTGAGGTGCGTTAATATTGCCatta < 1:373188/141‑1 (MQ=255) | AATAGCCATCATCATGTTTGGATTATCTTTATCATATGATATAAACCACCCAATTTGTCTGCCAGTTTCTCCTTGTTTCATTTTGAGTTCTGCAGTACCGGATTTGCCAATTAAGTTTGCATAAGATCTATAAATATCTTCTTTATGTGTTTTATTTACGACTTGTTGCATACCATCAGTTAATAGATTGATATTTTCTTTGGAAATAATATTTTTCTTCCAAACTTTGTTTTTCGTGTCTTTTAATAAGTGAGGTGCGTTAATATTGCCATTA > USA300TCH1516_ALE/39241‑39514 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |