| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 584,121 | G→T | intergenic (+205/‑67) | rplA → / → rplJ | 50S ribosomal protein L1/50S ribosomal protein L10 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 584,121 | 0 | G | T | 95.8% | 204.8 / ‑2.0 | 74 | intergenic (+205/‑67) | rplA/rplJ | 50S ribosomal protein L1/50S ribosomal protein L10 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/1); new base T (41/28); total (44/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TAATTTCCAAGTTATATTACTTATTGTGATTATTTTACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCGTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTTGATGAAATTGCTGAGGTACTATCAAATTCAGTTT > USA300TCH1516_ALE/583985‑584257 | tAATTTCCAAGTTATATTACTTATTGTGATTATTTTACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCCCTTTTTGCCTTggg > 1:951881/1‑141 (MQ=255)tAATTTCCAAGTTATATTACTTATTGTGATTATTTTACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTggg > 1:366209/1‑141 (MQ=255) aaTTTCCAAGTTATATTACTTATTGTGATTATTTTACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGt < 1:843617/141‑1 (MQ=255) aaTTTCCAAGTTATATTACTTATTGTGATTATTTTACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGt > 2:519743/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) aCTTATTGTGATTATTTTACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCtttttttt > 2:259813/1‑140 (MQ=255) cTTATTGTGATTATTTTACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGGGCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTttat < 1:430248/141‑1 (MQ=255) cTTATTGTGATTATTTTACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGTTCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTttat < 2:742505/141‑1 (MQ=255) ttAGTGTGATTATTGTACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTttatt < 2:449246/141‑1 (MQ=255) tgtgATTATTTTACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGGTCTTTCAAGCACTTTTTGCCGTGGGTAGAAAGTGCTTTGTTTATTAAtt > 2:646328/1‑141 (MQ=255) tgtgATTATTTTACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAAtt > 2:808840/1‑141 (MQ=255) gtgATTATTTTACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAAttt > 1:150466/1‑141 (MQ=255) ttattTTACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAGTTTTaaa > 1:357744/1‑141 (MQ=255) ttattTTACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTaaa > 1:125414/1‑141 (MQ=255) ttttACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTTTTAATTTTaaaaaa > 2:225287/1‑141 (MQ=255) ttttACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTaataga < 2:168523/141‑5 (MQ=255) 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(MQ=255) aGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGGGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTaaa > 2:699950/1‑141 (MQ=255) aGGAGTGATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTaa > 2:728002/1‑141 (MQ=255) ggAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAATATAAGCACCAAAAATTTaaa > 1:2653/1‑141 (MQ=255) aGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATg > 2:744697/1‑141 (MQ=255) aGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGAACCCAAAATTTAAATg > 2:385627/1‑141 (MQ=255) gTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGGTCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAACAATTTAAATgg > 1:334981/1‑141 (MQ=255) ataACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTc > 1:534343/1‑141 (MQ=255) taACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCt < 1:751410/141‑1 (MQ=255) taACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCt < 2:923382/141‑1 (MQ=255) aaaattAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCt < 1:123095/137‑1 (MQ=255) aaCTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTg < 1:808840/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) tATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTa < 1:173804/141‑1 (MQ=255) tATCCTGCCGAGGCAAGAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCCCCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTa > 2:673048/1‑141 (MQ=255) aTCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTAt > 1:288515/1‑141 (MQ=255) ccTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAATCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCGGAATGTCTGCTATCa > 2:369070/1‑141 (MQ=255) ccTGCCAAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTATTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAAATTTAACAAAAGCACAAAAAAATTAAAGGCAGTGGTCTAAATGTGTGCTGTCa > 2:621581/1‑141 (MQ=255) gcagaagCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTTGGTAGAAAGTGCTTTTTTTGTTAATTTTAAAAAAAGCAACAAAAATTTAAATGGAGGTGTATGAATGTCTGCTATCATTg > 2:353925/7‑141 (MQ=255) ggCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGTTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCt > 2:86490/1‑141 (MQ=255) ggCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCt > 1:428224/1‑141 (MQ=255) ggCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCt > 2:86497/1‑141 (MQ=255) gccaaaaTTCACGTGAACCTGATCGCCTATGATCGTTCAAGGACTGCTTGCCTTGGCTAGAAAGTGCTTGTTTTATTAATTGTAAAAAAAGCCCCAACAATCCAAATGGCGGTCTCTGATTGTCTGCTATCATTGAAGCTa < 2:500563/138‑1 (MQ=255) cTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTa < 1:691610/141‑1 (MQ=255) 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1:240614/1‑141 (MQ=255) aaGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTTGATGAAATTGCTGAGGTACTATCa > 1:678053/1‑141 (MQ=255) aaGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTTGATGAAATTGCTAAGGTACTATCa > 2:806729/1‑141 (MQ=255) aaGCACTTTTTGCCTTACATATAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATAATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTTAATGAAACTGCTGAGGTACAATCa > 2:455999/1‑141 (MQ=255) ccgttttGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCCCACATCCGGGTCCAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTACAAAACAACTAGTTGATGAAATTGCTGAGGTACTATCAAAtt < 1:971838/138‑1 (MQ=255) aCTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGCGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTTGATGAAATTGCTGAGGTACTATCAAAtt > 1:60799/1‑141 (MQ=255) ttctGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTTGATGAAATTGCTGAGGTACTATCAAATTCAg < 2:209915/138‑1 (MQ=255) tGCCATGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACTAAAAATTTGAATGGGGGTGTTTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTTGATGACATTGCTGAGGTACTAACCAATTCACttt > 2:835407/1‑141 (MQ=255) | TAATTTCCAAGTTATATTACTTATTGTGATTATTTTACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCGTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTTGATGAAATTGCTGAGGTACTATCAAATTCAGTTT > USA300TCH1516_ALE/583985‑584257 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |