| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 707,909 | A→T | M1M (TTG→ATG) † | znuC_1 ← | High‑affinity zinc uptake system ATP‑binding protein ZnuC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 707,909 | 0 | A | T | 99.0% | 293.1 / ‑3.8 | 95 | M1M (TTG→ATG) † | znuC_1 | High‑affinity zinc uptake system ATP‑binding protein ZnuC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base T (56/38); total (57/38) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.84e-01 | |||||||||||
CTTGATAAGGGAAGATTTACCAGCACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTATGTTAACTGAAGAA > USA300TCH1516_ALE/707772‑708045 | cTTGATAAGGGGAGATTTACCAGCCCGATTGGAGCCCATGATACCAATTATTTCGGCGCGTACTGGTGTCGATAAGGAAATGTTTTTAAGGACATGCTTATGACCTAAAACCAGATTGAAATCTTTTGTTTCTAGCATACg > 2:654244/1‑141 (MQ=255)cTTGATAAGGGAAGATTTACCAGCACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACg > 2:731963/1‑141 (MQ=255) gAAGATTTACCAGCACCAGTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATAcctc < 2:304213/141‑1 (MQ=255) aggtttACCAGCACCATTCGGGCCCATGATACCAATAATTTCGACGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACGTAAAAAGAGTTTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATAcctcct > 2:323045/4‑141 (MQ=255) aGATTTACCAGCACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAACAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATAcctcct > 1:424438/1‑141 (MQ=255) aTTTACCAGCACCACTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACGTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTaa > 2:677725/1‑141 (MQ=255) ttACCAGCACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCGTAAtt > 2:718124/1‑141 (MQ=255) ttACCAGCACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAAtt > 1:193531/1‑141 (MQ=255) ttACCAGCACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAAtt > 2:637823/1‑141 (MQ=255) aCCAGCACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTaa > 2:502704/1‑141 (MQ=255) aCCAGCACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCGTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTaa > 2:448638/1‑141 (MQ=255) ccAGCACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATCAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTaaa > 1:641198/1‑141 (MQ=255) ccAGCACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATATGTTTATACCTCCTAATTaaa > 2:228451/1‑141 (MQ=255) ccAGCACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTACTTaaa > 2:371823/1‑141 (MQ=255) cACCATTCGGGCCCAAGAGACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGtt < 1:942786/141‑1 (MQ=255) ccATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTa < 1:400438/141‑1 (MQ=255) ccATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTa < 1:400439/141‑1 (MQ=255) aTTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTCATTAAAAGTTTAgg > 1:332155/1‑141 (MQ=255) aTTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAgg > 1:709091/1‑141 (MQ=255) aTTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAgg > 2:745516/1‑141 (MQ=255) gggCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTGAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTGCTAATTAAAAGTTTCGGCTaa > 1:98865/1‑141 (MQ=255) gggCCAATGATGACAGTTTTTTCGCTGGGTATTGGGAACGATAAGGGGATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTTCAAATCGATTTAAAGCTTTTGTTTCTAACTTACGTTTATACCTCCTTATTTAGAGTTTAGGCTac < 2:177674/141‑2 (MQ=255) ggCCAATGATACCAATTACTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAAc < 1:367648/141‑1 (MQ=255) gCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAAcc < 2:698891/141‑1 (MQ=255) gCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAAcc < 2:266002/141‑1 (MQ=255) gCCCATGATACCAATTATTTAGAAGAGTTGTTTTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATCCCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAAcc > 1:236369/1‑141 (MQ=255) cccATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCt < 2:807109/141‑1 (MQ=255) ccATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGTCTAACCta < 2:747129/141‑1 (MQ=255) ccATGATACACGTCATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGCAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCta < 2:433377/141‑1 (MQ=255) gATACCAATTATTTCGCCGCGTACAGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCtaatta > 1:630256/1‑141 (MQ=255) aTACCAATTTTTACGCCGAGTACTCGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAGGTACAGGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAACCTTTTGTGTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCtaattaa < 1:573072/141‑1 (MQ=255) aTACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCtaattaa < 1:26475/141‑1 (MQ=255) tcAATTTTTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACGTGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTg < 2:217543/140‑1 (MQ=255) tttCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTataata < 2:313600/141‑1 (MQ=255) tttCGCCGCGTACTGGTATCGATAAAGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGGTTCTAACATACGTTTATCCCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTatgata < 2:768759/141‑1 (MQ=255) ttCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTAtaataa < 1:951791/141‑1 (MQ=255) tCGCCGCGTACTGGTGTCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACGTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAAACTCATTAATTGTATATTaaa > 2:128899/1‑141 (MQ=255) tCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATaaa > 2:840786/1‑141 (MQ=255) tCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTAACTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATaaa > 1:84770/1‑141 (MQ=255) cgccgcGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTCGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAAc > 1:686951/1‑141 (MQ=255) gccgcGTACGGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTCATTAATTGTATAATAAAcg > 2:245571/1‑140 (MQ=255) ccgcGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACCTACGTTTATACCTCCTAATTCAAAGTTTAAGATAACCTAATTAATTGTATAATAAACTg < 2:236246/141‑1 (MQ=255) ccgcGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTg < 2:84395/141‑1 (MQ=255) ccgcGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTg < 1:98396/141‑1 (MQ=255) ccgcGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTg > 1:9543/1‑141 (MQ=255) gcgTACTGGTATCTATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTgag < 1:238389/141‑1 (MQ=255) gcgTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTATCATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTATGCTAACATAATTAATTGTATAATAAACtaaa > 2:514114/1‑138 (MQ=255) tGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATAtt < 2:98072/141‑1 (MQ=255) ggTATCGATAAGGAAATGTTTTGAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTACTTAATTGTATAATAACCTGAGACTAtta > 2:838090/1‑140 (MQ=255) ggAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAg > 1:451833/1‑141 (MQ=255) aTGTTTTTAAGTACATTCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTaaa < 2:727913/141‑1 (MQ=255) aTGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTaaa > 2:685920/1‑141 (MQ=255) aTGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTATATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTaaa > 2:409007/1‑141 (MQ=255) gTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAAtt > 2:142862/1‑141 (MQ=255) gTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATACTGTCAAGTAAAtt > 1:93783/1‑141 (MQ=255) aGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGata > 2:62639/1‑141 (MQ=255) aGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGata > 1:844158/1‑141 (MQ=255) aCATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGatataa > 1:858581/1‑141 (MQ=255) agtcTTATGACCTAAAACCAAAATTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGatataata < 2:399176/138‑1 (MQ=255) ttattaCCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGa > 1:6974/1‑141 (MQ=255) tattaCCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGAc > 2:829565/1‑141 (MQ=255) tattaCCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGAc > 2:859063/1‑141 (MQ=255) tattaCCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGAc > 2:990784/1‑141 (MQ=255) tattaCCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGAc > 2:440149/1‑141 (MQ=255) attaCCTAAAAACAGATTTAGATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGAAAAATAAACTGAGAATATTTAGCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACa > 2:541527/1‑141 (MQ=255) attaCCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACATCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGCATATTTATCATGTCAAGTAAATACGAGATATAATATAGACa > 2:186616/1‑141 (MQ=255) ttaCCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTAATATAATATAGACaa < 2:112804/141‑1 (MQ=255) tcaCCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACaa < 2:121553/139‑1 (MQ=255) taCCTAATAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAat < 2:278629/141‑1 (MQ=255) aCCTAAAAAAAGATTTAAATCTTTTGTTCCTAACAAACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAatg > 2:907826/1‑141 (MQ=255) ccTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTAGCGTGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAatgt < 2:406909/141‑1 (MQ=255) aaaaaCAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAatgtatg < 2:976212/141‑1 (MQ=255) cAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATTATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGCCAATGTATGTGAgg < 1:539511/141‑1 (MQ=255) cAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAgg < 1:691939/141‑1 (MQ=255) aGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAggg > 2:909371/1‑140 (MQ=255) gATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTg > 1:64921/1‑141 (MQ=255) gATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCGAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTg > 2:904025/1‑141 (MQ=255) tttAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGCTATAATATAGACAATGTGTGTGAGGTGag > 1:117759/1‑140 (MQ=255) tttAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAGTGTGTGTGAGTTGaa > 1:630042/1‑141 (MQ=255) ttAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTACTTAAGTGTATAGTGAACCGACAATACAGCGCAGGACATGCAATTTCGTGATATAATATAGACAATGTGTGTGAGGGGaaa > 2:449820/1‑141 (MQ=255) tAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTGATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATACTATAGACAATGTATGTGAGTTGAAAg > 1:598288/1‑141 (MQ=255) tAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAg < 2:709091/141‑1 (MQ=255) aaTCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTa > 1:255298/1‑141 (MQ=255) aaTCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGAAAATGTATGTGAGGTGAAAGTa > 1:185665/1‑141 (MQ=255) aaTCTTTTGATTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTa > 1:725598/1‑141 (MQ=255) cTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTATGt < 2:193531/141‑1 (MQ=255) cTTTTGTTTCGAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAAGATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTATGt < 2:108018/141‑1 (MQ=255) tttCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTATGTTAACTg < 2:469375/141‑1 (MQ=255) tCTAACATACTTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTATGTTAACTgaa < 2:986116/141‑1 (MQ=255) tCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGTTGAACGTATGTTAACTgaa < 1:644827/141‑1 (MQ=255) tAACATACGTTTCTACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTCTGTGAGGTGCAAGTATGTTAACTgaaga > 1:199953/1‑141 (MQ=255) tAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCCAGTAAATTCGTGATATACTATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTATGTTCAATgaaga > 2:85007/1‑141 (MQ=255) tAACATACGTTTATACCTCCGAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTATGTTAACTgaaga > 1:602285/1‑141 (MQ=255) tAACATACGTTTAGACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTGATTGTATAATAAACGGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATGCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTATGTTAACTgaaga < 1:943876/141‑1 (MQ=255) aaCATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTATGTTAACTgaagaa > 2:312029/1‑141 (MQ=255) | CTTGATAAGGGAAGATTTACCAGCACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTATGTTAACTGAAGAA > USA300TCH1516_ALE/707772‑708045 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |