| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 19,264 | G→A | G307D (GGC→GAC) | gdpP → | Cyclic‑di‑AMP phosphodiesterase GdpP |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 19,264 | 0 | G | A | 96.2% | 301.9 / NA | 107 | G307D (GGC→GAC) | gdpP | Cyclic‑di‑AMP phosphodiesterase GdpP |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/1); major base A (59/41); minor base C (2/2); total (62/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 107 total aligned reads displayed.
AAGTATCGGTGTTGGTGAAGGTACTGAAAATTTAATCGACTTAGGTGAATTATCACAATCAGGCCTAGACTTAGCATTAGGACGCGGTGGCGACCAAGTTGCAATTAAAAGTATTAATGGTAATGTGCGTTTCTATGGCGGTAAGACTGACCCGATGGAGAAACGTACTCGTGTAAGAGCACGTGTGATCTCACATGCGTTAAAAGATATCCTTGCAGAGGGTGACAAAGTCATTATCATGGGACATAAACGTCCTGACTTAGATGCAATT > USA300TCH1516_ALE/19127‑19397 | aaGTATCGGTGTTGGTGAAGGTACTGAAAATTTAATCGACTTAGGTGAATTATCACAATCAGGCCTAGACTTAGCATTAGGACGCGGTGGCGACCAAGTTGCAATTAAAAGTATTAATGGTAATGTGCGTTTCTATGACgg > 1:159803/1‑141 (MQ=255) aTCGGTGTTGGTGAAGGTACTGAAAATTTAATCGACTTAGGTGAATTATCACAATCAGGCCTAGACTTAGCATTAGGACGCGGTGGCGACCAAGTTGCAATTAAAAGTATTAATGGTAATGTGCGTTTCTATGACGTTAAg > 2:285914/1‑141 (MQ=255) aTCGGTGTTGGTGAAGGTACTGAAAATTTAATCGACTTAGGTGAATTATCACAATCAGGCCTAGACTTAGCATTAGGACGCGGTGGCGACCAAGTTGCAATTAAAAGTATTAATGGTAATGTGCGTTTCTATGACGGTAAg > 1:888479/1‑141 (MQ=255) tCGGTGTTGGTGAAGGTACTGAAAATTTAATCGACTTAGGTGAATTATCACAATCAGGCCTAGACTTAGCATTAGGACGCGGTGGCGACCAAGTTGCAATTAAAAGTATTAATGGTAATGTGCGTTTCTATGACGGTAAGa > 1:647857/1‑141 (MQ=255) cGGTGTTGGTGAAGGTACTGAAAATTTAATCGACTTAGGTGAATTATCACAATCAAGCCTAGACTTAGCATTAGGACGCGGTGGCGACCAAGTTGCAATTAAAAGTATTAATGGTAATGTGCGTGTCTATGGCGGTGAgcc > 2:343700/1‑139 (MQ=255) ggTGTTGGTGAAGGTACTGAAAATTTAATCGACTTAGGTGAATTATCACAATCAGGCCTAGACTTAGCATTAGGACGCGGTGGCGACCAAGTTGCAATTAAAAGTATTAATGGTAATGTGCGTTTCTATGACGGTAAGACt > 2:717918/1‑141 (MQ=255) ggTGTTGGTGAAGGTACTGAAAATTTAATCGACTTAGGTGAATTATCACAATCAGGCCTAGACTTAGCATTAGGACGCGGTGGCGACCAAGTTGCAATTAAAAGTATCAATGGTAATGTGGGTTTCTATGACGGTAAGACt > 2:551386/1‑141 (MQ=255) ttGGTGAAGGTACTGAAAATTTAATCGACTTAGGTGAATTATCACAATCAGGCCTAGACTTAGCATTAGGACGCGGTGGCGACCAAGTTGCAATTAAAAGTATTAATGGTAATGTGCGTTTCTATGACGGTAAGACTGAcc < 1:895095/141‑1 (MQ=255) ttGGTGAAGGTACTGAAAATTTAATCGACTTAGGTGAATTATCACAATCAGGCCTAGACTTAGCATTAGGACGCGGTGGCGACCAAGTTGCAATTAAAAGTATTAATGGTAATGTGCGTTTCTATGACGGTAAGACTGAcc < 2:854199/141‑1 (MQ=255) gTGAAGGTACTGAAAATTTAATCGACTTAGGTGAATTATCACAATCAGGCCTAGACTTAGCATTAGGACGCGGTGGCGACCAAGTTGCAATTAAAAGTATTAATGGTAATGTGCGTTTCTATGACGGTCAGACTGACCCGa > 1:1667/1‑141 (MQ=255) aGGTACTGAAAATTTAATCGACTTAGGTGAATTATCACAATCAGGCCTAGACTTAGCATTAGGACGCGGTGGCGACCAAGTTGCAATTAAAAGTATTAATGGTAATGTGCGTTTCTATGACGGTAAGACTGACCCGATggg > 1:380825/1‑140 (MQ=255) gTACTGAAAATTTAATCGACTTAGGTGAATTATCATAATCAGGCCTAGACTTAGCATTAGGTCGCGGTGGCGACCAGGTTGCAATTAAAAGTATTAATGGTAGTGTGCGTTTCTATGACGGTTAGACTGCGCCGGTGgagg > 2:687304/1‑140 (MQ=255) gTACTGAAAATTTAATCGACTTAGGTGAATTATCACAATCAGGCCTAGACTTAGCATTAGGACGCGGTGGCGACCAAGTTGCAATTAAAAGTATTAATGGTAATGTGCGTTTCTATGACGGTAAGACTGACCCGATGggga > 1:913932/1‑141 (MQ=255) gTACTGAAAATTTAATCGACTTAGGTGAATTATCACAATCAGGCCTAGACTTAGCATTAGGACGCGGTGGCGACCAAGTTGCAATTAAAAGTATTAATGGTAATGTGCGTTTCTATGACGGTAAGACTGACCCGATGgaga > 2:761586/1‑141 (MQ=255) gTACTGAAAATTTAATCGACTTAGGTGAATTATCACAATCAGGCCTAGACTTAGCATTAGGACGCGGTGGCGACCAAGTTGCAATTAAAAGTATTAATGGTAATGTGCGTTTCTATGACGGTAAGACTGACCCGATGgaga < 2:808870/141‑1 (MQ=255) aCTGAAAATTTAATCGACTTAGGTGAATTATCACAATCAGGCCTAGACTTAGCATTAGGACGCGGTGGCGACCAAGTTGCAATTAAAAGTATTAATGGTAATGTGCGTTTCTATGACGGTAAGACTGACCCGATGGAGaaa < 2:179220/141‑1 (MQ=255) aCTGAAAATTTAATCGACTTAGGTGAATTATCAAAATCAGGCCTAGACTTAGCATTAGGACGCGGTGGCGACCAAGTTGCAATTAAAAGTATTAATGGTAATGTGCGTTTCTATGACGGTAAGACTGACCCGATGGAGaaa < 2:832765/141‑1 (MQ=255) ctcaaaaTTAAATCGATTTATGTGAATTATCACAATCAGGCCTAGACTTAGCATTAGGACGCGGTGGCGACCAAGTTGCAATTAAAAGTATTAATGGTAATGTGCGTTTCTATGACGGTAAGACTGACCCGATGGAGAAAc < 1:169695/138‑1 (MQ=255) aaacaaTTAACTCGACTTACGTGAATTATCACAATCAGGCCTAGACTTATCATTAGGACGCGGTGGCTACCAAGTTGCAATTAAAAGTATTAATGGTAATGTGCGTTTCTATGACGGTAAGACTGACCCGATGGAGAAACg < 2:943129/137‑1 (MQ=255) aaTTTAATCGACTTAGGTGAATTATCACAATCAGGCCTAGACTTAGCATTAGGACGCGGTGGCGACCAAGTTGCAATTAAAAGTATTAATGGTAATGTGCGTTTCTATGACGGTAAGACTGACCCGATGGAGAAACGTACt < 2:758983/141‑1 (MQ=255) aaTTTAATCGACTTAGGTGAATTATCACAATCAGGCCTAGACTTAGCATTAGGACGCGGTGGCGACCAAGTTGCAATTAAAAGTATTAATGGTAATGTGCGTTTCTATGACGGTAAGACTGACCCGATGGAGAAACGTACt < 2:833078/141‑1 (MQ=255) tttAATCGACTTAGGTGAATTAGCACAATCAGGCCTAGACTTAGCATTAGGACGCGGTGGCGACCAAGTTGCAATTAAAAGTATTAATGGTAATGTGCGTTTCTATGACGGTAAGACTGACCCGATGGAGAAACGTACTCg < 1:82016/141‑1 (MQ=255) ttAATCGGGTTAGGTGAATTATCACGATCAGGCCTAGACTTAGCATTAGGACGCGGTGGCGACCAAGTTGCAATTAAAAGTATTAATGGTAATGTGCGTTTCTATGACGGTAAGACTGACCCGATGGAGAAACGTACTCgt < 2:308364/141‑1 (MQ=255) aTCGACTTAGGTGAATTATCACAATCAGGCCTAGACTTAGCATTAGGACGCGGTGGCGACCAAGTTGCAATTAAAAGTATTAATGGTAATGTGCGTTTCTATGACGGTAAGACTGACCCGATGGAGAAACGTACTCGTGTa > 1:187515/1‑141 (MQ=255) aTCGACTTAGGTGAATTATCACAATCAGGCCTAGACTTAGCATTAGGACGCGGTGGCGACCAAGTTGCAATTAAAAGTATTAATGGTAATGTGCGTTTCTATGACGGTAAGACTGACCCGATGGAGAAACGTACTCGTGTa > 2:648330/1‑141 (MQ=255) tCGACTTAGGTGAATTATCACAATCAGGCCTAGACTTAGCATTAGGACGCGGTGGCGCCTAAGTTGCAATTAAAAGTATTAATGGTATTGTGCGTTTCTATGACGGTAAGACTGACCCGATGGAGAAACGTACTCGGGTaa > 1:867953/1‑141 (MQ=255) tCGACTTAGGTGAATTATCACAATCAGGCCTAGACTTAGCATTAGGACGCGGTGGCGACCAAGTTGCAATTAAAAGTATTAATGGTAATGTGCGTTTCTATGACGGTAAGACTGACCCGATGGAGAAACGTACTCGTGTaa > 2:975876/1‑141 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cgcgGTGGCGACCAAGTTGCAATTAAAAGTATTAATGGTAATGTGCGTTTCTATGACGGTAAGACTGACCCGATGGAGAAACGTACTCGTGTAAGAGCACGTGTGATCTCACATGCGTTAAAAGATATCCTTGCAGAGGGt < 1:834663/141‑1 (MQ=255) cgGTGGCGACCAAGTTGCAATTAAAAGTATTAATGGCAATGTGCGTTTCTATGACGGTAAGACTGACCCGATGGAGAAACGTACTCGTGTAAGAGCACGTGTGATCTCACATGCGTTAAAAGATATCCTTGCAGAGGGTGa > 2:890018/1‑141 (MQ=255) ggTGGCGACCAAGTTGCAATGAAAAGTATGAATGGTAATGTGCGTTTCTATGACGGTAAGACTGACCCGATGGAGAAACGTACTCGTGTAAGAGCACGTGTGATCTCACATGCGTTAAAAGATATCCTTGCAGAGGGTGAc < 1:528650/141‑1 (MQ=255) ggCGACCAAGTTGCAATTAAAAGTATTAATGGTAATGTGCGTTTCTATGACGGTAAGACTGACCCGATGGAGAAACGTACTCGTGTAAGAGCACGTGTGATCTCACATGCGTTAAAAGATATCCTTGCAGAGGGTGGCaaa > 1:907594/1‑141 (MQ=255) ggCGACCAAGTTGCAATTAAAAGTATTAATGGTAATGTGCGTTTCTATGACGGTAAGACTGACCCGATGGAGAAACGTACTCGTGTAAGAGCACGTGTGATCTCACATGCGTTAAAAGATATCCTTGCAGAGGGTGACaaa > 2:399362/1‑141 (MQ=255) gCGACCAAGTTGCAATTAAAAGTATTAATGGTAATGTGCGTTTCTATGACGGTAAGACTGACCCGATGGAGAAACGTACTCGTGTAAGAGCACGTGTGATCTCACATGCGTTAAAAGATATCCTTGCAGAGGGTGACAAAg > 1:92115/1‑141 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |