| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,542,325 | G→T | A29S (GCC→TCC) | hlgA → | Gamma‑hemolysin component A |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,542,325 | 0 | G | T | 97.5% | 222.4 / NA | 81 | A29S (GCC→TCC) | hlgA | Gamma‑hemolysin component A |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); major base T (34/43); minor base C (0/2); total (34/47) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.03e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AACTTTTAACGAACAGTTAATTCGAAAACGCTTACAAATGGATTATTATATATATGAACTTAAAATTAAATAGAAAGAAAGTGATTTCTATGATTAAAAATAAAATATTAACAGCAACTTTAGCAGTTGGTTTAATAGCCCCTTTAGCCAATCCATTTATAGAAATTTCTAAAGCAGAAAATAAGATAGAAGATATCGGCCAAGGTGCAGAAATCATCAAAAGAACACAAGACATTACTAGCAAACGATTAGCTATAACTCAAAACATTCAA > USA300TCH1516_ALE/2542188‑2542459 | aaCTTTTAACGAACAGTTAATTCGAAAACGCTTACAAATGGATTATTATATATATGAACTTAAAATTAAATAGAAAGAAAGTGATTTCTATGATTAAAAATAAAATATTAACAGCAACTTTAGCAGTTGGTTTAATATccc < 1:669598/141‑1 (MQ=255)aaCTTTTAACGAACAGTTAATTCGAAAACGCTTACAAATGGATTATTATATATATGAACTTAAAATTAAATAGAAAGAAAGTGATTTCTATGATTAAAAATAAAATATTAACAGCAACTTTAGCAGTTGGTTTAATATccc < 1:943174/141‑1 (MQ=255) aCTTTTAACGAACAGTTAATTTGAAAACGCTTACAAATGGATTATTATATATATGAACTTAAAATTAAATAGAAAGAAGGTGATTTCTATGATTAAAAATAAAATATTAACAGCAACTTTAGCCGTTGTTTTAATATcccc > 1:454821/1‑141 (MQ=255) aCTTTTAACGAACAGTTAATTCGAAAACGCTTACAAATGGATTATTATATATAGGAACTTAAAATTAAATAGAAAGAAAGTGATTTCTATGATTAAAAATACAATATTAACAGCAACTTTAACAGTTGGTTTAATATcccc > 2:414781/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) aCAGTTAATTCGAAAACGCTTACAAATGGATTATTATATATATGAACTTAAAATTAAATAGAAAGAAAGTGATTTCTATGATTAAAAATAAAATATTAACAGCAACTTTAGAAGTTGGTTTAATATCACCTTTAGCCAAta > 2:793454/1‑140 (MQ=255) attAATTCGACATCGCTTGCGAATTAATTATTATCTATATGAACTTAAAATTAAATAGAACGAAAGCGATTTATATCATTAAAACTCAAACATTCACAGCAACTTTAGCAGTTGGTGTAATATCCCCTTTAGCCGATCCAt < 2:228474/140‑1 (MQ=255) tAATTCGAAAACGCTTACAAATGGATTATTATATATATGAACTTAAAATTAAATAGAAAGAAAGTGATTTCTATGATTAAAAATAAAATATTAACAGCAACTTTAGCAGTTGGTTTAATATCCCCTTTACCCAATCCAttt > 1:382462/1‑141 (MQ=255) aaTTCGAAAACGCTTACAAATGGATTATTATATATCTCAACTTAAAATTAAATAGAAAGAAAGTGATTTCTATGATTAAAAATAAAATATTAACAGCAACTTTAGCAGTTGGTTTACTATCCCCTTTACCCAATCCATTta > 2:162925/1‑141 (MQ=255) aTTCGAAAACGCTTACAAATGGATTATTATATATATGAACTTAAAATTAAATAGAAAGAAAGTGATTTCTATGATTAAAAATAAAATATTAACAGCAACTTTAGCAGTTGGTTTAATATCCCCTTTAGCCAATCCATTtat < 1:298641/141‑1 (MQ=255) aTTCGAAAACGCTTACAAATGGATTATTATATATATGAACTTAAAATTAAATAGAAAGAAAGTGATTTCTATGATTAAAAATAAAATATTAACAGCAACTTTAGCAGTTGGTTTAATATCCCCTTTAGCCAATCCATTtat > 1:343689/1‑141 (MQ=255) aTTCGAAAACGCTTACAAATGGATTATTATATATATGAACTTAAAATTAAATAGAAAGAAAGTGATTTCTATGATTAAAAATAAAATATTAACAGCAACTTTAGCAGTTGGTTTAATATCCCCTTTAGCCAATCCATTtat < 1:298670/141‑1 (MQ=255) aTTCGAAAACGCTGACAAATGGATTATTATATATATGAACTTAAAATTAAATAGAAAGAAAGTGATTTCTATGATTAAAAATAAAATATTAACAGCAACTTTAGCAGTTGGTTTAATATCCACTTTAGCCAATCCAtttct > 2:360996/1‑139 (MQ=255) cGAAAACGCTTACAAATGGATTATTATATATATGAACTTAAAATTAAATAGAAAGAAAGTGATTTCTATGATTAAAAATAAAATATTAACAGCAACTTTAGCAGTTGGTTTAATATCCCCTTTAGCCAATCCATTTATAGa < 1:706465/141‑1 (MQ=255) cGAAAACGCTTACAAATGGATTATTATATATATGAACTTAAAATTAAATAGAAAGAAAGTGATTTCTATGATTAAAAATAAAATATTAACAGCAACTTTAGCAGTTGGTTTAATATCCCCTTTAGCCAATCCATTTATAGa < 1:706697/141‑1 (MQ=255) cGAAAACGCTTACAAATGGATTATTATATATATGAACTTAAAATTAAATAGAAAGAAAGTGATTTCTATGATTAAAAATAAAATATTAACAGCAACTTTAGCAGTTGGTTTAATATCCCCTTTAGCCAATCCATTTATAGa < 2:826381/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) gATTATTATATATATGAACTTAAAATTAAATAGAAAGAAAGTGATTTCTATGATTAAAAATAAAATATTAACAGCAACTTTAGCAGTTGGTTTAATATCCCCTTTAGCCAATCCATTTATAGAAATTTCTAAAGCAGaaaa > 1:520943/1‑141 (MQ=255) attattATATATATGAACTTAAAATTAAATAGAAAGAAAGTGATTTCTATGATTAAAAATAAAATATTAACAGCAACTTTAGCAGTTGGTTTAATATCCCCTTTAGCCAATCCATTTATAGAAATTTCTAAAGCAGAAAAt < 2:124871/141‑1 (MQ=255) actataatATATATAAACTTAAAATTAAATAGAAAGAAAATGACTGCTAAGATTAAAAATAAAATATTAACAGCAACTTTAGCAGTTGGTTTAATACCCCCTTTAGCCAATCCATTTATAGAAATTTCTAAAGCAGAAAAt < 2:46701/139‑1 (MQ=255) ttattaTATATATGAACTTAAAATTAAATAGAAAGAAAGTGATTTCTATGATTAAAAATAAAATATTAACAGCAACTTTAGCAGTTGGTTTAATATCCCCTTTAGCCAATCCATTTATAGAAATTTCTAAAGCAGAAAATa > 2:484040/1‑141 (MQ=255) attatATATATGAACTTAAAATTAAATAGAAAGAAAGTGATTTCTATGATTAAAAATAAAATATTAACAGCAACTTTAGCAGTTGGTTTAATATCCCCTTTAGCCAATCCATTTATAGAAATTTCTAAAGCAGAAAATAAg > 1:875372/1‑141 (MQ=255) attatATATATGAACTTAAAATTAAATAGAAAGAAAGTGATTTCTATGATTAAAAATAAAATATTAACAGCAACTTTAGCAGTTGGTTTAATATCCCCTTTAGCCAATCCATTAATAGAAATTTCACAAGCAGAAAATAAg > 1:615303/1‑141 (MQ=255) atatatGAACTTAAAATTAAATAGAAAGAAAGTGATTTCTATGATTAAAAATAAAATATTAACAGCAACTTTAGCAGTTGGTTTAATATCCCCTTTAGCCAATCCATTTATAGAAATTTCTAAGGCAGAAAATAAGATaga > 2:496064/1‑141 (MQ=255) tatatGAACTTAAAATTAAATAGAAAGAACATCAGTTCTATGAGGAAAAATAAAATATTAACAGCAACTTTAGCAGTTGGTTTAATATCCCCTTTAGCCAATCCATTTATAGAAATTTCTAAAGCAGAAAATAAGATagaa < 1:761714/141‑1 (MQ=255) tatatGAACTTAAAATTAAATAGAAAGAAAGTGATTTCTATGATTAAAAATAAAATATTAACAGCAACTTTAGCAGTTGGTTTAATATCCCCTTTAGCCAATCCATTTATAGAAATTTCTAAAGCAGAAAATAAGATagaa > 1:887777/1‑141 (MQ=255) tatatGAACTTAAAATTAAATAGAAAGAAAGTGATTTCTATGATTAAAAATAAAATATTAACAGCAACTTTAGCAGTTGGTTTAATATCCCCTTTAGCAAATCCAATTATAGAAATTACTAAAGCAGAAAATAAGATagaa > 1:317557/1‑141 (MQ=255) tGAACTTAAAATTAAATAGAAAGAAAGTGATTTCTATGATTAAAAATAAAATATTAACAGCAACTTTAGCAGTTGGTTTAATATCCCCTTTAGCCAATCCATTTATAGAAATTTCTAAAGCAGAAAATAAGATAGAAGata > 1:612854/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) aaaTTAAATAGAAAGAAAGTGATTTCTATGATTAAAAATAAAATATTAACAGCAACTTTAGCAGTTGGTTTAATATCCCCTTTAGCCAATCCATTTATAGAAATTTCTAAAGCAGAAAAAAAAATAGCAGATAGCgtgcga > 2:931771/1‑136 (MQ=255) aaaTAGAAAGAAAGTGATTTCTCTGATTAAAAATAAAATATTAACAGCAACTTTAGCAGTTGGTTTAATATCCCCTTTAGCCAATCCATTTATAGAAATTTCTAGAGCAGAAAATAAGATAGAAGATATCGGCCAAGGTGc < 1:684894/141‑1 (MQ=255) agaaagTGATTTCTATGATTAAAAATAAAATATTAACAGCAACTTTAGCAGTTGGTTTAATATCCCCTTTAGCCAATCCATTTATAGAAATTTCTAAAGCAGAAAATAAGATAGAAGATATCGGCCAAGGTGCAGAAatca > 1:733475/1‑141 (MQ=255) aaagGGATTTCTATGATTAAAAATAAAATGTGAACAGCAACTTTAGCAGGTGGTTTAATATCCCCTTTAGCCAATCCATTTAGAGAAATTTCTAAAGCAGAAAATAAGATAGAAGATATCGGCCAAGGTGCAGAAatcatc < 2:877631/141‑1 (MQ=255) agTGATTTCTATGATTAAAAATAAAATATTAACAGCAACTTTAGCAGTTGGTTTAATATCCCCTTTAGCCAATCCATTTATAGAAATTTCTAAAGCAGAAAATAAGATAGAAGATATCGGCCAAGGTGCAGAAATCATCaa > 1:4939/1‑141 (MQ=255) agTGATTTCTATGATTAAAAATAAAATATTAACAGCAACTTTAACAGTTGGTTTAATATCCTTTTTAGCCAATCAATTTATAGAAATTTGTAAAGAAGATAATAAGATAAAAGATATCGGCCAAGGTGCAGAAATcaacaa > 2:263434/1‑141 (MQ=255) agTGATTTCTATGATTAAAAATAAAATATTAAAAGCAACTTTGGCAGATTGTTTAATATCCCCTTTAGCCAATCCATTTATAGAAATTTCTAAAGCAGAAAATAAAATAAAAGATATCGGCCAAGGTACAGaaagccttaa > 1:5021/1‑134 (MQ=255) gATTTCTATGATTAAAAATAAAATATTAACAGCAACTTTAGCAGTTGGTTTAATATCCCCTTTAGCCAATCCATTTATAGAAATTTCTAAAGCAGAAAATAAGATAGAAGATATCGGCCAAGGTGCAGAAATCATCAAAAg < 2:658407/141‑1 (MQ=255) gATTTCTATGATTAAAAATAAAATATTAACAGCAACTTTAGCAGTTGGTTTAATATCCCCTTTAGCCAATCCATTTATAGAAATTTCTAAAGCAGAAAATAAGATAGAAGATATCGGAAAAGGTGCAGAAATCATCAAAAg < 2:455899/141‑1 (MQ=255) gATTTCTATGATTAAAAATAAAATATTAACAGCAACTTTAGCAGTTGGTTTAATATCCCC‑TTAGCCAATCCATTTATAGAAATTTCTAAAGCAGAAAATAAGATAGAAGATATCGGCCAAGGTGCAGAAATCATCAAAAGa < 1:145611/141‑1 (MQ=255) acgATAAAAAATAAAATATTAACAGCAACTTTAGCAGTTGGTTTAATATCCCCTTTAGCCAATCCATTTATAGAAATTTCTAAAGCAGAAAATAAGATAGAAGATATCGGCCAAGGTGCAGAAATCATCAAAAGAACACaa < 2:148526/139‑1 (MQ=255) aTGATTAAAAATAAAATATTAACGGCAGCTTTAGCAGTTGGTTTAATATCCCCTTTAGCCAATCCATTTATAGAAATTTCTAAAGCAGAAAATAAGATAGAAGATATCGGCCAAGGTGCAGAAATCATCAAAAGAACACaa < 2:246095/141‑1 (MQ=255) aTGATTAAAAATAAAATATTAACAGCAACTTTAGCAGTTGGTTTAATATCCCCTTTAGCCAATCCATTTATAGAAATTTCTAAAGCAGAAAATAAGATAGAAGATATCGGCCAAGGTGCAGAAATCATCAAAAGAACACaa < 2:685075/141‑1 (MQ=255) aTGATTAAAAATAAAATATTAACAGCAACTTTAGCAGTTGGTTTAATATCCCCTTTAGCCAATCCATTTATAGAAATTTCTAAAGCAGAAAATAAGATAGAAGATATCGGCCAAGGTGCAGAAATCATCAAAAGAACACaa < 2:71093/141‑1 (MQ=255) tGATTAAAAATAAAATATTACCAGCAACTTTAGCAGTTGGTTTAACATCCCCTTTAGCCAACCCATTTATAGAAATTTCTAAAGCAGAAAATAAGATAGAAGATATCGGCCAAGGTGCAGAAATCATCAAAAGAACACAAg < 2:643633/141‑1 (MQ=255) tGATTAAAAATAAAATATTAACAGCAACTTTAGCAGTTGGTTTAATATCCCCTTTAGCCAATCCATTTATAGAAATTTCTAAAGCAGAAAATAAGATAGAAGATATCGGCCAAGGTGCAGAAATCATCAAAAGAACACaaa > 2:720669/1‑140 (MQ=255) tGATTAAAAATAAAATATTAACAGCAACTTTAGCAGTTGGTTTAATATCCCCTTTAGCCAATCCATTTATAGAAATTTCTAAAGCAGAAAATAAGATAGAAGATATCGGCCAAGGTGCAGAAATCATCAAAAGAACACAAg < 1:484040/141‑1 (MQ=255) ataTTAAAAATCAAATATTAACAGCAACTTTAGCAGTTGGTTTAATATCCCCTTTAGCCAATCCATTTATAGAAATTTCTAAAGCAGAAAATAAGATAGAAGATATCGGCCAAGGTGCAGAAATCATCAAAAGAACACAAg < 2:520943/139‑1 (MQ=255) aTTAAAAATAAAATATTAACAGCAACTTTAGCAGTTGGTTTAATATCCCCTTTAGCCAATCCATTTATAGAAATTTCTAAAGCAGAAAATAAGATAGAAGATATCGGCCAAGGTGCAGAAATCATCAAAAGAACACAAGAc < 1:508475/141‑1 (MQ=255) aTTAAAAATAAAATATTAACAGCAACTTTAGCAGTTGGTTTAATATCCCCTTTAGCCAATCCATTTATAGAAATTTCTAAAGCAGAAAATAAGATAGAAGATATCGGCCAAGGTGCAGAAATCATCAAAAGAACACAAGAc < 1:923586/141‑1 (MQ=255) aTTAAAAATAAAATATTAACAGCAACTTTAGCAGTTGGTTTAAGAACCCCTGTAGACAATCCATGTATGGAAATTTCTAAAGCAGAAAACAAGAGAGAAGATATCGGCCAAGATGCAGAAATAATCAAAAGAACACAAGAc < 2:366818/141‑1 (MQ=255) aaataTTAACAGCAACTTTAGCAGTTGGTTTAATATCCCCTTTAGCCAATCCATTTATAGAAATTTCTAAAGCAGAAAATAAGATAGAAGATATCGGCCAAGGTGCAGAAATCATCAAAAGAACACAAGACATTACTAGCa < 1:328591/141‑1 (MQ=255) aaataTTAACAGCAACTTTAGCAGTTGGTTTAATATCCCCTTTAGCCAATCCATTTATAGAAATTTCTAAAGCAGAAAATAAGATAGAAGATATCGGCCAAGGTGCAGAAATCATCAAAAGAACACAAGACATTACTAGCa > 1:398606/1‑141 (MQ=255) aaataTTAACAGCAACTTTAGCAGTTGGTTTAATATCCCCTTTAGCCAATCCATTTATAGAAATTTCTAAAGCAGAAAATAAGATAGAAGATATCGGCCAAGGTGCAGAAATCATCAAAAGAACACAAGACATTACTAGCa < 1:576245/141‑1 (MQ=255) aaataTTAACAGCAACTTTAGCAGTTGGTTTAATATCCCCTTTAGCAAATCCATTTATAGAAATTTCTAAAGCAGAAAATATGATAGAAGATATCGGCCAAGGTGCAGAAATCATCAAAAGAACACAAGACATTACTAGCa < 2:551145/141‑1 (MQ=255) aaataTTAACAGCAACGTTAGCAGTTGGTTTAATATCCCCTTTAGCCAATCCATTTATAGAAATTTCTAAAGCAGAAAATAAGATAGAAGATATCGGCCAAGGTGCAGAAATCATCAAAAGAACACAAGACATTACTAGCa < 2:461979/141‑1 (MQ=255) tatTAACAGCAACTTTAGCAGTTGGTTTAATATCCCCTTTAGCCAATCCATTTATAGAAATTTCTAAAGCAGAAAATAAGATAGAAGATATCGGCCAAGGTGCAGAAATCATCAAAAGAACACAAGACATTACTAGCAAAc > 1:349518/1‑141 (MQ=255) aCAGCAACTTTAGCAGTTGGTTTAATATCCCCTTTAGCCAATCCATTTATAGAAATTTCTAAAGCAGAAAATAAGATAGAAGATATCGGCCAAGGTGCAGAAATCATCAAAAGAACACAAGACATTACTAGCAAACGATTa > 1:729369/1‑141 (MQ=255) aaCTTTAGCAGTTGGTTTAATAGCCCCTTTAGCCAATCCATTTATAGAAATTTCTAAAGCAGAAAATAAGATAGAAGATATCGGCCAAGGTGCAGAAATCATCAAAAGAACACAAGACATTACTAGCAAACGATTAGCtat < 2:481013/141‑1 (MQ=255) ttATCAGTTGGTTTAATATCCCCTTTAGCCAATCCATTTATAGAAATTTATAAAGCAGAAAATAAGATAGAAGATATCGGCCAAGGTGCAGAAATCATCAAAAGAACACAAGATATTACTAGCAAACGACTAGCTATAACt < 2:112635/141‑1 (MQ=255) tgCAGTTGGTTTAATATCCCCTTTAGCCAATCCATTTATAGAAATTTCTAAAGCAGAAAATAAGATAGAAGATATCGGCCAAGGTGCAGAAATCATCAAAAGAACACAAGACATTACTAGCAAACGATTAGCTATAACTCa < 2:8880/140‑1 (MQ=255) aGCAGTTGGTTTAATATCCGCTTTAGCCAATCCATTTATAGAAATTTCTAAAGCAGAAAATAAGATAGAAGATATCGGCCAAGGTGCAGAAATCATCAAAAGAACACAAGACATTACTAGCAAACGATTAGCTATAACTCa > 1:523478/1‑141 (MQ=255) aGCAGTTGGTTTAATATCCCCTTTAGCCAATCCATTTATAGAAATTTCTAAAGCAGAAAATAAGATAGAAGATATCGGCCAAGGTGCAGAAATCATCAAAAGAACACAAGACATTACTAGCAAACGATTAGCTATAACTCa > 1:679009/1‑141 (MQ=255) aGTTGGTTTAATATCCCCTTTAGCCAATCCATTTATAGAAATTTCTAAAGCAGAAAATAAGATAGAAGATATCGGCCAAGGTGCAGAAATCATCAAAAGAACACAAGACATTACAAGCAAACGATTAGCTATAACTCaaaa < 2:613698/141‑1 (MQ=255) tGGTTTAATATCCCCTTTAGCCAATCCATTTATAGAAATTTCTAAAGCAGAAAATAAGATAGAAGATATCGGCCAAGGTGCAGAAATCATCAAAAGAACACAAGACATTACTAGCAAACGATTAGCTATAATTCAAAACAt < 2:636060/141‑1 (MQ=255) tGGTTTAATACCCCCTTTAGCCAATCCATTTATAGAAATTTCTAAAGCAGAAAATAAGATAGAAGATATCGGCCAAGGTGCAGAAATCATCAAAAGAACACAAGACATTACTAGCAAACGATTAGCTATAACTCAAAACAt < 2:692525/141‑1 (MQ=255) ttAATATCCCCTTTAGCCAATCCATTTATAGAAATTTCTAAAGCAGAAAATAAGATAGAAGATATCGGCCAAGGTGCAGAAATCATCAAAAGAACACAAGACATTACTAGCAAACGATTAGCTATAACTCAAAACATTCaa < 1:481105/141‑1 (MQ=255) | AACTTTTAACGAACAGTTAATTCGAAAACGCTTACAAATGGATTATTATATATATGAACTTAAAATTAAATAGAAAGAAAGTGATTTCTATGATTAAAAATAAAATATTAACAGCAACTTTAGCAGTTGGTTTAATAGCCCCTTTAGCCAATCCATTTATAGAAATTTCTAAAGCAGAAAATAAGATAGAAGATATCGGCCAAGGTGCAGAAATCATCAAAAGAACACAAGACATTACTAGCAAACGATTAGCTATAACTCAAAACATTCAA > USA300TCH1516_ALE/2542188‑2542459 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |