| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 37,591 | A→T | intergenic (+615/‑222) | USA300HOU_RS14915 → / → ugpQ_1 | hypothetical protein/Glycerophosphodiester phosphodiesterase, cytoplasmic |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 37,591 | 0 | A | T | 100.0% | 126.3 / NA | 50 | intergenic (+615/‑222) | USA300HOU_RS14915/ugpQ_1 | hypothetical protein/Glycerophosphodiester phosphodiesterase, cytoplasmic |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (20/30); total (20/30) | |||||||||||
GATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCTGATAAGGGGTAAGTTAAAAGCAATCCTAAGTAAAATTGCAGATAAGGGGTACAGAAAAACTAGACTTGATTACAAAATGGAGCTTGGGACATAAATGATTTTTTAAAAATGAGA‑TGAGACGTAGATTAACTCCATAATCAATACGAATCTATCGACTTCTTTATTTATGATATTC > USA300TCH1516_ALE/37512‑37726 | gATAAGAGGTACGTTAAAAGCAGTTCTAGGCAAAATTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCTGATAAGGGGTACAGAAAAACTAGACTTGATTACAAAATGGAGCTTGGGACATAAATGAttt < 2:218573/141‑1 (MQ=11) caaGTGGTACGTTAAAAGCAGTTCTAGGCAAAATTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCTGATAAGGGGTACAGAAAAACTAGACTGGATTACAAAATGGAGCTTGGGACATAAATGAttttt < 1:296984/140‑1 (MQ=14) agagGTACGTTAAAAGCAGTTCTAGGCAAAATTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCTGATAAGGGGTACAGAAAAACTAGACTTGATTACAAAATGGAGCTTGGGACATAAATGATTTTTTa < 2:822566/141‑1 (MQ=14) agagGTAAGTTAAAAGCAGTTCTAGGCAAAATTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCTGATAAGGGGTACAGAAAAACTAGACTTGATTACAAAATGGAGCTTGGGACATAAATGATTTTTTa < 2:822641/141‑1 (MQ=11) 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2:375813/141‑1 (MQ=255) aaTTGCTGATAAGGGGTACAGAAGAACTAGACTTGATTACAAAATGGAGCTTGGGACATAAATGATTTTTTAAAAATGAGA‑TGAGACGTAGATTAACTCCATAATCAATACGAATCTATCGACTTCTTTATTTATGATAtt < 2:22000/141‑1 (MQ=255) aaTTGCTGATAAGGGGTACAGAAAAACTAGACTTGATTACAAAATGGAGCTTGGGACATAAATGATTTTTTAAAAATGAGA‑TGAGACGTAGATTAACTCCATAATCAATACGAATCTATCGACTTCTTTATTTATGATAtt < 2:355977/141‑1 (MQ=255) aaTTGCTGAAAAGTGGTACAGAAAAACAAACCTGTATTACCAAATGGAGCTTGGGACATAAAAAAAAAAAAAAAAATGAGA‑TGAGACGTAGATTGACTCCATAATCAATACGAATCTATCGACTTCTTTATTTATGATAtt < 2:630510/141‑1 (MQ=255) aTTGCTGATAAGGGGTACAGAAAAACTAGACTTGATTACAAAATGGAGCTTGGGACATAAATGATTTTTTAAAAATGAGA‑TGAGTCGTAGATTAACTCCATAATCAATACGAATCTATCGACTTCTTTATTTATGATATTc < 2:571521/141‑1 (MQ=255) aTTGCTGATAAGGGGTACAGAAAAACTAGACTTGATTACAAAATGGAGCTTGGGACATAAATGATTTTTTAAAAATGAGA‑TGAGACGTAGATTAACTCCATAATCAATACGAATCTATCGACTTCTTTATTTATGATATTc < 1:912376/141‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |