| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| MC JC | USA300TCH1516_ALE | 1,747,374 | Δ3 bp | 100% | coding (2073‑2075/2280 nt) | USA300HOU_RS08710 ← | Heme uptake protein MmpL11 |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | USA300TCH1516_ALE | 1747374 | 1747376 | 3 | 37 [0] | [1] 38 | USA300HOU_RS08710 | Heme uptake protein MmpL11 |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1747377 = | 0 (0.000) | 37 (0.870) | 30/242 | NT | 100% | coding (2072/2280 nt) | USA300HOU_RS08710 | Heme uptake protein MmpL11 |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1747373 | 0 (0.000) | coding (2076/2280 nt) | USA300HOU_RS08710 | Heme uptake protein MmpL11 | |||||
AATCGTAACGTTTGACCGTGTACGTGAAAACTTACAAAAGGTTAAAGTGATTACGACAACAGAACAAATTGATGATATCGTTAATAGATCAATTAGACAGACAATGACACGTTCAATTAATACAGTATTAACAGTTATTGTAGTAGT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1747523‑1747377‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gtagtagtTGCTATACTATTCTTCGGTGCTCCTACGATATTCAACTTTACTTTAGCATTATTTATCGGATTGATTTCTGGTGTATTCTCTTCAATCTTCATTGCCGTTCCGCTATGGGGAATAATGAAAAAAC < USA300TCH1516_ALE/1747373‑1747249 AATCGTAACGTTTGACCCTGTACGTGAAAACTTACAAAAGGTTAAAGTGATTACGACAACAGAACAAATTGATGATATCGTTAATAGATCAATTAGACAGACAATGACACGTTCAATTAATACAGTATTAACAGTTATTG < 2:518330/140‑1 ATCGTACCGTATGGCAGTGGACGTGAAAACTTACAAAAGGTTAAAGTGATTACGACAACAGAACAAATTGATGATATCGTTAATAGATCAATTAGACAGACAATGACACGTTCAATTAATACAGTATTAACAGTTATTGT < 1:258697/140‑1 ATCGTAACGTTTGACCGTGTACGTGAAAACTTACAAAAGGTTAAAGTGATTACGACAACAGAACAAATTGATGATATCGTTAATAGATCAATTAGACAAACAATGACACGTTCAATTAATACAGAATTAAAAATTATTGT > 1:195761/1‑140 AAAGGTTAAAGTGATTACGACAACAGAACAAATTGATGCTATGGTTAATAGATCAATTAGACAGACAATGACACGTTCAATTAATACAGTATTAACAGTTATTGTAGTAGTTGCTATCCTATTCTTCGGTGCACCTACGA > 2:2742/1‑140 AAGGTTAAAGTGATTACGACAACAGAACAAATTGATGATATCGTTAATAGATCAATTAGACAGACAATGACACGTTCAATTAATACAGTATTAACAGTTATTGTAGTAGTTGCTATACTATTCTTCGGTGCTCCTACGAT > 2:536129/1‑140 AAGGTTAAAGTGATTACGACAACAGAACAAATTGATGATATCGTTAATAGATCAATTAGACAGACAATGACACGTTCAATTAATACAGTATTAACAGTTATTGTAGTAGTTGCTATACTATTCTTCGGTGCTCCTACGAT > 2:293677/1‑140 ggTAAGGTGATTACAATAACAAGCCAATGTGATGATATCGTTAATAGATCAATTAGACAGACAATGACACGTTCAATTAATACAGTATTAACAGTTATTGTAGTAGTTGCTATACTATTCTTCGGTGCTCCTACGATATT < 1:99146/138‑1 AGTGATTACGCCCACACAACAAATTGATGATAGCGGTAATAGATCAATTAGACAGACAATGACACGTTCAATTAATACAGTATTAACAGTTATTGTAGTAGTTGCTATACTATTCTTCGGTGCTCCTACGATATTCAAat > 2:335108/1‑138 AGTGATTACGACAACAGAACAAATTGATGATATAGTTAATAGATCAATTAGACAGACAATGACACATTCAATTAATACAGTATTAACAGATATTGTAGTAGTTGCCATAACATACATAGGTTCACCTTCGATATTCAAat > 2:131880/1‑138 GTGATTACGACAACAGAACAAATTGATTATATCGTTAATAGATCAATTAGACAGACAATGACACGTTCAATTAATACAGTATTAACAGTTATTGTAGTAGTTGCTATACTATTCTTCGGTGCTCCTACGATATTCAACTT < 2:530633/140‑1 GTGATTACGACAACAGAACAAATTGATGATATCGTTAATCGATCAATTGTACAGACAATGACACGTTCAATTAATACAGTATTAACAGTTATTGTAGTAGTTGCTATACTATTCTTCGGTGCTCCTACGATATTCAACTT > 2:2773/1‑140 GTGATTACGAAAACAGAACAAAGTGATGATATCGTTAATAGATCAATTAGACAGACAATGACACGTTCAATTAATACAGTATTAACAGTTATTGTAGTAGTTGCTATACTATTCTTCGGTGCTCCTACGATATTCAACTT < 2:205024/140‑1 TTACGACAACAGAACAAATTGATGATATCGTTAATAGATCAATTAGACAGACAATGACACGTTCAATTAATACAGTATTAACAGTTATTGTAGTAGTTGCTATACTATTCTTCGGTGCTCCTACGATATTCAACTTTCCT > 1:374786/1‑140 ACAACAGAACAAATTGATGATATCGTTAATAGATCAATTAGACAGACAATGACACGTTCAATTAATACAGTATTAACAGTTATTGTAGTAGTTGCTATACTATTCTTCGGTGCTCCTACGATATTCAACTTTACTTTAGC > 2:236198/1‑140 CAACAGAACAAATTGATGATATCGTTAATAGATCAATTAGACAGACAATGACACGTTCAATTAATACAGTATTAACAGTTATTGTAGTAGTTGCTATACTATTCTTCGGTGCTCCTACGATATTCAACTTTACTTTAGCA < 1:431287/140‑1 TGATGATATCGTTAATAGATCAATTAGACAGACAATGACACGTTCAATTAATACAATGTTAACAGGTATTGTAGTAGTTGCTATACTATTCTTCGGTGCTCCTACGATATTCAACTTTACTTTAGCATTTTTTATCGGAT > 2:153214/1‑140 ttacgcTAATATTTCAATTAGACAGACAATGACACGTTCAATTAATACAGTATTAACAGTTATTGTAGTAGTTGCTATACTATTCTTCCGTGCCCCTACGATATTCCACTTTACTTTAGCATTATTTATCGGATTGATTT < 2:179080/134‑1 TAATAGATCAATTAGACAGACAATGACACGTTCAATTAATACAGTATTAACAGTTATTGTAGTAGTTGCTATACTATTCTTCGGTGCTCCTACGATATTCAACTTTACTTTAGCATTATTTATCGGATTGATTTCTGGTG < 1:171456/140‑1 AATAGATCAATTATACAGACAATGACACGTTCAATTAATACAGTATTAACAGTTATTGTAGTAGTTGCTATACTATTCTTCGGTGCTCCTACGATATTCAACTTTACTTTAGCATTATTTATCGGATTGATTTCTGGTGT < 2:343074/140‑1 AATAGATCAAGTATACAGCCCATTACACCTTTAATTAATACAGTATTAACAGTTATTGGAGTAGTTGCTATACTATTCTGCGGTGCTCCTACGAGATTCGACTTTACTTTAGCATTATTTATCGGATTGATTTCTtttgt < 2:509504/140‑6 ATAGATCAATTAGACAGACAATGACACGTTCAATTAATACAGTATTAACAGTTATTGTAGTAGTTGCTATACTATTCTTCGGTGCTCCTACGATATTTTACTTTATTTTAGCATTATTTATCTGATTGATTTCTGGTGTA > 1:101276/1‑140 CAATTTGACAGACAATGAAACGTTCAATTAATACAGTATTAATAGTTATTGTAGTAGTTTCTATACTATTCTTTGGTGCTCCTACGATATTCAACTTTACTTTAGCATTATTTACCGGATTGATTTCTGGTGTATTCTCT < 1:421792/140‑1 ATGACCCGTTCAATTACTACAGTATTAACAGTTATTGTAGTAGTTGCTATACTATTCTTCGGTGCTCCTACGATATTCAACTTTACTTTAGCATTATTTATCGGATTGATTTCTGGTGTATTCTCTTCAATCTTCATTGC < 2:295007/140‑1 TGACACGTTCAATTAATACAGTATTAACAGTTATTGTAGTAGTTGCTATACTATTCTTCGGTGCTCCTACGATATTCAACTTTACTTTAGCATTATTTATCGGATTGATTTCTGGTGTATTCTCTTCAATCTTCATTGCC > 2:455652/1‑140 TGACACGTTCAATTAATACAGTATTAACAGTTATTGTAGTAGTTGCTATACTATTCTTCGGTGCTCCTACGATATTCAACTTTACTTTAGCATTATTTATCGGATTGATTTCTAGTTTATTCTCTTAAATCTTCATTGCa > 1:324794/1‑139 CGTTCAATTAATACAGTATTAACAGTTATTGTAGTAGTTGCTATACTATTCTTCGGTGCTCCTACGATATTCAACTTTACTTTAGCATTATTTATCGGATTGATTTTTGGAGCAGTCATTGCAATCTTCATTGCCGTTCC < 1:404809/140‑1 CGTTCAATTAATACAGTATTAACAGTTATTGTAGTAGTTGCTATACTATTCTTCGGTGCTCCTACGATATTCAACTTTACTTTAGCATTATTTATCGGATTGATTTCTGGTGTATTCTCTTCAATCTTCATTGCCGTTCC < 1:518785/140‑1 CAATTAATACAGTATTAACAGTTATTGTAGTAGTTGCTATACTATTCTTCGGTGCTCCTACGATATTCAACTTTACTTTAGCATTATTTATCGGATTGATCTCTGGTGTATTCTCTTCAATCTTCATTGCCGTTCCGCTA > 2:280459/1‑140 TACAGTATTAACAGTTATTGTAGTAGTTGCTATACTATTCTTCGGTGCTCCTACGATATTCAACTTTACTTTAGCATTATTTATCGGATTGATTTCTGGTGTATTCTCTTCAATCTTCATTGCCGTTCCGCTATGGGGAA > 2:158501/1‑140 AGTATTAACAGTTATTGTAGTAGTTGCTATACTATTCTTCGGTGCTCCTACGATATTCAACTTTACTTTAGCATTATTTATCGGATTGATTTCTGGTGTATTCTCTTCAATCTTCATTGCCGTTCCGCTATGGGGAATAA < 1:236198/140‑1 GTATTAACAGTTATTGTAGTAGTTGCTATACTATTCTTCGGTGCTTCTACGATATTCAACTTTACTTTAGCATTATTTATCGGATTGATTTCTGGTGTATTCTCTTAAATCTTCATTGCCGTTCAGCTCTGGGGAAGAAT > 2:446656/1‑140 TATTAACAGTTATTGTAGTAGTTGCTATACTATTCTTCGGTGCTCCTACGATATTCAACTTTACTTTAGCATTATTTATCGGATTGATTTCTGGTGTATTCTCTTCAATCTTCATTGCCGTTCCGCTATGGGGAATAATG < 2:157407/140‑1 ATTGACAGTTATTGTAGTAGTTGCTTTACTATTCTTCGGTGCTCCTACGATATTCAACTTTACTTTAGCATTATTTATCGGATTGATTTCTGGTGCATTCTCTTCAATCTTCATTGCCGTTCCGCTATGGGGAATAATGA < 2:294701/140‑1 ATTAACAGTTATTGTAGTAGTTGCTATACTATTCTTCGGTGCTCCTACGATATTCAACTTTACTTTAGCATTATTTATCGGATTGATTTCTGGTGTATTCTCTTCAATCTTCATTGCCGTTCCGCTATGGGGAATAATaa > 2:296075/1‑138 ATTAACAGTTATTGTAGTAGTTGCTATACTATTCTTCGGTGCTCCTACGATATTCAACTTTACTTTAGCATTATTTATCGGATTGATTTCTGGTGTATTCTCTTCAATCTTCATTGCCGTTCCGCTATGGGGAATAAGGA > 2:458067/1‑140 TTAACAGTTATTGTAGTAGTTGCTATACTATTCTTCGGTGCTCCTACGATATTCAACTTTACTTTAGCATTATTTATCGGATTTATTTCTTGTGTAATATATTCAATCTTCATTGTCGTTCAACTAAGGGGAAAAATGAA > 1:56190/1‑140 AACAGTTATTGTAGTAGTTGCTATACTATTCTTCGGTGCTCCTACGATATTCAACTTTACTTTAGCATTATTTATCGGATTGATTTCTGGTGTATTCTCTTCAATCTTCATTGCCGTTCCGCTATGGGGAAAAATGAAAA > 2:439595/1‑140 ACAGTTATTGTAGTAGTTGCTATACTATTCTTCGGTGATCCTACGATATTCAACTTTACTTTAGCATTATTTATCGGATTGATTTCTGGTGTATTCTCTTCAATCTTCATTGCCGTTCCGCTATGGGGAATAATGAAAAA > 2:94164/1‑140 CAGTTATGGTAGTAGGTGCTATACTATTCTTCGAGGCTCCTACGATATTCAACTTTACTTTAGCAGTATTTATCGGATTGATTTCTGGTGTATTCTCTTCAATCTTCATTGCCGTTCCGCTATGGAAAATAATAAAAAAA < 2:190232/140‑1 AGTTATTGTAGTAGTTGCTATACTATTCTTCGGTGCTCCTACGATATTCAACTTTACTTTAGCATTATTTATCGGATTGATTTCTGGTGTATTCTCTTCAATCTTCATTGCCGTTCCGCTATGGGGAATAATGAAAAAAC < 1:531710/140‑1 AATCGTAACGTTTGACCGTGTACGTGAAAACTTACAAAAGGTTAAAGTGATTACGACAACAGAACAAATTGATGATATCGTTAATAGATCAATTAGACAGACAATGACACGTTCAATTAATACAGTATTAACAGTTATTGTAGTAGT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1747523‑1747377‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gtagtagtTGCTATACTATTCTTCGGTGCTCCTACGATATTCAACTTTACTTTAGCATTATTTATCGGATTGATTTCTGGTGTATTCTCTTCAATCTTCATTGCCGTTCCGCTATGGGGAATAATGAAAAAAC < USA300TCH1516_ALE/1747373‑1747249 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |