| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| MC JC | USA300TCH1516_ALE | 2,501,188 | Δ3,014 bp | 100% | melR_2–ydaG | melR_2, ydaG | |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | USA300TCH1516_ALE | 2501188 | 2504201 | 3014 | 53 [1] | [1] 54 | melR_2–ydaG | melR_2,ydaG |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2501187 | 1 (0.020) | 45 (1.110) | 37/230 | NT | 97.9% | intergenic (+1198/‑290) | USA300HOU_RS12875/melR_2 | hypothetical protein/Melibiose operon regulatory protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2504202 = | 1 (0.020) | intergenic (+127/‑138) | ydaG/USA300HOU_RS12890 | General stress protein 26/hypothetical protein | |||||
TAAATAATGGCGATAAAATTTAAGTCATGGGTACATTTAATGTTTTTTGATTCAAACTTCCATTTTGGTCAATTTGCTTTTTTTATAACATAGTTGAATATCAATAAAAGATTAGCAAGTTAGTTCAAAATGGCTATGTATTGTTTTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/2501039‑2501187‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑atgtattgttttttAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTGCATTTGCAAACTGTTGCACTTTTAGGTATAACAGAATTAACTACATTTAAGGAGATTGATGAACC > USA300TCH1516_ALE/2504202‑2504339 TAAATAATGGCGATAAAATTTAAGTCATGGGTACATTTAATGTTTTTTGATTCAAACTTCCATTTTGGTCAATTTGCTTTTTTTATAACATAGTTGAATATCAATAAAAGATTAGCAAGTTAGTTCAAAATGGCTATGTA > 1:548672/1‑140TAAATAATGGCGATAAAATTTAAGTCATGGGTACATTTAATGTTTTTTGATTCAAACTTCCATTTTGGTCAATTTGCTTTTTTTATAACATAGTTGAATATCAATAAAAGATTAGCAAGTTAGTTCAAAATGGCTATGTA < 1:451218/140‑1TAAATAATGGCGATAAAATTTAAGTCATGGGTACATTTAATGTTTTTTGATTCAAACTTCCATTTTGGTCAATTTGCTTTTTTTATAACATAGTTGAATATCAATAAAAGATTAGCAAGTTAGTTCAAAATGGCTATGTA > 1:380987/1‑140 ATAATGGCGATAAAATTTAAGTCATGGGTACATTTAATGTTTTTTGATTCAAACTTCCATTTTGGTCAATTTGCTTTTTTTATAACATAGTTGAATATCAATAAAAGATTAGCAAGTTAGTTCAAAATGGCTATGTATTG < 1:484720/140‑1 GGCGATAAAATTTAAGTCATGGGTACATTTAATGTTTTTTGATTCAAACTTCCATTTTGGTCAATTTGCTTTTTTTATAACATAGTTGAATATCAATAAAAGATTAGCAAGTTGGTTCAAAATGCCTCGGTATTGTTTTT > 2:97318/1‑140 GGCGATAAAATTTAAGTCATGGGTACATTTAATGTTTTTTGATTCAAACTTCCATTTTGGTCAATTTGCTTTTTTTATAACATAGTTGAATATCAATAAAAGATTAGCAAGTTAGTTCAAAATGGCTATGTATTGTTTTT > 1:228246/1‑140 CGATAAAATTTAAGTCATGGGTACATTTAATGTTTTTTGATTCAAACTTCCATTTTGGTCAATTTGCTTTTTTTATAACATAGTTAAATAAAAATAAAAGATTTTATAGTTAGTTCAAAATGGCTATGTATTGTTTTTTA > 2:114058/1‑140 AATTTAAGTCATGGGTACATTTAATGTTTTTTGATTCAAACTTCCATTTTGGTCAATTTGCTTTTTTTATAACATAGTTGAATATCAATAAAAGATTAGCAAGTTAGTTCAAAATGGCTATGTATTGTTTTTTAGACACA < 1:263109/140‑1 ATTTAAGTCATGGGTACATTTAATGTTTTTTGATTCAAACTTCCATTTTGGTCAATTTGCTTTTTTTATAACATAGTTGAATATCAATAAAAGATTAGCAAGTTAGTTCAAAATGGCTATGTATTGTTTTTTAGACACAC < 1:245348/140‑1 ATTTAAGTCATGGGCACATTTAATGTTTTTTGATTCGAACTTGCATTTTGGTCAATTTGCTTTTTTTATAACATAGTTGAATATCAATAAAAGCTTAGCAAGTTAGTTCAAAATGGCTACGTATTGTTTTTTAGATACAC < 1:387269/140‑1 ATTTAAATAATGGGTACATTTAATGTTTTTTGAGTCAAACTTCCATTGTGGTCAATTTGCTTTTTTTATAACATAGTTGAATATCAAGAAAAGATTAGCAAGTTAGTTCAAAATGGCTATGTATTGTTTTTTAGACACAC < 2:98768/140‑1 TTAAGTCATGGGTACATTTAATGTTTTTTGATTCAAATTTCCATTTTGGTCAATTTGCTTTTTTTATAACATAGTTGAATATCAATAAAAGATTAGCAAGTTAGTTCAAAATGGCTATGTATTGTTTTTTAGACACACTT < 1:220747/140‑1 GTCATCGTTACATTTAATGTTTTTTGATTCAAACTTCCATTTTGGTCAATTTGCTTTTTTTATAACATAGTTGAATATCAATAAAAGATTAGCAAGTTAGTTCAAAATGGCTATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATT < 1:247692/140‑1 ATGGGTATATTTAATTTTTTTTGATTCAAACTTCCACTTTGGTGAATTTGCTTTTTTTATAACATAGTTGAATATCAATAAAATAGTAGCAAGTTAGTTCAAAATGGCTATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCAC < 1:264191/140‑1 ACATTTAATGTTTTTTGATTCAAACTTCCATTTTGGTCAATTTGCTTTTTTTATAACATAGTTGAATATCAATAAAAGATTAGCAAGTTAGTTCAATATGGCTATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAA > 2:352346/1‑140 ACATTTAATGTTTTTTGATTCAAACTTCCATTTTGGTCAATTTGCTTTTTTTATAACATAGTTAAATATCAATAAAAGATTAGCAAGTTAGTTCAAAATGGCTATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAA > 1:185378/1‑140 TAATGTTTTTTGATTCAAACTTCCATTTTGGTCAATTTGCTTTTTTTATAACATAGTTGAATATCAATAAAAGATTAGCAAGTTAGTTCAAAATGGCTATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGA > 1:256815/1‑140 ATGTTTTTTGATTCAAACTTCCATTTTGGTCAATTTGCTTTTTTTATAACATAGTTGAATATCAATAAAAGATTAGCAAGTTAGTTCAAAATGGCTATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATT < 2:422495/140‑1 TTTGATTCAAACTTCCATTTTGGTCAATTTGCTTTTTTTATAACATAGTTGAATATCAATAAAAGATTAGCAAGTTAGTTCAAAATGGCTATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTG < 1:461645/140‑1 TTGATTCAAATTAAACTTTTGGTTAATTTGCTTTTTTTAAAACATAGTTGAATATCAATAAAAGATTAGCAAGTTAGTTCAAAATGGGTATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGT < 2:414004/140‑1 TTGATTCAAACTTCCATTTTGGTTAATTTGCTTTTTTTATAACATAGTTGAATATCAAGAAAAGATTAGCAAGTTAGTTCAAAATTGCTATTTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGT < 2:130191/140‑1 TTCAAACTTCCATTTTGGTCAATTTGCTTTTTTTATAACATAGTTGAATATCAATAAAAGATTAGCAAGTTAGTTCAAAATGGCTATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCT < 2:210694/140‑1 TTCAAACTTCCATTTTGGTCAATTTGCTTTTTTTATAACATAGTTGAATATCAATAAAAGATTAGCAAGTTAGTTCAAAATGGCTATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCT > 1:57048/1‑140 CAAACTTCCATTTTGGTCAATTTGCTTTTTTTATAACATAGTTGAATATCAATAAAAGATTAGCAAGTTAGTTCAAAATGGCTATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTT < 1:396372/140‑1 actgtCATTTTGGTCAATTTGCTTTTTTTATAACATAGTTGAATATCAATAAAAGATTAGCAAGTTAGTTCAAAATGGCTATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTA < 2:165954/135‑1 CTTCCATTTTGGTCAATTTGCTTTTTTTATAACATAGTTGAATATCAATAAAAGATTAGCAAGTTAGTTCAAAATGGCTATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTGTTTTTAA > 1:109626/1‑140 CCATTTTGGTCAATTTGCTTTTTTTATAACATAGTTGAATATCAATAAAAGATTAGTAAGTTAGTTCAAAATGGCTATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATT < 2:59346/140‑1 CCATTTTGGTCAATTTGCTTTTTTTATAACATAGTTGAATATCAATAAAAGATTAGCAAGTTAGTTCAAAATGGCTATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATT < 2:279231/140‑1 CCATTTTGGTCAATTTGCTTTTTTTATAACATAGTTGAATATCAATAAAAGATTAGCAAGTTAGTTCAAAATGGCTATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATT > 1:135875/1‑140 CCATTTTGGTCAATTTGCTTTTTTTATAACATAGTTGAATATCAATAAAAGATTAGCAAGTTAGTTCAAAATGGCTATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATT < 2:457691/140‑1 CATTTTGGTCAATTTGCTTTTTTTATAACATGTTTGAATATCAATAAAAGATTAGCAAGTTAGTTCAAAATGGCTATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTA < 1:412733/140‑1 ATTTTGTTCAATTTGCTTTTTTTATAACATAGTTGAATATCAATAAAAGATTAGCAAGTTAGTTCAAAATGGCTATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAA < 2:280776/140‑1 TGCTTTTTTTATAACATAGTTGAATATCAATAAAAGATTAGCAAGTTAGTTCAAAATGGGTATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATAT > 2:480945/1‑140 CTTTTTTTATAACATAGTTGAATATCAATAAAAGATTAGCAAGTTAGTTCAAAATGGCTATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAA > 1:19102/1‑140 CATAGTTGAATATCAATAAAAGATTAGCAAGTTAGTTCAAAATTGCTATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTGCATTTG < 1:85107/140‑1 GTTGAATATCAATAAAAGATTAGCAAGTTAGTTCAAAATGGCTATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTGCATTTGCAAA < 2:35639/140‑1 ATATCAATAAAAGATTAGCAAGTTAGTTCAAAATGGCTATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTGCATTTGCAAACTGTT > 2:301932/1‑140 ATATCAATAAAAGATTAGCAAGTTAGTTCAAAATGGCTATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTGCATTTGCAAACTGTT < 2:89170/140‑1 ATATCAATAAAAGATTAGCAAGTTAGTTCAAAATGGCTATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAAGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATATAATATAAATACTGCATTTGCAAACTGTT > 1:236093/1‑140 ATCAATAAAAGATTAGCAAGTTAGTTCAAAATGGCTATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTGCATTTGCAAACTGTTGC < 2:548672/140‑1 tcATAAAAGATTAGCATGTTAGTTCAAAATGGCTATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTGCATTTGCAAACTGTTGCAC < 2:169495/138‑1 CAATAAAAGATTAGCAAGTTAGTTCAAAATGGCTATGTATTGTTTTTTAGACACACATTATTCAGATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTGCATTTGTAAACTTTTGAAC > 2:167319/1‑140 ATAAAAGATTAGCTAGTTAGTTCAAAATGGCTATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTGCATTTGCAAACTGTTGCACTT < 1:157950/140‑1 TAAAAGATTAGCAAGTTAGTTCAAAATTGCTATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTGCATTTGCAAACTGTTGCACTTT < 2:352951/140‑1 AAGATTAGCAAGTTAGTTCAAAATGGCTATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTGCATTTGCAAACTGTTGCACTTTTAG < 1:468430/140‑1 TTAGCAAGTTAGTTCAAAATGGCTATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTGCATTTGCAAACTGTTGCACTTTTAGGTAT < 1:273912/140‑1 AGCAAGTTAGTTCAAAATGGCTATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTGCATTTGCAAACTGTTGCACTTTTAGGTATAA < 1:370684/140‑1 AAGTTAGTTCAAAATGGCTATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTGCATTTGCAAACTGTTGCCCTTTTAGGTATAACAG < 1:526917/140‑1 TTAGTTCAAAATGGCTATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCAACTTTAACGTGATTAGGGTTTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTGCATTTGCAAAATGGTGCACTTTTAGGTATAACAGAAT > 2:311730/1‑140 TCAAAATGGCTATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTGCATTTGCAAACTGTTGCACTTTTAGGTATAACAGAATTAACT < 1:167171/140‑1 TCAAAATGGCTATGTATTGTCTCTTAAACACACTTTATTCACATTTAACATGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTGCATTTGCAAACTGTTGCACTTTTAGGTATAACAGAATTAACT < 1:40410/140‑1 atATGGCTATGTATTTTTTTTTAGACACACTTTATTCTCATTTCACCTTATTAGTGTTTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTGCATTTGCAAACTGTTGCACTTTTAGGTATAACAGAATTAACTACA < 1:452001/138‑1 CTATGTATTGTTTTTTAGACACTCTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTGCATTTGCAAACTGTTGCACTTTTAGGTATAACAGAATTAACTACATTTAAG < 2:373114/140‑1 TTGTTTTCTTGACTCATTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGTTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTTCATTTGCAAACTGTTGCACTTTTAGGTATAACAGAATTAACTACATTTAAGGAGATTG < 2:536506/140‑1 TTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTGCATTTGCAAACTGTTGCACTTTTAGGTATAACAGAATTAACTACATTTAAGGAGATTGATG > 1:376221/1‑140 TTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTGCATTTGCAAACTGTTGCACTTTTAGGTATAACAGAATTAACTACATTTAAGGAGATTGATGAAC < 2:100932/140‑1 TTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTCGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATTTAAATACTGCATTTGCAAACTGTTGCACTTTTAGGTATAACAGAATTAACTACATTTAAGGAGATTGATGAACC > 1:520679/1‑140 TTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTGCATTTGCAAACTGTTGCACTTTTAGGTATAACAGAATTAACTACATTTAAGGAGATTGATGAACC > 1:39071/1‑140 TAAATAATGGCGATAAAATTTAAGTCATGGGTACATTTAATGTTTTTTGATTCAAACTTCCATTTTGGTCAATTTGCTTTTTTTATAACATAGTTGAATATCAATAAAAGATTAGCAAGTTAGTTCAAAATGGCTATGTATTGTTTTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/2501039‑2501187‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑atgtattgttttttAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTGCATTTGCAAACTGTTGCACTTTTAGGTATAACAGAATTAACTACATTTAAGGAGATTGATGAACC > USA300TCH1516_ALE/2504202‑2504339 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |