| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 607,884 | G→A | 100% | R209* (CGA→TGA) | dck ← | Deoxyadenosine/deoxycytidine kinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 607,884 | 0 | G | A | 100.0% | 169.8 / ‑6.5 | 63 | R209* (CGA→TGA) | dck | Deoxyadenosine/deoxycytidine kinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (29/33); minor base C (0/1); total (29/34) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
TGTGAATTAATGTATTCGATAGAATTGATAAAATAA‑TCGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCGAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACATGCATTAAAGCTATTAATCCAATCGTCATAGCGTTTAAATAGCTTTTTC > USA300TCH1516_ALE/607751‑608017 | tgtgAATTAATGTATTCGATAGAATTGATAAAATAA‑TCGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAAt < 2:197934/140‑1 (MQ=255) gAATTAATGTATGCCATAAAATTGATAAAATAA‑TCGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTTTAGAGGTTTGAATAATTCAAGCAAtttt < 2:117757/140‑1 (MQ=255) aaTTAATGTATTCGATAGAATTGATAAAATAA‑TCGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTg < 2:460055/140‑1 (MQ=255) aaTTAATGTATTCGATAGAATTGAAAAAATAA‑TCGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTAAAGCAATTTTg > 2:49025/1‑140 (MQ=255) 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(MQ=255) ttCGATAGAATTGATAAAATAA‑TCGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAg > 1:321063/1‑140 (MQ=255) aGAATTGATAAAATAA‑TCGATAATATTTATGGAATATACATTGAATATAAACATATATGCTATTTCTTTTGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTa < 1:63372/140‑1 (MQ=255) aGAATTGATAAAATAA‑TCGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATATGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTa > 2:386880/1‑140 (MQ=255) aGAATTGATAAAATAA‑TCGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTa > 2:165824/1‑140 (MQ=255) aGAATTGATAAAATAA‑TCGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTATCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTa > 1:78903/1‑140 (MQ=255) ttGATAAAATAA‑TCGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGa < 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| TGTGAATTAATGTATTCGATAGAATTGATAAAATAA‑TCGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCGAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACATGCATTAAAGCTATTAATCCAATCGTCATAGCGTTTAAATAGCTTTTTC > USA300TCH1516_ALE/607751‑608017 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |