Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | USA300TCH1516_ALE | 1,633,076 | C→T | 6.8% | E75K (GAA→AAA) | pdhC_2 ← | Dihydrolipoyllysine‑residue acetyltransferase component of pyruvate dehydrogenase complex |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 1,633,076 | 0 | C | T | 6.8% | 182.1 / 2.0 | 68 | E75K (GAA→AAA) | pdhC_2 | Dihydrolipoyllysine‑residue acetyltransferase component of pyruvate dehydrogenase complex |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (21/41); new base T (4/2); total (25/43) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.83e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
TATTACGTGGTTGATTTTGTTTAGCAGTAGATGTCTGTTCCACTGTTGCACTAGCTTTTTTAGTAGATTTCTGAGTATGCTCATCCACTTTTGCTTGTATCTCTTCAGTTGTTTCATTTGTCTTTTCATCAGCAGTTTCAATTTTACAGATAATTGTATCAATAGCTACTGTCTGCCCCGCTTCAACTAAAATTTCTGTAATTGTTCCTGATATCGTGGAAGGGACTTCAGCTGTCACTTTATCTGTAATAACTTCACATAATGGTTCATATTCA > USA300TCH1516_ALE/1632938‑1633212 | tattaCGTGGTTGATTTTGTTTAGCAGTAGATGTCTGTTCCACTGTTGCACTAGCTTTTTTAGTAGATTTCTGAGTATGCTCATCCACTTTTGCTTGTATCTCTTCAGTTGTTTCATTTGTCTTCTCATCAGCAGTTTCa < 1:277169/140‑1 (MQ=255) aCGTGGTTGATTTTGTTTAGCAGTAGATGTCTGTTCCACTGTTGCACTAGCTTTTTTAGTAGATTTCTGAGTATGCTCATCCACTTTTGCTTGTATCTCTTCAGTTGTTTCATTTGTCTTTTCATCAGCAGTTTCAAttt > 2:512852/1‑140 (MQ=255) cGTGGTTGATTTTGTTTAGCAGTAGATGTCTGTTCCATTGTTGCACTGGCTTTTTTAGTAGATTTCTGAGTATGCTCATCCACTTTTGCTTGTATCGTTTCAGTTGTTTCATTTGTCTTTTCATCAGCAGTTTCAAtttt < 1:146589/140‑1 (MQ=255) tgtttGATTTTGTTTAGCAGTAGGTGTCTGTTCCACTGTTGCACTAGCTTTTTTAGTAGATTTCTGATTATGCTCATCCACTTTTGCTTGTATCTCTTCAGTTGTTTCATTTGTCTTTTCATCAGCATTTTCAATTTTAc < 2:297784/137‑1 (MQ=255) tGGTTGATGTTTTTTAGCAGTAGATGTCTGTTCCACTGTTGGACTAGCTTTTTTAGTAGATTTCTGAGTATGCTCATCCACTTTTGCTTGTATCTCTTCAGTTGTTTCATTTGTCTTTTCATCAGCAGTTTCAATTTTAc < 2:185006/140‑1 (MQ=255) ggTTTATTTTGTTTAGCAGTAGATGTCTGTTCCACTGTTGCACTAGTTTTTTTAGTAGATTTCTGAGTATGCTCATCCACTTTTGCTTGTATCTCTTCAGTTGTTTCATTTGTCTTTTCATCAGCAGTTTCAATTTTACa < 1:97068/140‑1 (MQ=255) gTTGATTTTGTTTAGCAGTAGATGTCTGTTCCACTGTTGCACTAGCTTTTTTAGTAGATTTCTGAGTATGCTCATCCACTTTTGCTTGTATCTCTTCAGTTGTTTCATTTGTCTTTTCATCAGTAGTTTCAATTTTACAg < 1:20591/140‑1 (MQ=255) atgttGTTTTGCAGTAGATGTCTGTTCCACTGTTGCACTAGCTTTTTTAAGAGATTTGTGGGTATGCTCATCCACTTTTGCTTGTATCTCTTCAGTTGTTTCATTTGTCTTTTCATCAGCAGTTTCAATTTTACAGATaa < 2:217262/137‑1 (MQ=255) aTTTTGTTTAGCAGTAGATGTCTGTTCCACTGTTGCACTAGCTTTTTTAGTAGATTTCTGAGTATGCTCATCCACTTTTGCTTGTATCTCTTCAGTTGTTTCATTTGTCTTTTCATCAGCAGTTTCAATTTTACAGATaa < 2:521245/140‑1 (MQ=255) ttttGTTTAGCAGTAGATGTCTGTTCCACTGTTGCACTAGCTTTTTTAGTAGATTTCTGAGTATGCTCATCCCCTTTTGCTTGTATCTCTTCAGTTGTTTCATTTGTCTTTTCATCACCAGTTTCAATTTTACAGATAAt > 2:119344/1‑140 (MQ=255) ttttGTTTAGCAGTAGATGTCTGTTCCACTGTTGCACTAGCTTTTTTAGTAGATTTCTGAGTATGCTCATCCACTTTTGCTTGTATCTCTTCAGTTGTTTCATTTGTCTTTTCATCAGCAGTTTCAATTTTACAGATAAt > 1:49059/1‑140 (MQ=255) ttttGTTTAGCAGTAGATGTCTGTTCCACTGTTGCACTAGCTTTTTTAGTAGATTTCTGAGTATGCTCATCCACTTTTGCTTGTATCTCTTCAGTTGTTTCATTTGTCTTTTCATCAGCAGTTTCAATTTTACAGATAAt > 1:188804/1‑140 (MQ=255) tttGTTTAGTAGTAGATGTCTGTTCCACTGTTGCACTAGCTTTTTTAGTAGATTTCTGAGGATGCTCAGCCACTGTTGCTTGTATCTCTTCAGTTGTTTCATTTGTCTTTTCATCAGCAGTTTCAATTTTACAGATAAtt < 1:104120/140‑1 (MQ=255) tttGTTTAGCAGTAGATGTCTGTTCCACTGTTGCACTAGCTTTTTTATTAGCTTTGTTAGTATGCTCATCCACTTTTGCTTGTATCTCTTCAGTTGTTTCATTTGTCTTTTCATCAGCAGTTTCAATTTTACAGATAAtt < 1:375344/140‑1 (MQ=255) ttGTTTAGCAGTAGATGTTTGTTCCACTGTTGCACTAGCTTTTTTAGTAGATTTCTGAGTATGCTCATCCACTTTTGCTTGTATCTCTTCAGTTGTTTCATTTGTCTTTTCATCAGCAGTTTCAATTTTACAGATAATTg < 2:54055/140‑1 (MQ=255) ttGTTTAGCAGTAGATGTCTGTTCCACTGTTGCACTAGCTTTTTTAGTAGATTTCTGAGTATGCTCATCCACTTTTGCTTGTATCTCTTCAGTTGTTTCATTTGTCTTTTCATCAGCAGTTTCAATTTTACAGATAATTg > 1:386971/1‑140 (MQ=255) cAGTAGATGACTGTTCCACAGTTGCACTAGCTTATTTAGTAGATTTCTAAGTATGCCCATCCACTTTTGCTTGTATCTCTTCAGTTGTTCCCTTTCTCTTTTCTTCAGCAGTTTTACTTTTCCACCTAATTGTCTCCAtc > 2:263317/1‑139 (MQ=255) gATGTCTGTTCCACTGTTGCACTAGCTTTTTTAGTAGATTTCTGAGTATGCTCATCCACTTTTGCTAGTATCTCTTCAGTTGTTTCATTTGTCTCTTCATCAGCAGTTTCAATTTTACAGATAATTGTATCAATAGCTAc < 1:227284/140‑1 (MQ=255) tGTCTGTTCCACTGTTGCACTAGCTTTTTTAGTAGATTTCTGAGTATGCTCATCCTCTTTTGCTTGTATCTCTTCAGTTGTTTCATTTGTCTTTTCATCAGCAGTTTCAATTTTACAGATAATTGTATCAATAGCTCCTg > 1:92288/1‑140 (MQ=255) tCTGTTCCACTGTTGCACTAGCTTTTTTAGTAGATTTCTGAATATGCTCATCCACTTTTGCTTGTATCTCTTCAGTTGTTTCATTTGTCTTTTCATCAGCAGTTTCAATTTTACAGATAATTGTATCAATAGCTACTGTc > 2:361111/1‑140 (MQ=255) cTGTTCCACTGTTGCACTAGCTTTTTTAGTAGATTTTTGAGTCTGCTCATCCACTTTTGCTTGTATCTCTTCAGTTGTTTCATTTGTCTTTTCGTCAGCAGTTTCAATTTTACAGATAATTGTATCATTAGCTACCGTCt < 1:388063/140‑1 (MQ=255) cTGTTCCACTGTTGCACTAGCTTTTTTAGTAGATTTCTGAGTATGCTCATCCACTTTTGCCTGTATCTCTTCAGTTGTTTCATTTGTCTTTTCATCAGCAGTTTCAATTTTACAGATAATTGTATCAATAGCTACTGTCt < 1:355130/140‑1 (MQ=255) tGTTCCACTGTTGCACTAGCTTTTTTAGTACATTGCTGAGTATGCTCATCCACTTTTGCTTGTATCTCTTCATTTGTTTCATATGTCTTTTCATCAGCAGTTTCAATTTTACAGATAATTGTATCAATAGCTACTGTCTg < 1:193081/140‑1 (MQ=255) aCTTTTTCACTAGCTTTTTTAGTAGATTTCTGAGTATGCTCATCCACTTTTGCTTGTATCTCTTCAGTTGTTTCATTTGTCTTTTCATCAGCAGTTTCAATTTTACAGATAATTGTATCAATAGCTACTGTCTGCCCCGc < 2:348109/140‑1 (MQ=255) aCTGTTGCACTAGCTTTTTTAGTAGATTTCTGAGTATGCTCATCCAATTTTGCTTGTATCTCTTCAGTTGTTTCATTTGTCTTTTCATCAGCAGTTTCAATTTTACAGATAATTGTATCAATAGCTACTGTCTGCCCCGc > 2:351892/1‑140 (MQ=255) tGTTGCACTAGCTTTTTTAGTAGATTTCTGAGTATGCTCATCCACTTTTGCTTGTATCTCTTCAGTTGTTTCATTTGTCTTTTCATCAGCAGTTTCAATTTTACAGATAATTGTATCAATAGCTACTGTCTGCCCCGCtt > 1:83315/1‑140 (MQ=255) tGCTCTAGCTTTTTTAGTAGATTTCTGGGTATGCTCATCCACTTTTGCTTGTATCTTTTCTGTTGTTTCATTTGTCTTTTCATCAGCAGTTTCAATTTTACAGATAATTGTATCAATAGCTACTGTCTGCCCCGCTTCaa < 1:86434/140‑1 (MQ=255) caatAGCTTTTTTAGTAGATTTCTGAGTATGCTCATCCACTTTTGCTTGTATCTCTTCAGTTGTTTCATTTGTCTTTTCATCAGCAGTTTCAATTCTACAGATAATTGTATCAACAGCTACTGTCTGCCCCGCTTCAACt < 1:302686/137‑1 (MQ=255) cACTAGCTTTTTTAGTAGATTTCTGAGTATGCTCATCCACTTTTGCTTGTATCTCTTCAGTTGTTTCATTTGTCTTTTCATCAGCAGTTTCAATTTTACAGATAATTGTATCAATAGCTACTGTCTGCCCCGCTTCAACt < 1:90367/140‑1 (MQ=255) aCTAGCTTTTTTAGTAGATTTCTGAGTATGCTCATCCACTTTTGCTTGTATCTCTTCAGTTGTTTCATTTGTCTTTTCATCAGCAGTTTCAATTTTACAGATAATTGTATCAATAGCTACTGTCTGCCCCGCTTCAACTa < 2:534355/140‑1 (MQ=255) tttAGTAGATTTCTGAGTATGCTCATCCACTTTTGCTTGTATCTCTTCTGTTGTTTCATTTGTCTTTTCATCAGCAGTTTCAATTTTACAGATAATTGTATCAATAGCTACTGTCTGCCCCGCTTCAACTAAAATTTCTg < 1:163982/140‑1 (MQ=255) tttAGTAGATTTCTGAGTATGCTCATCCACTTTTGCTTGTATCTCTTCAGTTGTTTCATTTGTCTTTTCATCAGCAGTTTCAATTTTACAGATAATTGTATCAATAGCTACTTTCTGCCCCGCTTCAACTAAAATTTCTg > 1:238469/1‑140 (MQ=255) tttAGTAGATTTCTGAGTATGCTCATCCACTTTTGCTTGTATCTCTTCAGTTGTTTCATTTGTCTTTTCATCAGCAGTTTCAATTTTACAGATAATTGTATCAATAGCTACTGTCTGCCCCGCTTCAACTAAAATTTCTg > 2:202261/1‑140 (MQ=255) tGAGTATGCTCATCCACTTTTGCTTGTATCTCTTCAGTTGTTTCATTTGTCTTTTCATTAGCAGTTTCAATTTTACAGATAATTGTATCAATAGCTACTGTCTGCCCCGCTTCAACTAAAATTTCTGTAATTGTTCCTGa > 1:332057/1‑140 (MQ=255) tGAGTATGCTCATCCACTTTTGCTTGTATCTCTTCAGTTGTTTCATTTGTCTTTTCATCAGCAGTTTCAATTTTACAGATAATTGTATCAATAGCTACTGTCTGCCCCGCTTCAACTAAAATTTCTGTAATTGTTCCTGa > 1:549867/1‑140 (MQ=255) tGAGTATGCTCATCCACTTTTGCTTGTATCTCTTCAGTTGTTTCATTTGTCTTTTCATCAGCAGTTTCAATTTTACAGATAATTGTATCAATAGCTACTGTCTGCCCCGCTTCAACTAAAATTTCTGTAATTGTTCCTGa > 1:470211/1‑140 (MQ=255) gAGTATGCTCATCCACTTTTGCTTGTATCTCTTCAGTTGTTTCATTTGTCTTTTCATCAGCAGTTTCAATTTTACAGATAATTGTATCAATAGCTACTGTCTGCCCCGCTTCAACTAAAATTTCTGTAATTGTTCCTGat < 1:9159/140‑1 (MQ=255) gAGCATGCTCATCCACTTTTGCTTGTATCTCTTCAGTTGTTTCATTTGTTTTTTCATCAGCAGTTTCAATTTTACAGATAATTGTATCAATAGCTACTGTCTGCCCCGCTTCAACTAAAATTTCTGTAATTGTTCCTGat < 1:144581/140‑1 (MQ=255) gCTCATCCACTTTTGCTTGTATCTCTTCAGTTGTTTCATTTGTCTTTTCATCAGCAGTTTCAATTTTACAGATAATTGTATCAATAGCTACTGTCTGCCCCGCTTCAACTAAAATTTCTGTAATTGTTCCTGATATCGTg < 1:169291/140‑1 (MQ=255) tCATCCACTTTTGCTTGTATCTCTTCAGTTGTTTCATTTGTCTTTTCATCAGCAGTTTTAATTTTACAGATAATTGTATCAATAGCTACTGTCTGCCCCGCTTCAACTAAAATTTCTGTAATTGTTCCTGATATCGTGGa > 1:63469/1‑140 (MQ=255) tCATCCACTTTTGCTTGTATCTCTTCAGTTGTTTCATTTGTCTTTTCATCAGCAGTTTTAATTTTACAGATAATTGTATCAATAGCTACTGTCTGCCCCGCTTCAACTAAAATTTCTGTAATTGTTCCTGATATCGTGGa > 1:63656/1‑140 (MQ=255) tCATCCACTTTTGCTTGTATCTCTTCAGTTGTTTCATTTGTCTTTTCATCAGCAGTTTTAATTTTACAGATAATTGTATCAATAGCTACTGTCTGCCCCGCTTCAACTAAAATTTCTGTAATTGTTCCTGATATCGTGGa > 1:433508/1‑140 (MQ=255) cATCCACTTTTGCTTGTATCTCTTCAGTTGTTTCATTTGTCTTTTCATCAGCAGTTTCAATTTTACAGATAATTGTATCAATAGCTACTGTCTGCCCCGCTTCAACTAAAATTTCTGTAATTGTTCCTGATATCGTGGaa < 2:348113/140‑1 (MQ=255) cACTTTTGCTTGTATCTGCTCAGTTGTTTCATTTGTCTTTTCCTCAGCAGTTTCAATTTTACAGATAATTGTATCAATAGCTACTGTCTGCCCCGCTTCAACTAAAATTTCTGTAATTGTTCCTGATATCGTGGAAGGGa < 2:451846/140‑1 (MQ=255) tGTATCTCTTCAGTTGTTTCATTTGTCTTTTCATCAGCAGTTTCAATTTTACAGATAATTGTATCAATAGCTACTGTCTGCCCCGCTTCAACTAAAATTTCTGTAATTGTTCCTGATATCGTGGAAGGGACTTCAGCTGt < 1:361533/140‑1 (MQ=255) gTATCTCTTCAGTTGGTTCATTTGTCTTTTCATCAGCAGTTTCAATTTTACAGATAATTGTATCAATAGCTACTGTCTGCCCCGCTTCAACTAAAATTTCTGTAATTGTTCCTGATATCGTGGAAGGGACTTCAGCTGTc < 2:169375/140‑1 (MQ=255) tATCTCTTCGGTTGTTTCATTTGTCTTTTCATCAGCAGTTTCAATTTTAGCGTTTATTGTAGCAATAGCTACTGTCTGCTCCGCTTCAACTAAAATTTCTGTAATTGTTCCTGATATCGTGGAAGGGACTTCAGCTGTCa < 1:261978/140‑1 (MQ=255) aTCTGTTCTGTGTTTTCATTTGTCTTTTCATCAGCAGTTTCAATTTTACAGATAATTGTATCAATAGCTACTGTCTTCCCCGCTTCAACTAAAATTTTTGTAATTGTTCCTGATATCGTGGAAGGGACTTCAGCTGTCAc < 2:130076/140‑1 (MQ=255) aGTTGTTTCATTTGTCTTTTCATCAGCAGTTTCAATTTTACAGATAATTGTATCAATAGCTACTGTCTGCCCCGCTTCAACTAAAATTTCTGTAATTGTTCCTGATATCGTGGAAGGGACTTCAGCTGTCACTTTATCTg > 1:36763/1‑140 (MQ=255) gtttttTCATTTGTCTTTTCATCAGCAGTTTCAATTTTACAGATAATTGTATCAATAGCTACTGTCTGCCCCGCTTCAACTAAAATTTCTGTAATTGTTCCTGATATCGTGGAAGTGACTTCAGCTGTCACTTTATCTGt < 1:351892/140‑1 (MQ=255) gttgttTCATTTGTCTTTTCATCAGCAGTTTCAATTTTACAGATAATTGTATCAATAGCTACTGTCTGCCCCGCTTCAACTAAAATTTCTGTAATTGTTCCTGATATCGTGG‑AGGGACTTCAGCTGTCACTTTATCTGta > 2:192071/1‑140 (MQ=255) gttgttTCATTTGTCTTTTCATCAGCAGTTTCAATTTTACAGATAATTGTATAAATAGCTACTGTCTGCCCCGCTTCAACTAAAATTTCTGTAATTGTTCCTGATATCGTGG‑AGGGACTTCAGCTGTCACTTTATCTGta > 2:279580/1‑140 (MQ=255) tttgttCCTTTGTCTTGTCATCAGCAGTTTCAATTTTACAGATAATTGTATCAATAGCTACTGTCTGCCCCGCTTCAACTAAAATTTCTGTAATTGTTCCTGATATCGTGGAAGGGACTTCAGCTGTCACTTTATCTGta < 2:280454/136‑1 (MQ=255) ttgttTCTTTTGTCTTTTCAGCTGCAGTTTCAATTTTACAGATAATTGTATCAATAGCTACTGTCTGCCCCGCTTCAACTAAAATTTCTGTAATTGTTCCTGATATCGTGGAAGGGACTTCAGCTGTCACTTTATCTGta < 2:88428/140‑1 (MQ=255) tgttTCATTTCTCTTTTCATCTGCAGTTTCTTTTTTTCAGATAATTGTATCAATAGCTACTGTCTGCCCCGCTTCAACTAAAATTTCTGTAATTGTTCCTGATATCGTGGAAGGGACTTCAGCTGTCACCTTATCTGtaa < 1:398631/140‑1 (MQ=255) gttTCTTTTGTCTTTTCATCAGCAGTTTCTATTTTACAGATAATTGTATCAATAGCTACTGTCTGCCCCGCTTCAACTAAAATTTCTGTAATTGTTCCTGATATCGTGGAAGGGACTTCAGCTGTCACTTTATCTGtaat < 1:330313/140‑1 (MQ=255) tttCATTTGTCTTTTCATCAGCAGTTTCAATTTTACAGATAATTGTATCAATAGCTACTGTCTGCCCCGCTTCAACTAAAATTTCTGTAATTGTTCCTGATATCGTGGAAGGGACTTCAGCTGTCACTTTATCTGtaata < 2:120097/140‑1 (MQ=255) aTTTGTCTTTTCATCAGCAGTTTCAATTTTACAGATAATTGTATCAATAGCTACTGTCTGCCCCGCTTCAACTAAAATTTCTGTAATTGTTCCTGATATCGTGGAAGGGACTTCAGCTGTCACTTTATCTGTAATAACtt > 1:489427/1‑140 (MQ=255) tcctgttCATCAGCAGTTTCAATTTTACAGATAATTGTATCAATAGCTACTGTCTGCCCCGCTTCAACTAAAATTTCTGTAATTGTTCCTGATATCGTGGAAGGGACTTCAGCTGTCACTTTATCTGTAATAACTTcaca < 2:327327/135‑1 (MQ=255) tCTTTTCATCAGCAGTTTCAATTTTACAGATAATTGTATCAATAGCTACTGTCTGCCCCGCTTCAACTAAAATTTCTGTAATTGTTCCTGATATCGTGGAAGGGACTTCAGCTGTCACTTTATCTGTAATAACTTCACAt < 2:36763/140‑1 (MQ=255) cTTTTCATCTGCTGTTTTATTTTTTCTGTTTATTTTTTTTTTAGCCACTGTCTGCCCCGCTTCAACTAAAATTTCTGTAATTGTTCCTGATATCGTGGAAGGGACTTCAGCTGTCACTTTATCTGTAATAACTTCACATa < 1:424362/140‑1 (MQ=255) ttttCATCAGCAGTTTCAATTTTACAGATAATTGTATCAATAGCTACTGTCTGCCCCGCTTCAACTAAAATTTCTGTAATTGTTCCTGATATCGTGGAAGGGACTTCAGCTGTCACTTTATCTGTAATAACTTCACATaa < 2:386971/140‑1 (MQ=255) gtagTTTTAATTTTACAGCTTATTGTTTCTATGGCTACTGTCTGCCCCGCTTCAACTAAAATTTCTGTAATTGTTCCTGATATCGTGGAAGGGACTTCAGCTGTCACTTTATCTGTAATAACTTCACATAATGGTTCata < 1:361111/138‑1 (MQ=255) cagTTTCAATTTTACAGATAATTGTATCAATAGCTACTGTCTGCCCCGCTTCAACTAAAATTTCTGTACTTGTTCCTGATATCGTGGAAGGGACTTCACCTGTCACTTTATCTGTAATAACTTCACATAATGGTTCatat > 2:185078/1‑140 (MQ=255) agTTTCAATTTTACAGATAATTGTATCAATAGCTACTGTCTGCCACGCTTCAACTAAAATTTCTGTAATTGTTCCTGATATCGTGGAAGGGACTTCAGCTGTCACTTTATCTGTAATAACATCACAAAATGGTTCATAtt > 1:10582/1‑140 (MQ=255) gTTTCAATTCTACAGTTAATTTTATCACTAGCTACTGTCTGCCCCGCTTCAACTAAAATTTCTGTAATTGTTCCTGATATCGTGGAAGGGACTTCAGCTGTCACTTTATCTGTAATAACTTCACATAATGGTTCATATtc < 1:119344/140‑1 (MQ=255) tttCAATTTTACAGATAATTGTATCAATAGCTACTGTCTGCCTCGCTTCTTCTAAAATTTCTGTAATTGTTCCTGATATCGTGGAAGGGACTTCAGCTGTCACTTTATCTGTAATAACTTCACATAATGGTTCATATtca < 1:512852/140‑1 (MQ=255) tttCAATTTTACAGATAATTGTATCAATAGCTACTGTCTGCCCCGCTTCAACTAAAATTTCTGTAATTGTTCCTGATATCGTGGAAGGGACTTCAGCTGTCACTTTATCTGTAATAACTTCACATAATGGTTCATATtca > 1:408713/1‑140 (MQ=255) | TATTACGTGGTTGATTTTGTTTAGCAGTAGATGTCTGTTCCACTGTTGCACTAGCTTTTTTAGTAGATTTCTGAGTATGCTCATCCACTTTTGCTTGTATCTCTTCAGTTGTTTCATTTGTCTTTTCATCAGCAGTTTCAATTTTACAGATAATTGTATCAATAGCTACTGTCTGCCCCGCTTCAACTAAAATTTCTGTAATTGTTCCTGATATCGTGGAAGGGACTTCAGCTGTCACTTTATCTGTAATAACTTCACATAATGGTTCATATTCA > USA300TCH1516_ALE/1632938‑1633212 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |