| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,646,189 | G→C | 100% | A155G (GCA→GGA) | ypdF ← | Aminopeptidase YpdF |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,646,189 | 0 | G | C | 100.0% | 105.2 / ‑6.5 | 34 | A155G (GCA→GGA) | ypdF | Aminopeptidase YpdF |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (17/16); minor base T (0/1); total (17/17) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
TCACTTGCAACACCATGTGGTAATGCACCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTGCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTATTAGAAATGCTTATTAATGATATACG > USA300TCH1516_ALE/1646057‑1646325 | tcccTTGCAACACCATGGGGTAATGCACCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTCGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTGTCAGTCATGCCTCCTTTTac < 2:39928/137‑1 (MQ=255) aCTTGCAACACCATGTGGTAATGCACCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTacaa < 1:70368/140‑1 (MQ=255) cgccATGTGGGAAAGCATCTCTATTACCAGATTCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTATCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTaaa < 1:477414/138‑1 (MQ=255) acCATGTTGTAATGCACCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTaaaa < 1:448893/140‑1 (MQ=255) cATGTTGTAATGCACCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAata < 1:225068/140‑1 (MQ=255) tgtgGTAATGCACCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTATAATATTGCCATTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAatata > 1:110930/1‑140 (MQ=255) tgtgATAATGCACCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAatata > 1:376161/1‑140 (MQ=255) atctctATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGttt < 2:1879/138‑1 (MQ=255) tctATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAGATATATTCATATGTTtcat < 1:410043/140‑1 (MQ=255) aTGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTa < 1:232486/140‑1 (MQ=255) tGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTATTACAACAGTTAAAATATATTCATATGATACATCAACAATATTAg > 1:219622/1‑140 (MQ=255) gCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAgc > 1:153793/1‑140 (MQ=255) cTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATCTTAgct > 2:491089/1‑140 (MQ=255) cGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAAtt > 2:515499/1‑140 (MQ=255) atgatgGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTCTCAGTCATGTCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTTATTAACATTATTAGCTGCTTTTTGAATTaaa > 2:457660/1‑140 (MQ=255) ggTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTTCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAATTATATTCATATGTTTCATCCACAATATTAGATGCTTTTTGAATTAAAGCAAt > 2:289195/1‑140 (MQ=255) gTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATCTTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAAtt > 2:274467/1‑140 (MQ=255) cTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCATCAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCt < 2:301209/140‑1 (MQ=255) cTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAACATCt < 2:69100/140‑1 (MQ=255) aTTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTGATTCTTTTTCAGTCACGCCTCCTTTTACAACCGTTAAAATATATTGATACGTTTCATCAACAATATTTGCTTCTTTTTGAATTAATGCAATTTCGTCCGCATCTTTg > 2:129621/1‑140 (MQ=255) cATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTCAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTGTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGtctc < 1:342655/140‑1 (MQ=255) ttttGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTa < 1:546012/140‑1 (MQ=255) tGCTTTCTAATATTGCCTGTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAAtt < 2:259431/140‑1 (MQ=255) gtttCTTATATGGCCGTTAATTCTTTGTCAGTGACGCCGTCTTTTACAAAAGTTAAAAGATATTGATATGTTTCAACAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGAAATTTTGTCAGCAGCTTTGACGTCTCTAAtttt < 2:63959/139‑1 (MQ=255) cTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATGTGTTTTTGGAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTATTAg < 1:126999/140‑1 (MQ=255) tCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTCCAGTTTTAGAAATGCt > 2:254737/1‑140 (MQ=255) cTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATCTCTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTATCAGAAATGCtt < 1:397977/140‑1 (MQ=255) cTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTATTAGAAATGCtt > 2:468908/1‑140 (MQ=255) taaGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCCTCTGTTTTATACCCAATTTCAGTTGATTAACCAATGAAAACAAGTACACCATCAACTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTATTAGCAATGCTTATTaa > 1:108971/3‑140 (MQ=255) cAGTCATGCCTCCTTGTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTATTAGAAATGCTTATTAAt > 1:410876/1‑140 (MQ=255) aGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTATTAGAAATGCTTATTAATg > 2:365091/1‑140 (MQ=255) aGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTCGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTATTAGAAATGCTTATTAATg > 2:365120/1‑140 (MQ=255) tCATGCCTCGTTTTACAACAGTTATAATTTATTCATATGTTTCATCAACAATATTTGTGAGCTGGTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTATTAGAAATGCTTATTAATGat < 1:262205/140‑1 (MQ=255) cATGCCTCCTTTTACAACAGTTAATATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTATTAGAAATGCTTATTAATgttg > 1:351030/1‑137 (MQ=255) cctcctTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTATTAGAAATGCTTATTAATGATATACg < 1:451786/140‑1 (MQ=255) | TCACTTGCAACACCATGTGGTAATGCACCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTGCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTATTAGAAATGCTTATTAATGATATACG > USA300TCH1516_ALE/1646057‑1646325 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |