| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,744,362 | G→A | 100% | H104Y (CAC→TAC) | apt ← | Adenine phosphoribosyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,744,362 | 0 | G | A | 100.0% | 181.1 / ‑6.5 | 64 | H104Y (CAC→TAC) | apt | Adenine phosphoribosyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/1); major base A (24/35); minor base C (2/1); total (27/37) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
TTATAAATGCAATACCTACTACGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGCCAATGATAAAGCC > USA300TCH1516_ALE/1744230‑1744497 | ttATAAATGCAATACCTACTACGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTCATTGCATCTTTGTACATTGtt > 2:508538/1‑140 (MQ=255) tataAATGCAATACCTACTACGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTATACATTGTTa > 1:485917/1‑140 (MQ=255) ataAATGCACTACCTACTACTATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTaa < 1:118176/140‑1 (MQ=255) ataAATGCAATACCTACTACGATCCCGCCTACTTTTTCCCCTAATTTTATTGTTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAACTCATCTGTACTTAACACCCGTTGCCCTGGCTTCCTTGCATCTTTGTCCATTGTTac > 2:500515/1‑139 (MQ=255) ataAATGCAATACCTACTACGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTaa < 2:132833/140‑1 (MQ=255) aaaTGCAATACTTACTACGATCCCGCCTAATTTTTCAACTAATTGTATGGCTGCTTCAATCGTACCCCCAGTAGCTAATAAATCAGCTGTAATTAACACTCGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTaaat < 2:494554/140‑2 (MQ=255) aaTGCAATACCTACTACGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAAc < 1:385386/140‑1 (MQ=255) gCAATACCTACTACGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGGTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTCCATGGTTaaccacgt > 2:548250/1‑134 (MQ=255) gCAATACCTACTACGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACAAGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTACAACAtt > 2:536600/1‑140 (MQ=255) aaTACCTACTACGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACGTTTg < 1:374699/140‑1 (MQ=255) aTACCTACTACGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGt < 1:83589/140‑1 (MQ=255) aTACCTACTACGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGt < 1:315707/140‑1 (MQ=255) aTACCTACTACGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTCTACATTCTTAAAACCCTTGt < 2:267290/140‑1 (MQ=255) ccTACTACGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTAAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTAcc > 2:518603/1‑140 (MQ=255) ccTACTACGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTGTATGGCTGCTTCAATGTTAGGACCAGTGGCTAGTAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTAAATTTTTACAACAtttttccc > 2:130829/1‑135 (MQ=255) ctactaCGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCa < 1:177389/140‑1 (MQ=255) tacGATACCGTCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACATTCGTACCATAtt < 1:398105/140‑1 (MQ=255) cGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCt < 2:284871/140‑1 (MQ=255) cGATACCGCCTAATTTTTCAACTAAGTTTATTGCTGCCTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCt < 2:151627/140‑1 (MQ=255) gATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTa > 2:245255/1‑140 (MQ=255) cgtcTACTTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCa < 2:11306/137‑1 (MQ=255) cTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATGGCATCTTTGTACATTGTTAACACATTTGTACGATATTCTAGGTCAtcc > 1:253879/1‑138 (MQ=255) tttttCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCAt > 1:548136/1‑140 (MQ=255) ttCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAAc < 2:200686/140‑1 (MQ=255) tCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATTATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACg < 1:247014/140‑1 (MQ=255) cgaaTTTTATGGCTGCTGCAGTCGGACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATg > 2:404716/3‑140 (MQ=255) ttttATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACtt > 2:426784/1‑140 (MQ=255) tgctgcTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACCCGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAg > 2:518003/1‑140 (MQ=255) ttCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCCTCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAAtt < 2:301045/140‑1 (MQ=255) ttCAATCGGACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAAtt < 1:422370/140‑1 (MQ=255) tCAGTCGTAACATCAGTACCTAATAAATCATCTGTAATTAACACATGTTGAGCTGGTTTAATTGCATCTTTTTATATTGTTAAAACATTTCTACCATATTCAAGGTAATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAAttt < 1:26269/140‑1 (MQ=255) tCAATCGTACCACCAGTAGGTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACATTTTTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAAttt < 2:501888/140‑1 (MQ=255) tCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTTGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAAttt < 2:500887/140‑1 (MQ=255) tCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAAttt < 1:502799/140‑1 (MQ=255) taaTCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTTTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTc < 1:520855/139‑1 (MQ=255) aaccgcaccaccAGTAGCCAAGAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAACTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTcc < 2:424135/134‑1 (MQ=255) aaTCGTACCCCCCGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTcc < 2:23821/140‑1 (MQ=255) agcGTACCACCAGTAGCTAATCAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTccc < 2:150138/138‑1 (MQ=255) aTCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTccc > 2:52857/1‑140 (MQ=255) cGTACCACCAGTAGCTAATAGATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGCATGCCTTCACGAGGTAATTTACctt > 1:335025/1‑140 (MQ=255) cGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACAAATGACTTCACGAGTTAATTTCCctt > 1:184701/1‑140 (MQ=255) aGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAg < 1:204718/140‑1 (MQ=255) cTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGt > 1:355108/1‑140 (MQ=255) aataaATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGc > 2:480253/1‑140 (MQ=255) aataaATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGGTAAAACATTTGTACCATATTCTCGGGCATACTCCTAACGAATGAATTCACGAGGTAAGTGCCCTTCTGTTCTAACAgtagc > 2:351630/1‑136 (MQ=255) aaTCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAg < 1:187605/140‑1 (MQ=255) tcatcTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTCGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGGAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGcc < 2:283214/140‑1 (MQ=255) cTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTTTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACTAATGACTTCACGAGGTAATTTCCATTCTTTTCTATCAGGTGCAAAGCCAATc > 1:105578/1‑140 (MQ=255) cTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCaaac > 2:453120/1‑138 (MQ=255) gTAATTACCACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCACAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATccc < 1:332284/140‑1 (MQ=255) gTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATccc > 1:57613/1‑140 (MQ=255) gTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATccc < 1:426784/140‑1 (MQ=255) aTTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTATCGTGGAAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCAt < 1:429164/140‑1 (MQ=255) acGTTGACCTGGTTTAATTGCAGCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTGCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAg < 1:173371/140‑1 (MQ=255) ttGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGTTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTa > 1:19948/1‑140 (MQ=255) ttGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTa < 1:518003/140‑1 (MQ=255) gACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACa > 1:350836/1‑140 (MQ=255) tccTTGTTTAATTGCAGCTTTGTACATTGGTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGTACCTCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAg < 2:253242/139‑1 (MQ=255) aCCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCAATTGAATAAGTTACAg < 2:392556/140‑1 (MQ=255) aCCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACTAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAg > 1:522686/1‑140 (MQ=255) tttAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTACAAAGCCAAACCCCATTGAATAAGCTCAAGGACAGc > 1:55666/1‑140 (MQ=255) tAATTGCATCTTTGTCCACTGTTAAAACATTTGTACCATTTTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTGACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGCCa < 2:427166/140‑1 (MQ=255) tCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGATTGACTTCACGTGTTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAAACCCCATTGAATAAGTTACAGGACAGCAAATTATaaa > 1:251252/1‑140 (MQ=255) ttGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACTAGTTAATTTCCCTTCTTTTCTAACATTTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGCCAATGATAAAGcc < 1:415833/140‑1 (MQ=255) | TTATAAATGCAATACCTACTACGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGCCAATGATAAAGCC > USA300TCH1516_ALE/1744230‑1744497 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |