| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,761,889 | C→A | 100% | D388Y (GAT→TAT) | fpgS ← | Folylpolyglutamate synthase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,761,889 | 0 | C | A | 96.2% | 98.8 / ‑3.0 | 37 | D388Y (GAT→TAT) | fpgS | Folylpolyglutamate synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/0); new base A (18/16); total (21/16) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.92e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.49e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
CTTCATGGCTATTTTAGTTTTAGTTTTATAATGCTTCAAAGTCTAATTTTGATTTAACTTCACTTATGAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATCTACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCAAATTCAGTTGCATAAAACGTATGCGCAATTAAACTTAAATGTTTGACCATCTCGTTAATCGG > USA300TCH1516_ALE/1761754‑1762021 | cttcATGGCTATTTTAGTTTTAGTTTTATAAGGCTTCAAAGTCTAATTTTGATTTAACTTCACTTATGAAATACAGACTACCGGTAATTACGAAGGTATAACCTTGATAATTTTTTATACATTCAACGTAGCCATatact > 2:55662/1‑140 (MQ=255) tcATGGCTATTTTAGTTTTAGTTTTATAATGCTTCAAAGTCTAATTTTGATTTAACTTCACTTATGAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTaa > 1:274941/1‑140 (MQ=255) tcATGGCTATTTTAGTTTTAGTTTTATAATGCTTCAAAGTCTAATTTTGATTTAACTTCACTTATGAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTaa > 1:485626/1‑140 (MQ=255) tattgCTATTTTATTTTTAGTTTTATAATGCTTCAAAGTCTAATTTTGATTTAACTTCACTTATGAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAAt < 1:503362/136‑1 (MQ=255) aTGGCTATTTTAGTTTTAGTTTTATAATGCTTCAAAGTCTAATTTTGATTTAACTTCACTTATGAAATAAAGACTACCGGTAATTACTAATGTATAAACTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAAtt > 1:344485/1‑140 (MQ=255) tGGCTATTTTAGTTTTAGTTTTATAATGCTTCAAAGTCTAATTTTGATTTAACTTCACTTATGAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTATGAATATACTAATTg > 2:194223/1‑140 (MQ=255) tttagttttagtTTTATAATGCTTCAAAGTCTAATTTTGATTTAACTTCACTTATGAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATAACATTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTATATTtca > 1:59316/1‑140 (MQ=255) agttttagttttATAATGCTTCAAAGTCTAATTTTGATTTAACTTCACTTATGAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTtcatca > 2:92897/1‑140 (MQ=255) agttttagttttATAATGCTTCAAAGTCTAATTTTGATTTAACTTCACTTATGAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTtcatca > 2:450585/1‑140 (MQ=255) ttagttttaTAATGCTTCAAAGTCTAATTTTGATTTAACTTCACTTATGAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCAGATACTAATTGTATTTCATCAtttt < 1:352826/140‑1 (MQ=255) tGCTTCAAAGTCTAATTTTGATTTAACTTCACTTATGAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATActaccta < 2:228610/140‑1 (MQ=255) tGCTTCAAAGTCTAATTTTGATTTAACTTCACTTATGAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATActaccta < 1:407120/140‑1 (MQ=255) tGCTTCAAAGTCTAATTTTGATTTAACTTCACTTATGAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATActaccta < 1:280700/140‑1 (MQ=255) cTTCAAAGTCTAATTTTGATTTAACTTCACTTATGAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACa < 1:364391/140‑1 (MQ=255) cTTCAAAGTCTAATTTTGATTTAACTTCACTTATGAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACa < 2:511374/140‑1 (MQ=255) cAAAGTCTAATTTTGATTTAACTTCACTTATGAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTCGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAAtt < 2:275611/140‑1 (MQ=255) tCTAATTTTGATTTAACTTCACTTATGAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCATTTTTATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATttcttc < 1:181853/140‑1 (MQ=255) tGATTTAGCTTCACTTATGAGATACAGACTACCGGTAATTACTACTGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTAAACGTAGTCATGTCCTAATGGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAAGTTCTTCTTTTCGTa > 1:345126/1‑140 (MQ=255) tttAACTTCACTTATGAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCTATACTACCTACAATTACTTCTTTGCGTAACg > 1:96925/1‑140 (MQ=255) ttAACTTCACTTATGAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTAAACTTTCTTCTTTGCTTCACGc > 2:310660/1‑140 (MQ=255) cACTTATGAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGa > 1:532295/1‑140 (MQ=255) ttATGAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGaaaa < 1:441974/140‑1 (MQ=255) gAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTAATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCaa > 1:44/1‑140 (MQ=255) acgaCCGTTAATTACTGATGTATCCCCTTGATAATTTTTTATTAAATCAACGTAGTCATATATTCATCGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTATAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAACATTAAATTCAGttt > 2:204563/4‑139 (MQ=255) aCTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTGTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATGTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTTGGAAAATCAAATTCAGTTg > 2:143434/1‑140 (MQ=255) cTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCAAATTCAGTTGc < 1:230994/140‑1 (MQ=255) tACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCAAATTCAGTTGCa < 1:345931/140‑1 (MQ=255) tAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCCACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCAAATTCAGTTGCATAAAAc < 1:457019/140‑1 (MQ=255) ttAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGCAGTGCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCAAATTCAGTTGCATAAAACGTATgc < 1:126173/139‑1 (MQ=255) gTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCAAATTCAGTTGCATAAAACGTATGCGCAAt < 1:205422/140‑1 (MQ=255) ccTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGGAAATCATCATTTTCAATACTAACTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCAAATTCAGTTGCATAAAACGTATGCGCAATTAAACt > 1:429032/1‑140 (MQ=255) gATAGTTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATCTACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCAAATTCAGTTGCATAAAACGTATGCGCAATTAAACTTaaa > 2:335365/1‑140 (MQ=255) tataAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCAAATTCAGTTGCATAAAACGTATGCGAAATTAAACTTAAATGTTTGAcct > 2:319475/1‑139 (MQ=255) ataAATTCAACGTAGTCATCTACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTATTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCAAATTCAGTTGCATAAAACGTATGCGCAATTAAACTTAGATGTTTCACCAt > 2:396281/1‑140 (MQ=255) aaaTTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCAAATTCAGTTGCATAAAACGTATGCGCAATTAAACTTAAATGTTTGACCAtct > 2:449497/1‑140 (MQ=255) cGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCAAATTCAGTTGCATAAAACGTATGCGCAATTAAACTTAAATGTTTGACCATCTCGTTAATc > 1:176537/1‑140 (MQ=255) gTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCAAATTCAGTTGCATAAAACGTATGCGCAATTAAACTTAAATGTTTGACCATCTCGTTAATCg < 2:128320/140‑1 (MQ=255) tAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTTCGTAACGCTTTCGGAAAATCAAATACAGTTGCATAAAACATATGCGCAATTAAACTTAAATGTTTGACCATCACGTTAATCgg > 1:233655/1‑140 (MQ=255) | CTTCATGGCTATTTTAGTTTTAGTTTTATAATGCTTCAAAGTCTAATTTTGATTTAACTTCACTTATGAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATCTACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCAAATTCAGTTGCATAAAACGTATGCGCAATTAAACTTAAATGTTTGACCATCTCGTTAATCGG > USA300TCH1516_ALE/1761754‑1762021 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |