| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 76,969 | G→A | 100% | intergenic (+509/‑107) | USA300HOU_RS00140 → / → USA300HOU_RS00350 | hypothetical protein/Monoacylglycerol lipase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 76,969 | 0 | G | A | 95.9% | 135.9 / ‑1.2 | 49 | intergenic (+509/‑107) | USA300HOU_RS00140/USA300HOU_RS00350 | hypothetical protein/Monoacylglycerol lipase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/0); new base A (26/21); total (28/21) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.00e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.05e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
TTCAGATCTACGGATTTTCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTT‑AAAGGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATTATATAAAATTTATTGAG > USA300TCH1516_ALE/76833‑77099 | ttCAGATCTACGGATTTTCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTT‑AAAAGGt < 2:13772/140‑1 (MQ=255) aTCTACGGTTTTTCGCCATGCCAAGAAATTAGCATCATGCTAGAAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAACACATGGGCTT‑AAAAGGTTAAtt < 2:277061/140‑1 (MQ=17) gcTACGGATTTACGCCATGCAACGAAACTAGCATCATGCTAGTAAGTTAAGGGAACACTTAAATGATAAATTAGTTGTTAGATATCTTTTTTTACTTTGCAGCAGAACCTATAAAAAACATGTGCTT‑AAAAGGTTAAttt < 2:375031/139‑1 (MQ=255) aCGGATGTTCGGCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTT‑AAAAGGTTAATTtata < 2:302127/140‑1 (MQ=255) ttCGCCATGCCACGAAATTAGCATCACGCTAGCAAGTTAAGCGCTATTTGGTCAGATAAATTAGTGGTTAGTTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTT‑AAAAGGTTAATTTATATAGTAtt < 1:152791/140‑1 (MQ=18) aCGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTT‑AAAAGGTTAATTTATATAGTATTATTGAAAACAt > 2:458237/1‑140 (MQ=255) atcatGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTT‑AAAAGGTTAATTTATATAGTGTTACGGCAAACATTGATTTGGGTc < 1:544610/140‑1 (MQ=255) agcatGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTTACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTT‑AAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTc < 2:371882/138‑1 (MQ=255) tGCTAGAAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATTTTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTT‑AAAAGGTTAATTTATAAAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCaaaa < 1:64335/140‑1 (MQ=255) cTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTT‑AAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAAt > 1:526241/1‑140 (MQ=255) ttAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTATTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTT‑AAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCATAAATTAGGGGTa > 1:89936/1‑140 (MQ=255) ttAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTT‑AAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTa > 2:484707/1‑140 (MQ=255) aaCACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTT‑AAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTaaaaa > 1:389796/1‑140 (MQ=255) cacTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTT‑AAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTaaaaaaa < 1:452590/140‑1 (MQ=255) actgaactgaAAAATTAGTAGTTAGTTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAATAACATGGGCTT‑AAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTAAAGTGAAAAATTAGGGGTATTAAAAAaat < 2:277942/140‑1 (MQ=37) cTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATTAAAAACATGGGCTT‑AAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTGAAAAATTAGGGGTATTAAAAAaatg > 1:152924/1‑140 (MQ=255) tGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTT‑AAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAaatga > 2:388935/1‑140 (MQ=255) aCATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTT‑AAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGAAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAaatgaat > 1:432218/1‑140 (MQ=255) aTGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTT‑AAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAatgaatga > 1:533474/1‑140 (MQ=255) gTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACTTGGGCTT‑AAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGACAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAAtttt > 1:8345/1‑140 (MQ=255) gTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTT‑AAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAAtttt > 1:396142/1‑140 (MQ=255) tGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTT‑AAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATAAGAGGTATTAAAAAAATAAATGAATCATAAtgtaa > 1:73442/1‑136 (MQ=39) atTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTT‑AAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATGAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGGTgttg > 2:435760/1‑137 (MQ=255) ttttACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTT‑AAAGGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCGAGCTGATTGgag > 2:495383/1‑140 (MQ=255) ttttACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTT‑AAAGGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGgag > 1:231467/1‑140 (MQ=255) ttttACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTT‑AAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGgag > 2:492899/1‑140 (MQ=255) ttttACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTT‑AAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCAGAATGgag > 2:46840/1‑140 (MQ=255) tttACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTT‑AAAAAGTTAATTTATATAGTATTACTACAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTACTTGgaaa > 2:76871/1‑138 (MQ=255) tattttGTAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCAT‑AAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAgg < 2:128638/137‑1 (MQ=255) tACTTTGAAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTA‑AAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGAGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAgg < 2:1862/140‑1 (MQ=255) tACGTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTT‑AAAAGGTTAATTTATATAGTAGTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAgg < 2:160605/140‑1 (MQ=255) attatGCAACAATACCTGTAAAAATCATGGGCAT‑AAAATGTAAATTTATATAATATAACTCCAAACAAAGATTTGTGTTATAAATTATGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGt < 2:46820/136‑1 (MQ=255) aCTTTGCAACAGAACCTATAAAAGACATGGGCTT‑AAAAGGTTAATTTATATAGTATTGCTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTTGGGGTATTAAAAAAATGAATGAGTCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGt < 2:252549/140‑1 (MQ=255) cTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTT‑AAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGACAAAATAATAATTTTATAAAGCTGAGTGTAGAGGta > 1:118267/1‑139 (MQ=255) cTTTGCAAAAGAACCTATAAAAAACATGGGCTT‑AAAAGTTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACTTTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGtt < 1:282901/140‑1 (MQ=255) ttGCAAAAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAAGGTAAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTAAAAAAAAAAAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTa < 2:432561/140‑1 (MQ=255) aGAACCTATAAAAAACATAGGCTT‑AAAAGGATAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTTATTTGGGACAAAAATTAGGAGTAATAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCAt < 1:200078/140‑1 (MQ=255) aGAACCTACAAAAAGCATTGGCTT‑AAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGAGTTGGTTCAAAAATTAGGGCTACTAAAAAAATGAATGAATCATAAGTTTAGCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCAt < 2:171474/140‑1 (MQ=255) aCCTATAAAAAACATGGGCTT‑AAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGAATtat > 2:548749/1‑140 (MQ=255) ccTATAAAAAACATGGGCTT‑AAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGTACAGGTTAAAATGCATtata > 2:211501/1‑140 (MQ=255) ccTATAAAAAACATGGGCTT‑AAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATtgta > 2:369875/1‑140 (MQ=255) ccTATAAAAAACATGGGCTT‑AAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATtata > 2:250173/1‑140 (MQ=255) ccTACAAAAAACATGGGCTT‑AAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAGAAGCATtgta > 2:64240/1‑140 (MQ=255) tataAAAAACGTGGGCTT‑AAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTGGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGAGATGAGGGGGTAAAATGCATtatata > 1:85499/1‑140 (MQ=255) tataAAAAACATGGGCTT‑AAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGTGGTTAAAATGAATtatata > 2:252255/1‑140 (MQ=255) aaaaCAGCGGCTT‑AAAAGGTTAATTTATATATTATTACCGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATTATATAAAAtt < 1:55623/140‑1 (MQ=255) tGGGCTT‑AAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATTATATAAAATTTATTGa > 1:515674/1‑140 (MQ=255) tGGGCTT‑AAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATTATATAAAATTTATTGa > 1:279020/1‑140 (MQ=255) gggCTT‑AAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATATGAGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATTATATAAAATTTATTGAg < 2:113286/140‑1 (MQ=255) | TTCAGATCTACGGATTTTCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTT‑AAAGGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATTATATAAAATTTATTGAG > USA300TCH1516_ALE/76833‑77099 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |