| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,454,626 | A→T | 100% | L48L (CTA→CTT) | lyrA → | Lysostaphin resistance protein A |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,454,626 | 0 | A | T | 96.4% | 164.0 / ‑3.2 | 54 | L48L (CTA→CTT) | lyrA | Lysostaphin resistance protein A |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/2); new base T (30/22); total (30/24) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.93e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
TAAAATTTCTGGTTTTCAATGGGCAATGACGATTTTCGTCTTCTTTGTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTAGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTAATTGAACGTCTATTGCTAGCTTTAATTTTACCTTTAATTAT > USA300TCH1516_ALE/2454494‑2454760 | tAAAATTTCTGGTTTTCAATGGGCAATGACGATTTTCGTCTTCTTTGTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCAt < 2:103351/140‑1 (MQ=255) aaaaTTTCTGGTTTTCAATGGGCAATGACGATTTTCGTCTTTTTTGTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCAtt < 1:110255/140‑1 (MQ=255) aTTTCTGGTTTTCAATGGGCAATGACGATTTTTGTCTTCTTTGTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAAt < 1:258538/140‑1 (MQ=255) tGGTTTTCAATGGGCAATGACGATTTTCGTCTTCTTTGTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCCGTGTATAATTAGGGTCAAACCCTTTATATCTGAACTTCCAGATCTTGCACCATTACTtcctg > 2:430109/1‑140 (MQ=255) tGGTTTTCAATGGGCAATGACGATTTTCGTCTTCTTTGTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTAAATAATTGGTGTCAAAAACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATtgctg > 2:35373/1‑140 (MQ=255) gTTTTCAATGGGCAATGACGATTTTCGTCTTCTTTGTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCa < 1:221684/140‑1 (MQ=255) aaTGACGATTTTCGTCTTCTTTGTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATAc < 2:183137/140‑1 (MQ=255) tGACGATTTTCGTCTTCTTTGTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTAGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTc < 2:455675/140‑1 (MQ=255) cGATTTTCGTCTTCTTTGTCATTACAATGGCGTTATCAATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGtt > 2:265511/1‑140 (MQ=255) ttttCGTCTTCTTTGTCATCACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCAATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTc > 1:330960/1‑140 (MQ=255) 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(MQ=255) aGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCACGTTTAAAATTCTCCATCAGCCCGAAAGTa > 2:234862/1‑140 (MQ=255) tataATTGGTGTCATACACTTTATACTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGCCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTAATTg < 1:334395/140‑1 (MQ=255) ttGGTGGCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTAATTGAACGt > 2:304886/1‑140 (MQ=255) tgtCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTAATTGAACGTCTAt < 1:190432/140‑1 (MQ=255) gtCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTAATTGAACGTCTAtt > 1:208268/1‑140 (MQ=255) acacTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCGTGAAAGTAATTGAACGTCTATTGCTAg > 2:492136/1‑140 (MQ=255) acacTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTAATTGAACGTCTATTGCTAg > 2:547497/1‑140 (MQ=255) cacTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTAATTGAACGTCTATTGCTAGc > 2:151175/1‑140 (MQ=255) acTTTATATTTGAAGTTACTGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTAATTGAACGTCTATTGCTAGCt < 2:336143/140‑1 (MQ=255) acTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTTCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTAATTGAACGTCTATTGCTAGCt < 2:508783/140‑1 (MQ=255) tttATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAGTAATTTGTATACGCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTAATTGAACGTCTATTGCTAGCttt < 1:260196/140‑1 (MQ=255) tataTTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTCTATTAGTTAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTAATTGAACGTCTATTGCTAGCTTTaa 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> 2:233096/1‑140 (MQ=255) gATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTAATTGAACGTCTATTGCTAGCTTTAATTTTACCTTTAattat < 2:511316/140‑1 (MQ=255) gATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCAAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTAATTGAACGTCTATTGCTAGCTTTAATTTTCCCTTTActtct > 2:134958/1‑138 (MQ=255) | TAAAATTTCTGGTTTTCAATGGGCAATGACGATTTTCGTCTTCTTTGTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTAGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTAATTGAACGTCTATTGCTAGCTTTAATTTTACCTTTAATTAT > USA300TCH1516_ALE/2454494‑2454760 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |