| New junction evidence | |||||||||||
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| * | ? | CP000731 | 4334 = | 10 (1.720) | 8 (0.000) | 6/266 | 0.4 | 0.44% | intergenic (+299/‑166) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0006/cadR | hypothetical protein/cadmium binding protein |
| ? | NC_012417 | 2027 = | 3605 (1.000) | intergenic (+260/+66) | USA300HOU_RS14895/USA300HOU_RS14900 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 355 total aligned reads displayed.
TAAAACTGAATAAAGAAAAATAGTTAAACTCATGTAATCACTCCATAATTCTGAAGTGTCTCCATGTCTACGCATAGACACGCATTTATGCCGAAAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCACCTATGATTATTTAAAAATATAAGTTATAA > CP000731/4195‑4466 | aaacctagctggaatcgcagctactatggtttcgaaggatgtacaatgtaatcttaaatacgggttactttagatactatttattccaattgctttattgacgttgagcctcggaacccttaacaatcccaaaacttgtc < 2:933068‑M1/1‑1 (MQ=255)aaacctagctggaatcgcagctactatgctttcgaaggatgtacaatgtaatcttaaatacgggttactttagatactatttattccaattgctttattgacgttgagcctcggaacccttaacaatcccaaaacttgtc > 2:399924‑M1/140‑140 (MQ=255) tacctagccggatcggcagctactatggtttcgaaggatgtacaatgtaatcttaaatacgggttactttagatactatttattccaattgctttattgacgttgagcctcggaacccttaacaatcccaaaacttgtCg > 2:907065‑M1/139‑140 (MQ=255) ggcctaggtggaatggcagctactatggtttcgaaggctgtacaatgtaatcttaaatacgggttactttagatactatttattccaattgctttattgacgttgagcctcggaacccttcacaatcccaaaacttgtCg > 1:652971‑M1/139‑140 (MQ=255) 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> 1:220906‑M1/139‑140 (MQ=255) aacctagctggaatcgcagctactatggtttcgaaggatgtacaatgtaatcttaaatacgggttactttagatactatttattccaattgctttattgacgttgagcctcggaacccttaacaatcccaaaacttgtCg < 2:64286‑M1/2‑1 (MQ=255) aacctagctggaatcgcagctactatggtttcgaaggatgtacaatgtaatcttaaatacgggttactttagatactatttattccaattgctttattgacgttgagcctcggaacccttaacaatcccaaaacttgtCg > 2:722472‑M1/139‑140 (MQ=255) aacctagctggaatcgcagctactatggtttcgaaggatgtacaatgtaatcttaaatacgggttactttagatactatttattccaattgctttattgacgttgagcctcggaacccttaacaatcccaaaacttgtCg < 1:414501‑M1/2‑1 (MQ=255) aacctagctggaatcgcagctactatggtttcgaaggatgtacaatgtaatcttaaatacgggttactttagatactatttattccaattgctttattgacgttgagcctcggaacccttaacaatcccaaaacttgtCg > 1:580409‑M1/139‑140 (MQ=255) acctagctggaattgcagctactatggtttcgaaggatgtacaatgtaatcttaaatacgggttactttagatactatttagtccaattgctttattgacgttgagcctcggaacccttaacaatcccaaaacttgtCGa > 1:301110‑M1/138‑140 (MQ=255) acctagctggaatcgcagctactatggtttcgaaggatttacaatgtaatcttaaatacgggttactttagatactatttattccacttgctttattgacgttgagcctcggaacccttaacaatcccaaaacttgtCGa > 2:411196‑M1/138‑140 (MQ=255) acctagctggaatcgcagctactatggtttcgaaggatgtacaatgtaatcttaaatacgggttactttagatactatttattccaattgctttattgacgttgagcctcggaacccttaacaatcccaaaacttgtCGa > 2:977689‑M1/138‑140 (MQ=255) acctagctggaatcgcagctactatggtttcgaaggatgtacaatgtaatcttaaatacgggttactttagatactatttattccaattgctttattgacgttgagcctcggaacccttaacaatcccaaaacttgtCGa > 1:712613‑M1/138‑140 (MQ=255) acctagctggaatcgcagctactatggtttcgaaggatgtacaatgtaatcttaaatacgggttactttagatactatttattccaattgctttattgacgttgagcctcggaacccttaacaatcccaaaacttgtCGa < 1:830785‑M1/3‑1 (MQ=255) acctagctggaatcgcagctactatggtttcgaaggatgtacaatgtaatcttaaatacgggttactttagatactatttattccaattgctttattgacgttgagcctcggaacccttaacaatcccaaaacttgtCGa > 1:909677‑M1/138‑140 (MQ=255) acctagctggaatcgcagctactatggtttcgaaggatgtacaatgtaatcttaaatacgggttactttagatactatttattccaattgctttattgacgttgagcctcggaacccttaacaatcccaaaacttgtCGa > 2:791675‑M1/138‑140 (MQ=255) acctagctggaatcgcagctactatggtttcgaaggatgtacaatgtaatcttaaatacgggttactttagatactatttattccaattgctttattcacgttgagcctcggaacccttaacaatcccaaaacttgtCGa < 1:339764‑M1/3‑1 (MQ=255) acctagctggaatcgcagctactatggtttcgaaggatgcacaatgtaatcttaaatacgggttactttagatactatttattccaattgctttattgacgttgagcctcggaacccttaacaatcccaaaacttgtCGa > 1:852959‑M1/138‑140 (MQ=255) acctagctggaatcgcagctactatggtttcgaagaatgtacaatggaatcttaaatacgggttactttagatactaattcttccaattgcttttttgacgttgagtctcggaacccttaacaatcccaagacttgtCGa < 2:127265‑M1/3‑1 (MQ=255) acctagcgtgaatcgcagctacgagggtttcgaagggggtacaatgtagtcttaaatacggttgactttagatactatttattccaattgctttattgacgttgagcctcggaacccttaacaatcccaaaacttgtCGa > 1:204345‑M1/138‑140 (MQ=255) acctagcgggactcgcagctactatggtttcgaaggatgtacaatgtaatctgaaatacgggttactttagatactatttattccaattgctttattgacgttgagcctcggaacccttaacaatcccaaaacttgtCGa > 1:884642‑M1/138‑140 (MQ=255) acctagccggaatcccagctactatggtttcgaaggatgtaccatgtaatcttaaatacgggttactttagatactatttattccaattgctttattgacgttgagcctcggaacccttaacaatcccaaaacttgtCGa > 1:105350‑M1/138‑140 (MQ=255) cctagctggaatcgcagctactatggtttcgaaggttgtacaatgtaagcttaaatacgggttactttagatactatttattccaattgctttattgacgttgagcctcggaacccttaacaatcccaaaacttgtCGaa > 1:314677‑M1/137‑140 (MQ=255) cctagctggaatcgcagctactatggtttcgaaggatgtacaatgtaatcttaaatacgggttactttagatactatttattccaattgctttattgacgttgagcctcggaacccttaacactcccaaaacttgtCGaa < 1:6300‑M1/4‑1 (MQ=255) cctagctggaatcgcagctactatggtttcgaaggatgtacaatgtaatcttaaatacgggttactttagatactatttattccaattgctttattgacgttgagcctcggaacccttaacaatcccaaaacttgtCGaa > 1:599142‑M1/137‑140 (MQ=255) cctagctggaatcgcagctactatggtttcgaaggatgtacaatgtaatcttaaatacgggttactttagatactatttattccaattgctttattgacgttgagcctcggaacccttaacaatcccaaaacttgtCGaa > 1:150357‑M1/137‑140 (MQ=255) cctagctggaatcgcagctactatggtttcgaaggatgtacaatgtaatcttaaatacgggttactttagatactatttattccaattgctttattgacgttgagcctcggaacccttaacaatcccaaaacttgtCGaa > 1:276351‑M1/137‑140 (MQ=255) cctagctggaatcgcagctactatggtttcgaaggatgtacaatgtaatcttaaatacgggttactttagatactatttattccaattgctttattgacgttgagcctcggaacccttaacaatcccaaaacttgtCGaa > 1:1001238‑M1/137‑140 (MQ=255) cctagctggaatcgcagctactatggtttcgaaggatgtacaatgtaatcttaaatacgggttactttagatactatttattccaattgctttattgacgttgagcctcggaacccttaacaatcccaaaacttgtCGaa > 2:583218‑M1/137‑140 (MQ=255) cctagctggaatcgcagctactatggtttcgaaggatgtacaatgtaatctgaaatacgggttactttagatactatttattccaattgctttattgacgttgagcctcggaacccttaacaatcccaaaacttgtCGaa < 1:783006‑M1/4‑1 (MQ=255) cttgctggaatcgcagctactatggtttcgaaggatgtacaatgtaatcttaaatacgggttactttagatactatttattccaattgctttattgacgttgagcctcggaacccttaacaatcccaaaacttgtCGAAt > 2:245964‑M1/136‑140 (MQ=255) ctagttggaatcgcagctactatggtttcgaaggatgtacaatgtaatcttaaatactggttactttagatactatttattccaattgctttattgacgttgagcctcggaacccttaacaatcccaaaacttgtCTAAt > 2:373559‑M1/136‑140 (MQ=255) 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< 2:172141‑M1/5‑2 (MQ=255) ctagctggaatcgcagctactatggtttcgaaggatgtacaatgtaatcttaaatacgggttactttagatactatttattccaattgctttattgacgttgagcctcggaacccttaacaatcccaaaacttgtCGAAt < 1:119109‑M1/5‑1 (MQ=255) ctagctggaatcgcagctactatggtttcgaaggatgtacaatgtaatcttaaatacgggttactttagatactatttattccaattgctttattgacgttgagcctcggaacccttaacaatcccaaaacttgtCGAAt < 1:210034‑M1/5‑1 (MQ=255) ctagctggaatcgcagctactatggtttcgaaggatgtacaatgtaatcttaaatacgggttactttagatactatttattccaattgctttattgacgttgagcctcggaacccttaacaatcccaaaacttgtCGAAt > 2:778572‑M1/136‑140 (MQ=255) ctagctggaatcgcagctactatggtttcgaaggatgtacaatgtaatcttaaatacgggttactttagatactatttattccaattgctttattgacgttgagcctcggaacccttaacaatcccaaaacttgtCGAAt > 2:423446‑M1/136‑140 (MQ=255) ctagctggaatcgcagctactatggtttcgaaggatgtacaatgtaatcttaaatacgggttactttagatactatttattccaattgctttattgacgttgagcctcggaacccttaacaatcccaaaacttgtCGAAt > 1:980100‑M1/136‑140 (MQ=255) 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2:324068‑M1/140‑3 (MQ=255) aaCTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTC‑‑‑TTCTCAACATCAATAAAttttctcggcataaatgcgtcgtctatttttaattatcttcatgata > 1:169480‑M1/1‑93 (MQ=255) | TAAAACTGAATAAAGAAAAATAGTTAAACTCATGTAATCACTCCATAATTCTGAAGTGTCTCCATGTCTACGCATAGACACGCATTTATGCCGAAAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCACCTATGATTATTTAAAAATATAAGTTATAA > CP000731/4195‑4466 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |