| New junction evidence | |||||||||||
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Only 100 of 114 total aligned reads displayed.
ATTACAAGTCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCG‑‑ATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAATTTATA > USA300TCH1516_ALE/1998142‑1998417 | tttACAAGTCAGTTGCTGTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCG‑‑ATTTaaaa < 2:20736/139‑1 (MQ=255) tACCAGTCAGGTGCTCTACCAATTGAGCTGGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCG‑‑ATTTAAAACt < 2:573083/140‑1 (MQ=255) tACAAGTCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCTACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCG‑‑ATTTAAAACt < 1:415880/140‑1 (MQ=255) aGTCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCG‑‑ATTTAAAACTGCCt < 2:301711/140‑1 (MQ=255) aGTCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCG‑‑ATTTAAAACTGCCt > 2:555750/1‑140 (MQ=255) gTCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCG‑‑ATTTAAAACTGCCTg < 1:144149/140‑1 (MQ=255) ccgTTGCTCTGCCTATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTATGAATAAATGGTGGGGTATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCCTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCG‑‑TTTTAAAACTGCCTGGc < 1:498221/138‑1 (MQ=14) cAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGGTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCG‑‑ATTTAAAACTGCCTGGc > 1:956066/1‑140 (MQ=255) ttgatatACCCATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCG‑‑ATTTAAAACTGCCTGGCAAc < 2:700810/134‑1 (MQ=255) tgtctctACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCG‑‑ATTTAAAACTGCCTGGCAAc < 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cccAGCTGAGCTAATTCTCCG‑‑ATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACGCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGAACTCCTTGCTATAGTc < 1:145581/140‑1 (MQ=255) gCTGAGCTAATTCTCCGACATATTAAAC‑CCCAGGCAACGTTCTACTCTGGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCAcc > 1:239824/1‑140 (MQ=11) aGCTAATTCTCCG‑‑ATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGATCGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACa < 1:257003/140‑1 (MQ=255) aGCTAATTCTCCG‑‑ATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACa < 1:672378/140‑1 (MQ=255) aGCTAATTCTCCG‑‑ATTTAAAACGGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACa < 1:940002/140‑1 (MQ=255) aGCTAATTCTCCG‑‑AGTTAAAACTTCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACa < 2:468313/140‑1 (MQ=255) gCTAATTCTCCG‑‑ATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACat < 1:837511/140‑1 (MQ=255) gCTAATTCTCCG‑‑ATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGCCATGGGAACAGGTGTGGCCTCCTTGGTATAGTCGCAAGACat > 2:283149/1‑140 (MQ=14) cTAATTCGCCG‑‑ATTTAAACCTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACata < 2:323879/140‑1 (MQ=255) tAATTCTCCG‑‑ATTTAAAGCTGCCTGGCAACGTTCTACTCTCGCGGAACGTAAGTTCGACTACCTTCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACatat < 2:333455/140‑1 (MQ=255) tAATTCTCCG‑‑ATTTAAAACTGACTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACatat < 1:291486/140‑1 (MQ=255) tcCG‑‑ATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGt < 1:392780/140‑1 (MQ=40) tcCG‑‑ATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGt < 2:722200/140‑1 (MQ=40) cG‑‑ATTTAAAACTGCCTGGCAGCGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTACGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGGACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGACAGTaa > 2:903174/1‑140 (MQ=14) cG‑‑ATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTaa < 2:670384/140‑1 (MQ=39) g‑‑ATTTACAACTGCCTGTCAATGTTCTTCTCTTGCGGAACGTAATTTCGACTTCCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAAt < 1:52183/140‑1 (MQ=11) g‑‑ATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAAt < 1:50535/140‑1 (MQ=38) tttAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAAttt > 2:911252/1‑140 (MQ=37) aaaaCTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAATTtata < 1:109843/140‑1 (MQ=33) | ATTACAAGTCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCG‑‑ATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAATTTATA > USA300TCH1516_ALE/1998142‑1998417 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |