| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 111,512 | 0 | A | G | 27.6% | 209.4 / 81.8 | 135 | S194S (TCA→TCG) | USA300HOU_RS00520 | putative lipoprotein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (53/44); new base G (22/15); total (75/60) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.99e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 136 total aligned reads displayed.
CTACTGAGGAAGTTAAAGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCG‑CCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATAAAAA > USA300TCH1516_ALE/111373‑111649 | cTACTGAGGAAGTTAAAGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATAGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCa > 2:65442/1‑140 (MQ=255) tACTGAGGAAGTTAAAGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAg < 2:881378/140‑1 (MQ=255) aCTGAGGAAGTTAAAGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAACCTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGCGGTGCCGGGTGATTCGGc > 2:754575/1‑140 (MQ=21) aCTGAGGAAGTTAAAGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTTTTTTTTTTTTTAATTATAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATGATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGc > 2:152958/1‑140 (MQ=18) aCTGAGGAAGTTAAAGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGc > 2:958848/1‑140 (MQ=255) cTGAGGAAGTTAAAGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCCGAGGTGCCGAGTTATTCAGCt > 1:249132/1‑140 (MQ=255) gAAGTTAAAGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAAATTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAata < 1:775424/140‑1 (MQ=255) aaGTTAAAGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAatat > 2:131400/1‑140 (MQ=255) aaGTTAAAGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAatat > 1:888009/1‑140 (MQ=255) gTTAAAGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTTCTCTATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCa > 2:329693/1‑140 (MQ=18) gTTAAAGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCa > 2:464793/1‑140 (MQ=255) ttAAAGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAACACTTTAAGTTTTTTTTGTTATATGGCAGTTTTAAAGAGTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCaa > 2:709443/1‑140 (MQ=18) aaaGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGCGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAAtt < 2:211984/140‑1 (MQ=255) aaaGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAAtt > 2:401284/1‑140 (MQ=255) aaaGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAAtt > 1:898260/1‑140 (MQ=255) aaaGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACATTAAGTTGTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGATAAATATCAAtt > 2:917472/1‑140 (MQ=18) aagaagAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTa > 1:857374/1‑140 (MQ=255) aagaagAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTa > 1:772620/1‑140 (MQ=255) aagaagAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTa < 2:137627/140‑1 (MQ=255) aagaaAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACt < 2:810640/140‑1 (MQ=255) aagaaAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTGCTTCAGCTCAATATCAATTAACt < 2:216630/140‑1 (MQ=255) aaaaaaCATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTACATAGCAATTAACTa < 2:681793/138‑1 (MQ=18) gaaAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTaa > 1:839843/1‑140 (MQ=255) gaaAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCACAATATCAATTAACTaa > 2:721556/1‑140 (MQ=255) aaaaCATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATCGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGATATATATCATATAAACCAGAGGTGGCGTGTTATTCAGCTCTATATCAATTAACTAat > 2:643017/1‑140 (MQ=18) aaaaCATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAat < 1:352096/140‑1 (MQ=255) aaaaCATAAAAAAAGAAAACGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATACATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAat < 1:457379/140‑1 (MQ=255) aaaCATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAatg > 1:393374/1‑140 (MQ=255) aaCATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGCTTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCTAACGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAatga > 1:222410/1‑140 (MQ=18) aTAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAAtgatga > 2:835490/1‑140 (MQ=255) aaaaaaGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATta > 1:142287/1‑140 (MQ=255) aaaaaaGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATta < 1:979940/140‑1 (MQ=255) aaaaaGAAATCGAAAACTTTAAGTGTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATGATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATtat < 1:675342/140‑1 (MQ=255) gaaaGAAATCGAAAACTTCAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATtata < 1:54958/139‑1 (MQ=255) aaaaGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATtata < 1:221322/140‑1 (MQ=255) aaaGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATaa > 2:859699/1‑140 (MQ=255) aaaGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATCGAGATATATCATATAATCCAGAGGGGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATaa > 1:38337/1‑140 (MQ=255) aGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATg < 1:24611/140‑1 (MQ=255) gAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGt > 1:933098/1‑140 (MQ=255) gAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGt < 2:839843/140‑1 (MQ=255) aaTCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTaa < 1:270778/140‑1 (MQ=255) aaTCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTaa > 1:547032/1‑140 (MQ=255) aaTCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTaa < 1:817383/140‑1 (MQ=255) ggcGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTaaa < 2:746456/138‑1 (MQ=255) aTCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTaaa > 1:840821/1‑140 (MQ=255) aTCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTaaa > 2:311393/1‑140 (MQ=255) aTCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTaaa < 1:246785/140‑1 (MQ=255) tCGAAAACTTTAAGTTATTTGCGCAATAGAGCAAATTAAAAGAATGAATGAATTATAAAGATGGAGATATATAATATAAACCATAGGTACAGAGTTAATTGGCTAAATATAAAATAACTAATGAAAATAATAAAGAaaaa > 2:636801/1‑140 (MQ=255) atgtctgtAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACaa < 2:493144/133‑1 (MQ=18) aaaCTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAAt < 1:1005946/140‑1 (MQ=255) aaaCTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAAt < 1:438669/140‑1 (MQ=255) aaCTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCCGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGAAGATTATAATGTAACACAAtt > 1:887874/1‑140 (MQ=18) aaCTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAACACAAtt > 1:90963/1‑140 (MQ=255) tAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTAGAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTa < 2:447279/140‑1 (MQ=255) aaGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGCGTTATTGATCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTaa > 1:229704/1‑140 (MQ=255) aGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCaaa > 1:269823/1‑140 (MQ=255) aGTTTTTTGCGCAAGATAGTAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCaaa > 1:552409/1‑140 (MQ=17) gTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTaaaa < 2:239993/140‑1 (MQ=255) ttttttGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAATAATTACGTAAAAg < 2:463914/140‑1 (MQ=255) ttttgtGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAg < 1:98462/140‑1 (MQ=17) atttttGCGCAATATAGCAATTTTACAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATTATGATTATAATGTAAAACAATGACCCAAAAg < 1:737783/139‑1 (MQ=17) tttttGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGa > 2:944765/1‑140 (MQ=255) tGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTACTGTTGATTATAATGTAACACAATTCCGTAAAAGATATg > 1:279820/1‑140 (MQ=255) tGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTTTAACTATTACGTAAAAGATATg < 1:487308/140‑1 (MQ=255) accacAATATAAAAATTTTAAAAATTCAATGAAATATAAAGATGTAGATATATCATATAATCCAGAGGTTCCGAGTTATGCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATg < 2:441299/136‑1 (MQ=17) cgcAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGAc > 2:878437/1‑140 (MQ=255) gcAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATCATCCAGAGTTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATGATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGataggcca > 2:160568/1‑135 (MQ=21) cAATCTCGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACAt < 1:112714/140‑1 (MQ=255) aattaGCAATGTTAAAGTTTTAATGAATAAAAAAGATGGAGAGATATCATATAATCCAGAGGTTCCCAGTTATTCCGCTCAATATCAATTCACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATAc < 2:27354/137‑1 (MQ=17) aaaGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACCGACGAATaaatc > 1:905145/1‑138 (MQ=11) aaGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATCAAgcg > 1:475196/1‑140 (MQ=255) aaGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAgcg < 2:777681/140‑1 (MQ=255) tctAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCG‑CCGa < 2:384194/138‑1 (MQ=255) tGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCG‑CCGAAGCtg < 1:765555/140‑1 (MQ=255) gAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACAAAAAAATAAAGAC‑CCGAAGCagt > 2:180068/1‑140 (MQ=17) aaTTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAAGAAAGCG‑CCGAAGCagta > 1:424629/1‑139 (MQ=255) aaGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCG‑CCGAAGCTGTTGTTGaaa > 2:773909/1‑140 (MQ=255) aGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCG‑CCGAAGCTGTTGTTGAAAg > 2:543679/1‑140 (MQ=255) aGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCG‑CCGAAGCTGTTGTTGAAAg > 2:336534/1‑140 (MQ=255) agaTATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAGTAAAGCG‑CCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAg > 1:681219/1‑140 (MQ=255) gaTATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTTAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCG‑CCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAgg < 1:990319/140‑1 (MQ=255) gaTATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCG‑CCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAgg < 1:944765/140‑1 (MQ=255) tatCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCACTATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAAGTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCG‑CCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAAt > 2:748874/1‑140 (MQ=255) aTCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCG‑CCGAAGCGGTTGTTGGAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGt > 1:824125/1‑140 (MQ=255) catagGTGCTGAGTTATTCAGATCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAAGAAAGCG‑CCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTtca < 2:420981/137‑1 (MQ=255) cAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCG‑CCGAAGCGGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTCAAAAGGTtca > 2:881839/1‑140 (MQ=255) gagGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCG‑CCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAAGTtcatc > 1:49836/1‑140 (MQ=255) tGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCG‑CCGCTGGTGCGGTTTAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATAAGtt > 1:431452/1‑140 (MQ=14) tGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCG‑CCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGtt > 1:715718/1‑140 (MQ=255) tGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCG‑CCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGtt > 1:46617/1‑140 (MQ=255) tGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAAAAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCG‑CCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGtt > 1:835775/1‑140 (MQ=255) ccGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTCAAACACTTACGTAAAAGATATGACATATCAA‑AAATTAAGAGTCCAAAGCAGGTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTgg > 2:963700/1‑140 (MQ=17) ccGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCG‑CCGAAGCAGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTgg > 2:771927/1‑140 (MQ=255) cGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCG‑CCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTgaa > 2:955826/1‑138 (MQ=255) cGAGGTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACACTTCCGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCG‑CCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATATAAAAGGTTCATCAGTTGGa > 1:38359/1‑140 (MQ=255) gTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCG‑CCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGatat < 1:336534/140‑1 (MQ=255) aTTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCG‑CCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATaaa < 2:147201/140‑1 (MQ=255) ttCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATTATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCG‑CCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATaaaa < 2:94265/140‑1 (MQ=255) tCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCG‑CCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATaaaaa < 1:604390/140‑1 (MQ=255) tCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCG‑CCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATaaaaa < 1:690848/140‑1 (MQ=255) | CTACTGAGGAAGTTAAAGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCG‑CCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATAAAAA > USA300TCH1516_ALE/111373‑111649 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |