Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 111,516 | 0 | C | A | 25.9% | 231.6 / 71.3 | 131 | Q196K (CAA→AAA) | USA300HOU_RS00520 | putative lipoprotein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (53/44); new base A (19/15); total (72/59) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 131 total aligned reads displayed.
GAAGTTAAAGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAAT‑ATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCG‑CCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATAAAAAAAT > USA300TCH1516_ALE/111381‑111652 | gAAGTTAAAGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAAATTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAat‑a < 1:775424/140‑1 (MQ=255) aaGTTAAAGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAat‑at > 2:131400/1‑140 (MQ=255) aaGTTAAAGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAat‑at > 1:888009/1‑140 (MQ=255) gTTAAAGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTTCTCTATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAAT‑ATCa > 2:329693/1‑140 (MQ=18) gTTAAAGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAAT‑ATCa > 2:464793/1‑140 (MQ=255) aaaGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGCGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAAT‑ATCAAtt < 2:211984/140‑1 (MQ=255) aaaGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAAT‑ATCAAtt > 1:898260/1‑140 (MQ=255) aaaGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAAT‑ATCAAtt > 2:401284/1‑140 (MQ=255) aaaGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAAT‑ATCAAtt > 1:179308/1‑140 (MQ=255) aaaGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACATTAAGTTGTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGATAAAT‑ATCAAtt > 2:917472/1‑140 (MQ=18) aagaagAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAAT‑ATCAATTa > 1:857374/1‑140 (MQ=255) aagaagAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAAT‑ATCAATTa > 1:772620/1‑140 (MQ=255) aagaagAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAAT‑ATCAATTa < 2:137627/140‑1 (MQ=255) aagaaAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAAT‑ATCAATTAACt < 2:810640/140‑1 (MQ=255) agaaAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTTTTTTTTTTTTCAATATAAAAGGTTTAATGAATTAAAAAGATGGAGATAGATTATATAATTTAGGGGTTCCGAGTTATTAAGATCAAT‑AAAAATTAAATa > 2:391415/1‑140 (MQ=12) aaaaaaCATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTACAT‑AGCAATTAACTa < 2:681793/138‑1 (MQ=18) gaaAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAAT‑ATCAATTAACTaa > 1:839843/1‑140 (MQ=255) gaaAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCACAAT‑ATCAATTAACTaa > 2:721556/1‑140 (MQ=255) gaaAACATAAAAAAAGAAATCAAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAAT‑ATCAATTAACTaa < 2:958040/140‑1 (MQ=255) aaaaCATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATCGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGATATATATCATATAAACCAGAGGTGGCGTGTTATTCAGCTCTAT‑ATCAATTAACTAat > 2:643017/1‑140 (MQ=18) aaaaCATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAAT‑ATCAATTAACTAat < 1:352096/140‑1 (MQ=255) aaaaCATAAAAAAAGAAAACGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATACATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAAT‑ATCAATTAACTAat < 1:457379/140‑1 (MQ=255) aaCATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGCTTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCTAACGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAAT‑ATCAATTAACTAatga > 1:222410/1‑140 (MQ=18) aTAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAAT‑ATCAATTAACTAAtgatga > 2:835490/1‑140 (MQ=255) tAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAAT‑ATCAATTAACTAATgataat > 1:359010/1‑140 (MQ=255) aaaaaaaGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAAT‑ATCAATTAACTAATGATGAtt < 1:758888/140‑1 (MQ=255) aaaaaaGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAAT‑ATCAATTAACTAATGATGATta > 1:142287/1‑140 (MQ=255) aaaaaaGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAAT‑ATCAATTAACTAATGATGATta < 1:979940/140‑1 (MQ=255) aaaaaGAAATCGAAAACTTTAAGTGTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATGATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAAT‑ATCAATTAACTAATGATGATtat < 1:675342/140‑1 (MQ=255) gaaaGAAATCGAAAACTTCAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAAT‑ATCAATTAACTAATGATGATtata < 1:54958/139‑1 (MQ=255) aaaaGAAATCGAAAACTTTATGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAAT‑ATCAATTAACTAATGATGATtata < 1:845457/140‑1 (MQ=255) aaaaGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAAT‑ATCAATTAACTAATGATGATtata < 2:770960/140‑1 (MQ=255) aaaaGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAAT‑ATCAATTAACTAATGATGATtata < 1:221322/140‑1 (MQ=255) aaaaGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAAT‑ATCAATTAACTAATGATGATtata < 2:188401/140‑1 (MQ=255) aaaGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAAT‑ATCAATTAACTAATGATGATTATaa > 2:859699/1‑140 (MQ=255) aaaGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATCGAGATATATCATATAATCCAGAGGGGCCGAGTTATTCGGCTAAAT‑ATCAATTAACTAATGATGATTATaa > 1:38337/1‑140 (MQ=255) aGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAAT‑ATCAATTAACTAATGATGATTATAATg < 1:24611/140‑1 (MQ=255) gAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAAT‑ATCAATTAACTAATGATGATTATAATGt > 1:933098/1‑140 (MQ=255) aatgtaaaaCTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAAT‑ATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTaa < 1:267861/135‑1 (MQ=255) aaTCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAAT‑ATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTaa < 1:270778/140‑1 (MQ=255) aaTCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAAT‑ATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTaa > 1:547032/1‑140 (MQ=255) aaTCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAAT‑ATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTaa < 1:817383/140‑1 (MQ=255) aaTCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAAT‑ATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTaa < 1:42253/140‑1 (MQ=255) ggcGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAAT‑ATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTaaa < 2:746456/138‑1 (MQ=255) aTCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAAT‑ATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTaaa > 1:840821/1‑140 (MQ=255) aTCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAAT‑ATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTaaa < 1:246785/140‑1 (MQ=255) atgtctgtAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAAT‑ATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACaa < 2:493144/133‑1 (MQ=18) aaaaCTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAAT‑ATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACaa < 1:975401/140‑1 (MQ=255) aaaCTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAAT‑ATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAAt < 1:1005946/140‑1 (MQ=255) aaCTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAAT‑ATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAACACAAtt > 1:90963/1‑140 (MQ=255) attAATTTTTTTGCGAAATATAGAAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAAT‑ATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACg < 1:292094/139‑1 (MQ=255) tAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTAGAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAAT‑ATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTa < 2:447279/140‑1 (MQ=255) aaGTTTTTTTTGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAAT‑ATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTaa > 2:880828/1‑140 (MQ=255) aaGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGCGTTATTGATCTCAAT‑ATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTaa > 1:229704/1‑140 (MQ=255) aGTTTTTTGCGCAAGATAGTAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAAT‑ATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCaaa > 1:552409/1‑140 (MQ=17) gTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAAT‑ATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTaaaa < 2:239993/140‑1 (MQ=255) ttttttGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAAT‑ATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAATAATTACGTAAAAg < 2:463914/140‑1 (MQ=255) ttttgtGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAAT‑ATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAg < 1:98462/140‑1 (MQ=17) atttttGCGCAATATAGCAATTTTACAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAAT‑ATCAATTAACTAATTATGATTATAATGTAAAACAATGACCCAAAAg < 1:737783/139‑1 (MQ=17) tGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAAT‑ATCAATTAACTACTGTTGATTATAATGTAACACAATTCCGTAAAAGATATg > 1:279820/1‑140 (MQ=255) tGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAAT‑ATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTTTAACTATTACGTAAAAGATATg < 1:487308/140‑1 (MQ=255) cgcAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAAT‑ATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGAc > 2:878437/1‑140 (MQ=255) cAATCTCGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAAT‑ATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACAt < 1:112714/140‑1 (MQ=255) aattaGCAATGTTAAAGTTTTAATGAATAAAAAAGATGGAGAGATATCATATAATCCAGAGGTTCCCAGTTATTCCGCTCAAT‑ATCAATTCACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATAc < 2:27354/137‑1 (MQ=17) aaGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAAT‑ATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAgcg > 2:934834/1‑140 (MQ=255) aaGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAAT‑ATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAgcg < 2:839580/140‑1 (MQ=255) aaGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAAT‑ATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAgcg < 2:777681/140‑1 (MQ=255) aaGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAAT‑ATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGACATGACATACCAACAAATAAAgcg > 2:152359/1‑140 (MQ=255) tttAATGAATTATAAAGTGGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAG‑TAACAAGCAATATGTTCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCG‑CCGa < 1:477737/140‑1 (MQ=17) gAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAAT‑ATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACAAAAAAATAAAGAC‑CCGAAGCagt > 2:180068/1‑140 (MQ=17) aaTTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAAT‑ATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAAGAAAGCG‑CCGAAGCagta > 1:424629/1‑139 (MQ=255) cagaaaGATGGAGATATATCATATTATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAAT‑ATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCG‑CCGAAGCTgttgtt < 2:245937/137‑1 (MQ=255) taAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGCGTTATTCAGCTCAAT‑ATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCG‑CCGAAGCTGTTGTTGa > 2:329037/1‑140 (MQ=255) taAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAAT‑ATCAATTAAATAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCG‑CCGAAGCTGTTGTTGa > 2:442399/1‑140 (MQ=255) aaGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAAT‑ATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCG‑CCGAAGCTGTTGTTGaaa > 2:773909/1‑140 (MQ=255) aaGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAAT‑ATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCG‑CCGAAGCTGTTGTTGaaa > 1:587522/1‑140 (MQ=255) aGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAAT‑ATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCG‑CCGAAGCTGTTGTTGAAAg > 2:336534/1‑140 (MQ=255) aGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAAT‑ATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCG‑CCGAAGCTGTTGTTGAAAg > 2:543679/1‑140 (MQ=255) agaTATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAAT‑ATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAGTAAAGCG‑CCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAg > 1:681219/1‑140 (MQ=255) atatatCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAAT‑ATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCG‑CCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAggg > 2:676490/1‑140 (MQ=255) atatatCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATGCAGCTCAAT‑ATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCG‑CCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTATAggg < 1:682922/140‑1 (MQ=255) atatCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAAT‑ATCAATTAAATCATGATGATTGTAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCG‑CCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGaa > 1:890020/1‑140 (MQ=255) tCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAAT‑ATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCG‑CCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGAGAAtgg > 1:931558/1‑138 (MQ=255) aTCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAAT‑ATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCG‑CCGAAGCGGTTGTTGGAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGt > 1:824125/1‑140 (MQ=255) catagGTGCTGAGTTATTCAGATCAAT‑ATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAAGAAAGCG‑CCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTtca < 2:420981/137‑1 (MQ=255) cagtagTGCCCAGTTATTCAGCTCATT‑ATCAACTACTCAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCG‑CCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTtca < 1:453566/135‑1 (MQ=17) gagGTGCCGAGTTATTCAGCTCAAT‑ATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCG‑CCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAAGTtcatc > 1:49836/1‑140 (MQ=255) tGCCGAGTTATTCAGCTCAAT‑ATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAACAAATGACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCG‑CAGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGtt > 1:835255/1‑140 (MQ=255) tGCCGAGTTATTCAGCTCAAT‑ATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCG‑CCGCTGGTGCGGTTTAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATAAGtt > 1:431452/1‑140 (MQ=14) tGCCGAGTTATTCAGCTCAAT‑ATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCG‑CCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGtt > 1:46617/1‑140 (MQ=255) tGCCGAGTTATTCAGCTCAAT‑ATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCG‑CCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGtt > 1:715718/1‑140 (MQ=255) tGCCGAGTTATTCAGCTCAAT‑ATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTAAGGAAAAGATATGACATACCAAAAAATAAAGAG‑CCGAAGCTGTTGTTGAAAAGTACAGAGAATTTAAAAGGATCATCAgat > 2:570390/1‑138 (MQ=17) ccGAGTTATTCAGCTCAAT‑ATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTCAAACACTTACGTAAAAGATATGACATATCAA‑AAATTAAGAGTCCAAAGCAGGTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTgg > 2:963700/1‑140 (MQ=17) ccGAGTTATTCAGCTCAAT‑ATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCG‑CCGAAGCAGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTgg > 2:771927/1‑140 (MQ=255) cGAGTTATTCAGCTCAAT‑ATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCG‑CCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTgaa > 2:955826/1‑138 (MQ=255) cGAGTTATTCAGCTCAAT‑ATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCG‑CCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGa > 2:732204/1‑140 (MQ=255) cGAGGTATTCAGCTCAAT‑ATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACACTTCCGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCG‑CCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATATAAAAGGTTCATCAGTTGGa > 1:38359/1‑140 (MQ=255) aTTCAGCTCAAT‑ATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCG‑CCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATaaa < 2:147201/140‑1 (MQ=255) ttCAGCTCAAT‑ATCAATTAACTAATGATTATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCG‑CCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATaaaa < 2:94265/140‑1 (MQ=255) gCTCAAT‑ATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCG‑CCAAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATaaaaaaag > 1:766766/1‑139 (MQ=255) | GAAGTTAAAGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAAT‑ATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCG‑CCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATAAAAAAAT > USA300TCH1516_ALE/111381‑111652 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |