Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*USA300TCH1516_ALE512,6430AG50.4% ‑6.4 / 172.0 135intergenic (+711/‑6052)recR/speA_2Recombination protein RecR/Arginine decarboxylase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (32/34);  new base G (32/35);  total (66/69)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.00e-01
Rejected as consensus: E-value score below prediction cutoff.
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold.

Only 100 of 141 total aligned reads displayed.

GGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAACATCAT  >  USA300TCH1516_ALE/512504‑512781
                                                                                                                                           |                                                                                                                                          
ggTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTta                                                                                                                                            <  1:282125/140‑1 (MQ=255)
 gtgtAATTTTTAATGTTGTTAAGTAGGTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAATAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTtaa                                                                                                                                           <  1:25401/140‑1 (MQ=255)
  tgtAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAACAACTTGAATTACTAACGAAAATAAATTTTAAAAAGTTATTGATTTAAATGTtatt                                                                                                                                          >  1:425152/1‑138 (MQ=255)
     agttaagcggctaagcggcgattgtaggcgaagttacggtccgctagagtagaacgttgacaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggccaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATaaa                                                                                                                                       <  2:91751‑M1/29‑1 (MQ=255)
      aTTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATaaaa                                                                                                                                      <  1:105046/140‑1 (MQ=255)
      aTTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATaaaa                                                                                                                                      >  2:293807/1‑140 (MQ=255)
      aTTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATaaaa                                                                                                                                      >  2:63955/1‑140 (MQ=255)
          aggtccatagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggaagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggataagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGta                                                                                                                                  >  2:838699‑M1/107‑140 (MQ=255)
           tACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGtat                                                                                                                                 >  1:870181/1‑140 (MQ=255)
            ctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggtgaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAACGTTGATAAAATGtata                                                                                                                                <  1:618097‑M1/36‑1 (MQ=255)
             tccttagcgtcgatggtagtggaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTAtaa                                                                                                                               <  1:608952‑M1/37‑1 (MQ=255)
                 tagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTAtaattaa                                                                                                                           >  2:728938‑M1/100‑140 (MQ=255)
                  gttAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTAtcattaat                                                                                                                          >  2:582306/1‑140 (MQ=255)
                  agcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaatgaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTAtaattaat                                                                                                                          >  1:137902‑M1/99‑140 (MQ=255)
                         atggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTc                                                                                                                   <  1:100737‑M1/49‑1 (MQ=255)
                         atggtagtcgaacttacgttacgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTc                                                                                                                   >  1:332108‑M1/92‑140 (MQ=255)
                           tttGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCgg                                                                                                                 >  2:607605/1‑140 (MQ=255)
                            gtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGt                                                                                                                <  2:789771‑M1/52‑1 (MQ=255)
                               gtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAg                                                                                                             <  2:938909‑M1/55‑1 (MQ=255)
                               aaaGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAg                                                                                                             >  1:767444/1‑140 (MQ=255)
                                aaGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGa                                                                                                            <  1:631372/140‑1 (MQ=255)
                                aaGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGa                                                                                                            >  2:390667/1‑140 (MQ=255)
                                     cttacggtccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAAt                                                                                                       >  2:184974‑M1/80‑140 (MQ=255)
                                         taGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAAc                                                                                                   <  1:713337/140‑1 (MQ=255)
                                           ttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACAt                                                                                                 <  1:837217‑M1/67‑1 (MQ=255)
                                               ttatttGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGaa                                                                                             >  1:661179/1‑140 (MQ=255)
                                                 atttGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAATAAAAATGAACATTGaaaa                                                                                           <  2:904508/140‑1 (MQ=255)
                                                    tgttgAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTg                                                                                        >  1:622165/1‑140 (MQ=255)
                                                    agtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttgaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGATGATAAAATGTATAATGAATTCTTGTCGGTAAGCAAAATGAACATTGGAAACTg                                                                                        <  2:792534‑M1/76‑1 (MQ=255)
                                                    agaagagcgtgcccaggcattttcttaatcatatttttgttaaaaaataaaatgaaaaaaataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTg                                                                                        >  2:857991‑M1/65‑140 (MQ=255)
                                                    actagaacgttcccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatagaaaaaataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTg                                                                                        >  2:546017‑M1/65‑140 (MQ=255)
                                                     gtagaacgttggcaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGa                                                                                       >  2:234908‑M1/64‑140 (MQ=255)
                                                        gAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAGTAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAGATGTATAAATTATTTTTTTTGTTAGGTAAAATGAAGAGTGAATACtttatt                                                                                    >  1:705234/1‑135 (MQ=255)
                                                          acgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGAc                                                                                  <  1:961435‑M1/82‑1 (MQ=255)
                                                           gCAAACCAAACATCTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTAAAATTTTAATAAACTGTATAATTAATTATTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATAACa                                                                                 >  2:478969/1‑140 (MQ=255)
                                                           gCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACa                                                                                 >  1:104598/1‑140 (MQ=255)
                                                            taaactaaaaaACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACaa                                                                                <  2:745969/139‑1 (MQ=255)
                                                              cgccatgtatttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAata                                                                              >  1:931135‑M1/55‑140 (MQ=255)
                                                                 caggcagttttttaatcaaatttttgttaaaaaatagaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGGTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGt                                                                           >  2:729523‑M1/52‑140 (MQ=255)
                                                                 aaaacaaCTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAAAATTGAAAACTGAATGAAAAAATgg                                                                           >  1:904372/1‑139 (MQ=255)
                                                                  aaacaaCTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATAAAATTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTGGGCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGAACATATGTc                                                                          >  2:23864/1‑140 (MQ=255)
                                                                   ggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCa                                                                         >  2:362620‑M1/50‑140 (MQ=255)
                                                                     cagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAAc                                                                       >  1:365836‑M1/48‑140 (MQ=255)
                                                                      aactcaactTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATAGACTTCAATGCTAATAAAATGCATAATTTATGCTTGTCGGCAAGAAAAATGAACATAGAAAACTGAATGACAATATGTCAACg                                                                      >  1:38325/1‑140 (MQ=255)
                                                                          ttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTaa                                                                  <  2:338581‑M1/98‑1 (MQ=255)
                                                                            ttaatcaaattttggttaaaaaataagatggaccagataaAAAAAGTTATTGACTTAACTGTTGATAAGATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAGCTGAATGACAATATGTCAACGTTAAtt                                                                <  2:607433‑M1/100‑1 (MQ=255)
                                                                             taatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGGTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTc                                                               >  1:331844‑M1/40‑140 (MQ=255)
                                                                             ctTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAGACGGAATGACAATATGTCAACGTTAATTc                                                               <  1:485001/140‑1 (MQ=255)
                                                                              ttAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTcc                                                              <  2:870181/140‑1 (MQ=255)
                                                                              ttAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTcc                                                              <  2:870532/140‑1 (MQ=255)
                                                                              aatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTATGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATATCAAAGTTAATTcc                                                              <  1:54788‑M1/102‑1 (MQ=255)
                                                                              aatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTcc                                                              <  2:860893‑M1/102‑1 (MQ=255)
                                                                              aatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGAACATATGTCAACGTTAATTcc                                                              <  1:207856‑M1/102‑1 (MQ=255)
                                                                                 aaaattttggtttataaataaaataaaaaaaaaaaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAAcgttaataaaaaa                                                           >  2:540107‑M1/36‑134 (MQ=255)
                                                                                 aGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaaa                                                           <  2:52916/140‑1 (MQ=255)
                                                                                         cTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGATATATACTTAAATGTTAAGAATACGTATAATTAATTCTTGTCGGTCAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGaaa                                                   >  1:893395/1‑140 (MQ=37)
                                                                                          gttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAAc                                                  >  1:758486‑M1/27‑140 (MQ=255)
                                                                                             aaTTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACtta                                               <  1:63955/140‑3 (MQ=255)
                                                                                                gaCTAACGAAAATTAACTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAg                                            <  2:596622/139‑1 (MQ=255)
                                                                                                 tcaaaCGAAAATTAATTTTAAAAAGATATCGACTTAAATGTAAATAAAATGTATAATTAATTCAAAAAAAAAAAAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGt                                           <  2:390338/137‑1 (MQ=18)
                                                                                                 aCTAACGAAAATTAATTTCAAGAAGTTGTTGCATTAAAGGTTAATAAACTGTATAATTCATGCTCGTCGGTAAGAAAAGTGAACATTGCAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATaatt                                           <  2:230528/140‑3 (MQ=21)
                                                                                                   aaaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTCATAAAATGTATATTAAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAACACTGAATGACAATATGTCAACGTTAAGTCCAAAAATCGTAACTATAAGTTa                                         >  2:373449‑M1/18‑140 (MQ=255)
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                                                                                                          gacaagataaAAAAAGTTATTGAGTTTAATGTTGATAAAATGTATATTTTATTCTTGTAGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTGTAAGTTACAAACat                                  >  2:682558‑M1/11‑140 (MQ=255)
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                                                                                                              agataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAAAGTCACTATAAGTTCCAAACattatt                              <  2:831450‑M1/134‑1 (MQ=255)
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                                                                                                                      aaaGTTGTTGACTTAAATGTTGATAAAATTTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTAttt                      <  2:627652/140‑1 (MQ=255)
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                                                                                                                       aaGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTa                     >  1:917102/1‑140 (MQ=255)
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                                                                                                                        aGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTCAt                    >  1:984095/1‑140 (MQ=255)
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                                                                                                                               gACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTaa             <  2:21275/140‑1 (MQ=255)
                                                                                                                               gACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAAGGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAAAAAAAAATAAAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTaa             <  2:292913/140‑1 (MQ=21)
                                                                                                                               gACTTAAATGGTGAGAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTaa             <  2:570932/140‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                  ttAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCAGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCa          <  2:318207/140‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                   tAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCaa         >  1:539953/1‑140 (MQ=255)
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                                                                                                                                         ttAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGCAAGAAAAATGAACATTGAAATCTGAATGACAATATGTCATTGTTAAGTGCAAAAAACGTAACGATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAAcatca   <  1:349946/140‑1 (MQ=18)
                                                                                                                                           |                                                                                                                                          
GGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAACATCAT  >  USA300TCH1516_ALE/512504‑512781

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑