| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 39,672 | C→A | V488F (GTT→TTT) | pbp ← | Beta‑lactam‑inducible penicillin‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 39,672 | 0 | C | A | 98.8% | 244.2 / NA | 81 | V488F (GTT→TTT) | pbp | Beta‑lactam‑inducible penicillin‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base A (49/30); total (51/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AAAGGATCTGTACTGGGTTAATCAGTATTTCACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAACACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAATGTTATCTGATGATTCTATTGCTTGTTTTAAGTCGATATTACCATTTACCACTTCATATCTTGTAA > USA300TCH1516_ALE/39537‑39806 | aaaGGATCTGTACGGGGTTAATCAGTATTTCACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCt < 2:597945/140‑1 (MQ=255) gATCTGTACTGGGTTAATCAGTATTTCACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGtt > 1:420934/1‑140 (MQ=255) gATCTGTACTGGGTTAATCAGTATTTCACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAAtt > 1:764826/1‑140 (MQ=255) gATCTGTACTGGGTTAATCAGTATTTCACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCAACAAAACCTAGtt > 1:535582/1‑140 (MQ=255) 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(MQ=255) cTGGGTTAATCAGTATTTCACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATg > 2:431334/1‑140 (MQ=255) cTGGGTTAATCAGTATTTCACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTGGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCAta > 2:797473/1‑139 (MQ=255) tGGGTTAATCAGTATTTCACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGc < 1:806288/140‑1 (MQ=255) tAATCAGTATTTCACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCtttt < 1:778180/140‑1 (MQ=255) aTCAGTATTTCACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTc < 1:182186/140‑1 (MQ=255) tCAGTATTTCACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATTTTTCATTATCTAAATTTTCGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACTAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCa < 1:647314/140‑1 (MQ=255) tCAGTATTTCACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCa < 2:293688/140‑1 (MQ=255) tCAGTATTTCACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCa < 1:737043/140‑1 (MQ=255) tCAGTATTTCACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCa > 2:59544/1‑140 (MQ=255) tCAGTATTTCACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATAACTTCACCAAAACCTAGTCTTTTCATGCCTTTTTCa > 2:68560/1‑140 (MQ=255) tATTTCACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAAtt > 1:819174/1‑140 (MQ=255) tATTTCACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAAtt > 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> 1:564731/1‑140 (MQ=255) tGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTg > 1:152893/1‑140 (MQ=255) gCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTActct > 1:534873/1‑140 (MQ=255) cTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTa > 1:105361/1‑140 (MQ=255) cTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTCTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGAATAATCACTTGGTATATCTTCACCGAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTa > 1:648677/1‑140 (MQ=255) ataataTTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAAACTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCa > 2:63419/1‑140 (MQ=255) ataataTTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTAACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATCTCTTACTGCCTAATTCGAGTGATACTCTAGCa 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(MQ=255) tAATCACTTGGTATATCTTCACCACAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAATGTTATCTGATGATTCTATTGCTTGTGTGAGGTCGATATTACCAtt < 2:714355/140‑1 (MQ=255) tAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAATGTTATCTGATGATTATATTGCTTGTTTTAAGTCGATATTACCAtt > 2:189482/1‑140 (MQ=255) tAATCACTTGGTATAGCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAATGTTATCTGATGATTCTATTGCTTGTTTTAAGTCGATATTACCAtt > 1:746788/1‑140 (MQ=255) aaTCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTCATCTAGCAAAGAAAATGTTATCTGATGATTCTATTGCTTGTTTTAAGTCGCGATTACCAttt > 2:852003/1‑140 (MQ=255) cACTTGGTATTTCTTCACCATAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAATGTTATCTGATGATTCTATTGCTTGTTTTAAGTCGATATTACCATTTAcc < 2:61433/140‑1 (MQ=255) cACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTTTTTTTTTTTTCTTCCTAATTCGAGGGCTACTCTAGCAAAGAATGTGTTGTTTGATGATTCTTTTGCTTGTTTTCAGTCTATATTACTATTTTcc > 2:714784/1‑140 (MQ=255) cACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAATGTTATCTGATGATTCTATTGCTTGTTTTAAGTCGATATTACCATTTAcc > 2:642637/1‑140 (MQ=255) cTTGGTATATCTTCACCCGTGTCAAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAATGTTATCTGATGATTCTATTGCTTGTTTTAAGTCGATATTACCATTTAccgc > 2:216371/1‑138 (MQ=255) tatCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCACAGCGAGACAAAGTGGGTGATTCTATTGCTTGTTTTAAGTCGATATTACCATTTACCACTTCatat > 1:986614/1‑140 (MQ=255) tatCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATCCTAGTGGTCCTTTTTCTAGGAAAATGTTATCTGGTGATGCGATTGCTTGTGTTAAGTCGATATTACCATTTGCCACTTCatat > 1:990578/1‑140 (MQ=255) tCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAATGTTATCTGATGATTCTATTGCTTGTTTTAAGTCGATATTACCATTTACCACTTCATATCt < 1:795352/140‑1 (MQ=255) aCCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAATGTTATCTGATGATTCTATTGCTTGTTTTAAGTCGATATTACCGTTTACCACTTCATTTCTTGTaa > 1:263631/1‑140 (MQ=255) | AAAGGATCTGTACTGGGTTAATCAGTATTTCACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAACACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAATGTTATCTGATGATTCTATTGCTTGTTTTAAGTCGATATTACCATTTACCACTTCATATCTTGTAA > USA300TCH1516_ALE/39537‑39806 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |