Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | USA300TCH1516_ALE | 933,033 | T→C | intergenic (‑74/‑27) | nfuA ← / → USA300HOU_RS04645 | Fe/S biogenesis protein NfuA/hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 933,033 | 0 | T | C | 98.9% | 282.8 / NA | 87 | intergenic (‑74/‑27) | nfuA/USA300HOU_RS04645 | Fe/S biogenesis protein NfuA/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base C (37/49); total (37/50) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
TGGACGAAGACGTTCAATAACTTCTGCTACTTGATCAAACATCGTTGTATCTTCAGTAGGCATCAGGCAAGTCTCCTTTCGAGAGATGAATTTGATAATCTTTATTAGTATATTATAATAGATAGTGTAATAAAAATCTATCAAACCAATGGGGGATAAATATATGGAGCACGTGAGTGTGGTAGTTTATGGGGCAGATGTTATATGTGCAAGTTGCGTTAATGCGCCAACATCGAAAGATATTTATGACTGGCTACAGCCGCTATTAAAAAG > USA300TCH1516_ALE/932897‑933169 | tGGACGAAGACGTTCAATAACTTCTGCTACTTGATCAAACATCGTTGTATCTTCAGTAGGCATCAGGCAAGTCTCCTTTCGAGAGATGAATTTGATAATCTTTATTAGTATATTATAATAGATAGTGTAATAAAAACCTa < 2:438534/140‑1 (MQ=255) cgcaGACGTTCAATAACTTCTGCTACTTGATCAAACATCGTTGTATCTTCAGTAGGCATCAGGCAAGTCTCCTTTCGAGAGATGAATTTGATAATCTTTATTAGTATATTATAATAGATAGTGTAATAAAAACCTATCaa < 2:820095/137‑1 (MQ=255) aGACGTTCAATAACTTCTGCTACTTGCTCAAACATCGTTGTATCTTCAGTAGGCATCAGGCAAGTCTCCTTTCGAGAGATGAATTTGATAATCTTTATTAGTATATTATAATAGATAGTGTAATACAAACCTATCAAAcc > 2:152278/1‑140 (MQ=255) aCGATCAATCACTTCTGCTACTTGATCAAACATCGTTGTATCTTCAGTAGGCATCAGGCAAGTCTCCTTTCGAGAGATGAATTTGATAATCTTTATTAGTATATTATAATAGATAGTGTAATAAAAACCTATCAAACCaa < 2:613394/140‑1 (MQ=255) aCGATCAATAACTTCTGCTACTGGATCAAACATCGTTGTATCTTCAGTAGGCATCAGGCAAGTCTCCTTTCGAGAGATGAATTTGACAATCTTTATTAGTATATTATAATAGATAGTGTAATAAAAACCTATCAAACCaa < 2:613389/140‑1 (MQ=255) cGTTCAATGACTTCTGCTACTTGATCAAACATCGTTGTATCTTCAGTAGGAATCAGGCAAGTCTCCTTTCGAGAGATGAATTTGATGATCTTTATTAGTATATTATAATAGATAGTGTAATAAAAACCTATCAAACCAAt > 2:741182/1‑140 (MQ=255) gTTCAATAACTTCTGCTACTTGATCAAACATCGTTGTATCTTCAGTAGGCATCAGGCAAGTCTCCTTTCGAGAGATGAATTTGATAATCTTTATTAGTATATTATAATAGATAGTGTAATAAAAACCTATCAAACCAATg < 2:402173/140‑1 (MQ=255) tCAATAACTTCTGCTACTTGATCAAACATCGTTGTATCTTCAGTAGGCATCAGGCAAGTCTCCTTTCGAGAGATGAATTTGATAATCTTTATTAGTATATTATAATAGATAGTGTAATAAAAACCTATCAAACCAATggg < 2:591246/140‑1 (MQ=255) tCAATAACTTCTGCTACTTGATCAAACATCGTTGTATCTTCAGTAGGCATCAGGCAAGTCTCCTTTCGAGAGATGAATTTGATAATCTTTATTAGTATATTATAATAGATAGTGTAATAAAAACCTATAAAACCAATggg > 2:810807/1‑140 (MQ=255) aaCTTCTGCTACTTGATCAAACATCGCTGTATCTTCAGTAGGCATCAGGCAAGTCTCCTTTCGAGAGATGAATTTGATAACCTTTATTAGTATCATTTAATATATAGTTTAATAAAAACCTATCAAACCAATAGGGGATa > 2:601385/1‑140 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ggCATCAGGCAAGTCTCCTTTCGAGAGATGAATTTGATAATCTTTATTAGTATATTATAATAGATAGTGTAATAAAAACCTATCAAACCAATGGGGGATAAATATATGGAGCACGTGAGTGGGGTAGTTTATGGGGCAGa > 2:201066/1‑140 (MQ=255) ggCAAGTCTCCTTTCGAGAGATGAATTTGATAATCTTTATTAGTATATTATAATAGATAGTGTAATAAAAACCTATCAAACCAATGGGGGATAAATATATGGAGCACGTGCGGGGGGTAGTTTATGGGGCAGATGTtgta > 1:427909/1‑140 (MQ=255) ggCAAGTCTCCTTTCGAGAGATGAATTTGATAATCTTTATTAGTATATTATAATAGATAGTGTAATAAAAACCTATCAAACCAATGGGGGATAAATATATGGAGCACGTGAGTGTGGTGGTTTATGGGGCAAAAGTtata > 1:428014/1‑140 (MQ=255) ggCAAGTCTCCTTTCGAGAGATGAATTTGATAATCTTTATTAGTATATTATAATAGATAGTGTAATAAAAACCTATCAAACCAATGGGGGATAAATATATGGAGCACGTGAGTGTGGTAGTTTATGGGGCAGATGTtata > 2:596654/1‑140 (MQ=255) ggCAAGTCTCCTTTCGAGAGATGAATTTGATAATCTTTATTAGTATATTATAATAGATAGTGTAATAAAAACCTATCAAACCAATGGGGGAGAAATATATGGAGCACGTGAGGGTGGTAGTTTATGGGGCAGATGTtata > 2:236459/1‑140 (MQ=255) cAAGTCTCCTTTCGAGAGATGAATTTGATAATCTTTATTAGTATATTATAATAGATAGTGTAATAAAAACCTATCAAACCAATGGGGGATAAATATATGGAGCACGTGAGTGTGGTAGTTTATGGGGCAGATGTTATAtg < 1:452590/140‑1 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2:927685/140‑1 (MQ=255) ataataGATAGTGTAATAAAAACCTATCAAACCAATGGGGGATAAATATATGGAGCACGTGAGTGTGGTAGTTTATGGGGCAGATGTTATATGTGCAAGTTGCGTTAATGCGCCAACATCGAAAGATATTTATGACTGGc < 1:187496/140‑1 (MQ=255) ataataGATAGTGTAATAAAAACCTATCAAACCAATGGGGGATAAATATATGGAGCACGTGAGTGTGGTAGTTTATGGGGCAGATGTTATATGTGCAAGTTGCGTTAATGCGCCAACATCGAAAGATATTTATGACTGGc < 2:835768/140‑1 (MQ=255) ataataGATAGTGCAATAAAAACCTATCAAACCAATGGGGGATAAATATATGGAGCACGTGAGTGTGGTAGTTTATGGGGCAGATGTTATATGTGCAAGTTGCGTTAATGCGCCAACATCGAAAGATATTTATGACTGGc < 1:244514/140‑1 (MQ=255) aataGATAGTGTAATAAAAACCTATCAAACCAATGGGGGATAAATATATGGAGCACGTGAGTGTGGTAGTTTATGGGGCAGATGTTATATGTGCAAGTTGCGTTAATGCGCCAACATCGAAAGATATTTATGACTGGCTa > 2:379170/1‑140 (MQ=255) aataGATAGTGTAATAAAAACCTATCAAACCAATGGGGGATAAATATATGGAGCACGTGAGAGTGGTAGTGTATGGGGCAGATGTTATATGTGCAAGTTGCGTTAATGCGCCAACATCGAAAGATATTTATGACTGGCTa > 2:534163/1‑140 (MQ=255) aataGATAGTGTAATAAAAACCTATCAAACCAATGAGGGATAAATATATAGAGCACGTGAGTGTGGTAGTTTATGGGGCAGATGTTATATGTGCAAGTTGAGTTAATGCGCCAACATCGAAAGAAATTTATGAATGGCTa > 2:39438/1‑140 (MQ=255) atagatagTGTAATAAAAACCTATCAAACCAATGGGGGATAAATATATGGAGCACGTGAGTGTGGTAGTTTATGGGGCAGATGTTATATGTGCAAGTTGCGTTAATGCGCCAACATCGAAAGATATTTATGACTGGCTAc > 1:658587/1‑140 (MQ=255) tagatagTGTAATAAAAACCTATCAAACCAATGGGGGATAAATATATGGAGCACGTGAGTGTGGTAGTTTATGGGGCAGATGTTATATGTGCAAGTTGCGTTAATGCGCCAACATCGAAAGATATTTATGACTGGCTACa < 1:347663/140‑1 (MQ=255) aagatagTGTAATAAAAACCTATCAAACCAATGGGGGATAAATATATGGAGCACGTGAGTGTGGTAGTTTATGGGGCAGATGTTATATGTGCAAGTTGCGTTAATGCGCCAACATCGAAAGATATTTATGACTGGCTACa < 1:604877/139‑1 (MQ=255) atagTGTAATAAAAACCTATCAAACCAATGGGGGATAAATATATGGAGCACGTGAGTGTGGTAGTTTCTGGGGCAGATGTTATCTGTGCAAGTTGCGTTAATGCGCCAACATCGAACGATATTTATGACTGGCTACAGcc < 2:586073/140‑1 (MQ=255) ttgtggAATAAAAATCTATCAACCCAATGGGGGATAAATATATGGAGCACGTGAGTGTGGTAGTTTATGGGGCAGATGTTATATGTGCAAGTTGCGTTAATGCGCCAACATCGAAAGATATTTATGACTGGCTACAGCCg < 2:86115/138‑1 (MQ=255) tagTGTAATAAAAACCTATCAAACCAAAGGGAGATAAATATATGGAGCACGTGAGTGTGGTAGTTTATGGGGCAGATGTTATATGTGCAAGTTGCGTTAATGCGCCAACATCGAAAGATATTTATGACTGGCTACAGCCg < 1:379264/140‑1 (MQ=255) tagTGTAACTAAAACCGTTCAAACCAATGGTGGATAAATAGATGGAGCACGTGAGTGTGGTAGTTTATGGGGCAGATGTTATATGTGCAAGTTGCGTTAATGCGCCAACATCGAAAGATATTTATGACTGGCTACAGCCg < 1:76406/140‑1 (MQ=255) gtgtAATAAAAACCTATCAAACCAATGGGGGATAAATATATGGAGCACGTGAGTGTGGTAGTTTATGGGGCAGATGTTATATGTGCAAGTTGCGTTAATGCGCCAACATCGAAAGATATTTATGACTGGCTACAGCCGCt > 1:663536/1‑140 (MQ=255) gtgtAATAAAAACCTATCAAACCAATGGGGGATAAATATATGGAGCACGTGAGTGTGGTAGTTTATGGGGCAGATGTTATATGTGCAAGTTGCGTTAATGCGCCAACATCGAAAGATATTTATGACTGGCTACAGCCGCt > 2:891703/1‑140 (MQ=255) gtgtAATAAAAACCTATCAAACCAATGGGGGATAAATATATGGAGCACGTGAGTGTGGTAGTTTATGGGGCAGATGTTATATGTGCAAGTTGCGTTAATGCGCCAACAGCGAAAGATATTTATGACTAGCTACAGCCGCt > 1:104122/1‑140 (MQ=255) tgtAATAAAAACCTATCAAACCAATGGGGGATAAATATATGGAGCACGTGAGTGTGGTAGTTTATGGGGCAGATGTTATATGTGCAAGTTGCGTTAATGCGCCAACATCGAAAGATATTTATGACTGGCTACAGCCGCTa > 1:144135/1‑140 (MQ=255) tgtAATAAAAACCTATCAAACCAATGGGGGATAAATATATGGAGCACGTGAGTCTGGTAGTTTATGGGGCAGATGTTATATGTGCAAGTTGCGTTAATGCGCCAACATCGAAAGATATTTATGACTGGCTACAGCCGCtc > 1:675186/1‑139 (MQ=255) aaaaCCTATCAAACCAATGGGGGATAAATATATGGAGCACGTGAGTGTGGTAGTTTATGGGGCAGATGTTATATGTGCAAGTTGCGTTAATGCGCCAACATCGAAAGATATTTATGACTGGCTACAGCCGCTATTaaaaa > 2:286027/1‑140 (MQ=255) aaaaCCTATCAAACAAATGGGGGATAAATATATGGAGCACGTGAGTGTGGTAGTTTATGGGGCAGATGTTATATGTGCAAGTTGCGTTAATGCGCCAACATCGAAAGATATTTATGACTGGCTACAGCCGCTATTaaaaa < 2:146852/140‑1 (MQ=255) aaaCCTATCAAACCAATGGGGGATAAATGTATGGAGCACGTGAGTGTGGTAGTTTATGGGGCAGATGTTATATGTGCAAGTTGCGTTAATGCGCCAACATCGAAAGATATTTATGACTGGCTGACGCCGCTTTTAAagag > 2:867088/1‑140 (MQ=255) aaaCCTATCAAACCAATGGGGGATAAATATATGGAGCACGTGAGTGTGGTAGTTTATGGGGCAGATGTTATATGTGCAAGTTGCGTTAATGCGCCAACATCGAAAGATATTTATGACTGGCTACAGCCGCTATTAAAAAg < 2:671028/140‑1 (MQ=255) aaaCCTATCAAACCAATGGGGGATAAAGATATGGAGCACGTGAGTGTGGTAGTTTATGGGGCAGATGTTATATGTGCAAGTCGCGTTAATGCGCCAACATCGAAAGATATTTATGACTGGCTACAGCCGCTATTAAAAAg < 1:602719/140‑1 (MQ=255) | TGGACGAAGACGTTCAATAACTTCTGCTACTTGATCAAACATCGTTGTATCTTCAGTAGGCATCAGGCAAGTCTCCTTTCGAGAGATGAATTTGATAATCTTTATTAGTATATTATAATAGATAGTGTAATAAAAATCTATCAAACCAATGGGGGATAAATATATGGAGCACGTGAGTGTGGTAGTTTATGGGGCAGATGTTATATGTGCAAGTTGCGTTAATGCGCCAACATCGAAAGATATTTATGACTGGCTACAGCCGCTATTAAAAAG > USA300TCH1516_ALE/932897‑933169 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |