| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 629,681 | C→A | L84I (CTA→ATA) | USA300HOU_RS02990 → | 3‑hexulose‑6‑phosphate synthase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 629,681 | 0 | C | A | 98.7% | 234.0 / NA | 74 | L84I (CTA→ATA) | USA300HOU_RS02990 | 3‑hexulose‑6‑phosphate synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base A (42/31); total (43/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ACGAAGGTTTACCAGCAGTTAAACATATGGCAGACAACATTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTACAATACTAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCAAAAGAACTAGATGAAATGG > USA300TCH1516_ALE/629544‑629810 | aCGAAGGTTTACCAGCAGTTAAACATATGGCAGACAACATTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTACAataata > 1:237620/1‑140 (MQ=255) ttACCAGCAGTTAAACATATGGCAGACAACATTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGc > 1:89064/1‑140 (MQ=255) tACCAGCAGTTAAACATATGGCAGACAACATTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCa > 2:585452/1‑140 (MQ=255) acaagcagTTAAACATATGGCAGACAACATTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCag < 1:278727/137‑1 (MQ=255) aaCATATGGCAGACAACATTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCa > 1:434538/1‑140 (MQ=255) aCATATGGCAGACAACATTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCaa < 1:998999/140‑1 (MQ=255) cATACGGCAGACAACATTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAAt < 1:162904/140‑1 (MQ=255) tatGGCAGACAACATTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTa > 2:616818/1‑140 (MQ=255) tGGCAGACAACATTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTaaa < 1:700537/140‑1 (MQ=255) gCAGACAACATTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAACACCAGTCTC‑GATAAAAGCACAATCAAAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAagc > 1:725960/1‑140 (MQ=255) gCAGACAACATTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAagc > 1:101647/1‑140 (MQ=255) aacaTTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGACGATGCATCAATTAAAGCAGCAAt > 2:686855/1‑140 (MQ=255) aacaTTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAGTTAAAGCAGCTAt > 1:474709/1‑140 (MQ=255) aacaTTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTAt < 2:175342/140‑1 (MQ=255) aacaTTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTAt < 2:630272/140‑1 (MQ=255) aacaTTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTAt > 2:687351/1‑140 (MQ=255) caTTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTg < 2:183864/140‑1 (MQ=255) caTTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTg < 1:203766/140‑1 (MQ=255) aaTTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTg < 1:820381/139‑1 (MQ=255) ttAGTAATGTAAAAGTATGAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTAAAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTgaa < 1:42585/140‑1 (MQ=255) aGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCGAGCAATTAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTgaaga > 1:564725/1‑140 (MQ=255) aGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATCATAGATGCAGATGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTtaaga < 1:683450/140‑1 (MQ=255) tAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATCGATGTAGCTGATTCTGAAGTTAACCAATCAAGTAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCAt > 2:709273/1‑140 (MQ=255) aaaaGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATa < 1:98067/140‑1 (MQ=255) aaGTATTAGCAGACATGAAAGTTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGAAATTAA‑ATTTGGCGCGGAGGTAATTACAATAACAGGTGTTGCAGAAGATGCCTCAATTAAAGCAGCTATTAAAGAAGCTCATaaa > 1:629200/1‑140 (MQ=255) aaGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGCTGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAACAATAAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATaaa > 1:265771/1‑140 (MQ=255) aaGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATaaa < 2:756748/140‑1 (MQ=255) aGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGGCAAGAAGATAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTACAATACTATGTGCTGCAGAAGATGCAGCAATTAAAGAAGCTGTTGAAGAAGCTGATaaaa > 2:787141/1‑140 (MQ=255) aGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATaaaa < 1:656570/140‑1 (MQ=255) aGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCACCGCATTATAGATATATTCAAGCAATTAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAACGCAGCTATTGAAGACGCTCATaaca < 2:207508/140‑3 (MQ=255) tAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGAAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAaataaa > 2:398191/1‑139 (MQ=255) aGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAataata < 2:847763/140‑1 (MQ=255) gCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGTTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAAAAGCTCATAAAAGtaataa > 2:346485/1‑140 (MQ=255) aGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGACGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAAAAATAAAc > 2:802979/1‑140 (MQ=255) cATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAAt < 2:122285/140‑1 (MQ=255) aTGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAAtt < 1:967221/140‑1 (MQ=255) aaaaTTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACt > 2:12380/1‑140 (MQ=255) aaaaTTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAAAAAACAAATACt > 2:127208/1‑140 (MQ=255) aaaTTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTAATa > 1:156808/1‑140 (MQ=255) aaTTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAg > 2:494693/1‑140 (MQ=255) aaTTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAg > 1:18506/1‑140 (MQ=255) tataGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCATCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTg < 2:810420/140‑1 (MQ=255) tGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGa < 2:978572/140‑1 (MQ=255) cTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCt < 1:951203/140‑1 (MQ=255) gATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGt > 1:26319/1‑140 (MQ=255) gATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGt > 2:593381/1‑140 (MQ=255) tATGAAGTTAGCCAAGAAATTAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGAATCAATTAAAGCAGCTATTGCAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCGGttga > 2:203271/1‑138 (MQ=255) gAAGTTAGCCAAGCAATTAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGa > 2:584472/1‑140 (MQ=255) aaGTTAGCCAAGCAATTAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTAAAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGAt < 2:434538/140‑1 (MQ=255) aGCAATTAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAAc > 2:362970/1‑140 (MQ=255) aGCAATAAA‑ATTTGGCGCGGATATAATTACTATAATAGGTGTTGCAGAAGAAGCATCAATTAAAGCAGCTTTTGAAGAAGATCATAAAACTAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAAc > 2:132452/1‑140 (MQ=255) gCAATTAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGCTTTAGAAAAACg > 1:388199/1‑140 (MQ=255) gCAATTAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGACTTAGAAAAACg > 2:865911/1‑140 (MQ=255) gCAATTAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGATAATAAAAAAAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACg > 2:707591/1‑140 (MQ=255) gCAATTAA‑ATTTGGCGCGGATATAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACg > 1:339687/1‑140 (MQ=255) cAATTAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCTTAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGt < 1:604047/140‑1 (MQ=255) cAATTAA‑ATTTGGCGCGGATGTAAGTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGt < 2:516285/140‑1 (MQ=255) cAATTAA‑AGTTGGCGCGGATGTAATAAAAATAAAAGGTGTTGAAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTAATAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGt < 1:36493/140‑1 (MQ=255) aaTTAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTg < 1:849609/140‑1 (MQ=255) aTTAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCGGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGc < 2:177229/140‑1 (MQ=255) aTTAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGc > 1:900810/1‑140 (MQ=255) ttAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCa > 1:594017/1‑140 (MQ=255) tAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGtcgaa > 2:77335/1‑136 (MQ=255) aa‑aTTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCaaa > 1:789201/1‑140 (MQ=255) aa‑aTTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCaaa > 1:197174/1‑140 (MQ=255) tttGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAAAGTGCAAAAGa > 2:658891/1‑140 (MQ=255) tGGCGCGTAAGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCAAAAGAAc < 1:18958/140‑1 (MQ=255) ggCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCATGATTTAGAAAAACGTGCAAAAGAACt < 2:623546/140‑1 (MQ=255) gacgccGATGTAATTACAATAATAGCTGTTACAGAAGATGCATCTATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAAGAAACAATTACAAGGTGATAGGATTGGTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCAAAAGacat > 2:82084/3‑137 (MQ=255) gcgGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCAAAAGAACTAGa > 1:109037/1‑140 (MQ=255) gATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAAAATGCAAAATAACTAGATGa > 1:879375/1‑140 (MQ=255) taataaCAATAATAGGTGTTGAAGAGGATGAATCAATTAAAGAAGATATTGAAGAAGCACATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGAAAAAAAAAAAAAAAAACGTGCAAAAGAACTAGATGAAATg < 2:716716/140‑1 (MQ=255) aaTTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCAAAAGAACTAGATGAAATgg > 1:438447/1‑140 (MQ=255) aaTTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCAAAAGAACTAGATGAAATgg > 1:11772/1‑140 (MQ=255) aaTTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCAAAAGAACTAGATGAAATgg < 2:89064/140‑1 (MQ=255) | ACGAAGGTTTACCAGCAGTTAAACATATGGCAGACAACATTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTACAATACTAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCAAAAGAACTAGATGAAATGG > USA300TCH1516_ALE/629544‑629810 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |