| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,056,257 | C→A | 12.8% | intergenic (‑76/+120) | patA_2 ← / ← mdoC | Putative N‑acetyl‑LL‑diaminopimelate aminotransferase/Glucans biosynthesis protein C |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,056,257 | 0 | C | A | 12.8% | 147.0 / 3.4 | 58 | intergenic (‑76/+120) | patA_2/mdoC | Putative N‑acetyl‑LL‑diaminopimelate aminotransferase/Glucans biosynthesis protein C |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (26/23); new base A (3/6); total (29/29) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.70e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TTTGAAAATTGGCGAATACTTGGTGCTCTTAAATATTTAGAATTAGAATTTAAAGAAAGTTTCATTTGTGACACCTCAAATATAAATCAAATATTGTCTAAAAATTTAGAAATTAATAATATCATAACATACTTTTAAAGCAAAAAAGGGTAAATTACTTAAGCTTTATTTGAAAAACGAAAAATGTCTAAATACACTGTAGTAACTACTTTTCAAAATGAATAAAGTGGTTACAGTTAATGTACTTAGACAGTATAAAATTATGAATCTTTAAACTGTG > USA300TCH1516_ALE/1056117‑1056396 | tttGAAAATTGGCGAATACTTGGTGCTCTTAAATATTTAGAATTAGAATTTAAAGAAAGTTTCATTTGTGACACCTCAAATATAAATCAAATATTGTCGAAAAATTTAGAAATTAATAATATCCTAACATACTTTTAAAGc > 1:617459/1‑141 (MQ=255) tGAAAATTGGCGAATACTTGGTGCTCTTAAATATTTAGAATTAGAATTTAAAGAAAGTTTCATTTGTGACACCTCAAATATAAATCAAATATTGTCTAAAAATTTAGAAATTAATAATATCATAACATACTTTTAAAGCaa < 2:747030/141‑1 (MQ=255) aaaaTTGGCGAATACTTGGTGCTCTTAAATATTTAGAATTAGAATTTAAAGAAAGTTTCATTTGTGACACCTCAAATATAAATAAAATATTGTCTAAAAATTTAGAAATTAATAATATCATAACAGAATTTTAAAGAaaaa > 2:221983/1‑141 (MQ=255) cGAATACTTGGTGCTCTTAAATATTTAGACTTAGAATTTCAAGCAAGTTTAAATAGTGACACCTCAAATAAAATTAAAATTTTGTTGTTAAATTTAGTAAAAAAAATGATCGTGACATACTGTTAAAGCAAAAAAGGGTaa > 2:754812/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) cttttAAATATTTAGAATTAGAATTAAAAGAAAGTTTCATTTGTGACACCTCAAATATAAATCAAATATTGTCTAAAAATTTAGAAATTAATAATATCATAACATACTTTTAAAGCAAAAAAGGGTAAATTACTTAAGCtt < 2:429007/138‑1 (MQ=255) ttAACTATTTAGAATTAGAATTTAAAGAAAGTTTCATTTGTGACACCTCAAATATAAATCAAATATTGTCTAAAAATTTAGAAATTAATAATATCATAACATACTTTTAAAGCAAAAAAGGGTAAATTACTTAAGCTTTAt > 2:531018/1‑141 (MQ=255) atatTTAGAATTAGAATTTAAAGAAAGTTTCATTTGTGACACCTCAAATATAAATCAAATATTGTCTAAAAATTTAGAAATTAATAATATCATAACATACTTTTAAAGCAAAAAAGGGTAAATTACTTAAGCTTTATTTGa > 1:722787/1‑141 (MQ=255) aaaattaaaaaaTAAAGAAATTTTCATTTGTGACACCTCAAATATAAATCAAATAATGTCTAAAAATTTAGAAATTAATAATATCATAACATAAAAAAAAAAAAAAAAAGGGTAAATTACTTAAGCTTTATTTGAAAAACg < 2:699433/139‑1 (MQ=255) aaattagaaatAAAAAAAATTTTTAATTGTGACAACTCAAATATAAATCAAATATTGTCTAAAAATTTAGAAATTAATCATATCATAACATAAAAAAAAAAAAAAAAAGGGTAAATTACTTAAGCTTTATTTGAAAAACGa < 2:708611/140‑1 (MQ=255) aattagaattTAAAGAAAGTTTCATTTGTGACACCTCAAATATAAATCAAATATTGTCTAAAAATTTAGAAATTAATAATATCATAACATACTTTTAAAGCAAAAAAGGGTAAATTACTTAAGCTTTATTTGAAAAACGaa > 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(MQ=255) gACACCTCAAATATAAATCAAATATTGTCTAAAAATTTAGAAATTAATAATATCATAACATACTTTTAAAGCAAACAAGGGTACATTCCTTCAGCTTTATTTGAAAAACGAAAAATGTCAAAATACACTGTCGTAactact > 1:345447/1‑141 (MQ=255) acacCTCAAATATAAATCAAATATTGTCTAAAAATTTAGAAATTAATAATATCATAACATACTTTTAAAGCAAAAAAGGGTAAATTACTTAAGCTTTATTTGAAAAACGAAAAATGTCTAAATACACTGTAGTAACTACtt < 1:732678/141‑1 (MQ=255) ccTCAAATATAAATCAAATATTGTCTAAAAATTTAGAAATTAATAATATCATAACATACTTTTAAAGCAAAAAAGGGTAAATTACTTAAGCTTTATTTGAAAAACGAAAAATGTCTAAATACACTGTAGTAACTACTTTTc > 2:622787/1‑141 (MQ=255) aaaTATAAATCAAATATTGTCTAAAAATTTAGAAATTAATAATATCATAACATACTTTTAAAGCAAAAAAGGGTAAATTACTTAAGCTTTATTTGAAAAACGAAAAATGTCTAAATACACTGTAGTAACTACTTTTAaaaa > 1:113475/1‑141 (MQ=255) atatAAATCAAATATTGTCTAAAAATTTAGAAATTAATAATATCATAACATACTTTTAAAGCAAAAAAGGGTAAATTACTTAAGCTTTATTTGAAAAACGAAAAATGTCTAAATACACTGTAGTAACTACTTTTCAAAATg < 2:722787/141‑1 (MQ=255) atatAAATCAAATATTGTCTAAAAATTTAGAAATTAATAATATCATAACATACTTTTAAAGCAAAAAAGGGTAAATTACTTAAGCTTTATTTGAAAAACGAAAAATGTCTAAATACACTGTAGTAACTACTTTTCAAAATg < 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(MQ=255) aaaTTAATAATATCATAACATACTTTTAAAGCAAAAAAGGGTAAATTACTTAAGCTTTATTTGAAAAACGAAAAATGTCTAAATACACTGTAGTAACTACTTTTCAAAATGAATAAAGTGATTACAGTTAATTAACATAGa > 2:79448/1‑141 (MQ=255) taataTCATAACATACTTTTAAAGCAAAAAAGGGTAAATTACTTAAGCTTTATTTGAAAAACGAAAAATGTCTAAATACACTGTAGTAACTACTTTTCAAAATGAATAAAGTGGTTACAGTTAATGTACTTAGAAAGtata > 2:44299/1‑141 (MQ=255) atatCATAACATACTTTTAAAGCAAAAAAGGGTAAATTACTTAAGCTTTATTTGAAAAACGAAAAATGTCTAAATACACTGTAGTAACTACTTTTCAAAATGAATAAAGTGGTTACAGTTAATGTACTTAGACAGTATaaa < 2:46067/141‑1 (MQ=255) atatCATAACATACTTGTAAAGCAAAAAAGGGTAAATTACTTAAGCTTTATTTGAAAAACGAAAAATGTCTAAATACACTGTAGTAACTACTTTTCAAAATGAATAAAGTGGTTACAGTTAATGTACTTAGACAGTATaaa < 1:391242/141‑1 (MQ=255) atgaaaaCATTCTTTTAAATCAAAAAAGGGTAAATTACTTAAGCTTTATTTGAAAAACGAAAAATGTCTAAATACACTGTAGTAACTACTTTTCAAAATGAATAAAGTGGTTACAGTTAATGTACTTAGACAGTATAAAAt < 1:80712/136‑1 (MQ=255) atCATAACATACTTTTAAAGCAAAAAAGGGTAAATTACTTAAGCTTTATTTGAAAAACGAAAAATGTCTAAATACACTGTAGTAACTACTTTTCAAAATGAATAAAGTGGTTACAGTTAATGTACTTAGACAGTATAAAAt < 1:705744/141‑1 (MQ=255) tCATAACATACTTTTAAAGCAAAAAAGGGTAAATTACTTAAGCTTTATTTGAAAAACGAAAAATGTCTAAATACACTGTAGTAACTACTTTTCAAAATGAATAAAGTGGTTACAGTTAATGTACTTAGACAGTATAAAAtt < 1:261342/141‑1 (MQ=255) cagaaCACACTTTTAAAGCAAAAAAGGGTAAATTACTTAAGCTTTATTTGAAAAACGAAAAATGTCTAAATACACTGTAGTAACTACTTTTCAAAATGAATAAAGTGGTTACAGTTAATGTACTTAGACAGTATAAAATTa < 2:223274/138‑1 (MQ=255) aTAACATACTTTTAAAGCAAAAAAGGGTAAATTACTTAAGCTTTATTTGAAAAACGAAAAATGTCTAAATACACTGTAGTAACTACTTTTCAAAATGAATAAAGTGGTTACAGTTAATGTACTTAGACAGTATAAAATTAt < 2:746467/141‑1 (MQ=255) aaCATACTTTTAAAGCAAAAAAGGGTAAATTACTTAAGCTTTATTTGAAAAACGAAAAATGTCTAAATACACTGTAGTAACTACTTTTGGGCGGGGGGTAAGTGGTTACCATTATTGAAGTTAGACAGTATAAAATTATGa > 1:174220/1‑141 (MQ=255) cTTTTAAAGCAAAAAAGGGTAAATTACTTAAGCTTTATTTGAAAAACGAAAAATGTCTAAATACACTGTAGTAACTACTTTTCAAAATGAATAAAGTGGTTACAGTTAATGTACTTAGACAGTATAAAATTATGAATCttt > 1:696556/1‑141 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |