| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,233,544 | T→C | 6.5% | E174G (GAA→GGA) | prmC ← | Release factor glutamine methyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,233,544 | 0 | T | C | 6.5% | 175.1 / 2.4 | 63 | E174G (GAA→GGA) | prmC | Release factor glutamine methyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (33/24); new base C (2/2); total (36/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.84e-01 | |||||||||||
AGCATATCCATGGTTATCTGCAAACAATGCCTGATGTGGTTCGAATCTCGTAACCGTTGGAGACATCGTAACCATATCTTTTTCATCTATATATGGTGGATTAGATATCAAGCCGTTCAACTTGATACCTTCATTAATTAAGGGCTTTAATGCATCCCCTGTT‑AAAAATTGTAT‑TTGTGATTGATGCTTCTCAGCATTATTACGAGCCATATTCATTGCTTCAAGTGAAATATCAGTAGCAATAACATTTAAATCCGGCTTTTCACATTTC > USA300TCH1516_ALE/2233414‑2233684 | aGCATATCCATGGTTATCTGCAAACAATGCCTGATGTGGTTCGAATCTCGTAACCGTTGGAGACATCGTAACCATATCTTTTTCATCTATATATGGTGGATTAGATATCAAGCCGTTCAACTTGATACCTTCAttaattaa < 2:410632/141‑1 (MQ=255) tCCATGGTTATCTGCAAACAATGCCTGATGTGGTTCGAATCTCGTAACCGTTGGAGACATCGTAACCATATCTTTTTCATCTATATATGGTGGATTAGATATCAAGCCTTTCAACTTGATAGCTTCATTAATTAAAGACtt > 2:571093/1‑141 (MQ=255) cATGGTTATCTGCAAACAATGCCTGATGTGGTTCGAATCTCGTAACCGTTGGAGACATCGTAACCATATCTTTTTCATCTATATATGGTGGATTAGATATCAAGCCGTTAAACTTGATACCTTCATTAATTAAGGGCTTTa > 1:13040/1‑141 (MQ=255) ggTTTTCTGCAAACAATGCCTGATGTGGTTCGAATCTCGTAACCGTTGGAGACATCGTAACCATATCTTTTTCATCTATATATGGTGGATTAGATATCAAGCCGTTCAACTTGATACCTTCATTAATTAAGGGCTTTAATg < 2:452598/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) tgGTTCGAATCTCGTAACCGTTGGAGACATCGTAACCATATCTTTTTCATCTATATATGGTGGATTAGATATCAAGCCGTTCAACTTGATACCTTCATTAATTAAGGGCTTTCATGCATCCCCTGTT‑AAAAATTGTAT‑Ttg < 2:543971/141‑1 (MQ=255) tgGTCCGAATCCCGTAACCGTTGGAGACATCGTAACCATATCGTTTTCATCTATATATGGTGGATTAGATATCAAGCCGTTCAACTTGATACCTTCATTAATTAAGGGCTTTAATGCATCCCCTGTT‑AAAAATTGTAT‑Ttg < 1:652316/141‑1 (MQ=255) ttCGAATCTCGTAACCGTTGGAGACATCGTAACCATATCTTTTTCATCTATATATGGTGGATTAGATATCAAGCCGTTCAACTTGATACCTTCATTAATTAAGGGCTTTAATGCATCCCCTGTT‑AAAAATTGTAT‑Ttgtgt > 1:702621/1‑140 (MQ=255) ttCGAATCTCGTAACCGATGGAGACATCGTAACCATATCTTTTTCATCTATATATGGTAGGTTAGATATCAAGCCGTTCAAATTGATACATTCATTAATTATCGGCTTTAATACATACCCTGTT‑AAAAATCGTAtgtaggg > 2:458571/1‑135 (MQ=255) tctcGTAACCGTTGGAGACATCGTAACCATATCTTTTTCATCTATATATGGTGGATTAGATATCAAGCCGTTCAACTTGATACCTTCATTAATTAAGGGCTTTAATGCATCCCCTGTT‑AAAAATTGTAT‑TTGTGATTGATg < 2:722971/141‑1 (MQ=255) 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ccATATCTTTTTCATCTATATATGGTGGATTAGATATCAAGCCGTTCAACTTGATACCTTCATTAATTAAGGGCTTTAATGCATCCCCTGTT‑AAAAATTGTAT‑TTGTGATTGATGCTTCTCAGCATTATTACGAGCCatat > 1:278503/1‑141 (MQ=255) ccATATCTTTTTCATCTATATATGGTGGATTAGATATCAAGCCGTTCAACTTGATACCTTCATTAATTAAGGGCTTTAATGCATCCCCTGTT‑AAAAATTGTAT‑TTGTGATTGATGCTTCTCAGCATTATTACGAGCCatat > 2:603730/1‑141 (MQ=255) atatCTTTTTCATCTATTTATGGTGGATTAGTTAGCAAGCCGTTCAACTTGATACCTTCATTAATTAAGGGCTTTAATGCATCTCCTGTTAAAAAATTGTAT‑TTGTGATTGATGCTTCTCAGCATTATTACGAGCCATAtt < 2:721442/141‑1 (MQ=255) atatCTTTTTCATCTATATATGGTGGATTAGATATCAAGCCGTTCAACTTGATACCTTCATTAATTAAGGGCTTTAATGCATCCCCTGTT‑AAAAATTGTAT‑TTGTGATTGATGCTTCTCAGCATTATTACGAGCCATATTc < 2:713831/141‑1 (MQ=255) atatCTTTTTCATCTATATATGGTGGATTAGATATCAAGCCGTTCAACTTGATACCTTCATTAATTAAGGGCTTTAATGCATCCCCTGTT‑AAAAATTGTAT‑TTGTGATTGATGCTTCTCAGCATTATTACGAGCCATATTc > 2:275415/1‑141 (MQ=255) tttttCATCTATATATGGTGGATTAGATATCAAGCCGCTCAACCTCACACTGTCAGTAATTATGGGCTTTAATGCATCCCCTGTT‑AAAAATGGTAT‑TTGTGATTGATGCTTCTCAGCATTATTACGAGCCATATTCATTGc < 2:349783/141‑1 (MQ=255) ttttCATCTATATATGGTGGATTAGAGATCAAGCCGTTCAACTTGATACCTGCATTAATTAAGGGCTTTAATGCATCCCCTGTT‑AAAAATTGTAT‑TTGTGATTGATGCTTCTCAGCATTATTACGAGCCATATTCATTGCt < 1:290550/141‑1 (MQ=255) tCTATATATGGTGGATTAGTTATCAAGCCGTTCAACTTGATACCTTCATTAATTAAGGGCTTTAATGCATCCCCTGTT‑AAAAATTGTAT‑TTGTGATTGATGCTTCTCAGCATTATTACGAGCCACATTCATTGCTTCAAGt < 1:381444/141‑1 (MQ=255) tatatGGTGGATTAGATATCAAGCCGTTCAACTTGATACCTTCATTAATTAAGGGCTTTATTGCATCCCCTGTT‑AAAAATTGTAT‑TTGTGATTGATGCTTCTCAGCATTATTACGAGCCATATTCATTTCTTCAAGTGaaa > 2:515254/1‑141 (MQ=255) tggtggATTAGATATCAAGCCGTTCAACTTGATACCTTCATTAATTAAGGGCTTTAATGCATCCCCTGTT‑AAAAATTGTAT‑TTGTGATTGATGCTTCTCAGCATTATTACGAGCCATATTCATTGCTTCAAGTGAAATATc > 2:134314/1‑141 (MQ=255) tggtggATTAGATATCAAGCCGTTCAACTTGATACCTTCATTAATTAAGGGCTTTAATGCATCCCCTGTT‑AAAAATTGTAT‑TTGTGATTGATGCTTCTCAGCATTATTACGAGCCATATTCATTGCTTCAAGTGAAATATc > 1:455633/1‑141 (MQ=255) 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2:313143/1‑141 (MQ=255) atatCAAGCCGTTCAACTTGATACCTTCATTAATTAAGGGCTTTAATGCATCCCCTGTT‑AAAAATTGTAT‑TTGTGATTGATGCTTCTCAGCATTATTACGAGCCATATTCATTGCTTCAAGTGGAATATCAGTAGCAATaa > 2:730577/1‑141 (MQ=255) atatCAAGCCGTTCAACTTGATACCTTCATTAATTAAGGGCTTTAATGCATCCCCTGTT‑AAAAATTGTAT‑TTGTGATTGATGCTTCTCAGCATTATTACGAGCCATATTCATTGCTTCAAGTGAAATATCAGTAGCAATaa > 1:308041/1‑141 (MQ=255) tatCAAGCCGTTCAACTTGATACCTCCATTAATTAAGGGCTTTAATGCATCCCCTGTT‑AAAAATTGTAT‑TTGTGATTGATGCTTCTCAGCATTATTACGAGCCATATTCATTGCTTCAAGTGAAATATCAGTAGCAATAAc < 1:9859/141‑1 (MQ=255) tatCAAGCCGTTCAACTTGATACCTCCATTAATTAAGGGCTTTAATGCATCCCCTGTT‑AAAAATTGTAT‑TTGTGATTGATGCTTCTCAGCATTATTACGAGCCATATTCATTGCTTCAAGTGAAATATCAGTAGCAATAAc < 1:9864/141‑1 (MQ=255) tCAAGCCGTTCAACTTGATACCTTCATTAATTAAGGGCTTTAATGCATCCCCTGTT‑AAAAATTGTAT‑TTGTGATTGATGCTTCTCAGCATTATTACGAGCCATATTCATTGCTTCAAGTGAAATATCAGTAGCAAAAACAt > 2:32055/1‑141 (MQ=255) 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1:437965/1‑139 (MQ=255) cTTGATACCTTCATTAATTAAGGGCTTTAATGCATCCCCTGTT‑AAAAATTGTAT‑TTGTGATTGATGCTTCTCAGCATTATTACGAGCCATATTCATTGCTTCAAGTGAAATATCAGTAGCAATAACATTTAAATCCGGCtt > 1:738139/1‑141 (MQ=255) cTTGATACCTTCATTAATTAAGGGCTTTAATGCATCCCCTGTT‑AAAAATTGTAT‑ATGTGATTGATGCTTCTCAGCATTATTACGAGCCATATTCATTGCTTCAAGTGAAATATCAGTAGCAGTAACATTTAAATCCGGCtt > 1:511391/1‑141 (MQ=255) cTTGATACCTTCATTAATTAAGGGCTTTAATGCATCCCCTGTT‑AAAAATTGTAT‑ATGTGATTGATGCTTCTCAGCATTATTACGAGCCATATTCATTGCTTCAAGTGAAATATCAGTAGCAATAACATTTAAATCCGGCtt > 1:511416/1‑141 (MQ=255) ttGATACCTTTCTTAATTAAGGGCTTTAATGCATCCAATCTT‑CAACATTGTCTCGTATGATGTTCGCCT‑GCCGCATTAATAAGTGTATTATTCATTGCTTCAAGTGAAATATCAGTAGCAATAACATTTAAATCCGGCttt < 2:540673/141‑1 (MQ=255) ttGATACCTTCATTAATTAAGGGCTTTAATGCATCCCCTGTT‑AAAAATTGTAT‑TTGTGATTGATGCTTCTCAGCATTATTACGAGCCATATTCATTGCTTCAAGTGAAATATCAGTAGCAATAACATTTAAATCCGGCttt > 1:321085/1‑141 (MQ=255) ttGATACCTTCATTAATGAAGGGCTTTAATGCATCCCCTGTT‑AAAAATTGTAT‑TTGTGATTGATGCTTCTCAGCATTATTACGAGCCATATTCATTGCTTCAAGTGAAATATCAGTAGCAATAACATTTAAATCCGGCttt < 2:34583/141‑1 (MQ=255) tGATACCTTCATTAATTAAGGGCTTTAATGCATCCCCTGTT‑AAAAATTGTAT‑TTGTGATTGATGCTTCTCAGCATTATTACGAGCCATATTCATTGCTTCAAGTGAAATATCAGTAGCAATAACATTTAAATCCGGCtttt < 1:19121/141‑1 (MQ=255) atacaCCTTCATTAATTAAGTGCTTGAATGCAAACAAAAAT‑AAAAATTGTAT‑TTGTGATTGATGCTTCTCAGCATTATTACGAGCCATATTCATTGCTTCAAGTGAAATATCAGTAGCAATAACATTTAAATCCGGCtttt < 2:619150/137‑1 (MQ=255) aTAACTTCATCAATTGAGTGCTTTAATGCATCCCCCGTT‑AAAAATTGTAT‑TTGTGATTGATGCTTCTCAGCATTATTACGAGCCATATTCATTGCTTCAAGTGAAATATCAGTAGCAAGAACATTTAAATCCGGCTTTTca < 2:574193/141‑1 (MQ=255) ttCATTAATTAAGGGCTTTAATGCATCCCCTGTT‑AAAAATTGTAT‑TTGTGATTGATGCTTCTCAGCATTATTACGAGCCATATTCATTGCTTCAAGTGAAATATCAGTAGCAATAACATTTAAATCCGGCTTTTCACCttt > 2:457215/1‑141 (MQ=255) tCATTAATTAAGGGCTTTAATGCATCCCCTGTT‑AAAAATTGTCT‑TTGTGATTGATGCTTCTCAGCATTATTACGAGCCACCTTCATTGCTTCAAGTGAAATATCAGTAGCAATAACATTTAAATCCGGCTTTTCACATTTc < 2:162501/141‑1 (MQ=255) tCATTAATTAAGGGCTTTAATGCATCCCCTGTT‑AAAAATTGTAT‑TTGTGATTGATGCTTCTCAGCATTATTACGAGCCATATTCATTGCTTCAAGTGAAATATCAGTAGCAATAACATTTAAATCCAGCTATTCACATTTc < 2:520017/141‑1 (MQ=255) | AGCATATCCATGGTTATCTGCAAACAATGCCTGATGTGGTTCGAATCTCGTAACCGTTGGAGACATCGTAACCATATCTTTTTCATCTATATATGGTGGATTAGATATCAAGCCGTTCAACTTGATACCTTCATTAATTAAGGGCTTTAATGCATCCCCTGTT‑AAAAATTGTAT‑TTGTGATTGATGCTTCTCAGCATTATTACGAGCCATATTCATTGCTTCAAGTGAAATATCAGTAGCAATAACATTTAAATCCGGCTTTTCACATTTC > USA300TCH1516_ALE/2233414‑2233684 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |