| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000731 | 21,093 | A→T | 5.6% | intergenic (‑23/‑451) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0027 ← / → USA300HOU_pUSA300HOUMR0028 | IS431mec transposase/macrolide transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000731 | 21,093 | 0 | A | T | 5.6% | 485.9 / 4.2 | 166 | intergenic (‑23/‑451) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0027/USA300HOU_pUSA300HOUMR0028 | IS431mec transposase/macrolide transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (72/81); new base T (10/2); total (82/84) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.76e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 171 total aligned reads displayed.
ATAGCTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTTTATGAGTACACTCTAAATTAAGGAGATGTATAATCAATCTAAAATTGTATTTTTATACTTTTGTTATATAATCTTTCTACTTAGAGATATATTGTAAAAA > CP000731/20987‑21232 | tAGCTGAATGCATTTCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGt < 2:113210/141‑1 (MQ=14) tAGCTCAATGCATATTTTAGATAGTAGCCAACGGCTAAAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCCTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGt < 2:197692/141‑1 (MQ=9) aGCTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCCGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAAATTTGCAACAGAACCGTa > 2:696215/1‑141 (MQ=17) aGCTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCATGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCATTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTa > 2:160272/1‑141 (MQ=17) cTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTAtt < 1:686373/141‑1 (MQ=33) cAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTAtttt > 1:491910/1‑141 (MQ=35) aaTGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTTTa > 1:756034/1‑141 (MQ=35) aTGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTTTAt < 2:549090/141‑1 (MQ=37) tGCATATTTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTTTATg < 2:33424/141‑1 (MQ=38) cATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTGTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTTTATGAg < 1:511280/141‑1 (MQ=255) atatCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTTTATGAGt > 1:612166/1‑141 (MQ=39) tatCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTTTTTTTTTTTTATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAAACTTAtttttttagaa > 2:568520/1‑134 (MQ=11) ttAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTTTATGAGTACAct < 2:508713/141‑1 (MQ=255) ttAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATAATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTTTATGAGTACAct > 1:401756/1‑141 (MQ=255) tAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGCTGATAACTGAACTAGTTCAAGCAGACTACTCGTTTATGTTAAACGTATATGATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTTTATCACTACActc < 2:281129/141‑1 (MQ=14) aGATAGTAGCCAACGGGTACACTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTTTATGAGTACActca > 1:394064/1‑140 (MQ=255) gATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTTTATGAGTACACTCTa < 1:633571/141‑1 (MQ=255) gATAGTAGCCAAAGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTTTATGAGTACACTCTa < 2:245876/141‑1 (MQ=255) aTAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTTTATGAGTACACTCTaa < 2:335512/141‑1 (MQ=255) tagtagCCAACGTCGACAGTGATAATATCCTTGTTAAATTGTTTTTATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTTTATGAGTACACTCTaaa < 2:401284/141‑1 (MQ=255) tagtagCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTTTATGAGTACACTCTaaa < 1:704429/141‑1 (MQ=255) agtagCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTTTATGAGTACACTCTAAAt < 2:437381/141‑1 (MQ=255) agtagCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTTTATGAGTACACTCTAAAt < 2:385274/141‑1 (MQ=255) tagCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTTTTTTTTTTTTATTATAAATTCAACTTTGCAACAAAACCGTATTTTATGAGTACACTCTACAttt > 2:370782/1‑140 (MQ=14) tagCCAACGGCTAAAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATGTCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGCTTTGAATTTGATGAGTACACTCTAAATTa < 1:184594/141‑1 (MQ=14) agCTAACGGCTAAAGTGATAACATCCTTGTTACATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTTTATGAGTACACTCTAAATTaa < 1:17892/141‑1 (MQ=255) agCCTACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTTTATGAGTACACTCTAAATTaa > 2:464904/1‑141 (MQ=255) agCCAACGGCTAGAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTTTATGAGTACACTCTAAATTaa < 2:50832/141‑1 (MQ=255) gCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTTTATGAGTACACTCTAAATTAAg > 1:28832/1‑141 (MQ=255) cAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGCTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTTTATGAGTACACTCTAAATTAAGga > 2:86743/1‑141 (MQ=255) gttggCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTTTATGAGTACACTCTAAATTAAGgag > 2:275674/4‑141 (MQ=255) aaCGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTGTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTTTATGAGTACACTCTAAATTAAGgag > 1:676366/1‑141 (MQ=255) aCGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTCTTTTATGAGTACACTCTAAATTAAGgaga > 1:173035/1‑141 (MQ=255) ggCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTTTATGAGTACACTCTAAATTAAGGAGATg > 1:121722/1‑141 (MQ=255) ggCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTTTATGAGTACACTCTAAATTAAGGAGATg < 1:599049/141‑1 (MQ=255) gcgaCAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATACCTGAAATAGTTCATACAGAAGTCTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTTTATGAGTACACTCTAAATTAAGGAGATGt < 1:376578/138‑1 (MQ=255) gCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTTTATGAGTACACTCTAAATTAAGGAGATGt < 2:686100/141‑1 (MQ=255) gCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTTTATGAGTACACTCTAAATTAAGGAGATGt > 1:760417/1‑141 (MQ=255) gcaccgTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCAAACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTTTATGAGTACACTCTAAATTAAGGAGATGta < 1:155458/136‑1 (MQ=255) cTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTTTATGAGTACACTCTAAATTAAGGAGATGta < 1:344430/141‑1 (MQ=255) cTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTTTATGAGTACACTCTAAATTAAGGAGATGta < 1:17130/141‑1 (MQ=255) gTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTTTATGAGTACACTCTAAATTAAGGAGATGTATaatc < 1:485333/141‑1 (MQ=255) aTAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTTTATGAGTACACTCTAAATTAAGGAGATGTATaatcaat > 1:350209/1‑141 (MQ=255) aaCATCCTTGTTAAATTGTTTATATCGACAAGATTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTTTATGAGTACACTCTAAATTAAGGAGATGTATAATCAATCt > 1:372386/1‑141 (MQ=21) aCATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTTTCTGAGTACACTCTAAATTAAGAAGATGTATAATAAATCTa > 2:679444/1‑141 (MQ=255) tCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAAAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATCATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTTTATGAGTGCACACTAAATTAAGGAGATGTATAATCAATCTaaaa > 2:47696/1‑141 (MQ=255) tCCTTGTTAAATTGTTTATAACTGAAATAGTTCATACAGAAGACACCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACCGAACCGTATTTTATGAGTACACTCTAAATTAAGGAGATGTATAATCAATCTaaaa > 2:421718/1‑141 (MQ=255) cccTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTTTATGAGTACACTCTAAATTAAGGAGATGTATAATCAATCTaaaa < 1:746460/140‑1 (MQ=255) ccTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTTTTTTTTTTTTATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTTTATGTGTACACTCTAAATTAAGGAGATGTATAATCAATCTAAAAt > 2:632012/1‑141 (MQ=21) ccTTGTTAAATTGGTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTTTATGAGTACACTCTAAATTAAGGAGATGTATAATCAATCTAAAAt < 2:630517/141‑1 (MQ=255) tGTTAATGTGTTTATCTCTGTACTCTTTCCTACAGAAGACTCGTTTTTTTTAATATTATATTATAAATTCAACTTTCCAACAGTACCGTATTTTCTGAGTACACTCTAAATTAAGGAGATGTATTATCAATCTAAACTTGt < 2:122485/141‑1 (MQ=21) aaaTTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTTTATGAGTACACTCTAAATTAAGGAGATGTATAATCAATCTAAAATTGTAttt > 1:124341/1‑141 (MQ=255) aaaTTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTTTATGAGTACACTCTAAATTAAGGAGATGTATAATCAATCTAAAATTGTAttt > 1:323470/1‑141 (MQ=255) aaaTTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTTTATGAGTACACTCTAAATTAAGAAGATGTATAATCAATCTAAAATTGTAttt > 1:300610/1‑141 (MQ=255) aaTTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAATATATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTTTATGAGTACACTCTAAATTAAGGAGATGTATAATCAATCTAAAATTGTCtttt < 1:522482/141‑1 (MQ=255) aaTTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTTTATGAGTACACTCTAAATTAAGGAGATGTATAATCAATCTAAAATTGTAtttt < 2:652684/141‑1 (MQ=255) aaTTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTTTATGAGTACACTCTAAATTAAGGAGATGTATAATCAATCTAAAATTGTAtttt > 1:94468/1‑141 (MQ=255) aaTTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTTTATGAGTACACTCTAAATTAAGGAGATGTATAATCAATCTAAAATTGTAtttt < 1:276935/141‑1 (MQ=255) aTTGTTCATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTTTATGAGTACACTCTAAATTAAGGAGATGTATAATCAATCTAAAATTGTAttttt < 1:543608/141‑1 (MQ=255) ttGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTTTATGAGTACACTCTAAATTAAGGAGATGTATAATCAATCTAAAATTGTATTTTta > 1:319475/1‑141 (MQ=255) tGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCTTATTTTATGAGTACACTCTAAATTATTGTGCTGTATATTCATTCTAAATTTGTTTTTTtat > 2:368465/1‑141 (MQ=18) ttaacttCTAAAATTGTTCATACCGAAAGCACCTTTTTTTTAAAATTATATTATAAATTAAACTTTGCAACACGACCTTATTTTATGTGGACACTCTAAATTAAGGAGATGTATAATCAATCTAAAATTGTATTTTTATAc < 2:655833/135‑1 (MQ=255) tatCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTTTATGAGTACACTCTAAATTAAGGAGATGTATAATCAATCTAAAATTGTATTTTTATACtttt > 2:228786/1‑141 (MQ=255) tCTTAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTTTATGAGTACACTCTAAATTAAGGAGATGTATAATCAATCTAAAATTGTATTTTTATACTTTTGt < 2:715220/141‑1 (MQ=255) tGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTTTTATTTTTATTTTATAAATTCAACTTTGCAACATAACCGTATTTTATGAGTACACTCTAAATTAAGGAGATGTATAATCAATCTAAAATTGTATTTTTATACTTTTGTta > 2:14484/1‑141 (MQ=37) gAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTTTATGAGTACACTCTAAATTAAGGAGATGTATAATCAATCTAAAATTGTATTTTTATACTTTTGTtat < 1:45356/141‑1 (MQ=255) gAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTATGTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTTTATGAGTACACTCTAAATTAAGGAGATGTATAATCAATCTAAAATTGTATTTTTATACTTTTTTtat > 2:543730/1‑141 (MQ=255) aaaTAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTTTATGAGTACACTCTAAATTAAGGAGATGTATAATCAATCTAAAATTGTATTTTTATACTTTTGTtata > 1:624562/1‑141 (MQ=255) aaTAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTTTATGAGTACACTCTAAATTAAGGAGATGTATAATCAATCTAAAATTGTATTTTTATACTTTTGTtatat < 1:288622/141‑1 (MQ=255) aTAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTTTATGAGTACACTCTAAATTAAGGAGATGTATAATCAATCTAAAATTGTATTTTTATACTTTTGTtatata > 1:432539/1‑141 (MQ=255) aTAGGTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTTTATGAGTACACTCTAAATTAAGGAGATGTATAATCACTCTAAAATTGTATTTTTATACTTTTGTtatata > 1:521459/1‑141 (MQ=255) aGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTTTATGAGTACACTCTAAATTAAGGAGATGTATAATCAATCTAAAATTGTATTTTTATACTTTTGTTATATAAt < 2:749275/141‑1 (MQ=255) gTTCATACAGAAGACTCCTTTTTTTTTTTTTTTTATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTTTATGAGTACACTCTAAATTGAGGTGCTGTATAATCAATCTAAAATTATATTTTTATACTTTTGTTATATAAtt > 2:231928/1‑140 (MQ=25) gTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTTTATGAGTACACTCTAAATTAAGGAGATGTATAATCAATCTAAAATTGTATTTTTATACTTTTGTTATATAAtt > 1:392318/1‑140 (MQ=255) gTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTTTATGAGTACACTCTAAATTAAGGAGATGTATAATCAATCTAAAATTGTATTTTTATACTTTTGTTATATAAtt > 2:610632/1‑140 (MQ=255) gTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTTTATGAGTACACTCTAAATTAAGGAGATGTATAATCAATCTAAAATTGTATTTTTATACTTTTGTTATATAATc < 2:748677/141‑1 (MQ=255) cATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTTTATGAGTACACTCTAAATTAAGGAGATGTATAATCAATCTAAAATTGTATTTTTATACTTTTGTTATATAATCttt < 2:692127/141‑1 (MQ=255) cATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTTTATGAGTACACTCTAAATTAAGGAGATGTATAATCAATCTAAAATTGTATTTTTATACTTTTGTTATATAATCttt < 2:319475/141‑1 (MQ=255) aTACAGAAGACTACTTTTTGTCAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTTTATGAGTACACTCTAAATTAAGGAGATGTATAATCAATCTAAAATTGTATTTTTATACTTTTGTTATATAATCTTTc > 1:398783/1‑141 (MQ=255) tACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTTTATGAGTACACTCTAAATTAAGGAGATGTATAATCAATCTAAAATTGTATTTTTATACTTTTGTTATATAATCTTTCt > 1:16936/1‑141 (MQ=255) aCAGAAGAATCCTTTTTGTTTAATTTATCTTACGACGTCAACTTAGCAGCGTTCCACCAGTTGAGGAGGACTCGCTAAAGCAATGGGATGTATAAGCAATCTAAAATTGTATTTTTATACTTTTGTTATATAATCTTTTTa > 2:340855/1‑141 (MQ=255) gaagaCTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTTTATGAGTACACTCTAAATTAAGGAGATGTATAATCAATCTAAAATTGTATTTTTATACTTTTGTTATATAATCTTTCTACtt < 1:58561/141‑1 (MQ=255) aagaCTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTTTATGAGTACACTCTAAATTAAGGAGATGTATAATCAATCTAAAATTGTATTTTTATACTTTTGTTATATAATCTTTCTACTTa < 2:101508/141‑1 (MQ=255) agtcTCCTTTTTGTTAAATCTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTTTATGAGTACACTCTAAATTAAGGAGATGTATAATCAATCTAAAATTGTATTTTTATACTTTTGTTATATAATCTTTCTACTTag < 2:379810/138‑1 (MQ=255) agaCTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTTTATGAGTACACTCTAAATTAAGGAGATGTATAATCAATCTAAAATTGTATTTTTATACTTTTGTTATATAATCTTTCTACTTag < 2:652587/141‑1 (MQ=255) agaCTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTTTATGAGTACACTCTAAATTAAGGAGATGTATAATCAATCTAAAATTGTATTTTTATACTTTTGTTATATAATCTTTCTACTTag < 1:654557/141‑1 (MQ=255) cTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGCACCGTATTTTATGAGTACACTCTAAATTAAGGAGATGTATAATCAATCTAAAATTGTATTTTTATACGTTTGTTATATAATCTTTCTACTTAgaga > 1:436147/1‑141 (MQ=255) cTTTTTGTTAAAATTATATTAAAGATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTTTATGAGTACACTCTAAATTAAGGAGATGTATAATCAATCTAAAATTGTATTTTTATACTTTTGTTATATAATCTTTCTACTTAGAGatat > 2:353942/1‑141 (MQ=255) tttttGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTTTATGAGTACTCTCTAAATTAAGGAGATGTATAATCAATCTAAAATTGTATTTTTATACTTTTGTTATATAATCTTTCTACTTAGAGatata < 2:96800/141‑1 (MQ=255) ttttGTTAATATTATATTATAAATTCAACTTTGAAACAGAACCGTATTTTATGATTACACTCTAAATTAAGGAGATGTATAATCAATCTAAAATTGTATTTTTATACTTTTGTTATATAATCTTTCTACTTAGAGatatct > 1:561626/1‑139 (MQ=255) tttGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGAAACAGAACCGTATTTTATGAGTACACTCTAAATTAAGGAGATGTATAATCATTCTAAAATTTTATTGTTATACTTTTGTTATATAATCCTTCTTCTTAGAGATATAtt < 1:423122/141‑1 (MQ=38) ttgcttAAAATTATATTATAAATCCAACTTTGCAACAGAACCGTATTTTATGAGTACACTCTAAATTAATGAGATGTATAATCAATCTAAAATTGTATTTTTATACTTTTGTTATATAATCTTTCTACTTAGGGATATAtt < 2:673820/137‑1 (MQ=255) ttGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTTTATGAGTACACTCTAAATTAAGGAGATGTATAATCAATCTAAACTTGTATTTTTATACTTTTGTTATATAATCTTTCTACTTAGAGATATATTg < 1:508145/141‑1 (MQ=255) gTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATATGAGTACACTCTAAATTAAGGAGATGTATAATCAATCTAAAATTGTATTTTTATACTTTTGTTATATAATCTTTCAACTTAGAGATATATTGTa > 2:411191/1‑141 (MQ=255) ttAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTTTATGAGTACACTCTAAATTAAGGAGATGTATAATCAATCTAAAATTGTATTTTTATACTTTTGTTATATAATCTTTCTACTTAGAGATATATTTTaa > 2:441509/1‑141 (MQ=255) ttAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTTTATGAGTACACTCTAAATTAAGGAGATGTATAATCAATCTAAAATTGTATTTTTATACTTTTGTTATATAATCTTTCTAATTAGAGATATATTGTaa > 2:616767/1‑141 (MQ=255) aaaaTTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTTTATGAGTACACTCTAAATTAAGGAGATGTATAATCAATCTAAAATTGTATTTTTATGCTTTTGTTATATATTCTTTCTACTTAGAGAAATATTGTaaaa > 1:186865/1‑141 (MQ=255) aaaaTTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTTTATGAGTACACTCTAAATTAAGGAGATGTATAATCAATCTAAAATTGTATTTTTATACTTTTGTTATATAATCTTTCTACTTAGAGATATATTGTaaaa > 2:674745/1‑141 (MQ=255) aaaaTTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTTTATGAGTACACTCTAAATTAAGGAGATGTATAATCAATCTAAAATTGTATTTTTATACTTTTGTTATATAATCTTTCTACTTAGAGATATATTGTaaaa > 2:439932/1‑141 (MQ=255) aaaTTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTTTATGAGTACACTCTAAATTAAGGAGATGTATAATCAATCTAAAATTGTATTTTTATACTTTTGTTATATAATCTTTCTACTTAGAGATATATTGTaaaaa > 1:662202/1‑141 (MQ=255) | ATAGCTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTTTATGAGTACACTCTAAATTAAGGAGATGTATAATCAATCTAAAATTGTATTTTTATACTTTTGTTATATAATCTTTCTACTTAGAGATATATTGTAAAAA > CP000731/20987‑21232 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |