| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 512620 = | 50 (0.900) | 43 (1.060) +TTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAA |
32/216 | 0.2 | 54.2% | intergenic (+688/‑6075) | recR/speA_2 | Recombination protein RecR/Arginine decarboxylase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1998278 = | NA (NA) | intergenic (‑6/+3329) | USA300TCH1516_01882/USA300TCH1516_01883 | tRNA‑Val/tRNA‑Ala | |||||
CTCATAAATACTAAATAATGTTTGTAACTTATAGTTACGTTTTTTGGAATTAACGTTGACATATTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATTAACATTTAAGTCAATAACTTTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/512766‑512620‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑AAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAATTTATACATTCAAA > USA300TCH1516_ALE/1998278‑1998425 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CTCATAAATACTAAATAATGTTTGTAACTTATAGTTACGTTTTTTGGAATTAACGTTGACATATTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTT < 2:346015/149‑1 gcaaAAATACTAAATAATGTTTGTAACTTATAGTTACGTTTTTTTGAATTAACGTTGACATATTGTCATTCAGTTTTCAAAGTTCATTTTTTTCACCGACAACAATTAATTATACATTTTATCATCATGTATGTCAATAACTTTTTTTA < 2:113592/145‑1 TCATAAATACTAAATAATGTTTGTAACTTATAGTTACGTTTTTTGGTATTTACGTTGACATATTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTA > 2:506835/1‑149 TCATAAATACTAAATAATGTTTGTAACTTATAGTTACGTTTTTTGGAATTAACGTTGACATATTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAGTACATTTTTTTt > 2:305893/1‑148 AAATACTAAATAATGTTTGTAACTTATAGTTACGTTTTTTGGAATTAACGTTGACATATTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTT > 1:478204/1‑149 AATACTAAATAATGTTTGTAACTTATAGTTACGTTTTTTGGAATTAACGTTGACATATTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTG < 2:436190/149‑1 AATACTAAATAATGGTTGTAACTTATAGTTACGTTTTTTGGAATTAACGTTGACATATTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTG < 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1:65656/1‑149 TTGTAACTTATAGTTACGTTTTTTGGAATTAACTTTGACATATTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAACAATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTTCATTTTATTTTTT > 2:359529/1‑149 TTGTAACTTATAGTTACGTTTTTTGGAATTAACGTTGACATATTGTCATTCAGTCTTCAATGTTCATTTTTATTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCGACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTTTATTTTCCTTTTTATTTTTT > 2:10404/1‑149 GTAACTTATAGTTACGTTTTTTGGAATTAACGTTGACATATTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTAACAACATTTAAGTCACTAACTTTTTTTATCTTTTCCATTTTATTTTTTAA > 1:281923/1‑149 AACTTATAGTTACGTTTTTTGGAATTAACGTTGACATATTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACC > 1:155600/1‑149 TTATAGTTACGTTTTTTGGAATTAACGTTGACATATTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAA < 2:514489/149‑1 TTATAGTTACGTTTTTTGGAATTAACGTTGACATATTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAA < 1:581098/149‑1 TTATAGTTACGTTTTTTGGAATTAACGTTGACATATTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAA < 1:518285/149‑1 tTTACGTTTTTTGGAATTAACGTTGACATATTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTG < 1:376638/148‑1 TTACGTTTTTTGGAATTAACGTTGACATATTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAATATTTat > 2:8302/1‑147 GGAATTAACGTTGACATATTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTG < 2:17490/149‑1 GAATTAACGTTGACATATTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGC < 1:238432/149‑1 ACGTTTACATATTGTCATGCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGACTGGCA < 2:521953/149‑1 ACGTTGACATATTGTCATTCAGTTTTTAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCg < 2:522077/149‑2 TGACATATTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGT < 1:243442/149‑1 ACATATTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGACAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGGTTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTt > 1:410261/1‑148 TATTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTAC > 1:210402/1‑149 TCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTcg > 2:229920/1‑147 TCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGA < 1:213991/149‑1 TCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGA < 1:213979/149‑1 AGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAAa > 2:499109/1‑148 TGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCG < 1:503403/149‑1 TTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCCACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGAC > 1:236712/1‑149 TTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTTTTTTTTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTTTTTAAAAAACTGCCTGGCACCGTTCTACTCTAGCGTAACGTAAGTTCttt > 2:96212/1‑146 TTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTCCTCTAGCGGAAAGTAAGTTCGAC 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2:34895/1‑149 TTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACA < 2:300914/149‑1 TATTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACAT < 1:494078/149‑1 TTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCGTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATG > 2:437759/1‑149 TTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGGCTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAA < 1:403625/149‑1 ACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTA > 2:535604/1‑149 aacATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCTGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAATT < 2:103036/146‑1 AAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAATT < 1:369008/149‑1 AAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCAACTACCATCGACGCTAGGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGGACAGATGGGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAATT > 1:163926/1‑149 AAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGCTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTcgagt > 2:293612/1‑144 TTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGCCATATGAATGTAATTTATACATTC > 1:471744/1‑149 TAAAAAACTTCCTGGCAACGTTCTACTCCAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTCTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCCCATATATGAATGTAATTTATACATTCA < 2:453463/149‑1 AAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAATTTATACATTCAAA > 1:77487/1‑149 AAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAATTTATACATTCAAA < 1:359529/149‑1 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CTCATAAATACTAAATAATGTTTGTAACTTATAGTTACGTTTTTTGGAATTAACGTTGACATATTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATTAACATTTAAGTCAATAACTTTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/512766‑512620‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑AAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAATTTATACATTCAAA > USA300TCH1516_ALE/1998278‑1998425 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |