| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 76,969 | G→A | 21.3% | intergenic (+509/‑107) | USA300HOU_RS00140 → / → USA300HOU_RS00350 | hypothetical protein/Monoacylglycerol lipase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 76,969 | 0 | G | A | 21.3% | 64.9 / 8.4 | 36 | intergenic (+509/‑107) | USA300HOU_RS00140/USA300HOU_RS00350 | hypothetical protein/Monoacylglycerol lipase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (12/16); new base A (3/5); total (15/21) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TCTTCAGATCTACGGATTTTCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAGGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATTATATAAAATTTATTGAGTCAAAAGAT > USA300TCH1516_ALE/76831‑77108 | tctTCAGATCTACGGATTTTCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAGAggg > 1:559514/1‑141 (MQ=255) cAGATCTACGGATTTTCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACATTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTaa < 1:190628/141‑1 (MQ=255) aCGGATTTTCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAGGGTTAATTtatat < 1:151400/141‑1 (MQ=255) ggATATTCGACAGGCCCAGAAAGTGGCATTATGCTAGCAAGTTAAGCGAACCCTGAGATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCGAGAAAAAACACGGGCTTAAAGGGCTAATTTATATAg < 2:103654/141‑1 (MQ=17) 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(MQ=255) atcatGCTTGCAATGTAAGCTATCACTGACAGGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCGATAAAAAACATGGGCTTAAAGGGTTAATTTATACAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCa < 2:591401/141‑1 (MQ=25) atGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCGATAAAAAACATGGGCTTAAAGGGTTAATTTATATAGTATTACTGTAAAAATTGATGTGGGTCacaa > 1:51053/1‑141 (MQ=21) gCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTAAAAGGGTTAATTTATGTAGTATTACGGCAAACATTGATTTGGCTCAAAAAttttg > 2:237492/1‑138 (MQ=25) aGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACATATAAAAAACATGGGCTTAAAGGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGGATTaa > 2:205463/1‑141 (MQ=255) gCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAGGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTaaa > 1:38983/1‑141 (MQ=255) tGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAaatgaa < 1:418317/141‑1 (MQ=255) aTTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAGGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAAt > 1:284636/1‑141 (MQ=255) tAGTGGTTAGCTATATTTTTTTTTTTTTTTACAGAACCTATAAAAAGCATGGGCTTAAAGGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAAttt > 2:390255/1‑141 (MQ=255) tGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAGGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGCGTATTAAACAGATGATTGAATCATCATTTTAt > 1:260211/1‑141 (MQ=39) tAGCTATATTTTTTTACGTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAGGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAg < 2:494597/141‑1 (MQ=255) cTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAGGGTTCCCCGATTTATTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTg < 1:444045/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) aaaCAGAACAAATGAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATg < 2:7923/140‑1 (MQ=255) gAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAGGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATta > 1:193800/1‑141 (MQ=255) ataAAAAACAAGGGCTTAAAGGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAAGGCTATTCAAACAATTAACCAATCATAATTTTCTCCAGCCTATTGGAGAGGTTAAAATGCATTATATaaa < 2:585250/141‑1 (MQ=255) taaaaaaTGGGACTAAAGGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATTATATAAAAtt < 1:429021/140‑1 (MQ=255) aCATGGGCTTAAAAGGATAATTCAAATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGAGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATTATATAAAATTTAtt < 1:546353/141‑1 (MQ=255) cATGGGCTTAAAGGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATTATATAAAATTTATTg > 1:207877/1‑141 (MQ=255) gggCTTAAAGGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATTATATAAAATTTATTGAGt < 2:10827/141‑1 (MQ=255) gggCTGAATGAGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATGAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCACAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATTATATAAAATTTATTGAGt < 2:51053/141‑1 (MQ=255) cTTAAAGGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATTATATAAAAtttttttatccat < 2:527461/141‑8 (MQ=255) aGGGTTAATTTATATAGTATTAATGAAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCGGATTGAAGAGGTTAAAATGCATTATATAAAATTTATTGAGTCAAAAGat > 2:290407/1‑141 (MQ=255) | TCTTCAGATCTACGGATTTTCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAGGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATTATATAAAATTTATTGAGTCAAAAGAT > USA300TCH1516_ALE/76831‑77108 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |