| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 584,121 | G→T | 76.8% | intergenic (+205/‑67) | rplA → / → rplJ | 50S ribosomal protein L1/50S ribosomal protein L10 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 584,121 | 0 | G | T | 76.8% | 94.3 / 34.0 | 60 | intergenic (+205/‑67) | rplA/rplJ | 50S ribosomal protein L1/50S ribosomal protein L10 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (7/7); new base T (22/24); total (29/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.42e-01 | |||||||||||
AAGTAATTTCCAAGTTATATTACTTATTGTGATTATTTTACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCAC‑TTTTTGCCGTGGGTAGAAAGTGCT‑TTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTTGATGAAATTGCTGAGGTACTATCAAATTCAGTT > USA300TCH1516_ALE/583982‑584256 | aaGTAATTTCCAAGTTATATTACTTATTGTGATTATTTTACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCAC‑TTTTTGCCGt < 2:525482/141‑1 (MQ=255)aaGTAATTTCCAAGTTATATTACGTATTGTGATTATTTTACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCAC‑TTTTTGCCGt < 2:13027/141‑1 (MQ=255) gTAATTTCTAAGTTATATTACTTATTGTGATTATTTTACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCAC‑TTTTTGCCGTgg < 1:182752/141‑1 (MQ=255) ttCCAAGTTTTATTTCTTATTGTGATTATTTTACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCAC‑TTTTTGCCTTGGGTAGa < 2:256261/141‑1 (MQ=255) 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1:565682/141‑1 (MQ=255) gAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCAC‑TTTTTGCCGTGGGTAGAAAGTGCT‑TTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTACATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAGAAAACAACTAGtg > 1:57009/1‑140 (MQ=255) cGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCAC‑TTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCT‑TTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGATAAAAAACAACTAGTtgat < 2:234076/141‑1 (MQ=255) gTGATGATCTATGATCTTTCAAGCAC‑TTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCT‑TTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTtgatg > 2:604236/1‑141 (MQ=255) tgatgaTCTATGATCTTTCAAGCAC‑TTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCT‑TTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAACAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTtgatga < 1:491685/141‑1 (MQ=255) tatgatctatgatctTTTACGGGT‑GTAGTGTCTTGGGTAGAAAGTGCT‑TTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTTGGTGaa < 2:426804/140‑1 (MQ=255) 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1:364752/141‑1 (MQ=255) aaGCAC‑TTTTTGCCGTGGGTAGAAAGTGCT‑TTTTTTTTTATTTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCACTGAAGCTAAAAAACAACTAGTTGATGAAATTGCTGAGGTACTCTCa > 2:230652/1‑141 (MQ=255) aGCAC‑TTTTTGCCTTTGGTAGAAAGTGCT‑TTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTTGATGAAATTGCTGAGGTACTATCaa < 1:15666/141‑1 (MQ=255) aGCAC‑TTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCT‑TTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTTGATGAAATTGCTGAGGTACTATCaa < 1:540996/141‑1 (MQ=255) c‑TTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCT‑TTTTTTATTTTTTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTTGATGAAATTGCTGAGGTACTATCAAATTc > 2:470571/1‑141 (MQ=255) ttGCCTTGGGTAGAAAGTGCT‑TTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGTTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTTGATGAAATTGCTGAGGTACTATCAAATTCTGtt > 1:321087/1‑141 (MQ=255) ttGCCGTGGGTAGAAAGTGCT‑TTTTTTTTTTTTTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATTGAGATGGCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAACAACACGTAGTTGTTTAAACTGCTGAGGTACGATCTAAtttattt > 2:103668/1‑136 (MQ=255) | AAGTAATTTCCAAGTTATATTACTTATTGTGATTATTTTACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCAC‑TTTTTGCCGTGGGTAGAAAGTGCT‑TTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTTGATGAAATTGCTGAGGTACTATCAAATTCAGTT > USA300TCH1516_ALE/583982‑584256 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |