| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 665,392 | T→G | 18.3% | L79* (TTA→TGA) | paiA_1 → | Spermidine/spermine N(1)‑acetyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 665,392 | 0 | T | G | 18.3% | 111.3 / 18.8 | 60 | L79* (TTA→TGA) | paiA_1 | Spermidine/spermine N(1)‑acetyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (27/21); new base G (6/5); total (33/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
ACAACAGTTAATCACTTGTTAGAAGCTTCATATAA‑TGAACATCATTTAAAGAAAAGACTTCAAGAACAATTATTCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATTATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGTTAAATGAAGGATTATCACGTTTTGAAGATAAATTTGAAGGTGTTTACTTAGAAGTAGATAATAAAAAT > USA300TCH1516_ALE/665256‑665522 | acaacaGTTAATCACTTGTTAGAAGCTTCATATAA‑TGAACATCATTTAAAGAAAAGACTTCAAGAACAATTATTCTTAGTCGTGGAAGAAGGTAATGACAGCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGatat > 2:172129/1‑141 (MQ=255) caGTTAATCACTTGTTAGAAGCTTCATATAA‑TGAACATCATTTAAAGAAAAGACTTCAAGAACAATTATTCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATTATATTTAt > 2:431991/1‑141 (MQ=255) tAATCACTTGTTAGAAGCTTCATATAA‑TGAACATCATTTAAAGAAAAGACTTCAAGAACAATTATTCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATTATATTTATCAGc > 2:134248/1‑141 (MQ=255) aTCACTTGTTAGAAGCTTCATATAA‑TGAACATCATTTAAAGAAAAGACTTCAAGAACAATTATTCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATTATATTTATCAGCTc > 1:112777/1‑141 (MQ=255) aTCACTTGTTAGAAGCTTCATATAA‑TGAACATCATTTAAAGAAAAGACTTCAAGAACAATTATTCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATTATATTTATCAGCTc < 1:522189/141‑1 (MQ=255) tCACTTGTTAGAAGCTTCATATAA‑TGAACATCATTTAAAGAAAAGACTTCAAGAACAATTATTCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATTCTATTTATGAGCTcc > 1:157080/1‑140 (MQ=255) tGTTAGAAGCTTCATATAA‑TGAACATCATTTAAAGAAAAGACTTCAAGAACAATTATTCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATTATATTTATCAGCTCATTATg > 2:255240/1‑141 (MQ=255) gCTTTATATAA‑TGAACATCATTTAAAGAAAAGACTTCAAGAACTATTAGTCTTAGTCGTTGGAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATTATATTTATCAGCTCTTTATGTTAATCCa < 2:292230/141‑1 (MQ=255) agttCATATAATTGAAAAT‑ATTTTAAGAAAAGACTTCAAGAACAATTATTCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACTTCGTTGGCTTTGCTAACTTGATTTACGGTGAAGAATTATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCa < 2:188501/139‑1 (MQ=255) ttCATATAA‑TGAACATCATTTAAAGAAAAGACTTCAAGAACAATTATTCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCGTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATTATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGa < 2:231251/141‑1 (MQ=255) tGAACATCATTTAAAGAAAAGACTTCAAGAACAATTATTCTTAGTGGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATTATATTTATCAGCCCGTTATTGTAAACCAGAGTGGCacga > 1:489825/1‑138 (MQ=255) agAACATCATTTAAAGAAAAGACATCAAGAACAATTATTCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATTATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACa < 2:581134/140‑1 (MQ=255) aaCATCATTTAAAGAAAAGACTTCAAGAACAATTATTCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATTATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATa < 1:138975/141‑1 (MQ=255) aCAGCATTTAAAGAAAAGACTTCAAGAACAATTATTCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATTATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATAc < 2:177348/141‑1 (MQ=255) atTTAAAGAAAAGACTTCAAGAACAATTATTCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATTATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGtt > 1:309402/1‑141 (MQ=255) tttAAAGAAAAGACTTCAAGAACAATTATTCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATTATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTa > 1:191110/1‑141 (MQ=255) tgaaagatgagaCTTCAAGAACAATTATTCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATTATATTTATCAGCTCATTATGTTAAGCCAGAATCGCACCATACAGGTTAt > 2:5838/3‑141 (MQ=255) aaagaaaagaCTTCAAGAACAATTATTCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATTATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATgg > 2:287624/1‑141 (MQ=255) aaagaaaagaCTTCAAGAACAATTATTCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATTATATTTATAAGATCATTATGTTAAACCAAAATCGCAACATACAGGTTATgg > 2:324558/1‑141 (MQ=255) aagaaaagaCTTCAAGAACAATTATTCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATTATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGt < 1:329234/141‑1 (MQ=255) agaaaagaCTTCAAGAACAATTATTCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATTATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACCTACAGGTTATGGTa > 1:408050/1‑141 (MQ=255) agaaaagaCTTCAAGAACAATTATTCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGACTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATTATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTa > 1:90532/1‑141 (MQ=255) agaaaagaCTTCAAGAACAATTATTATTAGAAGTTGCAGAAGGTAATGATACAGTTGGCTTTGCTATCTTCCATTCCGGTTAAGCATTATTTTTTTGAGCTCATTATGTTATACCAGAAACACAACTTACAGGTTATggga > 2:601341/1‑139 (MQ=255) gaaaagaCTTCAAGAACAATTATTCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATCATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTAc < 1:396422/141‑1 (MQ=255) aaaagaCTTCAAGAACAATTATTCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATTATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACa > 2:384249/1‑141 (MQ=255) aagaCTTCAAGAACAATTATTCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATTATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGc > 2:38660/1‑141 (MQ=255) agaCTTCAAGAACAATTATTCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATTATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCa > 2:30897/1‑141 (MQ=255) aCTTCAAGAACAATTATTCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATTATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCAtt > 1:483777/1‑141 (MQ=255) aCTTCAAGAACAATTATTCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATTATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCAtt < 1:528826/141‑1 (MQ=255) catCAAGAACAATTATGCTTAGTCGTTGAAGAAGGTGATGAGATCGTTGGCTTTGCTAACGTTATTTACGGTGAAGGATTATATGTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGCATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTg < 2:245274/139‑1 (MQ=255) cTTCAAGAACAATTATTCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTg < 2:496887/141‑1 (MQ=255) cTTCAAGAACAATTATTCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTg < 2:26894/141‑1 (MQ=255) ttCAAGAACAATTATTCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATTATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGt < 1:511094/141‑1 (MQ=255) aaGAACAATTATTCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGTTaa > 1:114197/1‑141 (MQ=255) aaGAACAATTATTCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCCCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGTTACAGCATTGTTaa > 1:114311/1‑141 (MQ=255) ttattCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATTATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGTTAAATGAAGGa > 1:230475/1‑141 (MQ=255) tattCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATTATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGTTAAATGAAGGAt < 1:97950/141‑1 (MQ=255) tattCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGTTAAATGAAGGAt > 1:26863/1‑141 (MQ=255) tttCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATTATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGTTAAATGAAGGAtt < 1:596669/140‑1 (MQ=255) attCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATTATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGTTAAATGAAGGAtt < 1:461461/141‑1 (MQ=255) ttCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTGACTTTATTTACGGTGAGGAATTCTATTTATCAGCTCGTTATGTTAATCTAGAATGGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGTTAAATGAAGGATTa > 2:288289/1‑141 (MQ=255) ttCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTAGCTTTGATAACTTTATTTACGGTGAAGAATTATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGTTAAATGAAGGATTa < 1:429814/141‑1 (MQ=255) tCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATTATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGTTAAATGAAGGATTAt > 2:83164/1‑141 (MQ=255) tCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATTATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGTTAAATGAAGGATTAt > 2:287772/1‑141 (MQ=255) ttAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATTATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGTTAAATGAAGGATTATCa < 1:476854/141‑1 (MQ=255) aGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATTATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGTTAAATGAAGGATTATCACg < 2:593800/141‑1 (MQ=255) ttGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATTATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGTTAAATGAAGGATTATCACGtttgg > 2:229033/1‑139 (MQ=255) gaagaaGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATTATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGTTAAATGAAGGATTATCACGTTTTGaa > 2:422613/1‑141 (MQ=255) gaagGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGTTAAATGAAGGATTATCACGTTTTGAAGAt < 2:358395/141‑1 (MQ=255) ggTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATTATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGTTAAATGAAGGATTATCACGTTTTGAAGATaaa > 1:264486/1‑141 (MQ=255) tGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGTTAAATGAAGGATTATCACGTTTTGAAGATAAATTTGa < 2:240656/141‑1 (MQ=255) gACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGTTAAATGAAGGATTATCACGTTTTGAAGATAAATTTGaa > 1:277273/1‑141 (MQ=255) aCATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATTATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGTTAAATGAAGGATTATCACGTTTTGAAGATAAATTTGAAg < 1:494174/141‑1 (MQ=255) gTTGGTTTTGCTAACTTTATTTACGGTTAAGAATTATATTTATCAGCTCAGTATGTTAAACCAGAATCGTAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGTTAAATGAAGGATTATCACGTTTTGAAGATAAATTTGAAGGTGtt < 2:14173/141‑1 (MQ=255) ggCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATTATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGTTAAATGAAGGATTATCACGTTTTGAAGATAAATTTGAAGGTGTTTAc > 1:181027/1‑141 (MQ=255) aCTTTATGTACGGTGAAGAATTATATTTATCAGATCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGTTAAATGAAGGATTATCACGTTTTGAAGATAAATTTGAAGGTGTTTACTTAGAAGTAg < 1:98780/141‑1 (MQ=255) ttttatttaCGTGGAAGAATGATATTTATAAGCTAATTATGTTAATCCAGAATCGTAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGTTAAATGAAGGATTATCACGTTTTGAAGATAAATTTGAAGGTGTTTACTTAGAAGTAGa < 2:14349/140‑1 (MQ=255) ggTGAAGAATTATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGTTAAATGAAGGATTATCACGTTTTGAAGATAACTTTGAAGGTGTTTACTTAGAAGTAGATAATAAAAAt < 2:54802/141‑1 (MQ=255) ggTGAAGAATTATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGTTAAATGAAGGATTATCACGTTATGAAGATAAATTTGAAGGTGTTTACTTAGAAGTAGATAATaaaaag > 2:247715/1‑140 (MQ=255) ggTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATAAAGGTTATGGTACAGCATTGTTAAATGAAGGTTTATCACGTTTTGAAGATAAATTTGAAGGTGTTTACTTAGAAGTAGATAATAAAAAt > 2:259261/1‑141 (MQ=255) | ACAACAGTTAATCACTTGTTAGAAGCTTCATATAA‑TGAACATCATTTAAAGAAAAGACTTCAAGAACAATTATTCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATTATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGTTAAATGAAGGATTATCACGTTTTGAAGATAAATTTGAAGGTGTTTACTTAGAAGTAGATAATAAAAAT > USA300TCH1516_ALE/665256‑665522 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |