| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 832,706 | A→T | 5.7% | I488F (ATT→TTT) | secA_1 → | Protein translocase subunit SecA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 832,706 | 0 | A | T | 5.7% | 206.2 / 4.2 | 73 | I488F (ATT→TTT) | secA_1 | Protein translocase subunit SecA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (29/39); new base T (2/2); total (31/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.04e-01 | |||||||||||
ACTGTTGCAGTTGAGACTTCTGAATATATTTCAAATTTACTTAAAAAACGTGGTATCCGTCATGATGTGTTAAATGCGAAAAATCATGAACGTGAAGCTGAAATTGTTGCAGGCGCTGGACAAAAAGGTGCCGTTACTATTGCCACTAACATGGCTGGTCGTGGTACAGATATCAAATTAGGTGAAGGCGTAGAGGAATTAGGCGGTTTAGCAGTAATAGGTACAGAGCGACATGAATCTCGTCGTATTGATGACCAGTTACGTGGTCGTTCTGGAC > USA300TCH1516_ALE/832568‑832844 | aCTGTTGCAGTTGAGACTTCGGAATATATTTCAAATTTACGTAAAAAACGTGGTATCCGTCATGATGTGTTAAATGCGAAAAATCATGAACGTGAAGCTGAAATTGTTGCAGGCGCTGGACAAAAAGGTGCCGTTACTAtt < 1:61819/141‑1 (MQ=255)aCTGGTGCACTTGAGACTTTCGAATATATTTAAAATTTACTTAAAAAACGTTGTATCCGTCAGGATGTGTTAAATGCGAAAAATCAGGAACGTTAAGCGGAAATTGTTGCAGGCGCTGGACAAAAAGGTGCCGTTACTAtt < 2:173835/141‑1 (MQ=255) tGTTGCAGTTGAGACTTCTGAATATATTTCAAATTTACTTAAAAAACGTGGTATCCGTCATGATGTGTTAAATGCGAAAAATCATGAACGTGAAGCTGAAATTGTTGCAGGCGCTGGACAAAAAGGTGCCGTTACTATTGc > 1:300479/1‑141 (MQ=255) gTTGCAGTTGAGACTTCTGAATATATTTCAAATTTACTTAAAAAACGTGGTATCCGTCATGATGTGTTAAATGCGAAAAATCATGAACGTGAAGCTGAAATTGTTGCAGGCGCTGGACAAAAAGGTGCCGTTACTATTGcc > 1:184794/1‑141 (MQ=255) tGCAGTTGAGACTTCTGAATATATTTCAAATTTACTTAAAAAACGTGGTATCCGTCATGATGTGTTAAATGCGAAAAATCATGAACGTGAAGCTGAAATTGTTGCAGGCGCTGGACAAAAAGGTGCCGTTACTATTGCCAc > 2:503797/1‑141 (MQ=255) gCAGTTGAGACTTCTGAATAGATTTCAAATTTACTTAAAAAACGTGGTGTCCGTCATGATGTGGTAAATGCGAAAAATCATGAACGTGAAGCTGAGATTGTTGCAGGCGCTGGTCAAAAAGGTGCCGTTACTATTGCCAcg > 1:429039/1‑140 (MQ=255) aGTTGAGACTTCTGAATATATTTCAAATTTACTTAAAAAACGTGGTATCCGTCATGATGTGTTAAATGCGAAAAATCATGAACGTGAAGCTGAAATTGTTGCAGGCGCTGGACAAAAAGGTGCCGTTACTATTGCCACTaa < 1:2784/141‑1 (MQ=255) gTTGAGACTTCTGAATATATTTCAAATTTACTTAAAAAACGTGGTATCCGTCATGATGTGTTAAATGCGAAAAATCATGAACGTGAAGCTGAAATTGTTGCAGAAGAAAAAAAAAAAGGTGCCGTTACTATTGCCACTAAc < 2:318507/141‑1 (MQ=255) agaCTTCTGAATATATTTCAAATTTACTTAAAAAACGTGGTATCCGTCATGATGTGTTAAATGCGAAAAATCATGAACGTGAAGCTGAAATTGTTGCAGGCGCTGGACAAAAAGGTGCCGTTACTATTGCCACTAACATgg > 1:123895/1‑141 (MQ=255) agaCTTCTGAATATATTTCAAATTTACTTAAAAAACGTGGTATCCGTCATGATGTGTTAAATGCGAAAAATCATGAACGTGAAGCTGAAATTGTTGCAGGCGCTGGACAAAAAGGTGCCGTTACTATTGCCACTAACATgg < 2:482897/141‑1 (MQ=255) tcgAATATATTGCAAATTTAATTAAAAAACGGGGTATCCGTCATGATGTGTTAAATGCGAAAAATCATGAACGTGAAGCTGAAATTGTTGCAGGAAATAGAAAAAAAGGTGCCGTTACTATTGCCACTAACATGGCTGGTc < 2:266797/139‑1 (MQ=255) cTGAATATATTTCAAATTTACTTAAAAAACGTGGTATCCGTCATGATGTGTTAAATGCGAAAAATCATGAACGTGAAGCTGAAATTGTTGCAGGCGCTGGACAAAAAGGTGCCGTTACTATTGCCACTAACATGGCTGGTc < 1:100060/141‑1 (MQ=255) ttgatTTCAAATGTGCTTAAAAATGGTGGGATCCGTCATTATGTGTTCAATGCGTAAAATCATGAACGTGAAGCTGTTATTGTTGCAGAAGAAGAAAAAAAAGGTGCCGTTACTATTGCCACTAACATGGCTGGTCGTGGt < 2:198500/138‑1 (MQ=255) tatatTTCAAATTTACTTAAAAAACGTGGTATCCGTCATGATGTGTTAAATGCGAAAAATCATGAACGTGAAGCTGAAATTGTTGCAGGCGCTGGACAAAAAGGTGCCGTTACTTTTGCCACTAACATGGCTGGTCGTGGt > 2:240866/1‑141 (MQ=255) tatatTTCAAATTTACTTAAAAAACGTGGTATCCGTCATGATGTGTTAAATGCGAAAAATCATGAACGTGAAGCTGAAATTGTTGCAGGCGCTGGACAAAAAGGTGCCGTTACTTTTGCCACTAACATGGCTGGTCGTGGt > 2:240775/1‑141 (MQ=255) tatTTCAAATTTACTTAAAAAACGTGGTATCCGTCATGATGTGTTAAATGCGAAAAATCATGAACGTGAAGCTGAAATTGTTGCAGGCGCTGGACAAAAAGGTGCCGTTACTATTGCCACTAACATGGCTGGTCGTGGTAc > 2:104765/1‑141 (MQ=255) tatTTCAAATTTACTTAAAAAACGTGGTATCCGTCATGATGTGTTAAATGCGAAAAATCATGAACGTGAAGCTGAAATTGTTGCAGGCGCTGGACAAAAAGGTGCCGTTACTATTGCCACTAACATGGCTGGTCGTGGTAc < 1:379342/141‑1 (MQ=255) tCAAATTTACTTAAAAAACGTGGTATCCGTCATGATGTGTTAAATGCGAAAAATCATGAACGTGAAGCTGAAATTGTTGCAGGCGCTGGACAAAAAGGTGCCGTTACTATTGCCCCTCAACCAGCTGGTCGTGGTACatag < 2:510635/141‑4 (MQ=255) aaTTTACTTAAAAAACGTGGTATCCGTCATGATGTGTTAAATGCGAAAAATCATGAACGTGAAGCTGAAATTGTTGCAGGCGCTGGACAAAAAGGTGCCGTTACTATTGCCACTAACATGGCTGGTCGTGGTACAGATATc > 1:184593/1‑141 (MQ=255) aaTTTACTTAAAAAACGTGGGAGCCGTCATGATGTGTTAAATGCGAAAAATCATGAACGTGAAGCTGAAATTGTTGCAGGCGCTGGACAAAAAGGTGCCGTTACTATTGCCACTAACATGGCTGGTCGTGGTACAGATATc < 1:111771/141‑1 (MQ=255) aTTTACTTAAAAAACGTGGTATCCGTCATGATGTGTTAAATGCGAAAAATCATGAACGTGAAGCTGAAATTGTTGCAGGCGCTGGACAAAAAGGTGCCGTTACTATTGCCACTAACATGGCTGGTCGTGGTACAGATATCa > 1:606408/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) tAAAAAACGTGGTATCCGTCATGATGTGTTAAATGCGAAAAATCATGAACGTGAAGCTGAAATTGTTGCAGGCGCTGGACAAAAAGGTGCCGTTACTATTGCCACTAACATGGCTGGTCGTGGTACAGATATCAAATTAgg < 1:503797/141‑1 (MQ=255) tAAAAAACGTGGTATCCGTCATGATGTGTTAAATGCGAAAAATCATGAACGTGAAGCTGAAATTGTTGCAGGCGCTGGACAAAAAGGTGCCGTTACTATTGCCACTAACATGGCTGGTCGTGGTACAGATATCAAATTAgg < 1:85439/141‑1 (MQ=255) aaaaCGTGGTAACCGTTATGATGTGTTAAATGCGGAAAACCATTGACTAGAAACGTTAATTGTAGCAAGAAATAAAAAAAAAGGTGCCGTTACTATTGCCACTAACATGGCTGGTCGTGGTACAGATATCAAATTAGGTGa < 2:218076/141‑1 (MQ=255) aaCGTGGTATCCGTCATGATGTGTTGAATGCGAAAAATCATGAACGTGAAGCTGAAATTGTTGCAGGCGCTGGACAAAAAGGTGCCGTTACTATTGCCACTAACATGGCTGGTCGTGGTACAGATATCAAATTAGGTGAAg < 1:249378/141‑1 (MQ=255) aCGTGGTATCCGTCATGATGTGTTAAATGCGAAAAATCATGAACGTGAAGCTGAAATTGTTGCAGGCGCTGGACAAAAAGGTGCCGTTACTATTGCCACTAACATGGCTGGTCGTGGTACAGATATCAAATTAGGTGAAgg < 1:460887/141‑1 (MQ=255) gTAGCCGCCATGATGAAAGAAATGCGAAAAAGCATAAACGTGAATCTGCAATTGTTGCAGGCGCTGGACAAAAAGGTACCGTTACTATTGCCACTAACATGGCTGGTCGTGGTACGGATATCAAATAAGGTAAAGGCGTag > 2:20923/1‑141 (MQ=255) aTCCGTCATGATGTGTTAAATGCGAAAAATCATGAACGTGAGGCTGGAATTGTTGCAGGCGCTGGACAAAAAGGTGCCGTTACTATTGCCACTAACATGGCTGGTCGTGGTACAGATATCAAATGGGGTGAAGGCGTagag > 1:418575/1‑141 (MQ=255) aTCCGGCATGATGTGTTAAATGCGAAAAATCATGAACGTGAAGCTGAAATTGTTGCAGGCGCTGGACAAAAAGGTGCCGTTACTATTGCCACTAACATGGCTGGTCGTGGTACAGATATCAAATTAGGTGAAGGCGTagag < 1:15249/141‑1 (MQ=255) ccGTCATGATGTGTTAAATGCGAAAAATCATGAACGTGAAGCTGAAATTGTTGCAGGCGCTGGACAAAAAGGTGCCGTTACTATTGCCACTAACATGGCTGGTCGTGGTACAGATATCAAATTAGGTGAAGGCGTAGAGGa < 2:596482/141‑1 (MQ=255) gTCTTGATGTGTTAGATGCGAAAAATCATGGACGTGAATCCGAAAATGTTGCTGGCGCTGGACAAAAAGGTGCCGTTACTATTGCCACTAACATGGCTGGTCGTGGTACAGATATCAAATTAGGTGAAGGCGTAGAGGCAt < 2:429039/141‑1 (MQ=255) gTCATGATGTGTTAAATGCGAAAAATCATGAACGTGAAGCTGAAATTGTTGCAGGCGCTGGACAAAAAGGTGCCGTTACTATTGCCACTAACATGGCTGGTCGTGGTACAGATATCAAATTAGGTGAAGGCGTAGAGGAAt < 2:513773/141‑1 (MQ=255) tcctgatgTGTTAAATGAGAAAAATCATGAACGTGAAGCTGAAATTGTTGCAGGCGCCGGACAAAAAGGTGCCGTTACTATTGCCACTAACATGGCTGGTCGTTGTACAGATATCAAATTAGGTGAAGGCGTAGAGGAAtt < 2:247799/138‑1 (MQ=255) cATGATGTGTTAAATGCGAAAAATCATGAACGTGAAGCTGAAATTGTTGCAGGCGCTGGACAAAAAGGTGCCGTTACTATTGCCACTAACATGGCTGGTCGTGGTACAGATATCAAATTAGGTGAAGGCGTAGAGGAATTa < 1:439146/141‑1 (MQ=255) atgcgtggtTTAATGCGAAAAATCATGAACGGTTAGCTGAAATTGTTGCAGGCGCGGTTGAAAAAGTTGCCGTTACTATTGCCACTCACATGGCTGGGCGTGGTACAGATATCAAATTAGGTGAAGGCGTAGAGGAATTAg < 2:473321/134‑1 (MQ=255) gatgTGTTAAATGCGAAAAATCATGGACGTGAAGCTGAAATTGTTGCAGGCGCTGGACAAAAAGGTGCCGTTACTATTGCCACTAACATGGCTGGTCGTGGTACAGATATCAAATTAGGTGAAGGCGTAGAGGAATTAGGc < 1:70089/141‑1 (MQ=255) gatgTGTTAAATGCGAAAAATCATGAACGTGAAGCTGAAATTGTTGCAGGCGCTGGACAAAAAGGTGCCGTTACTATTGCCACTAACATGGCTGGTCGTGGTACAGATATCAAATTAGGTGAAGGCGTAGAGGAATTAGGc < 1:345611/141‑1 (MQ=255) tgatgtTAACTGCGGAAAAGCATGAAGGGGAGGGTGAAAGTGTTGCAGGCGCTGGACAAAAAGGTGCCGTTACTATTGCCACTAACATGGCTGGTCGTGGTACAGATATCAAATTAGGTGAAGGCGTAGAGGAATTAGGCg < 2:573777/138‑1 (MQ=255) gtgtTAAATGCGAAAAATCATGAACGTGAAGCTGAAAGTGTTGCAGGCGCTGGACAAAAAGGTGCCGTTACTATTGCCACTAACATGGCTGGTCGTGGTACATATATCAAATTAGGTGAAGGCGTAGAGGAATTAGGCGGt < 1:420460/141‑1 (MQ=255) ttAAATGCGAAAACTCATGAACGTGAAGCTGAAATTGTTGCAGGCGCTGGACAAAAAGGTGCCGTTACTATTGCCACTAACATGGCTGGTCGTGGTACCGATATCAAATTAGGTGGAGGCGTGCAGGAATCAGGCGGttgg > 2:573956/1‑139 (MQ=255) aactGCGAAAAATCATGAACGCGAAGCTGAAATTGTTGCAGGCGCTGGACAAAAAGGTGCCGTTACTATTGCCACTCACATGGCTGGTCGTGGTACAGATATCAAATTAGGTGAAGGCGTAGAGGAATTAGGCGGTTTAGc < 1:524141/138‑1 (MQ=255) aaTCATGAACGTGAAGCTGAAATTGTTGCAGGCGCTGGACAAAAAGGTGCCGTTACTATTGCCACTAACATGGCTGGTCGTGGTCCAGATATCAAATTAGGTGAAGGCGGAGAGGAATTAGGCGGTTTAGCAGTAATAGGt > 1:53508/1‑141 (MQ=255) tGAACGTGAAGCTGAAATTGTTGCAGGCGCTGGACAAAAAGGTGCCGTTACTATTGCCACTAACATGGCTGGTCGTGGTACAGATATCAAATTAGGTGAAGGCGTAGAGGAATTAGGCGGTTTAGCAGTAATAGGTACagg > 2:24369/1‑140 (MQ=255) gAACGTGAAGCTGAAATTGTTGCAGGCGCTGGACAAAAAGGTGCCGTTACTATTGCCACTAACATGGCTGGTCGTGGTACAGATATCAAATTAGGTGAAGGCGTAGAGGAATTAGGCGGTTTAGCAGTAATAGGTACagag > 2:441400/1‑141 (MQ=255) ttGAAGCTGAAATTGTTGCAGGCGCTGGACAAAAAGGTGCCGTTACTATTGCCACTAACATGGCTGGTCGTGGTACAGATATCAAATTAGGTGAAGGCGTAGAGGAATTAGGCGGTTTAGCAGTAATAGGTACAGAGCGAc < 2:25509/140‑1 (MQ=255) tGAAGCTGAAATTGTTGCAGGCGCTGGACAAAAAGGTGCCGTTACTATTGCCACTAACATGGCTGGTCGTGGTACAGATATCAAATTAGGTGAAGGCGTAGAGGAATTAGGCGGTTTAGCAGTAATAGGTACAGAGCGACa > 1:379887/1‑141 (MQ=255) gCTGAAATTCGTGCAGGCGCTGGAGAAAAAGGTGCCGTTACTATTGCCCCTAACATGGCTGGTCGTGGTACAGATATCAAATTAGGTGAAGGCGTAGAGGAATTAGGCGGTTTAGCAGTAATAGGTACAGAGCGACAGGaa > 1:447653/1‑141 (MQ=255) gAAATTGTTGCAGGCGCTGGACAAAAAGGTGCCGTTACTATTGCCACTAACATGGCTGGTCGTGGTACAGATATCAAATTAGGTGAAGGCGTAGAGGAATTAGGCGGTTTAGCAGTAATAGGTACAGAGCGACATGAAtcc > 1:197623/1‑140 (MQ=255) aaaTTGTTGCAGGCGCTGGACAAAAAGGTGCCGTTACTATTGCCACTAACATGGCTGGTCGTGGTACAGATATCAAATTAGGTGAAGGCGTAGAGGGAGTCGGCGGTTTAGCAGTAGTACGTAAAGAGCGACATGAAtctc > 2:59245/1‑141 (MQ=255) agtgttgCAGGCGCTGGACAAAAAGGTGCCGTTACTATTGCCACTAACATGGCTGGTCGTGGTACAGATATCAAATTAGGTGAAGGCGTAGAGGCATTAGGCTGTTTAGCAGTAATAGGTACAGAGCGACATGAATCtcgt < 2:467847/139‑1 (MQ=255) agtggtgCCGGCGCGGGGCAAAGAGGTGCCGTTACTGTTGCGACTAACATGGCTGGTCGGGGTACAGGTATCAAATTAGGAGAAGGCGTAGAGGAATTAGGCGTTTTAGCAGTAATAGGTAGAGAGAGACATGAATCtggt < 2:515840/136‑1 (MQ=255) aTTGTTGCAGGCGCTGGACAAAAAGGTGCCGTTACTATTGCCACTAACATGGCTGGTCGTGGTACAGATATCAAATTAGGTGAATGCGTAGAGGAATTAGGCGGTTTAGCAGTAATAGGTACAGAGCGACATGAATCtcgt < 2:184593/141‑1 (MQ=255) tgttgCAGGCGCTGGACAAAAAGGTGCCGTTACTATTGCCACTAACATGGCTGGTCGTGGTACAGATATCAAATTAGGTGAAGGCGTAGAGGAATTAGGCGGTTTAGCAGTAATAGGTACAGAGCGACATGAATCtcgtcg < 1:499749/141‑1 (MQ=255) gttgCAGGCGCTGGACAAAAAGGTGCCGTTACTATTGCCACTAACATGGCTGGTCGTGGTACAGATATCAAATTAGGTGAAGGCGTAGAGGAATTAGGCGGTTTAGCAGTAATAGGTACAGAGCGACATGAATCTcgtcgt < 1:478054/141‑1 (MQ=255) tgCAGGCGCTGGACAAAAAGGTGCCGTTACTATTGCCACTAACATGGCTGGTCGTGGTACAGATATCAAATTAGGTGAAGGCGTAGAGGAATTAGTGGGTTTAGCAGTAATAGGTACAGAGCGACATGAATCTCGTCGTAt > 2:13808/1‑141 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1:101019/1‑141 (MQ=255) ccGTTACTATTGCCACTAACATGGCTGGTCGTGGTACAGATATCAAATTAGGTGAAGGCGTAGAGGAATTAGGCGGTTTAGCAGTAATAGGTACAGAGCGACATGAATCTCGTCGTATTGATGACCAGTTACGTTGTGGtt > 2:85086/1‑141 (MQ=255) ccGTTACTATTGCCACTAACATGGCTGGTCGTGGTACAGATATCAAATTAGGTGAAGGCGTAGAGGAATTAGGCGGTTTAGCAGTAATAGGTACAGAGCGACATGAATCTCGTCGTATTGATGACCAGTTACGTGGTCGtt > 2:216107/1‑141 (MQ=255) ttACTTTTGCCACTAACATGGCTGGTCGTGGTACAGATATCAAATTAGGTGAAGGCGTAGAGGAATTAGGCGGTTTAGCAGTAATAGGTACAGAGCGACATGAATCTCGTCGTATTGATGACCAGTTACGTGGTCGTTCTg < 1:240775/141‑1 (MQ=255) ttACTTTTGCCACTAACATGGCTGGTCGTGGTACAGACATCAAATTAGGTGAAGGCGTAGAGGAATTAGGCGGTTTAGCAGTAATAGGTACAGAGCGACATGAATCTCGTCGTATTGATGACCAGTTACGTGGTCGTTCTg < 1:240866/141‑1 (MQ=255) tACTATTGCCACTAACATGGCTGGTCGTGGTACAGATATCAAATTAGGTGAAGGCGTAGAGGAATTAGGCGGTTTAGCAGTAATAGGTACAGAGCGACATGAATCTCGTCGTATTGATGACCAGTTACGTGGTCGTTCTgg < 1:130221/141‑1 (MQ=255) cTATTGCCACTAACATGGCTGGTCGTGGTACAGATATCAAATTAGGTGAAGGCGTAGAGGAATTAGGCGGTTTAGCAGTAATAGGTACAGAGCGACATGAATCTCGTCGTATTGATGACCAGTTACGTGGTCGTTCTGGAc < 1:466663/141‑1 (MQ=255) | ACTGTTGCAGTTGAGACTTCTGAATATATTTCAAATTTACTTAAAAAACGTGGTATCCGTCATGATGTGTTAAATGCGAAAAATCATGAACGTGAAGCTGAAATTGTTGCAGGCGCTGGACAAAAAGGTGCCGTTACTATTGCCACTAACATGGCTGGTCGTGGTACAGATATCAAATTAGGTGAAGGCGTAGAGGAATTAGGCGGTTTAGCAGTAATAGGTACAGAGCGACATGAATCTCGTCGTATTGATGACCAGTTACGTGGTCGTTCTGGAC > USA300TCH1516_ALE/832568‑832844 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |