| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,233,504 | T→A | 15.8% | V470D (GTT→GAT) | prkC → | Serine/threonine‑protein kinase PrkC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,233,504 | 0 | T | A | 15.8% | 138.0 / 13.6 | 55 | V470D (GTT→GAT) | prkC | Serine/threonine‑protein kinase PrkC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (29/17); new base A (3/6); total (32/23) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.43e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ACTGGTGAACGTGTTGAACGTGGTGACAGTGTTGATGTTGTTATATCAAAGGGCCCTGAAAAGGTTAAAATGCCAAATGTCATTGGTTTACCTAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGTTACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCAAATACTGAAATCGCTATTCATGATTCTAATATTAAACTATATGAATCTTTAGGCATTAAGCAAGTTTATGTA > USA300TCH1516_ALE/1233365‑1233643 | aCTGGTGAACGTGTTGAACGTGGTGACAGTGTTGATGTTGTTATATCAAAGGGCCCTGAAAAGGTTAAAATGCCAAATGTCATTGGTTTACCTAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGtt > 2:349664/1‑141 (MQ=255)aCTGGTGAACGTGTTGAACGTGGTGACAGTGTTGATGTTGTTATATCAAAGGGCCCTGAAAAGGTTAAAATGCCAAATGTCATTGGTTTACCTAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGtt < 2:351125/141‑1 (MQ=255) tGGTGAACGTGTTGAACGTGGTGACAGTGTTGATGTTGTTATATCAAAGGGCCCTGAAAAGGTTAAAATGCCAAATGTCATTGGTTTACCTAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATAc > 1:153899/1‑141 (MQ=255) aaCGTGTTGAACGTGGTGACAGTGTTGATGTTGTTATATCAAAGGGCCCTGAAAAGGTTAAAATGCCAAATGTCATTGGTTTACCTAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGTTACGATTg < 2:133558/141‑1 (MQ=255) tgtTGAACGTGGTGACAGTGTTGATGTTGTTATATCAAAGGGCCCTGAAAAGGTTAAAATGCCAAATGTCATTGGTTTACCTAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGaaaa < 1:562062/141‑1 (MQ=255) ttGAACGTGGTGACAGTGTTGATGTGGTTATCTCAAAGGGCCCTGAAAGGGTTAAAATGCCAAATGTCATTGGTTTACCTAAGGAGAAAGCCTTGCAGAAAGTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGTTCGGATTGaacagg > 2:579945/1‑137 (MQ=255) aaCGTGGTGACAGTGTTGATGTTGTTATATCAAAGGGCCCTGAAAAGGTTAAAATGCCAAATGTCATTGGTTTACCTAAGGAGGAAGACTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGTTGTTATGGTTGAAAAAGttt > 2:13735/1‑139 (MQ=255) cgtcgtGACAGTGTTGATGTTGTTATATCAAAGCGCCCTGAAAAGGTTAAAATGCCAAATGTCATTGGTTTACCTAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGTTACGCTTGAAAAAGtatat > 2:84065/1‑141 (MQ=255) gACAGTGTTGATGTTGTTATATCAAAGGGCCCTGAAAAGGTTAAAATGCCAACTGTCATTGGTTTACCTAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGTTACGATTGAAAAAGTATATaataat > 2:174058/1‑141 (MQ=255) gACAGTGTTGATGTTGTTATATCAAAGGGCCCTGAAAAGGTTAAAATGCCAAATGTCATTGGTTTACCTAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGTTACGGTGGAAAAAGTATATaataat > 2:559818/1‑141 (MQ=255) cAGTGTTGATGTTGTTATATCAAAGGGCCCTGAGAAGGTTAAAATGTCAAATGTCATTGGTTTACCTAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGTTACGATTGAAAAAGTATATAATTATCa < 1:414593/141‑1 (MQ=255) gtTGATGTTGTTATATCAAAGGGCCCTGAAAAGGTTAAAATGCCAAATGTCATTGGTTTACCTAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGTTACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAgcg < 1:84604/141‑1 (MQ=255) tGATGTTGTTATATCAAAGGGCCCTGAAAAGGTTAAAATGCCAAATGTCATTGGTTTACCTAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGTTACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGcc < 2:571511/141‑1 (MQ=255) tgttATATCAAAGGGCCCTGAAAAGGTTAAAATGCCAAATGTCATTGGTTTACCCAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGTTACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAgg < 2:181532/141‑1 (MQ=255) gttATATCCAAGGCCCCTGAAAAGGTTAAAATGCAAAATGTTATTGGTTTACCTAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGTTACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGa < 1:204285/141‑1 (MQ=255) atatCAAAGGGCCCTGAAAAGGTTAAAATGCCAAATGTCATTGGTTTACCTAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGTTACGATTGGAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATAc > 1:203610/1‑141 (MQ=255) atatCAAAGGGCCCTGAAAAGGTTAAAATGCCAAATGTCATTGGTTTACCTAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGTTACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATaa > 1:151332/1‑140 (MQ=255) tCAAAGGGCCCTGAAAAGGTTAAAATGCCAAATGTCATTGGTTTACCTAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGTTACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACAtt > 1:244609/1‑141 (MQ=255) aaaGGGCCCTGAAAAGGTTAAAATGCCAAATGTCATTGGTTTACCTAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGTTACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGc > 1:519196/1‑141 (MQ=255) ggCCCTGAAAAGGTTAAAATGCCAAATGTCATTGGTTTACCTAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGTTACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAAt > 2:360742/1‑141 (MQ=255) ggCCCTG‑AAAGGTTAAAATGCCAAATGTCATTGGTTTACCTAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGTTACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATc < 1:71355/141‑1 (MQ=255) ccTGAAAAGGTTAAAATGCCAAATGTCATTGGTTTACCTAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGTTACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCaa < 1:562952/141‑1 (MQ=255) cgAAAAGGTTAAAATGCCAAATGTCATTGGTTTACCTAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCACATGGTTACATTGCAAATCAAAg < 1:297512/140‑1 (MQ=255) caaGGTGGAAAGGCCAAAGGTCATTGGTTTACCTAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGTTACGAGTGAAAACGTATATAATAAGCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAATTCAAAgtgt < 2:392716/140‑1 (MQ=255) ggTTAAAATGCCAAATGTCATTGGTTTACCTAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGTTACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCACAAGGATACATTGAAAATCAAAGTGTAAc > 1:270576/1‑141 (MQ=255) gTTAAAATGCCAAATGTCATTGGTTTACCTGAGGAGGAAGCCTTGGAGAAATTAAAATCGTTAGGGCTTAAAGATGTTACGATGGAAAAAGTATATAATATTCAAGCGCCAAAAGTATACATTGAAAATCAAAGTTTAAcc > 1:76671/1‑141 (MQ=255) tAAAATGCCAAATGTCATTGGTTTACCTAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGTTACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGc > 2:219219/1‑141 (MQ=255) tAAAATGCCAAATGTCATTGGTTTACCTAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGTTACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACAGc > 2:609736/1‑141 (MQ=255) gCCAAATGTCATTGGTTTACCTAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGTTACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCAAATAc > 1:211588/1‑141 (MQ=255) tGTCATTGGTTTACCTAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGTTACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGGGTAACCGCAAATACTGAAAt > 1:204470/1‑141 (MQ=255) taTTGGTTTACCTAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGTTACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCAAATACTGAAATCGc < 2:477480/140‑1 (MQ=255) catgtgTTCACCTAAGGAGGAAGCCCAGCAGAAATTAAAATCGTTAGGCCTTAAAGATAAAAAGAATAAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCAAATACTGAAATCGc < 2:305298/136‑1 (MQ=255) cATTGGTTTACCTAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGTTACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCAAATACTGAAATCGc < 1:235914/141‑1 (MQ=255) aggaggAAGCCTTGCAGAACTTAAATACGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCAAATACTGAAATCGCTATTCATGATTCTa > 2:131480/1‑141 (MQ=255) ggaggaAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGTTACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCAAATACTGAAATCGCTATTCATGATTCTaa < 2:563656/141‑1 (MQ=255) ggaAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGTTCTTAAAGATGATACGAAAAAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCAAATACTGAAATCGCTATTCATGATTCTAatat < 2:487137/141‑1 (MQ=255) aaGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGTTACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCAAATACTGAAATCGCTATTCATGATTCTAATATTa > 1:463412/1‑141 (MQ=255) aGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGTTACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGAGTAACCGCAAATACTGAAATCGCTATTCATGATTCTAATATTaa > 1:115734/1‑141 (MQ=255) gCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGTTACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCAAATACTGAAATCGCTATTCATGATTCTAATATTaaa > 1:64645/1‑141 (MQ=255) gCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGTTACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCAAATACTGAAATCGCTATTCATGATTCTAATATTaaa > 1:558095/1‑141 (MQ=255) gCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGTTACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCAAATACTGAAATCGCTATTCATGATTCTAATATTaaa > 1:558393/1‑141 (MQ=255) ccTTGCAGAAATTAAAATCTTTAGGTCTTAAAGATGTTACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCAAATACTGAAATCGCTATCCATGATTCTAATATTAAAc < 1:474223/141‑1 (MQ=255) ccTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCAAATACTGAAATCGCTATTCATGATTCTAATATTAAAc < 2:153899/141‑1 (MQ=255) cTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCAAAAACTGAAATCGCTATTCATGATTCTAATATTAAACt > 2:30920/1‑141 (MQ=255) aGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGTTACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCAAATACTGAAATCGCTATTCATGATTCTAATATTAAACTATATg < 1:560297/141‑1 (MQ=255) aaTTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGTTACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCAAATACTGAAATCGCTATTCATGATTCTAATATTAAACTATATGAAt > 1:92088/1‑141 (MQ=255) aaTTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGTTACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCACCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCAAATACTGAAATCGCTATTCATGATTCTAATATTAAACTATATGAAt > 1:373953/1‑141 (MQ=255) ttAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCAAATACTGAAATCGCTATTCATGATTCTAATATTAAACTATATGAATCt < 2:516719/141‑1 (MQ=255) aaaaTCGTTAGGTCTTAAAGATGTTACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCGAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCAAATACTGAAATCGCTATTCATGATTCTACTTTTAAACTATATGAATAttt > 1:86604/1‑141 (MQ=255) cGTTAGGTCTTAAAGATGTTACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCAAATTCTTGAATCGCTATTCAGTATTCTAATATTAAACTATATGAATCTTTAGGCa < 1:144068/141‑1 (MQ=255) cGTTAGGTCTTAAAGATGTTACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCAAATACTGAAATCGCTATTCATGATTCTAATATTAAACTATATGAATCTTTAGGCa > 2:458007/1‑141 (MQ=255) aGGTCTTAAAGATGTTACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCAAATACTGAAATCGCTATTCATGATTCTAATATTAAACTATATGAATCTTTAGGCATTaa < 1:360742/141‑1 (MQ=255) ggTCTTAAAGATGTTACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCAAATACTGAAATCGCTATTCATGATTCTAATATTAAACTATATGAATCTTTAGGCATTaac > 1:596195/1‑140 (MQ=255) ggTCTTAAAAGTTTTACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAACGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCAAATACTGAAATCGCTCTTCATGATTCTAATATTAAACTATATGAATCTCTAGGCATTAAg < 2:206636/141‑1 (MQ=255) tAAAGATGTTACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGTGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCAAATACTGAAATCGCTATTCATGATTCTAATATTAAACTATATGAATATTTAGGCATAAAGCAGGt > 1:340553/1‑141 (MQ=255) gATGTTACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCAAATACTGAAATCGCTATTCATGATTCTAATATTAAACTATATGAATCTTTAGGCATTAAGCAAGTTTAt > 2:189071/1‑141 (MQ=255) gTTACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCAAATACTGAAATCGCTATTCATGATTCTAATATTAAACTATAGGAATCTTTAGGCATTAAGCAAGGTTATGTa > 1:112082/1‑141 (MQ=255) | ACTGGTGAACGTGTTGAACGTGGTGACAGTGTTGATGTTGTTATATCAAAGGGCCCTGAAAAGGTTAAAATGCCAAATGTCATTGGTTTACCTAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGTTACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCAAATACTGAAATCGCTATTCATGATTCTAATATTAAACTATATGAATCTTTAGGCATTAAGCAAGTTTATGTA > USA300TCH1516_ALE/1233365‑1233643 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |